ある晴れた日、青空町の山中にある岩が崩れ、その中に封印されていた大魔界の暗黒魔王・ゴクアークが復活してしまった。太古から地球を守ってきた戦士、エルドランはゴクアークを再封印するが、地球にはゴクアークの部下、ヤミノリウスIII世が送り込まれてしまった。 一方、青空小学校４年の超腕白トリオ、霧隠虎太郎、流崎力哉、風祭鷹介の三人は、山中で巨大なロボットを発見する。すると突然３人の目の前に輝く人物エルドランが現われ、超能力、そしてそのキーとなる『ガンバーコマンダー』を授けて消えた。 地球の未来は、元気一杯の少年達『ガンバーチーム』に託されたのだ。

鷹介は、ガンバースーツを装着するとそれぞれ超能力が使えることを発見する。鷹介は五感が優れ、虎太郎は足が速くなり、力哉は力持ちになるのだ。超能力が使えて大喜びの鷹介と虎太郎だが、力哉は外で目立つことをするなと大怒り。力哉の将来の夢はプロ野球選手。ただ一人事情を知る藤兵衛以外に正体がバレて、犬になってしまうわけにはいかないのだ。 一方ヤミノリウスは、魔界獣辞典から新たな魔界獣を作り出し、町中を蜘蛛の巣だらけにしてしまう。

虎太郎たちの学校新聞の記者、結城千夏はガンバルガーの発進地点の特ダネを掴みかけていた。千夏は同じくガンバルガーの秘密を探っていたヤミノリウスをジャーナリストと勘違いし、ロボットの発進地点である青空公園に案内してしまう。 魔界獣を召還し、ガンバルガーを公園で待ち伏せするヤミノリウス。魔界獣の攻撃であらゆるものがフニャフニャになってしまう様子を目の当たりにしながら、出動したくてもできない虎太郎たち。その時鷹介がガンバルガーの発進地点を変更できることを発見、早速ヤミノリウスの裏をかいて出動した！

母の言いつけでバイオリン教室に通うことになった鷹介。あまり乗り気でなかったが、バイオリン教室にあこがれの女の子、小牧百合香の姿を認めて上機嫌。しかし、百合香の奏でるバイオリンの美しい音色に引き換え、鷹介のそれはまるで騒音だ。 一方、ガンバーチームの戦闘方法の幅を広げるため、元々忍者であるゴンザレスに忍術を習う虎太郎たち。しかしこちらもなかなかうまくいかない。 そんな時、ヤミノリウスが呼び出した魔界獣が奏でるバイオリンの音色により、町中の人が次々と眠ってしまう事件が発生するのだった。

力哉の弟、哲哉はレッドガンバーの大ファンだ。その正体が兄だとは知らない哲哉は「兄ちゃんよりもレッドガンバーの方がカッコイイ」と言っては力哉をがっかりさせる。 そんな哲哉の誕生日が近付いていた。ケーキ好きの哲哉はバースデーケーキを楽しみにしているのだが、力哉たちは知らんぷり。実は哲哉を驚かせるために黙っているのだ。 その頃、ヤミノリウスが創りだした魔界獣はケーキを操る力を使い、町中のケーキを盗み出してしまう。そして力哉が秘密で買っておいたチョコレートケーキも操られてしまうのだった。

いたずら好きの虎太郎は、姉のかすみや、担任の亜衣子先生を困らせてばかり。ついにこの日、亜衣子先生の怒りが爆発、虎太郎の家へ家庭訪問に行くと言い出した。親にいたずらがバレてお小遣いストップされることを怖れた虎太郎は、力哉、鷹介、ゴンを言いくるめ、力を借りて何とか家庭訪問を阻止しようとする。 その時、亜衣子先生がいきなり空に舞い上がってしまった。ヤミノリウスが造り出した魔界獣の仕業だ。魔界獣の力によって洗濯機から机まで、あらゆるものが飛ばされる様を見て、ガンバーチームが出動する！

青空保育園で一日だけ園長先生の代理をすることになった虎太郎とかすみ。しかし虎太郎に保育園の先生がつとまるわけもなく、大苦戦する。 その頃、ヤミノリウスが呼び出した魔界獣が町中を砂に変えていた。魔界獣の仕業と知らない虎太郎は、町が砂場になったと大はしゃぎ。しかし、一緒に町に出た哲哉と、千夏の妹・秋絵がヤミノリウスにとらえられてしまう。二人を救出するために出動したガンバーチームだが、哲哉たちの命と引き換えにヘルメットを脱ぐことを要求される。

