脚本 隅沢克之 絵コンテ 池田成 演出 青木康直 作画監督 西村誠芳 地球圏統一連合の圧政によってコロニー住民の不満は募りつつある時代。AC（アフターコロニー）195年、軍事組織の水面下で独裁と支配を目論む秘密結社"OZ"の独裁を阻止するため、各スペースコロニーから５機のガンダムが隕石に擬装し、地球降下作戦「オペレーションメテオ」を決行。しかし、ヒイロ・ユイが乗るウイングガンダムは、降下作戦の軌道上で、OZの攻撃輸送船に発見されてしまう。輸送船に搭乗していたスペシャルズ特佐ゼクス・マーキスは、いち早く作戦を察知し、ＭＳリーオーで参戦する。ゼクスの辛勝により、海へと沈められたウイングガンダム。間一髪で脱出に成功したヒイロは、近くの海岸に流れ着いていた。父であるドーリアン外交官の仕事のため、宇宙から地球へ戻ってきたリリーナ・ドーリアンは、海岸に流れ着いていたヒイロを発見。リリーナに顔を見られたヒイロは、自殺を図るが失敗に終わり、駆けつけた救急車を奪って逃走する。それから数日後、ヒイロはリリーナの学園に転校してきた。無事であったことに安堵するリリーナに対し、ヒイロは「お前を殺す」と宣告するのだった。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 池田成 演出 原田奈奈 作画監督 佐久間信一、藁谷均 海底に沈んだウイングガンダムをＯＺに回収させないよう、機体破壊のため行動を開始したヒイロ。一方、連合軍もガンダム回収のため、南JAPポイントへ歩みを進めていた。ウイングガンダム回収は、ゼクス・マーキスの協力を受けて無事終了するかにみえたが、そこへ"死神"の異名をもつガンダムデスサイズを駆り、デュオ・マックスウェルが登場。ウイングガンダム回収班は、為す術もなく撃墜されてしまう。一方ヒイロは、連合軍の海底基地で魚雷を入手。ガンダムを自爆させようとするが、ヒイロの居場所を探していたリリーナと遭遇してしまう。ヒイロは姿を見たリリーナを抹殺しようと銃を構えるが、ふたりの間に入ったデュオがリリーナを助けるため発砲し、ヒイロは怪我を負う。デュオは、リリーナを救出するのだが、逆にヒイロを撃った事を責められてしまう。その時、ウイングガンダムを回収したガンダムデスサイズが浮上。ヒイロは、リリーナとデュオの隙をつき、魚雷を２機のガンダムに打ち込むのであった。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 池田成 演出 湊屋夢吉 作画監督 西村誠芳 連合軍病院の治療室へ輸送されたヒイロ。サリィ・ポォは、ヒイロの年齢には釣り合わない鍛え上げられた体に普通ではないと疑問を感じていた。そこへ見舞いに来たリリーナにサリィは、ヒイロの正体について聞き出そうとする。その隙を見てヒイロに興味を持ったデュオが手引きをして軍施設から脱出を成功させていた。一方、ゼクスはガンダムが、地中海コルシア基地に収容されているエアリーズを狙って現れると予測。基地を訪れたゼクスは、旧知のワーカー特士からＭＳの原型トールギスを譲り受ける。ゼクスは、ワーカーにガンダム１機は、インダス補給基地へと向かうと予想し、他のガンダム４機の襲撃の可能性を指摘した。その時、基地にトロワ・バートンが搭乗するガンダムヘビーアームズが姿を現す。さらに、カトルのガンダムサンドロックとマグアナック隊も現れた。基地を壊滅へと追い込んだ。戦闘もおちついたころ、２機のガンダムのパイロット、トロワとカトルのふたりはお互いが同志であることを認識する。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 池田成 演出 渡邊哲哉 作画監督 重田敦司 ゼクスは、レイクビクトリア基地で、かつての同朋ルクレツィア・ノイン特尉と再会する。ノインは、ＭＳパイロット養成所の教官として新人育成に全力を注いでいた。その時、張五飛のシェンロンガンダムが、新型MSトーラス破壊のために基地を襲撃。基地では、トーラスを輸送機ごと破壊してしまう。そして、ノインの候補生たちは爆撃に飲まれてしまていった。教え子を失ったノインは逆上し、エアリーズに搭乗して戦いを挑むが、隙をつかれてしまい機体を失ってしまう。自らの意識の甘さに苦渋したノインは、ゼクスとともに戦うことを心に誓う。その頃、ヒイロはデスガンダムの部品を流用してウイングガンダムを修理、旅立っていった。また、水面下では、ＯＺのレディ・アンがリリーナの父であるドーリアン外務次官暗殺の計画を企てていたのだった……。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 西森章 演出 青木康道 作画監督 佐久間信一、藁谷均 リリーナを伴って宇宙コロニーに訪れたドーリアン外務次官。護衛として配備されたスペシャルズのレディ・アン特佐は、密かに計画をしていたドーリアン外務次官暗殺のため会場を爆撃。偶然にもその場に居合わせたリリーナは、今際のドーリアンから自分は実の娘ではなく、崩壊した国家の王女リリーナ・ピースクラフトであることを知らされる。そして彼女は、地下組織のアジトで反ＯＺ勢力のドクターJから、ヒイロの正体をも聞かされる。実は、ヒイロはＯＺ消滅のために地球へ降下してきたエージェントだった。そして、"ヒイロ"というのも彼の名ではなく、かつて宇宙コロニーをまとめ上げた伝説の指導者、ヒイロ・ユイから取られたコードネームだったのだ。結局、事件の背景にあるレディ・アンの姿は表沙汰になることもなく、コロニー側のテロ行動という形で伝えられてしまう。

