在结束了与女巨人的战斗后，调查兵团在墙壁中发现了巨人。面对众人的质疑，神父自始至终保持沉默，不愿意回答。 时间追溯到12小时前，在南区待命的调查兵团104期生收到了巨人来袭的消息，而巨人袭击的方向，正是康尼·斯普林格的故乡。柯尼·斯普林格因此向巨人行进的方向进发，而此时，分队长采取了单独的行动。

巨人被发现的5个小时之后，往北方森林前进的人们到达了萨莎的故乡。莎夏想起了与父亲之间的苦涩回忆。时隔3年，家乡已经不再是人类居住的土地，而是遍布了凄惨的景象。另一方面，艾伦同行的人中不见了尼克的身影，他希望能够用双眼亲自去确认墙壁的秘密。

柯尼的家乡没有任何人影，只剩下一头仰面倒下的巨人。失意的柯尼，耳朵听到似乎是那巨人发出的微弱声音……同时，里柯率领驻扎兵团的精锐部队在东防卫线与巨人交战，而汉内斯也在率领部队沿着墙壁一路侦察，但仍然没有遇到一个巨人。每个人各自心惊肉跳着，巨人出现的最初的夜晚即将到来。

柯尼、莱纳和贝尔托特所在的南班与克里斯塔和尤弥尔的西班在夜晚中相遇，两班决定在厄特加尔城堡过夜。但是，当他们注意到的时候，城堡四周已经被巨人包围着。没有战斗装备的104期训练兵到塔中暂时避难，不过，城堡被突破只是时间的问题。他们只能孤军奋斗防止巨人的入侵。而这时莱纳脑海中浮现出的记忆是？

艾伦他们还在训练兵团的时候，某次雪山训练结束后，突然发现克里斯塔和尤弥尔的身影不见了。克里斯塔在训练中发现身体不适的达兹，然而却突发下起暴风雪，克里斯塔决意要拖着奄奄一息的达兹走到山脚下。但是在这种情况下，三个人都不能得到帮助，克里斯塔该如何决定？

尤弥尔拼命在包围厄特加尔城的巨人群中浴血奋战着，之后被赶来的调查兵团主力部队击退了。受了重伤的尤弥尔为了治疗被送往托洛斯特区，剩下的调查兵团对墙壁的修复作战重新开始。然而，汉尼斯传来的消息是“没有任何破洞”。如果墙壁没有发现破损，那么巨人怎么会出现在墙内呢？抱着这样的疑问，艾伦一行的调查兵团将返回托洛斯特区中待命。

“铠之巨人”和“超大型巨人”在艾伦面前出现。激昂的艾伦随即巨人化，与铠之巨人进行战斗。另一方面，超大型巨人将调查兵团待命的墙壁破坏，把昏迷状态的尤弥尔抓住，扔入口中。调查兵团在韩吉的号令下，一齐去袭击超大巨人，但超大型巨人全身喷出了蒸汽，无法接近。这时候，艾伦面对铠之巨人陷入苦战，该如何的应对？

艾伦把铠之巨人逼进一步，然而超大型巨人的头部掉下，形势瞬间逆转，最后艾伦被铠之巨人带走。而且，超大型巨人所产生的的热量和风压，给在场的所有士兵带来巨大伤害。倒下的三笠醒来后，发现时间已经过去5小时。因为对艾伦的想念，三笠不禁流泪。而汉尼斯则是鼓励着三笠和爱尔敏。

与铠之巨人战斗中失败的艾伦，在巨树森林中醒来。在那里看到和艾伦一样巨人化的能力者们。但是即使身为一个巨人，也很难在巨人巢穴中的森林活下去，而刚刚战斗结束的艾伦也没有足够的体力变成巨人。即现在的艾伦能做的事情是老实等待到直至夜晚而已。

离日落还有一个小时，调查兵团的精锐终于到达了巨树森林。目的不是为了战斗，而是找出并夺回艾伦。但是，这仍然是一个危险的作战。在这种情况下，克里斯塔心里萌生出绝对要救出尤弥尔而产生焦虑。尤弥尔想起年幼的自己以前在贫民街中生活的时候，遭受着不幸的命运，然后直到与克里斯塔的相遇。到底，尤弥尔会如何行动呢？

即将进入入森林之前，埃尔文看到铠之巨人的肩膀上，贝尔托特背上绑着艾伦。调查小队试图救出被巨人带走的艾伦。但是，尤弥尔多次阻挠袭击铠之巨人的三笠。必须把这个巨人杀死，三笠毫不掩饰地充满敌意。而站在她面前，呼吁停止战斗的是克里斯塔？

埃尔文引来的大量巨人袭击了铠之巨人。如同地狱般的景象中，调查兵团展开的艾伦夺回战总算是成功了。但是，面向撤离的士兵，铠之巨人把其他的巨人扔过来。而因为冲击落马的艾伦和三笠，面前出现了5年前那天吃掉了艾伦母亲卡尔拉的巨人。因为这可憎的仇恨需要亲手了结，艾伦与其发生战斗……