惑星ゾラと呼ばれている地球。太陽がギラつく荒野で気を失っていたジロン・アモスは、ラグ・ラウロ率いる少年盗賊団「サンドラット」に助けられる。大型ウォーカーマシンを相手に苦戦するサンドラットを見かねて、折れた右腕にもかまわずにホバギーを駆るジロン。無茶な行為にあきれるラグに向かって、ジロンは「女には優しくしろ」と父に教わったことを語る。笑い飛ばすブルメを叱りとばしたラグは、興味を持ったジロンを仲間に加えた。 キャリング・カーゴのバザーにやってきたジロンは、ドクター・メディックの診療所で右腕の治療を受ける。治療費は、ラグが素早くちょろまかした。このゾラでは、どんな罪も三日逃げ切ってしまえば赦されるという掟があるのだ。そんな“三日の掟”を当てにして、強力なウォーカーマシンを手に入れようと目論むジロン。ゾラに文化を広める活動に没頭するキャリングの娘エルチを人質にしようとするが、そのナイフ投げの腕の前に失敗してしまう。エルチへの対抗意識を燃やすラグとともに、ジロンは深夜にキャリングのランドシップ“アイアンギアー”に乗り込んだ。まんまと新型ウォーカーマシン“ザブングル”の奪取を成功させたジロンだが、そこへもう１機のザブングルが立ちはだかる。その運転手はなんと、エルチだ。エルチのザブングルの攻撃に、ついにジロンは捕まってしまう。

翌日、エルチに捕まったジロンは、アイアンギアーの一室に監禁されていた。キャリング流の「商売上手のヒケツ」が行われることを知り、取引相手のザイラーにジロンを引き渡すエルチ。キャリングのバザーからの帰り道、ザイラーに襲いかかるウォーカーマシンの一団。指揮するのは、キャリングの配下であるホーラだ。自分が売った商品を、取引相手を襲って奪い返す…それがキャリングお得意の「商売上手のヒケツ」だったのだ。ザイラー一家とともに応戦するジロンだが、落ちてきた岩に当たってしまい、あえなくダウン。その後、ザイラーはホーラに撃ち殺されてしまう。様子を見に来ていたエルチは、期待はずれのジロンの姿に腹を立て、帰ってしまった。 一方、ラグは意地にかけてザブングルを奪おうと、アイアンギアーの不調をついて襲撃する。そこへ駆けつけたジロンは、ついにザブングルを手に入れる。だが、ホーラのプロメウスが追いすがってきた。なんとかザブングルを変形させ、ホーラと互角に渡り合うジロン。プロメウスは豊富な火器で襲いかかるが、ザブングルにライフルを拾わせたジロンは、プロメウスの右腕を撃ち抜く！　駆けつけたブレーカーたちの追撃も振り切り、ジロンはザブングルを荒野へ向かわせる。 かくして、ザブングルを正式に自分のものとするべく、ジロンの三日限りの逃避行がはじまった。

ザブングルを奪われたキャリング一家。ブレーカーをまとめるホーラは、キャリング・カーゴにかけあい、賞金を出すように説得した。その甲斐あって、ブレーカーたちの士気も高まっていく。 一方、荒野を逃げるジロンたちは、追っ手を迎え撃つべく陣取りをすると、ラグたちはガソリンと弾薬を奪うため、アイアンギアーへとおもむいた。そこでエルチの船出に遭遇したラグは、混乱に乗じてガソリンや弾薬の奪取に成功する。 その頃、ホーラたちブレーカーに襲われたジロンたちの戦いは膠着状態におちいっていた。決して傷つけることを許されないイノセントのドームを、ジロンが後ろ盾としたからだ。卑怯なジロンの策に怒りつつ、事態を打開するため、チルをさらうホーラ。チルの身柄をザブングルと交換しようというのだ。チル救出作戦に失敗したジロンたちは最後の賭けに出る。交換が終了すると同時に、攻撃をしかけようというのだ。 だが、そこへ意外な加勢が現れた。アイアンギアーから船出したはずのエルチが、ジロンに手を貸したのだ。エルチの力を借りて、ジロンたちはチルを救出することに成功！　しかし、そこへ高みの見物を決め込んでいたティンプが現れた。ジロンはこの男こそ、両親の仇と戦いを挑む。