脚本 面出明美 絵コンテ 川瀬敏文 演出 原田奈奈 作画監督 菱沼義仁 メカ作監 筱雅律 父ドーリアンの最後の言葉を聞き、ピースクラフト王国の王女であることを受け入れ、地球へと帰還したリリーナ。一方、ヒイロは次の指令を受け、学園を出る手続きをしていた。リリーナは、ヒイロにドクターJと出会ったこと告げ、最後のダンスパーティへと誘った。それは、ピースクラフト家の人間として生きることを決意したリリーナにとって"リリーナ・ドーリアン"としての最後の夜でもあった。そのころ、五飛は単独で行動を開始しており、トロワはサーカス団にピエロに扮して侵入していた。ダンスパーティを楽しむリリーナとヒイロの前に、突如、ＭＳ部隊を引き連れたレディ・アンが乗り込んできた。レディ・アンの目的はひとつ。ドーリアン暗殺現場を目撃しているリリーナを抹殺するためだ。混乱の中、ヒイロはウイングガンダムに乗り込み、応戦する。リリーナの身に危機が訪れたとき、ヒイロは咄嗟に彼女を庇ってしまう。そのことに混乱を覚えたヒイロは、どこかへと旅立ってしまう。

脚本 千葉克彦 絵コンテ 貞光紳也 演出 森邦宏 作画監督 西村誠芳 ニューエドワーズの地球圏統一連合の基地では、連合首脳による会議が設けられていた。トレーズは、レディ・アンに命じ、ＯＺの首脳が集まるとという誤報を流した。その誘い乗ってしまった地下組織は、ニューエドワーズ襲撃を各ガンダムたちに命令してしまう。その会合の中で、穏健派のノベンダ元帥は、コロニーとの共存を提唱。会議に参加する大多数が賛同し平和への道が開ける希望が出た会議となった。しかし、誤報に踊らされたガンダムが襲撃をかけ、首脳たちは基地の脱出を余儀なくさせられる。そして、その脱出用シャトルをヒイロは破壊してしまう。これを機に、トレーズは「オペレーション・デイブレイク」を発動。各地のスペシャルズが一斉に蜂起し、クーデターは成功した。無事任務を完了したと思っていたヒイロたちは、ＯＺの作戦にのせられていたことを五飛によって気づかされたのであった。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 越智浩仁 演出 吉本毅 作画監督 佐久間信一、藁谷均 トレーズの思惑通り「オペレーション・デイブレイク」は成功し、地球圏統一連合の軍事力を掌握したＯＺは歴史の表舞台へと躍り出た。レディ・アンは、水面下でガンダム破壊のためのニューエドワーズ基地自爆計画を進めていた。偶然にその計画を知ったサリィ少佐は、ヒイロに基地の自爆阻止を依頼する。ノベンダ元帥を抹殺してしまった罪を償う目的もあり、ヒイロは承諾。基地中枢に突入し、みごと爆破阻止に成功する。トレーズは、この独断によるレディ・アンの行動を諫めた。一方、輸送機を強奪しニューエドワーズ基地からの脱出に成功していたトロワと五飛は、ベーリング海峡を行くトレーズの艦隊に襲撃をしかけた。そして、トレーズに生身で一騎打ちを挑む五飛だったが、完全敗北してしまう。その頃ゼクスは、ルクセンブルグの連合本部を圧制し、ダイゴ将軍を抹殺していた。それは、13年前にゼクス−−ミリアルド・ピースクラフトの父であるピースクラフト王を殺害したことへの復讐だった。

