ミニ四駆が大好きな兄弟、星馬　烈と豪は、ある日、土屋博士から空力を最大限に利用したフルカウルミニ四駆を渡される。 兄の烈は「ソニックセイバー」をコーナリング重視に、弟の豪は「マグナムセイバー」を加速重視に仕上げ、G・J・C（グレートジャパンカップ）に臨んだ。 コースは、サバイバルコース。上位3名だけが決勝大会へ出場できる。トップを争うマグナムとソニック。 しかし、滝壷に突入した時、烈と豪の2台のセイバーが吹っ飛び、マグナムはクラッシュしてしまう。

G・J・C決勝戦。この試合に負けたらセイバーを返さなくてはならないとあって、烈と豪はいつも以上に気合いを入れる。その会場に姿を見せる地区予選を最速タイムで優勝した黒沢。星馬兄弟という手強いライバル出現だ。黒沢のマシンは「ブラックセイバー」。烈と豪は、土屋博士が、自分達以外の人間にもセイバーを渡していたことを知る。レースはスタートし、黒沢のマシンが砂をまく改造で圧倒的に優位に立つ。砂山に突っ込んで前進できなくなるソニック。しかし烈はすぐにソニックを拾い、ピット作業を始める。烈にとってこのロスタイムは痛かったが、烈はソニックにワイルド用ビックタイヤを装着しワイルドセイバーに大変身させ、ブラックにぐんぐん迫っていく。そんな中、強い風に会場のライトが落下するアクシデントが発生。烈のセイバーが壊れる。何としても完走したい豪は、競技失格を承知のうえで、二台のセイバーの使える部分をいかして合体させ、完走する。優勝者はアバンテのまこと。ルール違反を冒したとはいえ最後まで走らせた豪たちに惜しみない拍手が送られる。とはいえ、土屋博士との約束でセイバーとはお別れだ。だが、土屋博士は、マシンを愛する豪たちの心意気に打たれそのままセイバーを持っていていいと告げ、大喜びの烈と豪であった。

大破したセイバーの修理を没頭する烈と豪。修理は完成したがコースに合わせたセッティングをするためにはもっとパーツが必要だと思い、早速、佐上模型店にパーツを買いに行こうとするが豪はお小遣いをすでに使い切っていた。残る頼みの綱、母親を頼ると、母は肩たたきと引き替え条件に少しのお小遣いを与えたのだった。 佐上模型店で思い思い買い物をし、帰ろうとする二人の前に、二郎丸と名乗る少年が現れ試合を申し込んでくる。二郎丸は星馬兄弟の噂を耳にし、自分も土屋博士に認められたいと思い、敢えて2人と戦うためにはるばる旅をしてきたという。試合の申し入れにOKした2人を自分のテントに招く二郎丸。その中にはなんと二郎丸が自分で作ったというアスレチックサバイバルコースがあった。しかしこのコースは二郎丸は自分のコースだけ優位に作っていたため烈と豪が走るコースはガタガタだったり、急な坂があったりと、かなり不利な戦いを強いられることになる。苦戦する豪は釘を使った即席スパイクタイヤで危機を乗り切る。 だが、レース中にたいまつの火が、二郎丸の燃料に引火。二郎丸が絶対危機に陥ってしまった。豪はレースのことも忘れ二郎丸を助けようと動く。その時、突如現れた一台のマシンがセイバーの危機を救う。そのマシンは「トライダガーX」だった！

烈たち兄弟のセイバーを救ったのは「トライダガーX」。そのマシンの持ち主は鷹羽リョウ。二郎丸の兄だった。リョウは弟のため命を懸けてくれた烈たちに、礼を言う変わりに一枚のパンフレットを手渡し、弟の二郎丸とともに立ち去る。それはリョウからの無言の挑戦状だった。 そのパンフレットに記されている「マウンテン・ダウンヒルレース」の文字。あいつはいったい？・・・キツネにつままれた思いで見送る烈と豪。「マウンテン・ダウンヒルレース」が行われる当日。会場に出向いた烈と豪は驚きを隠せなかった。何とあの土屋博士が、鷹羽兄弟と親しげに話している光景を目にしたからだ。土屋博士は一体何を考えているのか？・・・豪たちの想像をかきたてる中、レースがスタート。レースは星馬兄弟と鷹羽兄弟の一騎打ちとなり、熾烈なデッドヒートの末、星馬兄弟が勝利をおさめる。しかし鷹羽兄弟はスタート時に自ら100秒のハンディを課していたのだった。釈然としない勝利に豪はリョウに再戦を求めるが、ミニ四ファイターが無理矢理握手させその場を納めてしまう。苛立つ豪、なだめる烈。そんな2人を何者かがみてほくそ笑む。それは三国藤吉であった。

