VF-0S フェニックス（指揮官用）

指揮官仕様機。A型と頭部の形状が異なり、レーザー機銃が2門に増設されている。限りなくハンドメイドに近いVF-0は、生産された機体ごとの最大推力・スロットル反応速度・機体安定性等の性能に差異が生じていた。S型は基本的にA型と機体構造は共通だが、生産段階で総合的に優れた個体を選抜、編隊指揮システムを増設して専用頭部に換装し、飛行技能に優れたパイロット用に操縦システムのリミッターをデフォルトで解除した機体である。推定生産機数4機。うち1機がプロトカルチャー遺跡争奪戦にて失われる。