脚本 面出明美 絵コンテ 千明孝一 演出 青木康直 作画監督 西村誠芳 ルクセンブルグに留まるゼクスの元に完成したＭＳトールギスが届けられる。しかし、その性能は恐るべきもので、試験的に搭乗したオットーに重傷を負わせるほどであった。それでもゼクスは、ＭＳトールギスを使用し、連合のサンクキングダム基地攻略に踏み切る。パイロットの耐久直以上のパワーを誇るトールギスに、さすがのゼクスも傷を負ってしまう。 その頃、ヒイロとデュオは、中国の要塞島を攻撃するチャンスを伺うため、対岸の学校に転入していた。リリーナもまたヒイロを追ってきたのだった。 五飛はサーカス団のトロワの元に身を寄せ、カトルは他のガンダムたちが同じ目的で動いていることを確信していた。サンクキングダムでは、傷を負って出動が不可能になったゼクスの代理としてオットーが独断でトールギスに乗り込んで出撃し、自らの命と引き替えに基地を攻め落とした。かつての故郷サンクキングダム首都に降り立ったゼクスは、父王の肖像画の前で妹であるリリーナにピースクラフト家を継がせ、自分はそのために戦うことを誓うのだった。

脚本 千葉克彦 絵コンテ 池田成 演出 原田奈奈 作画監督 佐久間信一、藁谷均 トレーズは、ルクセンブルク基地に到着。タイミングを合わせてレディ・アン指揮の元、新型トーラスを宇宙に打ち上げる計画が実行されていた。しかしそれは、トーラス輸送を阻止に現れるだろうガンダムの殲滅を目的としていたのだった。五飛を除く４機のガンダムは、罠と感じながらも出撃。ゼクスはトールギスに搭乗し、ウイングガンダムに純粋な１対１の戦いを挑む。予想を遙かに凌ぐガンダムの戦闘能力でＯＺの勢力は次第に苦しくなっていった。 レディ・アンは、バルジ要塞のミサイルの照準をコロニーに合わせ、ガンダムたちに降伏を迫る。戸惑うパイロットたちだったが、彼らとＯＺにウイングガンダムの開発者・ドクターJからの通信が入り「降伏はするが、ガンダムは渡さない」と宣言。それを聞いたヒイロは、コクピットを開き、自らウイングガンダムの自爆させるのであった。

脚本 面出明美 絵コンテ 池田成 演出 森邦宏 作画監督 西村誠芳 レディ・アンの作戦に敗北したガンダムパイロットのひとり・デュオは、同じパイロットであるカトルとマグアナック隊に誘導され、戦地から逃れる。地下基地がある町に着いたふたりは、改めてお互いが似た境遇であるとこと、同じ任務を受けていることを確認する。ふたりを歓迎する宴の中で、町を偵察していたＯＺの兵士が町に爆弾を仕掛けていた。地下基地の存在が明るみになってしまったマグアナック隊はＯＺのＭＳと戦闘を開始。ＯＺは以前から基地の存在を察知し、ガンダム抹殺のために乗り込んできたのだ。コロニーを盾に取られている今、デュオとカトルは出撃することができず、ただマグアナック隊の好意に甘えて脱出するしか方法はなかった。一方、レディ・アンが出席するパーティの情報を聞きつけたリリーナは単身、モスクワに飛んでいた。養父・ドーリアン外務次官の敵をとろうとしたのだ。ドレスに拳銃を隠し、近づいてきたレディ・アンに銃口を向けるリリーナだったが、弾が外れて暗殺は失敗してしまう。レディ・アンの手下が追いかける中、リリーナはウェリッジ侯爵を始めとするピースクラフト家ゆかりの人々の助けを借りて逃げ延びるのであった。