ジロンとサンドラット一行は、エルチとともに洞窟の中に落ち着き、体を休めていた。そこでジロンはティンプとの因縁を語り出した。だが、一週間前に殺された両親の仇討ちを目論んでいるというジロンの話に、全員が笑い転げてしまう。惑星ゾラには三日限りの掟がある以上、三日で目的を果たせなかったジロンの方が悪いのだ。現にジロンも、掟を当てにして、ザブングルを手に入れようとしている。ラグたちの非難を納得できず、ひとり洞窟を出ていくジロン。 一方、交易商人のグロッキーは、ティンプからキャリングのなわばりを手に入れる計画を吹き込まれていた。ホワイト・キャニオンにあがった煙を目印に進む、ジロン、サンドラット、キャリング一行、そしてグロッキー一家。 ついにティンプを見つけたジロンは、ウォーカーマシンで戦いを挑む。しかし、キャリングの指図でジロンとティンプは一対一の生身の決闘をすることになってしまう。そこにティンプの目論み通りにグロッキー一家が割って入ったため、混戦状態。サンダーアースの弾丸がアイアンギアーに命中し、その弾みでキャリングは転落死してしまう。父親の死を目の当たりにしたエルチの怒りが爆発、グロッキー一家は撃退された。悲しむエルチのそばで、あらためて一同に自分勝手を非難されるが、ジロンにはどうしても納得できなかった。

グロッキー一家の姿を求めて、偵察に出ていたジロンがアイアンギアーに戻ると、そこではキャリング・カーゴの葬儀が文化的に行われていた。 葬儀の席上、父親の仇討ちの意志のないエルチと、キャリングの仇を討ってエルチと運び屋の手形を我が物にしようと企むホーラとの間で言い争いが始まってしまう。結婚をあくまで嫌がるエルチに銃を突きつけ、一家のボスの名乗りを上げるホーラに、反発するジロン。二人は互いのウォーカーマシンに乗り込んで勝負するが、軍配はジロンに上がり、ホーラはアイアンギアーを去ることになる。 その夜、ティンプにそそのかされたグロッキー一家が、眠りについたアイアンギアーを包囲してきた。だが、ティンプは威嚇射撃でアイアンギアーのクルーを起こしてしまう。ティンプの真の目的はグロッキーを勝利させることではなく、両者の共倒れだったのだ。この危機にエルチはアイアンギアーを巨大ウォーカーマシンに変形させる。百メートルを超える巨体の攻撃に恐れをなし、逃げ出していくグロッキー一家。イノセントはキャリング一家に新式のマシンを与えすぎた…とつぶやくティンプ。 戦い終わって、コトセットはジロンたちの働きを厳しく査定する。うやむやのうちに、ジロンたちはホーラに代わる戦力として雇われたことになっていたのである。

ブルメたちサンドラットのメンバーはアイアンギアーを守るため、ジロンからウォーカーマシンの運転方法を教わっていた。そんな中、ラグはブリッジでエルチに食ってかかる。艦長としての義務を引き受けようともせず、ひとり文化に感化されているエルチが気にくわないのだ。 アイアンギアーを追うグロッキー一家は、サンダーアースの修理に手間取っていたが、強気のティンプにそそのかされて、追撃を開始。霧の谷にアイアンギアーを誘い込んでランドシップを奪う作戦を立てた。 グロッキーの襲撃に対し、艦長エルチはアイアンギアーを霧の谷へ突入させる。マシンをやられたラグを追って、ジロンも霧の谷へと追っていった。グロッキーはアイアンギアーを奪うために自らウォーカーマシンに乗り込むが、土壇場で裏切ったティンプがサンダーアースに火をつけた。アイアンギアーに体当たりさせ、共倒れさせようというのだ。あ然とするグロッキーを巻き込んで、アースサンダーは爆発炎上。だが、アイアンギアーはかろうじてその危機を乗り切った。 からくも霧の谷を抜けたジロンたち。しかし、ティンプは謎のイノセントから指令を受け取っていた。それはジロンたちの抹殺命令であった……。

