第１〜24話の総集編。西暦1996年。国連によるコズミック・カルチャー・クラブの第一次メンバーに選ばれた子供たちは、火星に到着した途端戦火に見舞われた。グラドス軍の侵略を伝えに来たエイジは、子供たちを守りながら地球へ到着。しかし彼らを収容したアメリカ軍は、エイジを捕虜扱いしレイズナーを調査する。そんな中、エイジはレイズナー内部に隠されたフォロンから、グラドスと地球の隠された関係を聞かされるのだった……。

第26〜37話の総集編。西暦1999年。エイジたちがグラドス軍の母艦に突撃してから３年、地球はグラドスの支配下となっていた。逞しく成長したエイジは、レジスタンスとなったアンナやデビッドと共にグラドスと戦う。一方グラドスには、総司令グレスコの息子であるル・カインが着任。平和主義に目覚め「クスコの聖女」と呼ばれるようになったジュリアと、大いなる過去の遺産「グラドスの刻印」を巡って、エイジとル・カインが激突する！

致命的なダメージを受けたレイズナーは、フォロンを含む心臓部を地球製のニューレイズナーへ移植することに。一方グラドス創世の秘密を知ったル・カインは、激高のあまり父・グレスコを射殺。占領軍司令官の座に就くとロアンを自らの右腕に抜擢し、さらに自らの理想郷を実現するためにステーション衛星を破壊し、グラドス本星とのパイプを絶ってしまう。一方エイジらはジュリアと共にクスコへ赴き、刻印の真の意味を知るのだった。