虎太郎と力哉がついに衝突した。虎太郎のいい加減さを力哉がたしなめたのが原因だ。二人の溝は深く、魔界獣・マジョーズンの出現によりガンバーチームが出動しても喧嘩が続くほど。しかも虎太郎は、独断でいきなりミラクル合体を強行し、ガンバルガーになってしまう。ガンバーチーム三人の心がうまくかみ合わない上に、今回の敵は、ヤミノリウスにゴクアークが新しく授けた「魔界獣辞典・水中編」から造り出した魔界獣だ。強敵の前にガンバルガーはまさかの敗北を喫してしまう。

青空ゲンキーズのグラウンドが、防衛隊の訓練のために戦車に乗っ取られてしまった。怒った力哉はガンバースーツの力で戦車を撤去しようとし、防衛隊長官と口論になる。人間に変装していたヤミノリウスは野球対決で勝った方がグラウンドを使ったらどうかという提案をした。ゲンキーズが負けたらレッドガンバーがヘルメットを脱ぐという条件付きだ。負けて正体がバレたら犬になってしまう、と気が気でない虎太郎と鷹介も変身、試合で大活躍する。 ところが、ヤミノリウスの呼び出したカニ魔界獣の泡妨害により、ゲンキーズは敗北のピンチにおちいってしまった。

青空町に変な魔界獣があらわれた。町の人に番号を落書きしてまわるイカとタコの魔界獣、イカタコ・ブラザーズだ。全ての人に消えない墨で番号をつけ、ガンバーチームの正体を見破ろうというヤミノリウスの作戦だ。そしてついに、イエローガンバーに変身していた虎太郎にも番号がつけられてしまった。このまま元の姿に戻ったら、正体がバレてしまう！ ゴウタイガーで逃げ回る虎太郎は、元気堂の親父、荒木源蔵の番号が自分と同じであることを発見。イカとタコが互いに番号を重複して書いてしまっていたのだ。

今日は青空小学校の参観日。鷹介は、教育ママな母の気合いの入りぶりに浮かない顔だ。緊張して授業前に行ったトイレで、鷹介は魔界獣・ウナギトロンに会い、ビリビリ人間にされてしまう。ビリビリ人間の鷹介は教室に戻ると、いきなり教卓にのぼり、凶暴に暴れはじめた！人に触ると伝染するビリビリは、鷹介を止めようとした先生達をビリビリ人間にしてしまう。授業参観はメチャメチャ。さらに町中でもビリビリ人間が暴れまわり、防衛隊までもがビリビリ人間にされてしまっているのだった。

ヤミノリウスが新しく呼び出した魔界獣は、物に足を生やすことができる力を持っていた。元気堂の商品や電信柱に足をつけて喜ぶ魔界獣。しかしヤミノリウスに、もっとスケールの大きいことをやれと怒られる。そこで、青空小学校に足を生やしたからたまらない。 ちょうど給食中だった学校は、地震が起きたように震えながら移動を始めた。給食のカレーとゼリーを心待ちにしていた虎太郎だが、もはや給食どころではない。ゼリーに後ろ髪引かれながら、力哉と鷹介に引きずられるようにして出動した。

鬱陶しい雨が続く毎日。虎太郎達の前にカエルの魔界獣があらわれた。早速変身して後を追うガンバーチーム。ところがいち早く追い付いた虎太郎が、魔界獣の魔法でカエル人間にされてしまった。カエル語を喋り、カエル座り、カエル跳びをする虎太郎。鷹介と力哉の言葉も全く分からないようだ。 仕方なくカエル人間の虎太郎を学校に引っ張って行った鷹介達はさらにびっくり。教室のみんなもカエル人間になっていたのだ！ 一方、魔界獣は町に巨大な雨を降らせて暴れていた。

