脚本：五武冬史／絵コンテ：米たにヨシトモ／演出：谷口悟朗／作画監督：木村貴宏（キャラ）、吉田　徹（メカ） 物語の始まりは8年前の雪の夜……、北海道の雪原で天海夫妻は謎のメカライオンから赤ん坊を託される。その赤ん坊こそは人類存亡の鍵を握る存在であったのだ。 そして2005年、東京湾の埋め立て地に突然、出現した巨大ロボットが、新宿新都心を目指して侵攻を開始する。その事件に巻き込まれた子供たちのなかの一人こそ、天海夫妻に育てられ、天海　護と名付けられた赤ん坊の成長した姿だったのだ。 新宿新都心へと侵攻を続ける巨大ロボットに対して秘密防衛組織ＧＧＧの機動隊長・獅子王 凱 と、メカライオン・ギャレオンが出動した。ＧＧＧの格納庫で眠り続けていたギャレオンは、まるで護の危機に反応するように覚醒したのである。 獅子王 凱 とギャレオンはフュージョンし、メカノイド・ガイガーとなってEI-02と名付けられた巨大ロボットに立ち向かう。ガイガーはさらにガオーマシンとファイナルフュージョンして重機動メカノイド・ガオガイガーとなりEI-02を撃破。その中心核を取り出し破壊しようとするガオガイガーだが、それを制止する者がいた。それは光り輝く姿となった護であった。

脚本：五武冬史／絵コンテ：杉島邦久、米たにヨシトモ／演出：杉島邦久／作画監督：植田洋一（キャラ）、山根理宏（メカ） 2年前……、若き天才宇宙飛行士であった獅子王 凱 は､地球外知的生命体認定1号＝EI-01との接触で瀕死の重傷を負いサイボーグとなった。そして現在……ガオガイガーが破壊しようとしたEI-02の中心核は、護の不思議な力によって、人間の姿に人間に戻された。中心核＝ゾンダーメタルは人間にとりつき、そのトラウマを利用してゾンダーロボ化させてしまうのだ。 平和は戻ったものの、市街の受けた被害は甚大で、フュージョンプログラムが未完成の状態で戦った、凱とガオガイガーのダメージも大きかった。両親の待つ家に帰った護も、自分の未知の能力にただ戸惑うだけだった。 そんな時、悪玉プロレスラーを素体としたEI-03が出現する。いまだ調整が完全ではない凱とガオガイガーだったが出撃し、ファイナルフュージョンを妨害されながらもEI-03の撃退に成功する。ゾンダーメタルを手にしたガオガイガーの前に、またも護が現れた。

脚本：五武冬史／絵コンテ：山口祐司／演出：山口祐司／作画監督：寺岡　巌 ＧＧＧ……それは2年前のEI-01襲来の際に、凱を救ったギャレオンによる警告を機に日本政府が設立した秘密防衛組織である。護に不思議な親しみを感じさせるギャレオンは、彼をＧＧＧベイタワー基地へ連れてくる。しかし、どんな検査にも関わらず、護の不思議な力の仕組みは解明されることはなかった。だが、基地内でサイボーグ体の機能不全に苦しむ凱と出会った護は、凱のＧストーンと共鳴し、その能力で凱を救うのだった。 そしてEI-04が人口密集地に出現した。市街地に被害が及ぶため、存分に戦えず苦戦するガオガイガー、ＧＧＧは開発されたばかりのハイパーツール・ディバイディングドライバーを投入。空間湾曲で作り出したバトルフィールドでEI-04を撃破する。

