モトクロッサー志望の青年ショウ・ザマは、その夜、ハイウェイを疾走していたところ仲間たちの目の前で突然消失してしまった。気が付くとそこは見も知らぬ土地。中世を思わせる城の中庭で、騎士たちに囲まれてしまう。彼は上級フェラリオ(妖精)のシルキー・マウに召還され、“オーラロード”を通って、海と陸の間にある異世界“バイストン・ウェル”に呼び込まれたのだ。ショウは同じ日に召還されたトッド・ギネス、トカマク・ロプスキーと共に、アの国の地方領主ドレイク・ルフトのもと、彼の館“ラース・ワウ”で、巨大人型兵器“オーラ・バトラー”を操る“聖戦士”として歓迎される。だが彼ら“地上人”を警戒する者たちもいた。歓迎式の夜、寝室に侵入してきたミ・フェラリオのチャム・ファウ、そしてオーラ・バトラー・ダンバインでの試験飛行中のショウに、オーラ・バトラー“ダーナ・オシー”で突如攻撃を仕掛けてきた地上人のマーベル・フローズンたちだ。「ドレイクに手を貸すな」と言う彼女たち。バイストン・ウェルの真の状況が理解できないショウは混乱するばかりだった。

トッドに館を出るよう説得するドレイクの娘、リムル・ルフト。彼女は父がバイストン・ウェルの支配を企んでいると知り、阻止をしたいと考えていた。そんな彼女が恋焦がれる相手、ニー・ギブンは、ドレイクと同じくアの国の地方領主であるロムン・ギブンの息子であり、地上人マーベルを仲間にドレイクの野望を阻止しようとする唯一の存在だった。 そのギブン家がドレイク側を居城に招いた。が、ロムンの本心を疑うドレイクは、一級騎士のバーン・バニングスと彼の騎士隊を遣いに出す。この世界の情勢を知りたいショウはバーンに随行し、バーンとロムンとの会見に立ち会った。 会見は一見友好的に進むが、ドレイクの野望の証拠を聞き出そうとするロムンの意図を察知したバーンは、ドレイク謀反の証拠を握り国王フラオンの下に向かうロムンの妻を謀殺、ロムンの館に夜襲をかける。燃え上がるロムンの館。ギブン家はその拠点を失い、離散してしまう……。

ニー・ギブンたちは、ドレイクの陰謀でアの国にあだなす逆賊の汚名をかけられようとしていた。 一方、先の奇襲を目撃し「ドレイクに味方していいのか?」と自分の立場に疑問を抱き始めたショウは、城の中で唯一、密かにドレイクと対立する意見を持つリムルの部屋を訪れた。ドレイクの陰謀と、自分が地上に戻るには、フェラリオ、シルキーの手助けが必要であること、そしてリムルが敵対勢力であるギブン家の息子ニーを慕っていることを知るショウ。リムルとの話はバーンによって中断させられてしまうが、これがショウの意思を決定付ける。 ニーを助けて欲しい、ニーのところに連れて行って欲しいとリムルに訴えられたショウは、バーンたちがロムンの隠し工場に攻撃を仕掛けた混乱に乗じて、リムルを城から連れ出す。だがギブン家の領地へ逃走するところをドレイク軍の女戦士ガラリアに発見され、バーンとの激戦の末、ダンバインの手に乗せていたリムルを、ボンレスの森に落としてしまう。

ボンレスの森に落下したリムルは、吸血獣ボンレスに追われながらも、必死にニーを探し彷徨っていた。 一方、戦闘でダーナ・オシーを破損しボンレスの森に落下したマーベルと接触したショウは、彼女からドレイクの野望を教えられて己の判断に確信を得る。マーベルの案内でニーたちに合流したショウは、リムルを見失ったことを伝えた。ショウを敵として認識していたニーたちは半信半疑ながらも、ショウを伴いリムル捜索に向かう。だが、同じくリムル奪還のために出陣したバーンやガラリアたちと遭遇。たちまち激しい戦闘となる。 ショウのダンバインを発見したリムルは、なんとか彼らと合流しようとするが、今一歩のところでバーンに連れ戻されてしまう。

