三次元を征服するため、五次元から悪の軍団ジャーク帝国が地球に攻めてきた。 その前へ、光の戦士エルドランが操るライジンオーが立ちはだかる。しかし、帝国の司令官ベルゼブの攻撃によって傷を負い、地球に落下してしまう。そして帝国の秘密兵器アークダーマが地上に大量にばらまかれてしまった。 その頃陽昇学園５年３組は居残り授業の真っ最中。ライジンオーが落ちてきて驚く生徒たちに、エルドランはライジンブレスとライジンコマンダーを託し、地球の防衛を頼んで消える。翌日、アークダーマは排気ガス邪悪獣・エキゾーストを生み出した。 そのとき、生徒たちのライジンメダルが輝きだした。

はたして小学生の自分たちに地球防衛の大任が務まるのだろうか？ ５年３組はクラス会議の真っ最中。剣王のパイロットとなった日向仁は一人で乗り気だが、気の弱い星山吼児たちは不安を隠せない。そこへ防衛隊の長官がライジンオーを引き渡せとやってくる。そんな中、邪悪獣出現の知らせが入る。警察や防衛隊が出動するが、拳銃もミサイルも歯が立たない。 邪悪獣を倒せるのはライジンメダルを持つ自分たちしかいない！みんなの意見が一致し、ライジンオーが出撃する

仁がテストで０点をとってしまった。担任の篠田先生の命令で、月城飛鳥・白鳥マリア・星山吼児・小島勉の秀才４人に勉強を見てもらうはめになってしまう。 しかし勉強嫌いの仁は不満たらたら。その不平が、試験邪悪獣デストラーを生んでしまう。一方、仁はあの手この手で勉強からの脱走を試みる。だがすべて失敗に終わり、一晩中勉強させられることになってしまった。

今日はおのぼり山に遠足。UFO探しに夢中の吼児は、一面に広がる花畑を見つける。そこで山口梢という少女と出会い、おのぼり山の自然が土地開発のために失われつつあることを聞かされる。 一方、仁たちは梢の兄である実と大げんかをしていた。翌日、おのぼり山に邪悪獣デザートスが出現。実たちへの反発から、仁たちは出撃を嫌がったが、吼児はそれを説き伏せる。そのころ、おのぼり山では花畑を守るために梢がデザートスの前に立ちはだかっていた。

陽昇学園の生徒たちは週に一度のクラブ活動で大張り切り。仁たち拳法部はランニングへと出かける。 しかし仁だけがみんなよりもハイペースで陽昇寺に先回りし、いつものようにテストを隠す。そこに放火をしようするヤクザがいた。陽昇寺は地上げ屋の標的だったのだ。しかし、現れた矢沢校長が見事な拳法、龍尾脚で撃退する。それからというもの、仁は龍尾脚にすっかりお熱。 そんな折り、任侠邪悪獣・ヤクザードが町に出現した。

下校中に車に引かれそうになった飛鳥。危ういところをポテトこと石塚織江に救われたが、代わりにポテトが怪我をしてしまった。 「交通事故なんて迷惑」というマリアの言葉に反応したアークダーマは、その日から陽昇町に暴走トラックを出現させ、交通事故を誘発して回る。仁たち５年３組は町中のパトロールを開始する。 一方、飛鳥はポテトの願いでデートに出かけることになってしまった。だがクラスいちのハンサム、飛鳥とのデートとあって、春野きららや、クッキーこと栗木容子たちもついてきてしまうことに。

防衛組の一員、坂井ときえの両親が経営する居酒屋「陽昇亭」に邪悪獣が出現した。酔っ払いに対する 「酔って暴れるなんて迷惑」の言葉にアークダーマが反応したのだ。 さっそく防衛組が出動するが、小さくすばしこい邪悪獣を捕まえられない。酒を飲んでは火を吐くこの邪悪獣のせいで、陽昇亭は半焼してしまう。直ちに防衛組は作戦を練りはじめ、仁の提案をもとに待ち伏せ作戦を行う。しかし、結果は大失敗。汚名返上のため、仁は姫木先生から聞いた話をヒントに酒を使っておびき出し作戦を決行する。

