在美琴的调查下，DNA 树图的数座研究机构同时遭到了袭击。消灭掉七成的目标后终于引起了敌人的警觉，美琴决定独自潜入研究机构，为了阻止御坂妹妹的实验美琴给自己了很大压力。黑子因为美琴不愿意告诉她原因而感到失望，也决定开始调查。此时，研究所的敌人已经知道了美琴的入侵计划，并准备针对她展开行动。