宇宙の彼方からの侵略者コンギスター軍団の侵略によって、地球の95%は制圧され、残るのは日本のみとなった。地球防衛軍は、日本に本拠地を据えてコンギスター軍団に立ち向かうが、圧倒的な戦力の差により全戦力の50%が失われてしまった。だが、敷島博士の対コンギスターの秘密兵器・メカンダーマックスが完成し、コギンスター軍団に戦いを挑む。 脚本：海堂清彦 演出：林政行 作画監督：正延宏三

オズメルは、メカンダーロボがコンギスター軍団のメカ獣に劣っている事が信じられず、前回の敗北をラーナ少佐のミスということにする。責任を転嫁するオズメルに、メデューサは東京を制圧して見せるとの大口を叩く。しかしその夜、メデューサは自室で激しい頭痛に苦しみ、突然美しい女性の顔に戻ってしまう。そして、自分がガニメデ星の女王で、ジミーオリオンの母親だったことをを思い出す。 脚本：海堂清彦 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

工業地帯で次々と落雷が発生する怪事件が発生。雷雲の中から現れた灼熱メカ獣・放電レンザーが、有毒ガスを作り出すことで周囲の住民を虐殺しているのだ。知らせを受けた合身戦隊は早速出撃。雷雲を調査中に、放電レンザーに遭遇する。竜介はメカンダーロボの出動を要請。メカンダーマックスに合体してメカンダーロボへ向かうが、その途中で放電レンザーの放電攻撃をメカンダーロボが受け、接続回路が遮断されてしまう。このピンチにジミー・オリオンがとった手段は・・・ 脚本：海堂清彦 演出：新田義方 作画監督：正延宏三

ジミー・オリオンの睡眠教育から得た知識によって、コンギスター軍団の本拠地、空中要塞都市の様子が再現された。地球防衛軍は、この空中要塞都市を叩かねばならない。空中要塞都市に潜入したメカンダー1。空中要塞都市への潜入に怒るオズメルは、メデューサにテラノドンガーでの出撃を命じる。テラノドンガーに遭遇したジミーはスカイドンキーで撃ち落とすが、テラノドンガーの中にいたメデューサの姿を見てしまい、思わず戸惑う。 脚本：海堂清彦 演出：新田義方 作画監督：正延宏三

山本長官は日本の避難民のための食糧と燃料の大輸送作戦を実行、防衛艦隊と輸送船団を東シナ海へ向けて出航させた。だが、輸送船団の目的地である、国連が密かに貯蔵していた食料と大油田があるクラキョウ国は、コンギスターの占領下に置かれている。しかも通過地点にはコンギスターの大要塞が待ち構えており、周辺から何が飛び出すか分からない。その為、コンギスターの大要塞を叩くため、博士の指令を受けて合身戦隊は出撃する。 脚本：陶山智 演出：安濃高志 作画監督：竹内きよし

コンギスターの円盤軍相手に、激しい戦いを繰り広げるキングダイヤモンド。キングダイヤモンドを沈めれば、メカンダーロボの修理や補給が不可能となる。オズメルは、メデューサに第二波攻撃を命じる。物資の調達が無事終わり、合身戦隊は博士からの緊急連絡を受け、誘導電波に乗ってキングダイヤモンドへ帰還。激しい戦いの中、博士は管制塔のモニターから、地球以外の電波が流れている事に気づき、その電波の発信元を調べる。その結果、防衛艦隊の旗艦「夕霧」に敵スパイが潜入していることが明らかになる。 脚本：陶山智 演出：安濃高志 作画監督：竹内きよし

コンギスターとの戦いで、円盤からの攻撃が直撃し、砂浜に不時着したメカンダー1。機体から投げ出されたジミーを救ったのは、子供たちだった。そして、子供の一人からはハワイから送られた手紙をジミーは受け取る。ハワイのオワフ島がコンギスター軍団の猛攻を受けて壊滅状態に陥っており、人々はハワイ島に逃げ込んだが、オズメルは、火山群を一斉に噴火させて、ハワイ島を沈没させようと企んでいることを知る。 脚本：陶山智 演出：安濃高志 作画監督：竹内きよし

