学园都市里又出现了多起目击类似美琴的人出现的事件，类似的传言逐渐的多了起来。美琴从神秘少女处得知了她发放现金卡的目的是为了破坏正在进行的神秘计划，同时想起来了年幼时曾经在医院捐献过 DNA 的事情。当晚，换装后美琴潜入了制药公司调查，在这里她发现了秘密的超电磁炮克隆计划，就在她即将离开时她的克隆体也来到了这里。