レース終了後、烈と豪の前に現れた謎の少年、三国藤吉。彼に対する烈の第一印象は“調子いいヤツ”、豪の印象は“顔は変だがいい奴”であった。 レースに勝ったものの、100秒遅れのスタート作戦をとってきた鷹羽兄弟に、豪のプライドが許さない。烈の制止を振り切り鷹羽兄弟の元に駆けつける豪。用水路を使っての再試合がスタート。だが引き分けに終わり、さらに豪は鷹羽リョウにマシンの欠点を指摘される。その指摘を受け、“鷹羽リョウ、お前には絶対負けない！”と闘志を燃やす豪であった。

リョウにマシンの欠点を指摘されたことで、夜な夜なうなされる豪。そのために星馬一家はかなりの迷惑を被っていた。見かねた烈が気晴らしにと、豪を町のゲームセンターへと連れ出す。そのゲームセンターの社長は何と、あの三国藤吉だった。たまたま豪が開店千人目の入場者とあって、全てのゲームが無料になる特権を得る。そして、ゲームの中で豪は藤吉の狙いどおり、巨大なミニ四駆コース、スターギャラクシーコースで遊ぶことを選び、藤吉と戦うことになった。 藤吉のマシンはスピンアックス。レース展開は、直線でスピンアックスを引き離すマグナムだったが、カーブに抜かれた瞬間、マグナムの右のガイドローラーシャフトが折れてしまう。そして、マグナムは大きく傾きそのままコース外へ飛び出してしまった。その間にスピンアックスはゴールイン。勝負はまさしく藤吉の想像通りの展開となった。そして、藤吉は無茶なスピード改造でダウンフォースがまるでないというマグナムの欠点を指摘するのだった。リョウもこの欠点を見抜いていたに違いない・・・。勝負が着いたと同時に本性を見せ始めた藤吉。今度は、自分が本当に勝負したかったのは、マグナムではなく、ソニックだと烈に戦いを挑むのだった。豪の仇を取るべく、その挑戦を受けて立つ烈・・・。睨み合う烈と藤吉。「ソニックの走りを見せてやる！！」意気込む烈であった。

藤吉に敗れたマグナムに変わって烈が、ソニックで藤吉のマシンと再挑戦をすることに。。レース中、烈は会場で知り合った子供のマシンを守ろうとしてケガをする。だが、豪の心配をよそに烈は不屈の闘志でレースを続行、ついに藤吉に勝つ。しかし藤吉は難癖をつけ、負けを認めようとはしない。そこへ登場した藤吉の父。父は息子に言う。潔くないと・・・。父の手前、藤吉は烈たちと和解する事に。帰り道、烈のレースの一部始終を観戦していた豪は、自分の力のなさを感じ取り、烈に特訓してくれと申し出る。その申し出を烈は快く受け入れたのだった。

豪は佐上模型店へ出向き、烈から特訓を受ける。そしてマグナムのチューンナップにはかなりの費用がかかることがわかる。その特訓を見学に来ていた藤吉が資金援助をかってでて特訓が開始された。しかし短気な豪は、烈からあれこれ言われてついに切れ、ついには一人でやると言い出す。マグナムの欠点はダウンフォースがないこと。それを克服するため、くる日もくる日も一人特訓に励む豪。 そんなある晩、佐上模型店の店長は、豪のマシンの名前の元となったマグナム（モデルガン）を見せ、マグナムの特性は弾丸を回転させることで安定するとのヒントを豪に与える。その一言に目の前がパッと明るくなった豪は、さらに夜遅くまで特訓を続け、烈に特訓の成果があったことを告げたのだった。