前回の敗北からオズメルは、人口密度が高い東京を一瞬にして壊滅させる作戦に出た。それは、東京で核爆発を引き起こすことである。オズメルは奪い取った発電所の原子炉を搭載したムカデラー2機を東京に出撃させる。博士からムカデラーの知らせを受けた合身戦隊は、すぐに東京へ向かいムカデラーに遭遇する。2機のムカデラーは東京駅で原子炉を起動させて、オメガミサイルで攻撃し、東京を壊滅させる作戦に出ると予測し、合身戦隊は東京駅で待ち伏せする。 脚本：陶山智 演出：新田義方 作画監督：正延宏三

ミカは地球防衛軍総司令部に向かう途中、士官学校時代の親友・リリーに出会う。彼女は、野戦病院に入院している母の為、父・ライアン大佐に帰ってきてほしく、彼が駐留する第27線区の状況を聞いてくれとミカに頼んだ。ミカは総司令部にその件を尋ねるが、第27線区はコンギスターの大群に包囲されていて、通信も途絶えていることから全滅したと判断されているという。ミカはリリーのため第27線区の真実を確認するため、偵察機で無断単独出撃する。娘のミカの身を心配する敷島博士と兄竜介の為に、ジミーと小次郎は実戦訓練と称して、ミカの救援ために出撃する。 脚本：海堂清彦 演出：とみの喜幸(富野由悠季) 作画監督：小国一和(湖川友謙)

メカンダーロボとキングダイヤモンドを叩くための陽動作戦が、オズメルからメデューサに伝えられた。一方、合身戦隊は山本長官から出動依頼が入る。内容はコンギスターの占領地に囲まれて孤立してしまい、食料不足や伝染病で苦しむクレタ島の6万人の救援だ。キングダイヤモンドは、空輸部隊を護衛するために、先行してクレタ島へ向かう。だが、全く攻撃を仕掛けようとしないコンギスター軍に合身戦隊は危機感を抱く。 脚本：陶山智 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

クレタ島での空輸作戦が終わり、キングダイヤモンドは帰路についた。オズメルが狙っていたのは、帰路についたキングダイヤモンドを叩くことだったのだ。だが、キングダイヤモンドは、オズメルの予想を反して逆コースのジブラルタル海峡を通りヨーロッパ方面へ向かった。博士は、コンギスターの狙いがキングダイヤモンドに集中していると予測して、あえてコンギスターに占領されたヨーロッパ方面を通過する事を選んだのだ。しかし、ノルウェー海を北上したところで、コンギスターの円盤編隊に遭遇。合身戦隊はメカンダーマックスで応戦するが、メカ獣・ギアロボットのマジックハンドに捕獲されてしまう。 脚本：陶山智 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

マリアナ諸島に発生した超巨大台風。メカンダープレーンで出撃した合身戦隊は、台風に遭遇し深くまで偵察するが、先行したメカンダー2が、台風からの電撃を直撃されてしまった。幸いメカンダー1のスカイドンキーで、台風から突破口を開き、台風の中に潜んでいた円盤空母を破壊した。これによって台風はコンギスターによるものだと確信した合身戦隊。台風から脱出すると円盤編隊が待ち構えていたが、メカンダーマックスに合体して編隊を全滅させる。そして、超大型台風を生み出すビッグハリケーンは、メカンダーロボの決死の活躍によって、打ち破られる。 脚本：陶山智 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

合身戦隊の活躍を聞いた大西洋艦隊は、敵勢力に包囲された南極ロス氷原からの脱出を決意する。残りの食料も少なく、プルトニウムを大量に所持している事もあり、合身戦隊と防衛軍の救援を信じて、賭けに出たのだ。大西洋艦隊は偽装を解いて、日本へ向かう。依頼を受けた山本長官は、博士に救援の依頼をするが、メカンダーロボは現在修理中で、修理が終わるのに三日はかかる。しかし決戦は明日の可能性が高いのだ。そして、大西洋艦隊はニュードム部隊に遭遇し、激しい攻撃を受ける。合身戦隊は、メカンダーロボの航続距離が、目的地まで届かないため、メカンダーマックス単機で戦いを挑む。 脚本：海堂清彦 演出：正延宏三 作画監督：正延宏三

惑星消滅兵器ムカデックを駆使して、地球を消滅させるブラックホール作戦を考えたユルンガス博士。オズメルは、抵抗を続ける東京のみの消滅を考えており、ユルンガスは、ムカデックに搭載された高性能爆薬を搭載したマグマ列車による富士山の噴火を誘発させることを提案。マグマ列車の影響により、富士火山一帯が同時に噴火。その異変にキングダイヤモンドは、調査に出撃、合身戦隊は出動態勢に入った。激しい戦いの末、キングダイヤモンドが航行不能になるまで傷つけられたが、合身戦隊は勝利をおさめる。 脚本：陶山智 演出：佐藤哲朗 作画監督：村田四郎