ニーたちに仲間として迎えられたショウは、移動拠点となるオーラシップ・ゼラーナで共に戦うことになった。しかしニーはリムルを助けられなかったことから、一同を指揮する立場にありながら、平常心を保てず何かと荒れた言動を見せる。そんなニーに対して不満を募らせたキーンは、グライ・ウイング、シュットで飛び出してしまった。そこへ飛行怪獣ギャラウーが現れ、キーンを恰好の獲物と狙う。ショウは急ぎウイング・キャリバー、フォウでキーン救助に向かうが、一歩及ばずキーンは墜落。フォウ初めての操縦にも関わらずギャラウーを撃退したショウは、キーンを探し出しゼラーナに運び込むが、怪我がひどい。山奥に住んでいた医者によってなんとか一命をとりとめるキーン。だが、傷が癒えるまで、その場に残されることとなってしまう。

ロムン・ギブンたちは、調達したダンバインの武器と弾薬を届けるため、ニーたちとの合流地点である月の森へと向かっていた。しかし彼らをドレイクの手下、ニグ・ロウの追手が追撃する。 一方、月の森をめざしていたゼラーナの艦内はすっかり落ち着きを取り戻し、ショウはマーベルに聖戦士として期待されていることを告げられ、自分は彼女を好きになりたいと告白する。 その頃、手柄を焦り、ショウへの屈辱を晴らしたいガラリアは、バーンの許しを得てトッドと共に出陣。ガロウ・ランを振り切ろうと迷路の谷に踏み込んだロムン抹殺に向かう。 ショウは一歩早くシュットで急行しロムンと合流するが、報告のために一度ゼラーナに帰還、ダンバインで取って返す。月の森でロムンを攻撃していたガラリアとトッドを相手に善戦するが、健闘も虚しくロムンが討たれてしまう。ロムンはニーに「ドレイクはミの国を攻めるつもりだ」と告げ、後を託してその生に幕を下ろす。

ニーはリムルを助けるために、農民に変装し志願兵として、単身ドレイクの居城ラース・ワウに潜入した。暗躍するドレイクは「ギブン家がミの国と結託し、アの国を攻めようとしている」との偽文書をアの国の国王フラオン・エルフに上申。政に熱心ではないフラオン王を騙し、ギブン家とミの国を攻撃する許しを得ようとする。 勢力を拡大していくドレイクに対し、一族を守りたいキーンの父キブツ・キッスは、キーンの反対を跳ね除けドレイク軍への参加を決定。怪我が治り、家に戻ったばかりのキーンは失意のままゼラーナに戻った。 一方、ドレイクの城に潜入したニーは、ドレイクの横暴に憎しみを感じつつリムル救出に走る。リムルと接触し、脱出を試みるニー。しかし今一歩のところでリムルは奪い返され、ニーは怒りを抱いたまま盗んだドラムロで退路を切り開く。ショウとマーベルの助けで逃れたニーだが、リムルに拘るあまり自分勝手な行動をとったことに対してショウに叱責される……。

フラオン王からの戦争のお墨付きを得て、着々と戦力を整えるドレイク軍。 一方、それぞれの苦悩を抱えたままのゼラーナは互いの感情をぶつけあい、隊としてのまとまりを失いつつあった。リムル奪還に失敗したニーは戦いに専念すると宣言したものの、ショウはリムル奪還に対しても戦いに対しても中途半端なニーが許せないと反論。独断でゼラーナを降り、シルキーとリムルを救出するために再びラース・ワウへの侵入を試みる。そこで、ドレイク軍がミの国への侵攻を始めたと聞いたショウは、手薄になった今こそ救出のチャンスであることをガロウ・ランのホン・ワンを通じニーに伝える。ゼラーナの動きを察知した残留部隊のガラリアとトッドが出撃、呼応してショウはダンバインで出撃し、ニーはリムル救出のために城へ侵入。激戦の中、リムルとシルキーの救出に成功したかと思われたが、あと一歩のところで、リムルを母ルーザに捕らえられ、ショウたちは撤退を余儀なくされた。

