脚本：五武冬史 絵コンテ：京春香 演出：加瀬充子 作画監督：清水恵蔵　塩山紀生 アストラギウス銀河を二つにわけて戦われた百年戦争末期、兵士キリコ・キュービィーは突然の転属命令によって、小惑星リドにおける秘密作戦に参加する。しかし、小惑星リドの守備隊は味方であるはずのギルガメス軍であった。作戦に疑問を感じつつも任務を遂行するキリコは、得体の知れないカプセルを発見、そこには裸の女性が横たわっていた。知ってはならない秘密の一端を知ってしまったキリコは、作戦遂行中の仲間に裏切られて宇宙空間に放り出されてしまう。その後、キリコは戦艦バウントントに収容され、「素体」の行方を追っている情報将校ロッチナに拘束される。

脚本：五武冬史 絵コンテ：松野達也 演出：知吹愛弓 作画監督：谷口守泰 ロッチナの手を逃れたキリコは、ウドの街を彷徨っていた。悪徳と退廃が支配するこの街で、キリコは再び地獄へ落ちる。暴走族ブーンファミリーの人狩りにあったキリコは、町外れのヂヂリウム採掘場へと連れて行かれ、他のウドの街の住民とともに強制的に採掘作業に狩り出される。しかし、劣悪な環境のために次々と男たちが倒れていき、怒りの頂点に達した人々はついに暴動を起こした。そのどさくさに紛れて脱走したキリコに追手が迫る。

脚本：五武冬史 絵コンテ：松野達也 演出：川端蓮司 作画監督：鈴木英二 ATの中で寝ていたキリコの前に、闇商人のゴウトが現われる。バトリングと呼ばれるATを使った賭け試合のマッチメーカーでもあるゴウトは一緒に組まないかと話を持ちかける。そこへ戦災孤児の少女、ココナが顔を出し、ゴウトには気をつけろとキリコに忠告する。さらに軍人崩れの闇商人であるバニラも現われ、3人はそれぞれキリコに興味を示すが、キリコはただ黙々とATの修理を行なうだけであった。 一方、ヂヂリウム採掘場における暴動・脱走という許しがたい行為に怒るブーンファミリーは、自らの面子にかけて脱走者を皆殺しにしようと躍起になっていた。その頃、時を同じくして治安警察の新署長としてイスクイが着任する。小惑星リドの襲撃事件を指揮した秘密結社の構成員であるイスクイは、ヂヂリウムの採掘権を独占するため、この機にブーンファミリーを一網打尽にしようと画策していた。

脚本：高橋良輔 絵コンテ：滝沢敏文 演出：谷田部勝義 作画監督：神宮慧 ブーンファミリー、治安警察との戦いの中で、炎に囲まれて窮地に陥るキリコであったが、キリコを追うメルキア軍情報部の一団によってATに消火液をかけられ、すんでのところで救われた。だが、キリコはまだこの情報部による監視を知らない。 逃げ戻ったキリコはゴウトの勧められるままにバトリング会場に赴き、成り行きからバトリングをすることになるのだが、対戦相手が小惑星リドの作戦の上官で秘密結社の一員であるコニン少尉にすり替わっていた。コニンとキリコのバトリングが始まる。しかし、それはゴウトもキリコも知らないままに実弾使用のリアルバトルに変更されていた。

脚本：五武冬史 絵コンテ：加瀬充子 演出：加瀬充子 作画監督：上村英司 治安警察によって連行されたキリコは、秘密結社による尋問を受けていた。 一方、ゴウト、ココナ、バニラは、彼を救出しようと治安警察に忍び込む。ギリギリのところでキリコの救出に間に合い一旦ゴウトの事務所に戻るが、密告によってすぐに居場所がバレてしまう。そして治療を受けているキリコへ、マッチメーカーが法外なファイトマネーのリアルバトルを持ちかけてきた。ゴウトはキリコの体を心配して断るが、キリコ自らがそのリアルバトルを受けてしまう。実はその相手もまた、リド作戦における上官オリヤ大尉であった。