脚本：平野靖士／絵コンテ：菊池一仁／演出：菊池一仁／作画監督：柳沢テツヤ（キャラ）、鈴木竜也、鈴木卓也（メカ） I-04の素体が街へ逃亡してしまった。護が「ゾンダー」と呼んだ逃亡者を必死に捜索するＧＧＧだったが、その行方はようとして知れなかった。その頃、護の父親である天海　勇の勤める宇宙開発公団ではスペースシャトル打ち上げ準備を進めていた。護はシャトルに迫る危機を感じとるが、証拠はどこにもない。結局、シャトルの打ち上げは行われるが、やはりそこにはゾンダーが潜んでいた。だが、ＧＧＧはシャトルの操縦士に凱を送り込んでいたのだ。シャトルと融合してゾンダーロボEI-05となるゾンダー。だが、シャトルから放り出されながらも、凱はファイナルフュージョンして立ち向かい、これを撃破する。

脚本：山口　宏／絵コンテ：浜津　守／演出：浜津　守／作画監督：佐々門信芳 半年前に誕生したふたつのAI……彼らはＧＧＧの隊員たちによって教育され、2体のビークルマシンに搭載されることになった。その名は氷竜と炎竜。だが、ＧSライドの制御か上手くいかないため、ビークルロボ形態にシステムチェンジすることができない。そんな時、プリマーダが誕生させたゾンターロポEI-06が街を破壊し始めた。レスキュー任務に出動する氷竜と炎竜。そして、ガイガーの危機に感情を高ぶらせた護に氷竜と炎竜のＧSライドが反応し、システムチェンジに成功する。氷竜、炎竜の援護を受けたガオガイガーは、連携プレイによってゾンダーロボを撃破する。

脚本：竹田裕一郎／絵コンテ：浜津　守／演出：谷口悟朗／作画監督：吉田　徹 氷竜と炎竜はAIの同調率＝シンパレートが上がらないため、シンメトリカルドッキングを実行できない。鹿島臨海工業地帯にゾンダーロボEI-07が現れたのだが、氷竜と炎竜は喧嘩をしたまま出撃してしまう。そして作戦を指揮するペンチノンの目的は、EI-07が倒された際に、その内部にため込んだガソリンの誘爆にガオガイガーを巻き込むことであった。敵の作戦に気づきながらも、後に引けず必殺技ヘル・アンド・ヘブンを繰り出すガオガイガー。その危機を目前にして、氷竜と炎竜のシンパレートは100％まで上昇、シンメトリカルドッキングに成功し超竜神となる。EI-07の爆発の衝撃は、超竜神が使用したハイパーツール・イレイザーヘッドにより消去され、ガオガイガーは救われるのだった。

脚本：五武冬史／絵コンテ：杉島邦久／演出：杉島邦久／作画監督：寺岡　巌 ゾンダリアンは地球を機界昇華するために、ゾンダーメタルを使って、地球人のゾンダー化を続けていた。その犠牲者が巻き起こした事件がまたも発生する。深夜に現れる謎の黒い300系の新幹線が、電磁波をまき散らしながら暴走し、付近に被害をもたらしているというのだ。ＧＧＧはミラーコーティングで電磁波対策をとった氷竜と炎竜、そして凱の運転するライナーガオーによって捕獲作戦を実行する。2体と1人の連携により作戦は成功したかに思えたが、300系新幹線はゾンダーロボEI-08になってしまう。EI-08のまき散らす電磁波にＧＧＧ機動部隊はディバイディングドライバーとイレイザーヘッド、ふたつのハイパーツールの連携で対抗し、EI-08を見事に撃破する。

脚本：平野靖士／絵コンテ：米たにヨシトモ／演出：南　康宏／作画監督：植田洋一（キャラ）、山根理宏【スタジオＧ−1】（メカ） ある日、関東地方から太陽が消えた。空中に広範囲にわたり雲のような巨大なゾンダーロボEI-09が出現したのだ。EI-09は破壊よりも自分自身の成長を目的としているらしい。それは何故？ 華が乗った数納の気球もゾンダーの中に捉えられ、護は心を痛める。EI-09が内部に大量の酸素を貯め込んでいるため、うかつに攻撃できずにいたＧＧＧもついに作戦を開始した。エンジンをOFFにしたステルスガオーとガイガーによって人質を救出した後、ディバイディングドライバーで敵を墜落させ、爆発のショックはイレイザーヘッドで消去しようというのだ。作戦は無事成功するが、作戦遂行中に凱はゾンダー内部で奇妙な物体を目撃するのだった。