前回のG・J・C失格をバネに参加する星馬兄弟。会場に姿を見せている強力なライバル達。「トライダガー」の鷹羽リョウ、「スピンアックス」の藤吉、黒沢の率いる「ブラックセイバー」軍団・・・そうそうたる顔ぶれがそろい、いよいよレースがスタート。リョウと藤吉のマシンがトップ争いを演じる中、ブラックセイバーを元に量産した黒沢軍団のマシンに囲まれ、豪と烈は苦戦を強いられる。星場兄弟をライバル視する黒沢のマシンは、すざましいまでの強力なパワーで他のマシンを蹴散らし、なんと藤吉のマシンは巻き添えを食い無念のリタイアをしてしまう。黒沢は禁止されている電池の交換を行い、その有り余るパワーで、他のマシンを寄せ付けないようにしていたのだった。その事実を知った、星馬兄弟は闘志を燃やし、藤吉の分まで戦うことを誓ったのだった。

マグナムは奇跡の片輪走法をみせ猛追するが、コースのレーンが壊れ落下の危機に立つ。そのマグナムを救うソニック。だがマシンにトラブルが発生。無念のリタイア。豪はリタイアした烈からフロントバンパーを手渡されて、烈の分まで戦うことを誓う。レースに復帰した豪を待っていたのはリョウだった。リョウは、正々堂々と勝負がしたいと言い、一騎打ち対決をすることになった2台のマシン。苦戦する中、豪を励ますように脳裏に蘇る特訓の日々とヒントをくれた佐上模型店店長の言葉。その特訓の成果である必殺技・マグナムトルネードを炸裂させ、ついに優勝を果たす。ハラハラしながらレースを見守っていた土屋博士は、豪と烈が自分の作ったセイバーを確実に成長させていることを知り嬉しく思っていた。こうしてマグナムは念願のG・J・Cの地区予選通過を果たしたのだった。

G・J・Cの地区予選の敗者復活をめざす烈のソニックセイバー。すでに豪とリョウの関東地区予選を通過しているため、プレッシャーを感じていた。この敗者復活戦の上位2名はG・J・C全国大会の出場権を得ることができるため、烈はこのチャンスにかけるべく日夜ソニックのチューンナップに打ち込んでいた。 ある日、バッタリ出会ったミニ四ファイターが、自分の体験談として、人に先を越された時の気持ちを語ってくれた。そのファイターの一言が、ややあせりぎみだった烈にやすらぎを与えたのだった。 そしてレースでは烈、藤吉の順でゴールを通過し、この2人がG・J・C全国大会の出場権を得ることができたのだった。

豪は学校にマグナムを持ってきてしまい、授業中にたまみ先生に取り上げられてしまう。そんな時ミニ四ファイターが土屋博士からの招待状を持って現れた。しかし豪はマグナムをたまみ先生に取り上げられているために日曜日に土屋博士の所にいけない。困った豪はファイターと一緒にたまみ先生に返して欲しいとお願いしに行く。ところがなんとたまみ先生は勝負をして勝ったらマグナムを返すと言い、ファイター特設学校コースで勝負を始めるたまみ先生と豪だったが…

土屋研究所に呼ばれた前日に豪は風邪を引いてしまう。母親から当日熱があったら行ってはいけないと言われていたにもかかわらず、ズルをして体温計の熱を下げてすっかりレースに参加する気でいた。烈はそんな豪に気づきたしなめるが、一向に聞く耳をもたない。熱がある状態でフラフラになりながら土屋研究所に行くとリョウ、ニ郎丸、藤吉たちも呼ばれていた。ニ郎丸は自分が6人目のフルカウルレーサーだと断言しニ郎丸スペシャル高らかに掲げる。