脚本：五武冬史 絵コンテ：滝沢敏文 演出：知吹愛弓 作画監督：西城明 治安警察の攻撃の中、キリコはATを捨てて下水溝へと逃げ、ゴウトらとともにバニラのアジトへと辿りついた。バニラやゴウトはキリコが治安警察に追われている理由を訊ねるが、キリコにもその答えはわからない。キリコはアジトを抜けだして単身、治安警察へと乗り込んだ。イスクイに直接会って理由を聞き出そうというのだ。首尾よく潜り込んだキリコがなぜ自分を殺そうとするのかを問いただすと、イスクイはその理由がわかる場所へ案内するという。キリコに銃を突きつけられたまま、イスクイはウド郊外のヂヂリウム保管庫へと向かった。キリコがいなくなったことを知ったゴウトたちも地下の引き込み線を使って保管庫に潜入していた。そこでキリコが治安警察に追われているところを目撃する。バニラの誘導によってその場を切り抜けたキリコは、ゴウト、バニラ、ココナと合流し、不思議な部屋に迷いこむ。訝りながら進む一行は、やがて青い光に包まれてヂヂリウムを浴びている美女を発見する。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：川端蓮司 演出：川端蓮司 作画監督：谷沢豊　新田敏夫 青い燐光を発する液状化したレアメタル“ヂヂリウム”を浴びていた美女は、キリコの運命を変えた素体であった。自らが追われている理由を知るために、ふたたび行動を起こすキリコ。治安警察の署員からヂヂリウムの運び出しの情報を得たキリコは、バニラのアジトへと戻って、準備を始める。しかし、既にココナからの情報によって運び出しのことを知っていたゴウトとバニラもまた、武器の手入れをしていた。そこへ、ボロボロの姿のココナがやってくる。暴走族に捕まり、運び出しの情報を漏らしてしまったというのだ。ゴウトらは襲撃計画を断念しようとするが、キリコは逆にチャンスだと考える。キリコの話を聞いた二人は、協力してヂヂリウムを襲撃する決意をする。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：谷田部勝義 演出：谷田部勝義 作画監督：鈴木英二 まんまとヂヂリウムをせしめたゴウトらは、アジトに戻って祝杯を上げる。しかし、一人で黙々とATの整備を行なうキリコは、仲間ではない自分に分け前はいらないと言う。三人は不審に思いつつも、キリコの分のヂヂリウムを巡って言い争いを始める。キリコは治安警察に追われる理由について、そして素体の正体について一人で煩悶していた。 せっかくヂヂリウムを手に入れたが、ウドの街は治安警察に完全に包囲され、脱出することができない。大逆転の取り引きを思いついたゴウトは治安警察に赴き、イスクイに商談を持ちかける。 その頃、ウドの街に潜り込んだロッチナは、部下を使ってキリコらの動きの一部始終を監視していた。そして、近いうちにキリコと素体が接触するであろうことを予感する。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：滝沢敏文 演出：加瀬充子 作画監督：谷口守泰 キリコはプロトワンと呼ばれるパーフェクトソルジャー、あの素体が搭乗するATに倒され、またも治安警察の手に落ちてしまった。三十億ギルダンの金貨を手にして舞い上がるゴウトとバニラ。しかし、キリコを置き去りにしてきたことを聞いたココナが怒りだし、キリコを助け出すと譲らない。ゴウトとバニラも渋々従い、護送車を襲撃するが救出することはできなかった。 ウトとバニラはキリコのことは諦めようとするがココナは認めない。ココナは三十億ギルダンを使った意外な作戦でキリコを救出しようと提案する。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：知吹愛弓 演出：知吹愛弓 作画監督：鈴木英二　塩山紀生 ウドの街の深夜、ひとときの安息を味わっているキリコたち。だが、静寂は爆音と硝煙の匂いによって破られた。キリコたちの存在に手を焼いたイスクイが、治安警察による徹底的な掃討作戦を開始した。絶体絶命の窮地の中、執拗な攻撃に諦めかけた三人を叱咤して、キリコはなんとか包囲下のアジトからの脱出を成功させる。しかし、キリコは追われる理由を話し、素体の正体を確かめるまでは街を離れたくないと言い残し、去っていく。 キリコは反撃のためにバトリング場に潜り込み、一人でATの改造を始める。そこへ、ゴウトらもやってきて手伝いはじめた。キリコが組み上げた機体はスコープドッグに重武装を搭載したものだったが、バニラがレッドショルダーにあやかって左肩を赤く塗りあげる。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：吉田浩 演出：桐野克也 作画監督：西城明 バトリング場でキリコを包囲した治安警察は総攻撃を開始する。しかし、キリコは囮の無人ATと連携してこれを排除すると、治安警察本部ビルへと向かった。 イスクイとボローはプロトワンに出撃を命じるが、プロトワンはキリコとの戦いを拒否する。命令には絶対に服従するはずのパーフェクトソルジャーが反抗したことに驚愕した二人は、彼女の記憶を検証した。そして、小惑星リドにおいて誕生以前の素体とキリコが出会っていたことを知る。そこでキリコを殺さなくてよいとプロトワンに命じ出撃させる。 その頃、キリコは迫りくる治安警察の部隊を次々と突破して、本部ビルへと急進していた。その前に現れる、プロトワンのブルーティッシュドッグ。前回と同様、圧倒的な力の前に破れ、意識を失うキリコ。しかし、とどめを刺せないままにATから降りたプロトワンの隙をつき、キリコはアーマーマグナムを突きつける。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：吉田浩 演出：川端蓮司 作画監督：神宮慧 包囲された治安警察ビルの中で、小惑星リドでの出会い以来、ずっとキリコのことを見ていたと語るプロトワン。キリコもまた、小惑星リドでの事件を思い出す。そこへ治安警察の署員が現われ、居場所を知られてしまう。イスクイとボローはウドの街のバトリング選手らを集め、特権を与えるとの約束のもとにキリコらを攻撃させる。手練れのバトリング選手たちの前に、キリコとプロトワンは苦戦させられる。 一方、バッテンタインに対して支援を要請していたロッチナは、イスクイらが元ギルガメス軍将校であったことを知る。バッテンタインはリド襲撃事件の全容と素体の行方を知る人物として、イスクイの捕獲を指令する。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：滝沢敏文 演出：川端蓮司 作画監督：鈴木英二　塩山紀生 ウドの街に降下したメルキア軍のAT部隊は、治安警察の部隊ごと本部ビルを包囲する。指揮を執るロッチナはイスクイに対して投降を呼びかけるが、反応はない。秘密結社の本部に指示を仰いだイスクイは、増援が来るまで本部を死守するよう指令されていたのだ。だが、増援が送られてくることはなく、メルキア軍の総攻撃の前に、イスクイは命を落とす。しかも、すでにボローとフィアナは脱出した後で、ロッチナは作戦目的を達成できなかった。 なんとか本部ビルから脱出したキリコであったが、フィアナを連れ戻しに行こうとしていた。無茶だと止めるがゴウトたちに、キリコはそれまでの経緯を余さずに語る。非道な話を聞かされ、ゴウトたちは力を貸す気になる。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：松野達也 演出：加瀬充子 作画監督：谷口守泰 ウドの街の崩壊から三か月後、キリコは内乱の続くクメン王国へ現われた。すべてを忘れようと彷徨っていたキリコは、王国政府軍の傭兵募集に応じたのだ。傭兵基地アッセンブルEX-10に到着したキリコは、意外な人物と再会する。ウドで離ればなれになったゴウトだ。武器の闇ルートにも精通しているゴウトは、EX-10に武器を卸しているという。しかし、二人の前に現われた兵士がキリコを連行した。入隊のための身体検査の際に、体内に埋め込まれていたビーコンが発見されたのだ。クメン王国は反政府ゲリラとの内戦状態にあるだけでなく、分離独立を求めてメルキア連邦政府とも冷戦状態を継続している。そのため、キリコにはメルキアのスパイとの容疑がかかり、カン・ユー大尉が尋問を行った。ビーコンに覚えのないキリコはシラをきるしかなかったが、そこへ基地司令官のゴン・ヌー将軍とゴウトが現われた。ゴウトの取りなしでこれまでの事情を説明したキリコは、ようやく解放される。 その夜、ゴウトは基地近くの歓楽街・ニイタンで、キリコをとある店へ連れて行った。店の名はファンタムクラブ。ゴウトが出資し、バニラが店長を勤めているこの店で、ココナも歌姫として働いていた。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：吉田浩 演出：桐野克也 作画監督：西城明 戦闘中に機体から身をさらけ出すという不審な行動に、キリコがスパイではないのかという疑念を、カン・ユーはますます強めていった。ファンタムクラブを訪れたキリコがゴウトたちに「PSが乗っていると思われる青いATにフィアナが乗っていると憶測している」旨を話していると、EX-10でも一、二を争うボトムズ乗りのキデーラに絡まれるが、クメン王国政府正規軍出身のポタリアが仲裁をする。その時、ビーラーゲリラが仕掛けた爆弾に気がついたキリコは、キデーラと仲間の命を間一髪で救うのだった。 店を出たキリコは、出撃に備えウドでの経験をもとに、ゴウトの事務所で対PS用のミッションディスクを作成する。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：知吹愛弓 演出：知吹愛弓 作画監督：鈴木英二 アッセンブルEX-10がビーラーゲリラから夜襲を受けた。ポタリアは敵の中に、見覚えのある人影を目撃する。翌日、カン・ユー指揮の特別部隊が、ムナメラ河上流のゾンム村へ出動した。この村にゲリラの根拠地があると判明したためだ。捜索の結果、情報を得ようと村の者を広場に集めて、ロシアンルーレットを強要するカン・ユー。しかし、その順番がポタリアの幼馴染であるモニカにまわってきた。たまらずに制止するポタリアに対し、モニカは彼の理想を悪しき幻想だと言ってのける。やはり、前夜の影はモニカだったのだ。結局、ポタリアとは相容れずに、銃を自分の頭に向けるモニカ。その時、キリコのATが発砲し、モニカは死の賭けを免れた。そして、キデーラたちが撃ち抜いた祭壇から、ゲリラ側のATが姿を現わした。