強大になりつつあるドレイク軍に対抗するためにも、フェラリオの協力を得ようというショウの提案で、ゼラーナはエ・フェラリオの住む世界“水の国”をめざした。しかしようやく辿り着いた水の国で、エ・フェラリオの指導者ジャコバ・アオンから拒否、更に怒りを買い、ジャコバの凄まじいパワーで追い出されてしまった。その際に一同は、空間の狭間でマーベルの故郷であるダラスの街を垣間見る。 結局は協力を得られず、ドレイク軍のミの国侵攻に一歩遅れを取った形となったゼラーナは、ドレイク軍に蹂躙された村を見てやるせない思いをかみ締める。特にキーンは、自分の父がこの非道に加担したことを大いに悲しんだ。村人を苦しめる残存兵士を蹴散らそうと出撃するショウとマーベル。そこへ、本体に合流しようと先を急いでいたガラリアとトッドが接触。両者は戦闘に突入する。ショウはこれまでにない疲労感に襲われるものの、どうにか敵を撃退。一同はミの国へと向かうのだった。

ドレイク軍の残存兵力に今もって苦しめられている村々。ゼラーナは村人を保護しつつ、ミの国へと向かう。 一方、キーンの父キブツを部下に組み込んだバーンは、自分の隊を温存させるため、ミの国攻略にキブツの隊を抜擢。キブツはそれに応え、砦の陥落を成功させた。 ドレイクに手を貸す父の真意が測りきれないキーンは、父にそのことを問い正すためショウやチャムと共にゼラーナを降り、キブツの駐屯地へと潜入するのだった。森に潜み、キブツに接触するキーンたち。キーンはそこで父が一族のためにドレイク軍に志願したことを知り、親子の縁を切られてしまう。だがその接触がバーンに察知されたことで、キブツはゼラーナ攻撃を命じられてしまった。割り切って戦いに挑むキブツを、キーンは説得しようと単身シュットで飛び出す。だがそれが仇となり、キーンのピンチを救おうとしたショウは不可抗力ながらもキブツをダンバインで撃墜してしまう。ショウは自分の軽率さを呪い、キーンは悲嘆にくれる。

ミの国のピネガン・ハンム王がゼラーナを受け入れた。ピネガン王はドレイクの横暴に気付き、ゼラーナが自分たちを助けてくれていたことも知っていたため、快く城内に招き入れたのだ。義に篤い王は、ドレイクが侵攻してくると知りつつ、重臣ショタン・コシュの進言を受け入れ、彼を和平交渉の使者としてドレイク軍の元に送る。だがドレイクはショタンを惨殺。その遺体をショウたちのいるキロン城まで送り届けて挑発に出る。 交渉は決裂、ついにドレイク軍はキロン城に総攻撃を開始した。出撃するショウたちゼラーナ隊。そしてピネガン王も自ら前線に立つが、増大していたドレイク軍に圧倒され戦死。ピネガン城も陥落してしまう。残された王女エレ・ハンムと王妃パットフット・ハンムは、かつて親子の縁を切られた父、ラウ国王フォイゾン・ゴウを頼り、ゼラーナと共にと旅立った。

ラウの国のタータラ城に入城したゼラーナは、国王フォイゾン・ゴウに歓迎されて共にドレイクとの戦いを誓い合う。しかしピネガン王と駆け落ちした王女パットフットと、高い霊力を持つその娘エレに対しては冷たく接するのだった。 一方ドレイク軍は、フォイゾン王の全面的な支援を受けたゼラーナを警戒してトッドとガラリアを出撃させる。 ダンバインを作った技術者のドルプルたちがタータラ城に合流。機械の館で独自にオーラ・バトラーを開発していた城の技術者に自分たちのノウハウを伝え、技術の進歩を図ろうとしていた。そこへ奇襲をかけて来るトッドとガラリア。ゼラーナ、ダンバインが出撃し、フォイゾン王も自らオーラ・バトラー・ボゾンに搭乗し戦線に参加、辛くもトッドらを撤退させる。この一戦でフォイゾンはドレイクの脅威を実感、霊力を高めるために山にこもると決心したエレと、それを承諾したパットフットの出発を、自室からそっと見送るのだった。