ミニ四駆に速さだけを求める大神博士はその集大成とも言えるマシン、プロトセイバーとマグナムソニックを対決させるため、烈と豪兄弟を自分の研究所に招いた。なにも知らない星馬兄弟を待ち受けていたのは、噴火口の中に張り巡らされたコースだった。研究のためひどい扱いを受けているミニ四駆達を目の当たりにした烈と豪は、大神博士の挑戦を受けてしまう。プロトセイバー、ソニックセイバー、マグナムセイバーがそろってスタート！！しかし、ストレート、コーナー、どれをとってもプロトセイバーが勝っていた。おまけにプロトセイバーは、走行中に遠隔操作によってリアウィングの角度変えていたのだった。それに対し、ソニック・マグナムは合体必殺技『ダブルトルネード』で対抗するが、プロトセイバーにセットされた各ウィングが生み出す爆風に吹き飛ばされてしまう。最後の力を振り絞って立ち向かうが、また爆風に飛ばされてしまい、ソニック・マグナムともにボロボロになってしまう。ボロボロのマシンを抱える二人の前に、「ミニ四駆はスピードがすべてだっ！！」と勝ち誇る大神。しかし、そこに2人を追って駆けつけた土屋博士！ミニ四駆に対する考え方で対立する二人がまた、火花を散らす！！

大神博士は速さだけを追求し、マシンを追及材料として扱う冷酷な男。そんな大上博士と土屋博士の緊迫の対峙。2人を見る烈と豪、J。大神博士はプロトセイバーだけが最新マシン「セイバー」を名乗ることを許されるのだ、と言う。土屋博士はマシンを成長させる子供たちのものだ、私達がマシンを開発するのは、レースに勝つためじゃない！子供達の夢を育てる手助けをするためなんだ！！と言うと、部屋を出て行ってしまった。大上博士から差し向けられたギャングはセイバーの原型マシンをよこせと土屋博士に詰め寄る。そしてギャングはマシンガンで土屋博士を脅し、プロトタイプを奪っていってしまった。その光景を物陰からみていた烈と豪は、スーパーアバンテが、フルカウルミニ四駆の原型マシンだということを知る。アバンテ、それを追うソニックとマグナムは、研究所を飛び出すが、アバンテはギャングの捕虫網の中に捕らわれてしまった。アバンテを取り返すべく、車で追いかける烈たち。ギャング達に衝突してしまうが、なんとかアバンテを取り返すことに成功した。烈と豪は先祖“アバンテ”を守ったことで、マシンは古いとか、新しいとか機能が問題ではない、夢を大事にする気持ちが大切なんだということに気づいたのだった。

大神博士の作ったリモートコントロールミニ四駆・プロトセイバーに吹き飛ばされるソニックとマグナム。さすがの烈と豪もショックを隠せないでいた。だが、全てのフルカウル・マシンの原点、スパーアバンテの走りを目の当たりにした二人は、その自由で活き活きとした姿に励まされ、ミニ四駆の素晴らしさを改めて実感する。一方、土屋博士は徹夜続きでプロジェクトを完成させようと必死だった。そのプロジェクトとは、マシンを速くするのは子供達の情熱だということを証明するためのものだった。烈と豪もプロトセイバーをどうしたら倒せるかと対策を考えていたが、考えてもなかなかいい案は見つからず、二人はソニックとマグナムを持って、大神のところへ・・・。ソニックとマグナムで再度プロトセイバーとのレースに挑む。一方、土屋博士はVプロジェクトを完成させ「子供達の夢が生んだマシンの誕生だ！」と喜ぶ。ソニックとマグナムは接戦の末一時はプロトセイバーを抜くが、後ろからきた爆風にソニックとマグナムは火口に落ちてしまう。しかし幸運にもコースの支柱に引っ掛かっていた。烈と豪はマシンを助けようとするが、後ろから来たプロトセイバーが追ってくる。そしてプロトセイバーの爆風を受け、溶岩の中に落ちてしまうマシン。「セイバー！！」二人の悲痛な叫びが火口に響く。