脚本：山口　宏／絵コンテ：握乃手沙貴／演出：握乃手沙貴／作画監督：柳沢テツヤ（キャラ）、鈴木竜也、鈴木卓也（メカ） ゾンダーヘの対応が後手に回っていたＧＧＧだが、ついに対策を完成させた。ゾンダーが発生させる特殊な素粒子ZOを感知するZセンサーを開発したのである。同時期、街には謎の暴走バイクが出没しはじめていた。これをゾンダーではないかと睨んだ火麻たちは、Zセンサーを持って調査に向かう。Zセンサーによりゾンダーを発見し、追いつめていく火麻たちだが、ゾンダーは大量のバイクに紛れ込んでいるため特定する事ができない。出動したＧＧＧ機動部隊も捕獲に協力しようとするが、無数のバイクが融合しゾンダーロボEI-10となる。分離と合体を繰り返すEI-10に苦戦するガオガイガーだったが、護の探知能力によって敵の本体を見抜き、これを撃破するのであった。

脚本：五武冬史／絵コンテ：加瀬充子／演出：山中英治／作画監督：佐々門信芳 最新型の深海探査艇の進水式にゾンダーが現れた。しかも、探査艇と融合したゾンダーロボEI-11の内部に護と華が囚われてしまったのだ。ＧＧＧ機動部隊はＧＧＧ諜報部と合同で救出作戦を開始する。まず多次元諜報潜水艦から潜行艇マリン1が発進するが、深度6千メートルで水圧に耐えきれずに圧壊してしまう。しかし、その中に潜んでいたガオガイガーは、ディバイディングドライバーで湾曲空間フィールドをつくり、深海への追跡を続行する。深海において湾曲空間フィールドの消滅する30分間がタイムリミットなのだ。ついに深海1万メートルでEI-11を撃破するが、タイムリミットを越えてしまう。しかし、護の未知の力が働き、全員無事に救出されるのだった。

脚本：竹田裕一郎／絵コンテ：浜津　守／演出：浜津　守／作画監督：寺岡　巌 獅子王　麗雄博士はスワンとともに、かつての教え子であった野崎のもとを訪ねる。野崎は東苫小牧に建設された巨大粒子加速器イゾルデの実験主任であったのだ。だが、すでにゾンダー化されてしまっていた野崎によって二人は捕らえられてしまう。二人を密かに護衛していたボルフォッグの連絡により、事態を知ったＧＧＧは機動部隊を現地へ急行させる。東西南北のゲートから侵入する凱、氷竜、炎竜、ボルフォッグ。彼らの前に、ついに機界四天王が姿を現す。巨大粒子加速器イゾルデはその高エネルギーを利用したゾンダーメタルプラントにされていたのだ。ガオガイガーはイゾルデを融合し現れたゾンダーロボEI-12を撃破し、ゾンダーの重要拠点を破壊する。

脚本：米たにヨシトモ／絵コンテ：米たにヨシトモ／演出：米たにヨシトモ／作画監督：木村貴宏（キャラ）、吉田　徹（メカ） ＧＧＧはイゾルデで入手に成功した完全なゾンダーメタルの研究を続けていた。勇者たちはＧストーンの力によって守られているが、普通の機械ならなんでも融合してしまうゾンダーメタル。人間をゾンダーロボに変えてしまうのが、このゾンダーメタルなのである。さらなる戦いに備えて、ガオガイガーは超竜神と模擬戦を行い、凱とボルフォッグは敵味方の戦力を分析する。一方、明日の攻防に備えるのはゾンダリアンも同じであった。四天王たちは緑の髪の少年護を狙うピッツァ、ペンチノンと、カインの遺産であるギャレオンを狙うポロネズ、プリマーダに分かれ、作戦を練るのだった。