なかなか戦果を上げられないトッドとガラリア。ドレイクは、新たな地上人をバイストン・ウェルに召還することを決め、リムルの反対も無視してシルキーにオーラロードを開かせる。呼び込まれたのは、ジェリル・クチビ、アレン・ブレディ、フェイ・チェンカの３人。様子を盗み見ていたトッドは、空軍士官候補生時代の先輩アレンが居ることに愕然とする。突然のライバル出現に焦る彼は、新鋭機ビランビーに乗るガラリアと共に、ドラムロでタータラ城に襲い掛かった。普段と違う気迫のトッドに、出撃したショウも苦戦。仲間達の支援を受け、なんとか危機を脱したダンバインの前に、ガラリアは敗走。トッドは地表に落下する。そんな彼を救ったのは、惨めな身なりの謎の女性だった……。

ドレイクのアの国侵攻を察知したフォイゾン王は、ゼラーナにフラオン王を助けるよう要請、その往路、リの国へ親書を届けてくれるよう依頼する。しかしリの国には既にドレイクからの協力要請が届いており、どちらにつくかは国王次第だと言う。 一方、ショットはリムルの音楽教師だったミュージィ・ポーを戦士に仕立て、ガラリアにはオーラ・バトラー・バストールを与える。着々と侵攻の準備を整えるドレイク軍は、ついにアの国のエルフ城侵攻を開始。そのことをリの国の兵士から伝え聞いたショウたちは、エルフ城へと急行する。しかし当のフラオン王がドレイクの侵攻を信じなかったばかりに、エルフ城は瞬く間にオーラ・バトラー隊に取り囲まれる。駆けつけたゼラーナがなんとかドレイク軍の第一波を退けた頃には、旧式なオーラ・バトラーや兵器しか持たないエルフ城は多大なダメージを受けてしまっていた。

フラオン王から、城に入って防衛に参加せよとの伝令がゼラーナに来た。しかしニーは、夜闇にまぎれてドレイク軍の本陣に奇襲をかけることを提案。遣いに参上した重臣たちもその作戦に賛同し、ニーからの援軍要請を快諾する。しかしフラオン王は自分の意にそぐわない提案に難色を示し、援軍を充てにしていたニーたちは夜襲に失敗してしまう。 ゼラーナが消耗している今がチャンスだと判断したバーンは、その補給がまだ終わらない明け方にエルフ城攻撃をドレイクに進言。第二次攻撃を開始した。ニーたちの想いを知るからこそ、フラオン王にドレイク軍本陣への攻撃を進言する重臣たち。だがフラオン王はこれまでと同様、自らのわがままで進言を蹴る。 フラオン王の無能さに怒りさえ感じつつ、大儀のために前線で戦い続けていたショウたち。だが、ドレイク軍の圧倒的な戦力を前に撤退を余儀なくされてしまう。

度重なる失敗に、ドレイクはバーンを更迭、一兵卒に堕とす。いよいよ自分に運が回ってきたとほくそ笑むガラリアは、兵と共にエルフ城攻撃に向かった。 エルフ城にフォイゾン王からの援軍が到着。ドレイク軍との戦闘が再開される。 ドレイク軍で指揮を執るのはショット・ウェポン。ジェリルたち新たな地上人も加わり、攻防戦が激化するエルフ城。バストールのオーラ増幅器でパワーアップしたガラリアから、経験のないプレッシャーを感じ取るショウ。無意識に肥大化する二人のオーラ力によって、ダンバインとバストールは戦場から消失してしまう。 気が付くとショウは地上世界の自宅にいた。ようやく戻ってきた地上界だが、異型のロボットから降りてきたショウを、両親は息子だと認めようとせず、小競り合いとなる。同じく地上に出現したガラリアのバストールがテレビ中継されているのを見たショウはダンバインで飛翔、激突する。地上ではバイストン・ウェルの兵器の威力が増大することをショウが悟った時、戦闘の余波は都市を崩壊に至らしめていた。