大神はセイバーがプロトセイバーとのレースに負け、火口に溶けて消えてしまった一部始終を映したビデオを土屋博士に送りつけてきた。ショックで落ち込んでいるのではと烈と豪を心配に思う土屋は、烈と豪に見せたいものがあると呼ぶ。土屋研究所に入りコースへ行ってみると、二台の新しいマシンが走っている。その名はビクトリー・マグナム！バンガード・ソニック！土屋は「このマシンは未知の力を秘めている！きみたちの力で引き出してほしい！」と、烈と豪にマシンを渡す。烈と豪は「自分たちのをもらっても少しも嬉しそうではない。セイバーを失ってから二人はミニ四駆は考えられなかった。ジュンや改造からは新しいマシンをもらったのだから、と言われるが、豪にとって相棒マグナムを失ったショックは大きかった。そこへ土屋博士は「Vマシンを作ったのは君達なんだ。」と言う。烈は博士に言われたことに気づき、ボロボロになって消えていった無念さをバンガードソニックに引継いでやりたいんだ！と豪を置いて飛び出していく。豪は相変わらず、Vマシンには手をつけず、マンガばかり読んでいた。そんな豪を見かねて改造は釣りへ誘った。そこでマグナム・セイバーは死んでしまったけれど、新しいビクトリーマグナムが、セイバーの子供なんだと言われ、豪もやる気をとりもどし、ビクトリーマグナムを走らせることを決意した。

藤吉が作ったMIKUNIファイブスターランドのオープニングセレモニーとして、大ミニ四駆レース“TOKICHIカップ”を開催されることになり、全国から集まる人たちの挑戦を烈と豪は受けることになる。新しいマシンの調整に余念がない二人。烈と豪もモーターはミニ四駆の魂だと、古いセイバーが使っていたモーターを積んだ。レースには一般参加の他に、土屋博士、ファイター、大神博士とJも来ていた。土屋、ファイターは Vマシンのレースデビュー戦を見守っている。そんな中、ついにレースはスタート！次々と後続車に抜かれていくビクトリーマグナム、先行するマシンをやっとのことで追うバンガードソニック。トップを走るのは、J の操るプロトセイバー。後続車を次々と破壊し、プロトセイバーの後を数秒の差で追うまことのセイロク、トライダガーまでがプロトセイバーによって、激しく弾かれ、ついに怒りが爆発した豪。始めに古いモーターで走らせたのは、Vマシンにセイバーのミニ四駆の魂を受け継いでもらうためだった。もう魂は十分に伝わったと、古いモーターから新たにモーターを入れ替え本来の走りで勝負をすることに！完成したマシンのスイッチを入れる烈と豪。そこにはコースに戻ると凄まじいまでのスピードでアップヒルを登り走るビクトリーマグナム、バンガードソニックの姿があった。

三国藤吉主催のTOKICHIカップに烈と豪はニューマシンでエントリーをしていた。魂を受け継いだ2台は奇跡の猛攻をみせ、あっという間に2番手のスピンアックスを抜き、1位のプロトセイバーにグングン迫っていく。プロトセイバーの空気砲に一時は危うく遅れをとるが、風を見方につけ、プロトセイバーに追いつく2台。最後はゴール目前ビクトリーマグナムがプロトセイバーに激突し、プロトセイバーがコースアウトしたところをマグナムが突破、トップでマグナムがゴールを果たす。続けてバンガードソニック。海に落ちるプロトセイバーを海面スレスレで掴むJ。大事そうにお腹に抱え込みながら、Jはそのまま海へと沈んでいく。しかし、烈と豪に励まされ、Jはコースに戻ってきた！それでこそ、ミニ四駆レーサーだ！！」と固く握り合うJと烈と豪。Jがリモコンを壊した時から立派なミニ四駆レーサーだと、応援するまことや、二郎丸たち。ミニ四駆を愛するレーサー達を前に、敗北感に打ちひしがれる大神であった。

大神を離れ、土屋博士のもとにやってきたJだが、自分にはレースをする資格がないと、豪にレースを誘われても断る。一方リョウはトライダガーを何者かに盗まれてしまう。それを聞きつけた藤吉は、トライダガーを盗んだ犯人を探し出そうと言い出す。いろいろ考えた末、Jが怪しいということになり、Jの後をつける豪たち。影からJを見ているとなんと修理してあるトライダガーをリョウに渡しているではないか！そこへ土屋博士が登場。博士はJがプロトセイバーの部品を使ってトライダガーを修理していたことを皆に話す。しかし、リョウは勝手にトライダガーを持ち出したことは許せないと、Jにレースで勝負しろという。Jは仕方なく挑戦を受けるが、実はこの勝負は、リョウがJにレースを続けさせるためのものだった。豪たちにも、それがわかり、楽しそうにコースに躍り出るのだった。