脚本：竹田裕一郎／絵コンテ：杉島邦久／演出：杉島邦久／作画監督：植田洋一（キャラ）、山根理宏【スタジオＧ−1】（メカ） 2年前……、地球に飛来した宇宙メカライオン・ギャレオンは凱にＧストーンを与え、その命を救った。そして、その内部のブラックボックスからは数々の超テクノロジーが発見され、人類はエクストラ・インテリジェンス＝EI迎撃の準備を整えたのであった。そのギャレオンを標的と狙うのが、四天王のポロネズである。 ポロネズは、沖縄の海洋遊園地ウォーターポリスで遊ぶ護を狙う。駆けつけたギャレオンは捕らえられ、ゾンダーロボEI-13に激しい攻撃を受ける。その危機を救ったのは、護を護衛していたＧＧＧ諜報部のボルフォッグだ。駆けつけた凱もガオガイガーにファイナルフュージョンし、EI-13は倒される。

脚本：山口　宏／絵コンテ：菊池一仁／演出：山口祐司／作画監督：柳沢テツヤ（キャラ）、鈴木竜也、鈴木卓也（メカ） ピッツァは夢を見ていた。かつて三つの太陽の下、赤い大地での戦いに敗れ、彷徨っていた過去を……。そこで彼はペンチノンに出会い、ゾンダリアンとなったのだ。そのピッツァは不思議な力を持つ護を、まず排除しようと考えていた。米軍兵士をゾンダー化して、電磁波を撹乱する霧に覆われた渓谷に護を誘い込み、地球の兵器を操って襲撃する計画である。電磁波を攪乱する霧のため、通信も不能でＧＧＧも護の危機に気づかない。秘密裏に護の護衛をしていたボルフォッグは数々の特殊能力を駆使して護を守り抜き、ビッグボルフォッグとなって正体を現したゾンダーロボEI-14に立ち向かう。強力な火力に苦戦するビッグボルフォッグだったが、駆けつけたガオガイガーによってEI-14は撃破される。

脚本：北嶋博明／絵コンテ：谷口悟朗／演出：谷口悟朗／作画監督：寺岡　巌 ＧＧＧ基地のコンピュータシステムを作り上げた天才・猿頭寺耕助。彼と開発主任の座を争って敗れた犬吠崎がゾンダー化して、ＧＧＧベイタワー基地のコンピュータに侵入した。そのため、メンテナンス中だった凱や氷竜、炎竜はダメージを受け、さらに主動力炉が暴走させられてしまう。基地の主動力炉の爆発という絶対の危機に際し、ボルフォッグから避難することを勧められる護だったが、自分だけ安全な場所に逃げることを良しとできず、ボルフォッグと共にゾンダーを倒すことを決意。ＧＧＧ特別隊員として命令しボルフォッグと共に基地内に侵入する。彼らと猿頭寺の活躍で犬吠埼は多次元諜報潜水艦のコンピュータに仕掛けられたトラップにより基地のコンピュータから排除される。最後のあがきでガオガイガーの予備パーツを融合した犬吠崎はゾンダーロボEI-15となった。しかし、対するガオガイガーは合体プログラムを破壊されており、ガイガーとガオーマシンは合体できない。そこで、火麻、麗雄、牛山が各ガオーマシンに乗り込み、危険なファイナルフュージョンマニュアルが実行された。皆の活躍でEI-15は撃破されたが、必殺技ヘル・アンド・ヘブンの影響で凱のサイボーグ体は異常をきたしていたのだった……。