ティンプは新たな運び屋、ギャブレット・ギャブレイと手を結んだ。話に乗ったギャブレットは、トラントラン族を利用しようと考える。 緑の楽園と呼ばれる緑地帯に入ったジロンたちは、そこでホッター老人と出会う。今は亡き家族が掘り集めたブルーストーンを、他人に取られまいとホッターは必死に守っていたのだ。だが、トラントラン族に急襲され、ホッターのブルーストーンが奪われてしまう。取り戻しに行くというジロンたちの言葉を信じずに、ひとりセンドビードで出ていくホッター。 だが、トラントランの集落にたどりついたホッターは、ブルーストーンはザブングルが持っているという族長チムニーの言葉に騙されてしまう。 ホッターはラグのザブングルを攻撃するが、トラントランの集落から脱出したジロンたちに真実を聞かされる。怒ったホッターは、執念でダムの壁面にとりつくとマシンを爆破させる。決壊したダムの水は、トラントランの集落を押し流した。 ブルーストーンのあるところに緑はないというイノセントの言葉を、かつてジロンたちも信じていた。しかし、それは偽りの伝説であった。なぜイノセントは誤った伝説を流布していたのか。その謎を残して、ホッターは死んでいった。

バザーの予定地、イエローヒル・タウンに着いたアイアンギアー。だがすでに交易商人ビッグマンの手下ギャブレットがこの町でバザーを開き、待ち伏せをしていた。キャリングの死後、名義変更届をイノセントに提出しなければ、手形は無効と主張するギャブレット。エルチは書斎にこもって、イノセントとの契約書を調べかかった。 ギャブレイはあの手この手でアイアンギアーを陥れる策を講じるが、ことごとく失敗。逆に手下を捕まえられ、すべてギャブレットの差し金と白状させられてしまう。ギャブレットはランドシップ・パープルキャットで強硬手段に出るが、カーゴ一家の反撃は手強く、これも敗退。 ギャブレットが退散した後、エルチは契約書を読み終えるが、すべてが曖昧な言葉で記されており、はっきりしたことはわからなかった。それはまるで、わざと戦いを起こさせるためのものであるように、エルチには思われるのであった……。

ジロンたちはひょんなことから、孤児のマリアをチンピラから助けることになる。誰とも争わず、畑を耕して孤児を育てるマリアは、完璧な平和主義者だ。マリアをかばってチンピラと喧嘩するジロンを見てさえ、マリアは悲しんでしまう。そんなマリアの出現が、エルチとラグには面白くなかった。 一方、失敗続きのギャブレットは、ボスのビッグマンにカーゴ一家を必ず討ち取ると約束する。さっそくギャブレットは手下にマリアの農園を襲わせる。応戦するジロンたちに、戦わないよう説くマリア。ついに孤児たちを人質にとられ、ジロンたちとマリアは捕まってしまう。 一方、アイアンギアーの燃料補給の最中だったエルチは、ジロンたちがギャブレットに捕まったことを知り、補給を中止して反撃を開始する。マリアの説得も虚しく、ギャブレットはジロンたちを処刑しようとする。そこへガルロたちのザブングルと、変形したアイアンギアーが駆けつけた。危機を逃れたジロンもザブングルに乗り込む。追いつめられたギャブレットは、すべてお前のせいとマリアに素手でつかみかかる。恐怖のあまり、思わず岩でギャブレットを殴ってしまうマリア。戦い終わって、マリアは自分の誤りを詫びて髪の毛を切り、ジロンたちを見送るのだった。

エルチはビッグマンとの戦いに備えて、新たにブレーカーを雇った。だが、その中にはギャブレットの手下ショッターが紛れ込んでいた。アイアンギアーのブリッジはショッターたちに占領されてしまう。ジロンとチル、踊り子、そして助け出されたエルチたちは銃火をくぐり抜けて、ブルーストーンを保管する金庫部屋に立てこもる。 　パープルベアーからアイアンギアーに乗り込んだギャブレットとティンプは、捕虜と交換にエルチたちを捕まえようとする。だが、捕虜ひとりにつき1ギニオンスのブルーストーンなら交換するとの返事を聞き、ショッターは欲に目がくらんでしまう。本来の雇い主を裏切り、ギャブレットともども人質をジロンたちに引き渡してしまうショッター。 　ティンプの合図でビッグマンが迫り、ブレーカーたちの脱出がはじまるさなか、ギャブレットはジロンたちのスキをついて逃げ出した。だが、ティンプはすでにギャブレットを見捨てていた。ビッグマンは総攻撃を開始。カーゴ一家も全力で反撃する。そんな戦いの中、ギャブレットは無念の最期を遂げるのだった。