脚本：鳥海尽三 絵コンテ：高橋資祐 演出：川端蓮司 作画監督：神宮慧 青いATに乗っていたのは第二のPSイプシロンであった。彼はキリコの姿を確認すると、敵意をむき出しにして攻撃をする。イプシロンによってATを破壊されながらも、からくも脱出するキリコ。だが、その光景を目にしたカン・ユーは「生きているわけはない」とキリコを見捨て、ポタリアらの反対を押し切って基地への帰投を命じるのであった。 その頃、神聖クメン王国を宣言したかつてのクメン王国第三王子カンジェルマンは、根拠地であるカンジェルマン宮殿で、王国の伝統的な武術であるバランシングの稽古をつけていた。その相手は、なんとフィアナである。そこへ帰還したイプシロンが、キリコを取り逃がしたことを報告する。 キリコは単身でカンジェルマン宮殿へ潜入しようとしていた。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：滝沢敏文 演出：加瀬充子 作画監督：上村英司　塩山紀生 傷だらけになりながらも、なんとかアッセンブルEX-10へと帰り着いたキリコだったが、敵地から帰還できたこと自体が怪しいと、カン・ユーはキリコにさらに疑いの目を向ける。しかし、軍医を買収したゴウトの手配で絶対安静を装ったことにより、キリコは追求を免れることができた。 一方、キリコに逃げられたカンジェルマン宮殿では、カンジェルマンが内部に手引きした者がいるのではないかと考えていた。同じPSであるイプシロンにだけ、自分が犯人であると告げるフィアナ。しかし、イプシロンにはフィアナを責める気はなく、戦いによってキリコと決着をつけるつもりだった。そんな時、クメン王国首都ザイデンに、メルキア連邦の使節団が到着したという情報がもたらされる。二十年に渡って冷戦状態にあったメルキアとクメンの和平、それはPSを追跡するためにバッテンタインが仕組んだ展開であった。だが、神聖クメン王国にとっては政府軍が後顧の憂いをなくし、自分たちとの決戦に全戦力を投入してくることを意味していたのだ。