学芸会の季節を迎えた陽昇小。５年３組のメンバーは練習に余念がない。ところが、お姫様役の泉ゆうは、内気なために人前で台詞がしゃべれない。そこでみんなは、ゆうに度胸をつけさせるため、歩行者天国に連れ出して歌を歌わせようとする。しかし、ゆうは恥ずかしがるばかり。すっかり自信をなくし、とうとう舞台当日に逃げ出してしまった。 そんな時に、音波を武器にする邪悪獣ドクノイズが出現した。

梅雨の季節がやってきた。どぶ掃除に精を出す５年３組男子のために、調理室で炊き出しをするマリアたち。ところが、作ったオニギリが何者かに食べられてしまった。篠田先生の「カビは社会の迷惑」との言葉で出現した邪悪獣の仕業だ。 しかし女子たちは、食い意地のはった仁が盗み食いしたと思い込んでしまう。マリアだけが邪悪獣が食べたのではと考えるが、誰も聞く耳を持たない。そして騒ぎはついに、５年３組を男子と女子に分裂させる大げんかに発展してしまった。

突然、陽昇町からすべてのガソリンが消えてしまった。「ガソリンがなくなると迷惑」の言葉で出現した邪悪獣が、町中のガソリンを飲み干してしまったからだ。自動車が走れなくなったために道路が遊び場になり、子供達は大はしゃぎ。 しかし、池田れい子だけは浮かない顔。家がガソリンスタンドを経営しているからだ。このままでは商売にならないと、れい子の両親は引っ越しを考える。それを知ってショックを受けるれい子。一方、れい子の引っ越しを知った５年３組も、なんとかガソリンを入手しようと行動する。

クッキーこと栗木容子は、自分の身長が伸びないのを悩んでいた。身体測定で発育優良のきららに馬鹿にされ、クマのぬいぐるみを大切に持ち歩いていることにまで「頭の中まで幼稚園なみ」と言われて、深く傷ついてしまう。 泣き出してしまったクッキーを見て反省するきららだが、思わず「クマのぬいぐるみは迷惑」とつぶやいてしまう。その言葉に反応して、ぬいぐるみが邪悪獣と化してしまった。保健室を荒らす邪悪獣。事件の現場にぬいぐるみがあることに気がついたクッキーは、犯人はクマのぬいぐるみだと主張するのだが、クラスのみんなは信用してくれないのだった。

今日は陽昇小のプール開きの日。大喜びの仁たちに対して、近藤ひでのりだけがポツンと見学をしている。昔おぼれたのが原因で、水が怖いのだ。 仁と吼児はさっそく、銭湯で特訓を試みるが、なかなか上手くいかない。そのころ、陽昇町では気温が異常に高くなる現象が起こっていた。 ひでのりの「夏なんて暑いだけで迷惑だ」との言葉で出現した邪悪獣の仕業だ。市民プールや水道、ダムまでもが熱湯に変わり、町はパニックに！防衛組の出動だ。ところが、ひでのりのメダルがない。プールの中に落としてしまっていたのだ。

仁、飛鳥、吼児の３人は、休日だというのに佐藤大介の家で勉強会。 ところが佐藤家は子だくさんな上に、父親は出張、母親はお産で入院中だった。大介ひとりで兄弟の面倒を見ていたが、やんちゃ妹弟にてんてこまい。仁たちへのイタズラ攻撃にもはや勉強どころではない。だが実は、幼い妹弟たちはお母さんがいない寂しさの裏返しでやんちゃをエスカレートさせていたのだ。 タイ子たちをからかう仁だが、その間に佐藤家の赤ん坊ミク郎が、ベルゼブの部下で五次元人タイダーにさらわれてしまった。

今日は予防接種の日。ところが、注射嫌いの仁は暴れて先生を困らせるばかり。他の防衛組メンバーも顔をしかめながら何とか注射を受けている。そんな姿を見た５年２組の谷口六郎に、５年３組は小馬鹿にされてしまった。このままでは地球防衛組の名誉が許さない！ 結局、２組対３組の野球勝負で決着をつけることに。ところが、ピッチャーの谷口はリトルリーグの強者。飛鳥の活躍も空しく、３点リードされたまま最終回を迎えてしまう。だがそこでマリアの代打で一死満塁のチャンスが訪れた！