今日は待ちに待ったプール開き。はしゃぐ虎太郎達の目の前で突然、プールの水が減ってしまった。クジラの魔界獣の仕業である。 銭湯、貯水池、あらゆるものから水を吸い上げ飲み込む魔界獣。青空町はカラカラに干上がってしまった。出動したガンバーチームは、ゴウタイガーたちに乗って魔界獣を追跡開始するが、ロボットごと飲み込まれてしまった。虎太郎達は腹の中で色んな攻撃を仕掛けるが、脱出できない。 その時、防衛隊が新兵器を持って駆け付けた。

霧隠家の池で見つかった未来を予見するという巻物に、ガンバルガーが大魔界に負けると書いてあった。勝つためには、新しいロボットを呼ばなくてはいけない。 その頃ヤミノリウスは、ゴクアークの封印を解こうとしていた。それを阻止しようとしたゴンは過って封印を解いてしまう。ゴクアークの復活で、混乱に陥る青空町。エルドランの力で封印は元に戻ったが、新しい「動物魔界獣辞典」と、魔界獣をパワーアップさせるアイテム、ゴクアークの左手が残ってしまった。早速それらを使って魔界獣・ヨロイデルを呼び出すヤミノリウス。ガンバーチームは必死に対抗するが、ピンチに陥る。 しかし、ガンバルガーが今まさに倒れんとしたその時、ガンバーコマンダーに新しいロボットの位置が映し出された！

新しく見つかったロボット、リボルガーのお陰で、ガンバルガーは危機を脱することができた。しかし、ゴクアークの魔力により力哉とリボルガーは大魔界の手先となってしまう。 町を壊し、ガンバルガーを攻撃しようとするリボルガー。防衛隊がリボルガーを止めようとするが、攻撃が効かない。 一方ヤミノリウスは、笛の音で物を操る蛇魔界獣を呼び出していた。その時、魔界獣の操る遮断機に投げ出されてしまった哲哉達を、リボルガーはなぜか助けた。力哉の心に正義の心がまだ残っているのだ。

青空小学校は今日から夏休み。南の島に行くという武田桂がうらやましい虎太郎だが、家族に旅行を許してもらうどころか、成績の悪さをかすみに怒られる始末。 ところが、いつの間にか虎太郎は南の島に。魔界獣が掘った穴に落ちたからなのだが、そうと知らない虎太郎は一人南の島を満喫する。さらにかすみやゴンを始めとする町の人々や、建物までもが世界中のあらゆる場所に転移していた。そんな異変に気付き、鷹介と力哉が出動した。

今日は青空小学校の肝試し大会。町の人と先生がお化けに変装して子供達を脅かすのだ。盛り上がる先生達にたじたじの子供達。ただ一人、桂だけが冷静で怖がらず、つっぱっている。 その時、ヤミノリウスが呼び出したタヌキ魔界獣の仕業で、学校が本物のお化け屋敷になってしまった。勝手に動き出すピアノや太鼓に、本気で驚いて逃げ回る虎太郎達。先生達も一緒になって逃げ回る中、桂は一人教室に取り残されてしまう。 そこでガンバーチーム出動だ！

力哉の父、逆転ラーメンの親父は大の野球好き。今日も仕事をさぼってゲンキーズの応援だ。力哉は、ゲンキーズのメンバーからも笑われる父が正直恥ずかしい。 そのとき、ペンギン魔界獣が呼び出され、町が氷づけになってしまった。寒くてたまらないと、逆転ラーメンに詰め掛ける町の人々で店は大盛況だ。 一方、魔界獣と対峙していたガンバルガーはあまりの寒さに苦戦していた。「温かいラーメンが食いたい」という虎太郎を見かねた力哉は、逆転ラーメンに出前を頼んだ。出前ひとすじの力哉の父は、制止する力哉の母を振り切り、ガンバルガーの元へ命がけで走る。

青空町がジャングルになってしまった！チンパンジー魔界獣の仕業だ。夏休みなのにどこへも行けないとぼやいていた虎太郎は、ジャングルを見て大喜び。魔界獣を捕まえようとガンバースーツに変身して後を追うが、どう見ても遊んでいるようにしか見えないと、鷹介と力哉にも怒られてしまう。 同じく魔界獣が遊んでいるようにしか見えないヤミノリウスはやきもきし、魔界獣をバナナーンにパワーアップさせた。そこへ防衛隊の戦車が出動するが、なんと戦車をバナナにされてしまうのだった。