イプサロン系第３惑星クレアド星──緑豊かなこの星に地球からの移民が進む中、謎の巨大遺跡が発見された。それは知的生命体が先に住んでいたことを示すものなのか。おりしも異星人が襲来し攻撃を開始し、住民が避難を開始する。いよいよＳＦ版『15少年漂流記』の幕開けだ！

両親と合流できなくなったロディたちは、外宇宙航行練習艦ジェイナスでベルウィック星に向かうことになった。それは最新鋭兵器“バイファム”を搭載した素晴らしい装備の宇宙船だ。そこでロディはこれから旅をともにする個性豊かな子供たちと、運命の出会いを果たすのだった…。

ベルウィック星に向け、ついにジェイナス号は発進した。だが兵士はわずかに８名。地球軍の中尉は異星人と戦う民間人を募集し、子供たちも大人に混ざって戦闘配置につくことになる。だが再び敵の異星人が接近、コンピューターがはじき出した生存確率は、絶望的なものであった…。

めざすベルウィック星は間近だ。しかし、その第２ステーションは無残にも破壊されていた。偵察に出発したクレーク博士は、そこで宙間救命ボートを発見する。中には少女カチュアとまだ幼いジミー、２人の子供が眠っていた。地上基地にはさらにもう一人、出会いが待っていた…。

ベルウィック星はすでに異星人に破壊されていた。クレーク博士がジワイメルウ基地で軍幹部と直接会話をした結果、民間人はすでに地球に避難しており、軍はあくまで異星人と戦う方針だとわかった。救助クルーを連れて帰還する途中、博士は敵の攻撃を受けて消息を断ってしまう…。

クレーク博士の消息を探ろうと、ケイトはロディたちを連れて出かけた。湖畔でキャンプをした夜、湖で泳ぐケイトの美しい姿をのぞき見てしまったロディとバーツは、胸の高まりを抑えられない。翌日、博士の輸送機は残骸となって発見されたが、そこに敵が襲撃をしかけてきた…。

クレーク博士を喪って初めて彼への愛を自覚したケイトは、深く落胆してしまった。そんなとき、外にいたルチーナが行方不明になった上に、敵機が接近するという事態が発生した。もう自分たちの手で命を守るしかないと、子供たちはスコットを指揮官に敵に立ち向かうのだった…。

自衛のため、ロディとバーツはＲ・Ｖの操縦訓練に集中していた。背の低いケンツも参加しようとするが、足がペダルに届かない。だがフレッドに名案が浮かび、短い足でもペダルに届くよう“足ゲタ”をつくりあげることに成功。敵機の襲来に、子どもたちのＲ・Ｖが出撃を開始する。

ジワイメルウ基地からの救助連絡は途絶え、食料も心細くなっていった。危機感を抱いたスコットは、思いきって通信を試みたが応答は得られなかった。雷鳴とともに敵ロボットが上陸、ケンツがピンチに陥ってしまう。ついに子どもたちは一丸となり、武器を持って応戦するのだった…。

連絡を断ったままのジワイメルウ基地。子どもたちは宇宙に避難するか基地に出向くか議論したが、結局は様子を見に出向くこととなった。だが皮肉なことに出かけた直後、基地からは“総攻撃を受けている”との無線が入り、到着したときには、すでに基地は壊滅状態となっていた…。

子供たちは、シャトルで第二ステーションに向けて発進することになった。準備が進む中、ジミーは滑走路に大きな自分の似顔絵を描き始めた。パパやママが見てくれるかもしれない……共感したみんなもこぞって描く。だが、カチュアだけは一人寂しく仲間に加わろうとしなかった…。

スコットを指揮官にして、ケイトと13人の子どもたちは改めてジェイナスで地球を目ざすことになった。不足部分はサブ・コンピューターに代行させて、長い旅がついに始まった。一方、ケイトは謎の遺跡に関する写真を発見、ジェイナス内の石板周辺にもコケが生えはじめていた…。

ケイトは遺跡の写真を持っていたカチュアに深い興味を持ち、父親は科学者であったことや、自分が異星人ではないかと疑っていることを聞き出した。一方、ロディとバーツは宇宙空間に出てＲ・Ｖの射撃訓練を開始した。そこに本物の敵が出現し、初の宇宙戦闘が始まってしまう…。

ジェイナスのもとに小型救命艇が流れつき、怪我をした男性・ラレドひとりが乗っていた。スパイではないかと疑いの目が向く中で、彼に父の面影を見たペンチは懸命の看病をするが、ラレドはカチュアのことばかり気にする。やがて男は自分が異星人ククトニアンであることを告げた…。

異星人の残したテープは衝撃的な内容だった。戦争の原因は地球側にあったこと、脱出した人の大多数はタウト星に囚えられたこと、そしてカチュアはククトニアンだという…。船内には波紋が巻き起こり、ただ一人の大人であるケイトは、部屋にこもって酒をあおるばかりであった…。

地球へ戻るか、それとも両親が捕われているタウト星へ行くのか、子供たちは今後の行き先について会議を開いていた。一方、自分が仲間たち地球人と敵対する異星人であることに悩んだカチュアは、いたたまれなくなり、小型艇でひとりジェイナス号を飛び立ってしまう…。

ケイトの最期は子どもたちに衝撃を与え、宇宙葬が行われることになった。ケイトに淡い想いを抱いていたロディは、カチュアをつい激しく責めてしまう。そんなとき、宇宙船の巨大な破片が飛来し、ジェイナスとの衝突コースに入っていた。その爆破処理に出かけたロディだったが…。

目的地をタウト星に変更して３日目。火災報知器を押したり廊下に落書きをしたり、小さな子どもたちのイタズラはエスカレートするばかりだ。繊細なスコットはキャプテンとして神経を逆なでされる思いだったが、逆にロディはストレス発散のため落書きコーナー設置を提案する…。

ジェイナスの周囲に出没した敵は、なぜか近づかず遠巻きにするばかりだった。いらだつスコットはクレアに八つ当りしてしまうが、クレアもまた小さい子どもの世話で疲れきっていた。スコットにあれこれ言われたクレアは、ついに火事のストレスから絶叫を始めてしまった…。

ジェイナスは敵の中継基地に接近しつつあり、航路変更は不可能となっていた。ストレスでフラフラになったスコットは熱を出して倒れてしまい、カチュアがリーダー代理を務めることになった。しかし慣れない指示のため、出撃したロディやバーツは方向すらつかめず大混乱に陥った…。