一流中学を目指す飛鳥は絶対合格予備校に入るべく、休み時間も勉強に余念がない。そんな折り、街に邪悪獣が出現した。地球防衛組の出動だ。 ところが鳳王の姿が見当たらない。飛鳥は予備校入学試験の真最中だったのだ。鳳王を欠いた剣王と獣王は猛スピードで飛び回る邪悪獣に手も足も出ず、取り逃がしてしまった。試験を終え学校に戻ってきて謝る飛鳥。だが仁は許そうとせず、激しくなじってしまう。 そして翌日、予備校の最後の試験の時に再び邪悪獣が出現した。試験をとるか、仲間をとるか？ 悩んだ末、飛鳥はついに立ち上がった！

校内対抗ドッジボール大会を明後日に控えた５年３組は、優勝目指して特訓中。燃える仁は、勉が考案した必殺技、ライジンボールに夢中だ。ところが、運動音痴の吼児や真野美紀は、まともにボールを受けることもできない。そこで、体育委員のラブこと島田愛子は美紀に特訓を行う。あまりの厳しさにイジメられていると思い込んでしまう美紀。 そんな折り、主力選手のマリアときららが原因不明の発熱に倒れてしまった。

今日は終業式。明日からは待ちに待った夏休みだ。ところが、篠田先生は休み中に特別授業を行うことを宣言した。地球防衛組の活動によって勉強が遅れ気味だからだ。仁たちは反発するが、先生は聞く耳を持たない。「一方的で迷惑だ」と叫ぶマリア。 その言葉にアークダーマが反応し、篠田先生そっくりの邪悪獣オウボウダーが町中を暴れだした。仁が家に帰ると、店の中がメチャクチャ。篠田先生がやってきて暴れまくったのだという。しかし当の篠田先生は身に覚えがない。子供たちの信頼をなくしたと、すっかり落ち込む篠田先生の手を姫木先生がそっと握った。「私は篠田先生の無実を信じていますわ」。

夏休み中にマリアが、地球防衛組に召集をかけた。１年生の津波洋一と、マリアの隣の家に住んでいる倉林あやが、防衛組の活躍ぶりを知りたいというのだ。 学校に集まる防衛組一同。さっそく勉が紹介を始めた。まず１時間目は「なぜ我々は地球防衛組になったか」。二時間目は「司令室の仕組みとみんなの役割り」についてマリアが説明。三時間目は「各メカの仕組みと説明」について飛鳥が講師を勤める。そして四時間目は「我々の敵に関する分析」について吼児が説明。 ５時間目「ライジンオーのわざ!!」について仁が熱心に説明すると、思わず「かっこいい〜」と声をあげる洋一とあやだった。

いよいよ、臨海学校が始まった。楽しいひととき満喫する子どもたち。ところが、臨海学校を行っている大波海岸に邪悪獣が現れた。篠田先生の「浜辺を汚すのは迷惑」との言葉に、アークダーマが反応したのだ。ライジンコマンダーの遠隔操作で剣王たちの発進だ。 しかし邪悪獣は煙幕を張って逃げてしまう。逃走した邪悪獣に備えるため、矢沢校長は臨海学校の中止を考える。だが、せっかくの臨海学校を中止させたくない！邪悪獣捜索へと散ってゆく地球防衛組。東の海岸へやってきた仁は、ヨッパーの誘いで洞窟に入っていった。

陽昇町では銀行強盗が相次ぎ、「銀行強盗なんて迷惑」との言葉で邪悪獣ゴウトロンが出現した。エネルギー源が札束のため、銀行を次々に襲撃してゆくタイダーと邪悪獣。 一方、その見事な襲撃ぶりに感心していた本物の銀行強盗。「かっこいいお兄さん」という言葉に気を良くしたタイダーは快く彼らを仲間に入れ、タイダー指揮の強盗団が誕生した。 そのころ、地球防衛組は夏休みを利用して、剣王、鳳凰、獣王の整備中。マリアはみんなを気遣って買い出しに行く途中、邪悪獣の姿を目撃するのだった。