前回の戦いで傷ついたキングダイヤモンドは、スタジアム基地で修理を施していた。だが、修理はまだ終わっておらず、合身戦隊はコンギスターの襲来に対して不安定な状態だった。メデューサは、キングダイヤモンドの修理工場を探すため、メカンダーロボや合身戦隊をよく知る男として、山本長官を誘拐する作戦を考える。そして、山本長官はヘリコプターで、防衛が不十分な上信越へ向かっているところを、コンギスター円盤の攻撃によりリコプターは撃墜され、誘拐されてしまう。だが、合身戦隊は長官を捜索中、火山研究所という奇妙な建物を見つけ、中に潜入して山本長官の姿を発見して救助する。 脚本：陶山智 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

新たに強化中のキングダイヤモンド。だが、切り札ともいえるレーザー光線砲の心臓部分を担う硬質ルビーがまだ確保できていなかった。世界中を捜索した結果、ルビーはビルマのナンマイ寺院にあることが分かり、合身戦隊は、そのルビーを受け取るためにメカンダーマックスで出発する。しかし、オズメルはメカンダーマックスの動きを察し、メデューサにメカ獣での総攻撃を命じ、メカンダーマックスを迎え撃つ為に出撃する。 脚本：陶山智 演出：中野健治 作画監督：竹内きよし

オメガミサイルを発射するコギンスター軍団の7基の静止衛星は、接近する物体に対し自動的に攻撃を仕掛ける宇宙要塞で、メカンダーロボ活躍の大きな障害となっていた。この静止衛星を破壊しない限り、メカンダーロボを自在に操作して戦う事は出来ない。さらに、食料や燃料も底が見え始め、地球防衛軍が戦える期間は半年しか残されていないのだ。その前に、反攻作戦を仕掛けないと地球防衛軍は全滅する。そこで山本長官は、防衛軍本部で練った静止衛星の破壊作戦を明らかにする。 脚本：海堂清彦 演出：正延宏三 作画監督：正延宏三

地球防衛軍のキングダイヤモンド基地は、人工芝を張り巡らせた競技場にあるのではないかと、コンギスターの兵士ガーターはメデューサに報告する。さらに彼は東京にある全ての競技場の中から、サイズを計測して5つの競技場を割り出していた。ガーターは、自分が変装してキングダイヤモンドが潜む競技場を探し出し、誘導装置を設置し、その間に完成させた秘密巨大ミサイル基地のミサイルで、叩く計画をオズメルに提案する。 脚本：陶山智 演出：安濃高志 作画監督・キャラクターデザイン：多賀かずひろ

コギンスター軍団の静止衛星が全て破壊されたことで、メカンダーロボにとって脅威となる存在はなくなった。そして、コンギスター軍団の主力部隊は、メカンダーロボによって次々と壊滅状態に追い込まれいく。オズメルは大西洋の部隊を太平洋に総動員して、総力戦を挑む事を考えていたと同時に、ペルシャ湾にメカンダーロボを陥れる罠を仕掛けていた。一方で、物資が不足していた地球防衛軍は、大型輸送タンカー船団で、総反撃作戦に原油を調達していた。だが、輸送中に海底の砂ぼこりに絡みつかれて、船団は全滅してしまう。合身戦隊はタンカー沈没の原因を調査するのと同時に、最後の輸送船団レッドリバーの護衛任務に就く。 脚本：海堂清彦 演出：林政行 作画監督・キャラクターデザイン：二宮常雄

オズメルは新たな作戦を発案する。それは、メカンダーの合身前に攻撃することで、メカンダーマックスを無傷で手に入れる一石二鳥の作戦だ。その頃、何百万人の人々を収容しているシンガポール地球人収容所内では、ハズガ将軍がコンギスターへの反攻作戦を計画していた。やがて諜報部員X3号が、小型高性能無線機を持ってきたことで、地球防衛軍と連絡が取れるようになり、地球防衛軍に救援を求める。だが、それはオズメルが仕組んだ罠でもあった。 脚本：海堂清彦 演出：正延宏三 作画監督：正延宏三