ビッグマンとの戦いの中、ティンプを見つけたジロンは、単身その後を追っていた。砂嵐吹き荒れる荒野を進むガバメントを目指して、しつこく追い続けるザブングル。ティンプの様々な妨害を乗り越えて、ジロンは石油の中継町へと誘い込まれた。 一方、ジロンを探してヒステリー気味のエルチを横目に、ラグたちはローバーやスキッパーで捜索に出る。また、けが人の手当にビッグマンから駆り出されたメディック医師は、ビッグマンにジロンとティンプの因縁を語る。その話を聞いたビッグマンは、イノセントのたくらみを確信するのだった。 ゴーストタウンを舞台に、ジロンとティンプの追い駆けっこは続く。策を講じたティンプのリモコン・ガバメントがザブングルを締め上げる。必死にガバメントを振り払うジロンだが、ガソリンタンクが大爆発。その爆発からもかろうじて脱出したジロンは、さらにティンプを追いつめる。だが、ティンプの行く先に見つけたのは、イノセントの上納ポイント。アイアンギアーが目指すポイントＰの姿であった……。

上納ポイントへ向かうアイアンギアーは、途中、死の谷の入り口でビッグマン一家の待ち伏せに合う。アイアンギアーの前後を挟まれて絶体絶命のピンチとなるが、颯爽と現れたジロンのザブングルに救われる。しかも、イノセントの聖域に近づいたことで、ビッグマンは退散していった。 ポイントＰに入港したジロンたちは、殺菌通路を通ってドームの中へ訪れる。久々に見る文化的なドームの景観に感動するエルチ。そして、初めて見る光景に圧倒されるジロンたち。 翌日、掟を破ってイノセント居住区をのぞき見たジロンは、そこでティンプの姿を見つける。一方、エルチたちは名義変更の契約義務に違反したと言われ、上納を拒否されたあげく、イノセントに逮捕されてしまう。逮捕の知らせを聞いて暴れるジロンであったが、イノセントの一級司政官ビエルが仲裁に入る。彼の計らいで、名義変更は無事に完了。エルチは感激して、ビエルに憧れる。だが、イノセントとティンプのつながりを疑うジロンは、釈然としないものを感じていた。そんなジロンの気持ちも晴れぬまま、アイアンギアーは上納ポイントを後にするのだった。

Ｐポイントで出会った一級司政官ビエルのことで、エルチの心はいっぱいだった。エルチは全員を野宿させ、彼らが寝静まった頃を見計らって、ひとりアイアンギアーをＰポイントに向けてしまう。だが、そこを再びビッグマンの艦隊が取り囲む。 ビッグマンの猛攻に、アイアンギアーは大苦戦。活路を開くにはイノセントから受け取った新兵器、ポタン砲を使うしかない。だが、驚くべきことに、そのポタン砲はアイアンギアー、ビッグマンと双方に渡されていたのだ。ザブングルの撃ったポタン砲に倒れるビッグマン。彼は、自分がイノセントに操られていたのかもしれないと語り、こと切れる。 エルチはことの真相を確かめようと、聖域にひとり立ち入っていく。だが、聖域はブルーストーン無しで立ち入ると、例外なく殺人光線で排除される禁忌の地。イノセントへの疑惑を晴らそうと、エルチを追うジロンの前にまたもティンプが立ちはだかる。ビエルとの面会を求めるエルチを、ジロンは殺人光線から救う。 そして、彼らはイノセントの交易ポイントから打ち上げられる輝き。“光の昇天”を間近に目撃するのだった。