防衛隊のヘリに囲まれたショウは、ひとまず防衛隊の基地へ投降する。しかしダンバインとバストールの戦闘で30万人の死傷者を出す結果となったショウは、防衛隊の司令官から敵対視され、果ては宇宙人だと決め付けられてしまう。世間体にこだわる母親は今も彼を息子だと認めようとせず、チャムまでが調査のために隔離されてしまった。 追っ手を振り切ったガラリアは、なんとか郊外に降り立ったが、空腹を満たすために老夫婦の弁当を奪うという惨めな境遇に陥っていた。自らを嘆き、バイストン・ウェルに呼び込まれた地上人の気持ちを理解するガラリア。だが、彼女の存在を恐れた人々の逆襲に遭い、その場から飛び立つしかなかった。 再び東京上空に現れるバストール。攻撃の様子を知ったショウは、チャムの助けで基地から脱出し、ダンバインでバストールの元に急行する。力を併せ、共にバイストン・ウェルに帰ろうとガラリアを説得するために。

バイストン・ウェルではエルフ城の攻防戦が続いていた。しかしショウを欠いたゼラーナとアの国の軍は苦戦を強いられ、ついにフラオン王は討たれ、エルフ城は陥落した。 一方、地上ではショウを説得するために、両親が彼の前に現れていた。だが母チヨは、自分の社会的立場から、あくまでショウを息子と認めようとせず、口論の末、わが子に銃を向けてしまう。絶望感に苛まれたショウは、地上界との決別を覚悟。俺は宇宙人だと叫び、現れたバストールに接触するため再び飛翔した。元から歪のあった家族だが、それでもショウは両親の立場を守ってやりたかった。チヨがようやくそれに気付いた頃、ショウはガラリアと合流。共にバイストン・ウェルに戻るべくオーラ力を増大させた。開かれ始めるオーラロード。しかしガラリアはオーラ力に耐えられず自滅、ショウただ一人が、地上界に取り残されてしまう。

ガラリアの死亡によりバイストン・ウェルへの帰還を断念したショウとチャム。オーラロードを開くにはショウひとりのオーラ力では弱すぎのだった。 しかしバイストン・ウェルでモンスターのズバダに襲われていたエレが強大な霊力でSOSを発したことがきっかけなのか、ショウたちはバイストン・ウェルへの帰還を果たす。タータラ城へ行く決心をしたショウは、フォイゾン王の元に戻るつもりはないというエレとパットフットを山中に残して城に帰還。そこでフォイゾン王から改めて“聖戦士”と認められ、“クリスタルの森”へとゼラーナ救出に向かう。 クリスタルの森では既に戦闘が始まっていた。キーンがフォウで、マーベルがボゾンで出撃する中、参戦するショウのダンバイン。ショウはジェリルたち３人の地上人を撃退するとマーベルのボゾンに接近した。その無事な姿に互いに安心するショウとマーベル。マーベルはボゾンから飛び出ると、空中でショウと固く抱き合った。

ドレイクに見限られたバーンは、ショットのいち部下に格下げされてしまう。これにはルーザの思惑があってのことと睨みつつ、ショットから与えられた試作オーラ・バトラー、レプラカーンで修理中のゼラーナ攻撃に向かう。 一方、技術者のドルプルと合流すべく“リアンの海岸”にある秘密工場に到着したゼラーナでは、ドレイク軍への夜襲を計画していた。 その動きを知ったバーンはフォウに潜み、ダンバインごとショウとチャムを拉致し、ガバの島で二人を拷問に掛ける。 ショウからオーラロードを開く方法を聞き出し、ショット以上の技術を手に入れると計算したバーンだったが、駆けつけたマーベルたちによりショウたちは救出され、バーンは撤退するのだった。