脚本 千葉克彦 絵コンテ 渡邊哲哉 演出 渡邊哲哉 作画監督 安部邦博、西村誠芳、土器手司 ウイングガンダム自爆から約１ヶ月が経とうとしていた。ヒイロは、重傷を負いながらも一命を取りとめ、トロワが身を寄せているサーカスのワゴンで目を覚ます。そのころ、ＯＺと手を組む軍事独裁国ブント共和国では、元連合軍少佐のサリィ・ポォを始めとするゲリラ軍団が果敢に抵抗を続けていた。ブント共和国がある中国奥地に身を隠していた五飛は、「なぜ弱いものが戦うのか」を疑問に持ちながら、シェンロンガンダムでゲリラ集団を救出する。それをきっかけにサリィと出会った五飛は、徐々に戦うことへの迷いが晴れようとしていた。ガンダムの存在を知ったブント大佐は、ゲリラ襲撃を命令。またＯＺとの関係を維持するため、反ＯＺ派の若手将校も抹殺してしまう。その非道な行為と"弱くとも戦う"意志を変えないゲリラ集団に五飛は参戦することを決意。圧倒的なシェンロンガンダムの破壊力でブントの軍を壊滅させるのであった。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 湊屋夢吉 演出 吉本毅 作画監督 佐久間信一、藁谷均 ゼクスは、レイクビクトリア基地でトールギスの調整に取りかかっていた。そこに第３３独立戦隊に所属するノインの教え子・アレックとミューラーが訪れる。旧連合軍が立てこもるモガディジオ要塞攻略のため、補給に立ち寄ったのだ。しかし、基地にはトールギスしか兵力がないため、ゼクスが彼らの指揮下に入り戦うことになる。トールギスの機動能力に要塞の最大武器・ノベンタ砲も沈黙し、ゼクスは敵に降伏を勧告する。だが、アレックとミューラーは、降伏を宣言した兵士を虐殺。その非道な行いにゼクスはふたりの搭乗するＭＳごと叩き斬るのであった。そのころ、ロシア南部のＯＺ基地では、ガンダムヘビーアームズを駆り、ショーを始めるトロワの姿があった。ＯＺの輸送機を次々と破壊していくヘビーアームズ。そして弾薬を使い果たしたトロワは自爆を決意した。

脚本 面出明美 絵コンテ 池田茂 演出 青木康直 作画監督 西村誠芳 各国の王侯貴族が集まるロームフェラ財団の会合が執り行われていた。その会合にリリーナは、ノインに引き連れられ平和主義ピースクラフト王家代表として出席をする。そこでリリーナは、財団の戦争を賞賛する考え方に対し、反感を感じずにはいられなかった。そのころ、ゼクスは内密で回収していたウイングガンダムの修理にあたっていた。しかし、情報はトレーズの知るところとなり、財団から爆破命令が下される。結果、レイク・ビクトリア基地にてウイングガンダム爆破が行われることになった。だが、それはトールギスのパーツで巧妙なダミーを作っての芝居に過ぎなかった。同じころヒイロは、トロワと行動をともにしていた。穏健派のノベン元帥を殺害してしまった贖罪のため、元帥の身内に裁きを仰ぐため、マルセイユにいる孫娘のシルビア・ノベンタの元を訪れた。その町では、ＯＺが旧連合を一掃するため基地の攻撃を開始していた。戦火に包まれた町でヒイロはシルビアを救出。そして自らの罪を暴露し、彼女に銃を渡して裁きを受けようとするが、ヒイロの身を弾丸が貫くことはなかった。

脚本 川瀬敏文 絵コンテ 千明孝一 演出 土器手司 作画監督 佐久間信一、藁谷均 ノベンタ元帥贖罪の旅を終えたヒイロとトロワ。しかし、裁きを受けることはなかった。ふたりの足取りを追ってＯＺが行動を開始する。窮地に陥れられたふたりを助けたのは、ゼクスの命を受け駆けつけたノインだった。ノインの話によれば、ゼクスが南極でウイングガンダムを修理しヒイロとの戦いを待ち望んでいるという。それを承諾したヒイロとトロワは、ノインとともに北極へ向かう。しかし、その情報は、ＯＺの知るところとなり、北極へ向かうノインの輸送船は、ロームフェラ財団の調査団に襲撃される。トロワはガンダムの存在を隠すため敵のMSを全滅させることを決断。情報を他に漏らさないための完全なる行為にノインはただ言葉を失うのだった。

脚本 隅沢克之 絵コンテ 湊屋夢吉 演出 森邦宏 作画監督 西村誠芳 ノインに連れられたヒイロとトロワは、南極大陸に到着した。ゼクスは、修復を完了させたウイングガンダムをヒイロに見せる。ヒイロは戸惑いながらゼクスに感謝の気持ちを示すが、戦いの気持ちが鈍ると感じたヒイロはトロワのヘビーアームズで決戦に臨むことにした。ゼクスとヒイロ、ふたりの激戦が続く中、ヒイロの行方を追っていたリリーナがふたりの間に入る。リリーナは、ヒイロにゼクスを殺すように叫んだ。しかし、リリーナの行動を諫めたノインからゼクスが実兄のミリアルド・ピースクラフトであるという衝撃の事実を知らされる。その時、ＯＺの調査部隊が現われて戦いは中断させられる。ゼクスは、ヒイロやリリーナたちを逃がすためトールギス１機で応戦し、みずからおとりになった。