光の昇天が、自分のために打ち上げられたと信じ、感激するエルチ。彼女を無事アイアンギアーに連れ戻したジロンは、ティンプがイノセントに雇われた仕掛け人であると確信する。 パトロールと称してザブングルをフル装備させ、ティンプのいる聖域へとひとり向かうジロン。一級司政官のビエルは、ティンプにジロンの始末を命令する。 原生林でジロンを迎え撃つティンプだが、ジロンのしぶとさを前に水中観測用のパイプからドームの居住区へと逃げ込んでいく。ジロンの猛攻に狼狽するティンプとドワスは、ビエルに援軍を要請。 一方、ジロンがひとりでドームへ向かったことを知ったエルチは、アイアンギアーを聖域へと向かわせる。 ティンプを追い続けるジロンは、パトロール隊のホバーへリを奪うと、ついにティンプを機銃掃射で捉えた。ティンプの死んだふりにも気づかず、仇を討ったと感激するジロン。その後、戦いを生むイノセントが憎いとドームの動力炉を破壊して、ジロンは脱出する。その混乱に紛れ、ティンプも姿を消していく。アイアンギアーに戻ったジロンは、目的を果たした安堵からか高熱を発して倒れてしまう。

ジロンがイノセントの聖域を荒らしたため、アイアンギアーは運び屋やブレーカーたちに目の仇にされていた。そのため、アイアンギアーを降りるよう、エルチはジロンに命じる。いまだにアイアンギアーを手に入れることを諦めていないラグたちサンドラットメンバーに別れを告げ、ジロンは艦を降りようとする。だが、そこへホーラとゲラバたちが襲撃してきた。 アイアンギアーは敵を振り切ろうと泥の海マッドシーに入るが、それこそホーラたちの狙いであった。マッドシーに入ったアイアンギアーに、異形の姿の謎の一団が襲いかかる。彼らはマッドシーに住む柔和な海洋民族、ハナワン族であった。ハナワン族は太陽光線が苦手なことから、ジロンの機転で彼らを追い払うことに成功した。 そして、イノセントから大型ランドシップ、ダブルスケールを与えられたホーラは、アイアンギアーを窮地に陥れる。エルチに命と引き替えに結婚を迫るホーラ。だが、倒したと思いこんでいたジロンの反撃に合い、ホーラはあえなく撤退するのだった。

アイアンギアーはマッドシーで立ち往生し、エルチも二日酔いでダウンしていた。イノセントのお尋ね者となったジロンは、責任を感じてアイアンギアーを降りることを決意する。しかし、アイアンギアーを下りた直後にハナワン族に捕まってしまう。 ハナワン族は、自分たちの聖地をカーゴ一家が知っていると、ホーラに思いこまされていた。そのため、彼らがアイアンギアーに襲いかかってきたのだった。ハナワン族の長であるゲンナはホーラの言葉を信じ、穏和な一族に戦いを強いていたのである。 ゲンナと決闘することになってしまうジロン。だが、ゲンナの許嫁であるムーナのおかげで、ジロンはアクアカヌーに乗り込んだ。ハナワン族の洞窟から、ジロンは脱出に成功する。その一方で、ハナワン族の再興に燃えるゲンナは、一族を率いてアイアンギアー攻撃に出撃した。 なんとか戻ってきたジロンを迎えたアイアンギアーは、ザブングル２機で応戦。ハナワン族の攻撃に苦戦しつつも、ホーラのボートを奪って、ジロンはハナワン族を追い散らすのだった。

アイアンギアーはマッドシーの浅瀬に座礁し、身動きが取れずにいた。このチャンスを逃すまいと、ホーラとゲンナたちは総攻撃の準備に取りかかる。ゲンナの出撃をなんとしても止めたいと考えるムーナは、アイアンギアーへ忍び込む。そこで再会したジロンの優しさに触れ、彼らは敵ではないと確信するムーナ。 愛するゲンナのために、単身、敵の艦に乗り込んできたムーナの行動に感動したプロポピエフは、ジロンの頼みで芝居の筋書きを書くことにする。不毛な戦いを終わらせるため、一芝居うってゲンナをおびき出そうと言うのだ。 ブリッジに縛られたムーナを、悪の魔王コトセットが鞭で打ち据える。その姿を見たゲンナは、攻撃を中止してムーナの救出にやって来た。アイアンギアーへやって来たゲンナを、必死に説得するムーナたち。ジロンの説得についにゲンナが心を開いたそのとき、約束の時間を破ったホーラの攻撃が始まった。ホーラの裏切りに、騙されていたことに気づいたハナワン族は撤退していく。カーゴ一家とホーラたちの戦いが始まるが、ジロンたちのピンチを救ったのは、ゲンナたちハナワン族だった。 やがて、マッドシーから旅立っていくアイアンギアーをゲンナとムーナたちは心穏やかに見送るのだった。