脚本：吉川惣司 絵コンテ：康村正一 演出：康村正一 作画監督：西城明 キリコの予想通り、ビーラーゲリラの狙いはニイタンであった。だが、キリコらの必死の応戦も空しく、ニイタンの街はかなりの被害を受けてしまった。ファンタムクラブも焼け落ち、失意のバニラはココナの前で、軍に入ることを告げるのだった。 クメン王国首都ザイデンでメルキア使節団と密会していたゴン・ヌーは、ゲリラ襲撃の報告を受け、ロッチナをともない、EX-10へと帰還する。待ちかねたように、キリコを命令違反として告発するカン・ユー。だが、ゴン・ヌーはそれを退け、キリコをロッチナに引き合わせる。ゴン・ヌーの前で、ロッチナはPSに関する情報を提供し、キリコに対して素体奪還の協力を要請する。

脚本：五武冬史　吉川惣司　鳥海尽三 絵コンテ：高橋良輔 演出：高橋良輔 作画監督：塩山紀生 衝撃のあの日からをトレスする、ウド篇、第1話から第12話の総集編。 メルキア軍から追われる身となったキリコはウドの街へと逃げ込み、そこでゴウト、バニラ、ココナと出会う。勧められるままにATの賭試合バトリングに出場するキリコ。だが、ある日、キリコのもとに危険な試合の話が持ち込まれる。それは、キリコを抹殺するために仕組まれた、治安警察の罠だったのだ。そうと知りつつもその試合を受けたキリコは、逆襲に転じた。治安警察ビルに乗り込んだキリコはそこでパーフェクトソルジャーと呼ばれている素体と会う。素体こそ、キリコが小惑星リドの秘密作戦で出会った存在であり、すべての始まりであった。いつしかキリコと素体の間には絆が芽生えるが、乱戦の中、二人の間は引き裂かれてしまう。 クメンの緑の地獄を行く船の上で、キリコは思わず「フィアナ」と呼んだ彼女のことを思うのであった。