脚本 千葉克彦 絵コンテ 池田成 演出 渡邊哲哉 作画監督 佐久間信一、藁谷均 宇宙に進出したＯＺは、地球と宇宙の平和を維持する組織としてコロニー住民の支持を味方につけようと目論む。その指揮をとったのは、非情な軍人ではなく優美な聖女と変身したレディ・アンだった。その情報を知ったデュオとカトルは、コロニー支配の第１歩として懐柔を求めてきたと判断し、ＯＺの企みを回避させるため、宇宙へ行く決意をする。彼らは他のガンダムたちに宇宙へ行く必要性を知らせるため、ＯＺの宇宙港を襲撃し、不利な戦いを仕掛けた。だが、コロニーはＯＺに反攻するガンダムを敵と宣言し、戦う意味を見失うデュオとカトル。しかし二人の前に現れた五飛の言葉により再び希望を見つけ立ち上がるのだった。一方、ヒイロとトロワも宇宙へ上がる為にＯＺの基地を襲撃していた。

脚本 川瀬敏文 絵コンテ 川瀬敏文 演出 青木康直 作画監督 西村誠芳 北極でガンダムのパイロットとノインを逃がし、ひとり戦地に留まっていたゼクスは、調査団ＭＳ部隊を殲滅させていた。ゼクスは、すべての力を失い、ロームフェラ財団に投降するが、財団のための騎士となるというトレーズの勧誘を拒絶。財団派となった旧連合軍の激戦に巻き込まれ、ゼクス・マーキスとして戦場に散ることを受け入れる。そのころ宇宙では、カトルが搭乗するシャトルをめぐり、旧連合軍とＯＺが激突。ＯＺのシャトル回収作戦の裏には、レディ・アンが捕らえた５人のガンダム開発者にガンダムやトールギス以上のＭＳを作る条件としてカトルの身柄を要求したことがあった。旧連合の基地は、モビルドールとトーラス部隊に全滅状態となるが、シャトルを攻撃され宇宙に漂っていたカトルの救出に成功する。

脚本 面出明美 絵コンテ 千明孝一 演出 吉本毅 作画監督 佐久間信一、藁谷均 軍人“ゼクス・マーキス”の名を殺す戦いで、瀕死の重傷を負ったゼクスは、デュオの旧知であるハワードに救出される。ハワードは、トールギス開発者であるという事実を話し、トールギスとともに宇宙へ向かうことを勧める。宇宙ではＯＺのコロニー懐柔作戦がスムーズに進み、コロニー住民もガンダムを戦争の象徴として忌み嫌うようになっていた。デュオは、ＯＺの宇宙要塞バルジ破壊のため、半壊したデスサイズで参戦する。最悪の事態に自爆装置を作動させるが、うまく作動しない。そしてついにＯＺに生け捕りされてしまう。ヒイロは、５人のガンダム開発者とデュオを始末するため基地に侵入していた。しかし、デュオを始末せずに救出したヒイロは、ガンダム開発者抹殺のための作戦を展開させる。同じころ、五飛もバルジを襲撃。敵の強大さに戦意が高まるのであった。

脚本 千葉克彦 絵コンテ 池田成 演出 森邦宏 作画監督 西村誠芳 ヒイロは、ＯＺの月面基地に大量のガンダニュウム合金が運ばれている現場を目撃し、新型ＭＳ開発の事実を察知。その読みどおり、基地内ではドクターＪ・プロフェッサーＧ・ドクトルＳ・Ｈ教授・Ｏ老師のガンダム開発者による新しい機体——メリクリウスとヴァイエイトの開発が進められていた。地球では、サリィが回収されたサンドロックを破壊するため、ＯＺの基地に潜入していた。マグアナック隊と鉢合わせてしたサリィはマグアナック隊にガンダムを託し、他のガンダムを求めて旅立ったのだった。レディ・アンは、コロニーの軍事強化と独立を促していた。コロニーはその案を受けて軍整備の志願兵を募る。トロワは志願兵の中に潜り込み、新型ＭＳ阻止に侵入したヒイロと対峙する。ヒイロは、トロワの真意を悟り、ＯＺに投降する。ＯＺは民間人との協調を図るためセレモニーを行う。それは、志願兵によるガンダムデスサイズ破壊だった。それに抜擢されたトロワは見事な演技でデスサイズを爆破。ＯＺの信頼を得るという彼の作戦は成功したはずだったのだが、その目には今まで流したことのない涙が浮かんでいた。