無事にマッドシーから脱したアイアンギアーは、次なる大陸を目指していた。だが、そこで出会った閉鎖的な村人たちは、アイアンギアーにガソリンを売ろうとしない。村人に手を回したのは、誰か？　討議するジロンとコトセットにすっかり無視され、おかんむりのエルチは家出してしまう。 エルチはひとり、夜の原生林を走るが、オオカミに襲われ、ホーラの部下に発見され、絶体絶命のピンチをエル・コンドルと名乗る青年に助けてられる。 文化的な青年エルに引かれるエルチは、遺跡へと案内され、過去の物語を聞く。昔、エルの父がイノセントに戦いを挑んだことで、村は見捨てられてしまったのだという。コンドル家の生き残りに、村人は深い恨みを抱いていた。 一方、ジロンたちはホーラと一戦を交えていたが、ザブングルがガソリン切れで動かせずに大ピンチ。ついにジロンたちはホーラに捕まってしまう。ホーラはジロンのいないアイアンギアーを、ガソリンをエサにおびき寄せようとする。だが、ホーラの艦に駆けつけたエルチの助けで、ジロンは脱出に成功。エルの助けもあり、ホーラは撤退していった。しかし、エルチはアイアンギアーに戻ろうとはせず、エルとふたりでいずこかへと去っていくのだった。

エルとともに去ったエルチを、迎えに行くジロン。その途上で、ウォーカータンカーが襲われている煙を発見する。ガソリンほしさにタンカーを救出に行くが、残念ながらタンクはすでに空。しかし、ホーラが村に仕返しをすべく人を集めていると運転手に聞かされ、ジロンはエルチたちのもとへと急ぐ。 ところが、遺跡のそばで山火事がおき、エルとジロンは別々に消火に向かうが、そこは湿地帯。ザブングルは沼にはまりこんでしまう。山火事はザブングルをおびき出す罠だったのだ。その頃、アイアンギアーでは、助け出したタンカーの運転手が大暴れ。すべてはホーラの策で、エルを叩いてしまおうという作戦だった。 エルのオットリッチに助けられたジロンとエルチは、ともにアイアンギアーへ行こうと誘うのだが、エルはホーラに一騎打ちを挑む。 だが、力不足のエルでは、ホーラにはかなわない。オットリッチのコクピットがホーラ機が放った銃弾に撃ち抜かれ、エルはエルチの眼前で散ってしまう。悲しみに暮れるエルチを慰めるジロン。空を飛ぶコンドルを指さしたジロンは、あれがエルの生まれ変わりだと優しく語る。そんなジロンとエルチの姿を、ラグは複雑な心境で見守るのだった。

エルチを慰めるジロンの姿に腹をたて、今度はラグが船出をした。荒野を走るラグのホバギーはランドシップ、バッファローに追い立てられ、森の中へと逃げ込んでいく。だが、そこでモリヒルの毒に冒され、意識を失ってしまうラグ。ラグを仲間だと言い切ったジロンは、エルチの反対を押し切って捜索に出るのだが、ラグの姿を見つけることはできなかった。 その頃、アコンに助けられたラグは、モリヒルの毒を抜くためヨモギ風呂に入れられていた。目覚めたラグはアコンの浮かれぶりになごむのだが、同時に彼がホーラの手下であることを知ってしまう。しかも、アイアンギアーがたどっていくコースから、自分が見捨てられたと思いこむのだった。 森の西側でアイアンギアーを待ち伏せしていたアコンは、ラグにいいところを見せようと張り切って攻撃を開始する。戦力不足を見かねたエルチが自らザブングルで出るが、不利は否めず、ついにアイアンギアーが被弾した。だが、危機一髪でジロンが合流し、ホーラたちを蹴散らした。しかし、ラグはエルチの「ラグはほっといて」という言葉にショックを受け、そのまま撤退するアコンについていってしまう。バッファローのブリッジでアコンのケガの手当をするラグ。その胸中は複雑に乱れていた……。