脚本：山口　宏／絵コンテ：錦織　博／演出：原田奈奈／作画監督：佐々門信芳、藁谷　均、佐久間信一 度重なるゾンダーとの戦いに必殺技ヘル・アンド・ヘブンを使いすぎた凱のサイボーグ体はボロボロになっていた。その頃、有名大学や予備校が正午に爆破されるという事件が連続して発生する。ＧＧＧではそれが巨大な列車砲による長距離からの砲撃であることをつきとめた。そして砲撃から東大を守り抜いた超竜神の捨て身の活躍により砲撃位置を割り出すことに成功したＧＧＧは、ギャレオンとガオーマシンを隠密ルートで送り出す。傷をおして出撃した凱は、ゾンダーロボEI-16の目前でファイナルフュージョン。ディバイディングドライバーで砲撃の威力を相殺するという戦法を採り、肉弾戦でEI-16を撃破する。

脚本：五武冬史／絵コンテ：渡辺哲哉、森　邦宏／演出：西山明樹彦／作画監督：木村貴宏（キャラ）、吉田　徹（メカ） ハイパーツール・ディバイディングドライバーの使用には恐るべき危険が秘められており、敵味方の双方がそのことに気づいていた。プリマーダがそれを利用する作戦として、大阪にゾンダーロボEI-17を出現させる。ディバイディングドライバーで空間湾曲フィールドを作ると、身体に負担をかけながらもヘル・アンド・ヘブンでEI-17を倒す凱。だが、その瞬間に湾曲空間ポッドが出現、ガオガイガーを包み込んだ。脱出不能の状態に陥るガオガイガー。このまま空間湾曲フィールドが収斂すれば、ガオガイガーもろとも大阪中が消滅してしまう。この危機に、アメリカにいる獅子王　雷牙博士が作ったプライヤーズが駆けつける。プライヤーズはフュージョンしてハイパーツール・ディメンジョンプライヤーとなりガオガイガーとツールコネクト。空間修復能力により空間の裂け目をふさぐことに成功する。

脚本：竹田裕一郎／絵コンテ：西森　章／演出：杉島邦久／作画監督：植田洋一（キャラ）、山根理宏=St.G-1（メカ） ヘル・アンド・ヘブンを使い続けたことにより、凱のサイボーグ体に蓄積されたダメージは限界に達しつつあった。ＧＧＧは新たなガオガイガーの戦力として、Ｇツールの開発を急ぐ。そんなある日、宇宙開発公団に異常事態が発生した。職員たちがおかしな言動とともに施設の破壊活動を開始したのだ。さらに公団に居合わせた命までもが凱を殺そうとしてしまう。すべてはマイクロサイズのゾンダーが引き起こしていたのだ。ＧＧＧはマイクロゾンダーの支配から人々を解放するが、集合体となったゾンダーロボEI-18が現れる。ガオガイガーにファイナルフュージョンした凱は禁じられていたヘル・アンド・ヘブンを使うが、それこそがピッツァの狙いであったのだ……。

脚本：竹田裕一郎／絵コンテ：菊池一仁／演出：南　康宏／作画監督：寺岡　巌 ピッツァの罠にはまり、ダミーのゾンダーメタルを直撃したガオガイガーは、ヘル・アンド・ヘブンのエネルギーを起爆剤として出現したグランド・ノヴァに呑み込まれてしまっていた。地上の太陽とも言うべき高エネルギー体グランド・ノヴァ……その正体はかつてガオガイガーの活躍により失われたイゾルデに代わるゾンダーメタルプラントであったのだ。ＧＧＧは総力をあげてガオガイガー救出作戦を開始、同時に護とボルフォッグは消えたEI-18のゾンダーメタルの行方を探す。超竜神がその全身をボロボロにしながらもガオガイガーの救出に成功、ボルフォッグもゾンダーメタルを守るピッツァに奇襲をかける。そして、グランド・ノヴァを消滅させるため、ついにＧツール・ゴルディオンハンマーの発動承認が下された。物質を光に変換してしまうゴルディオンハンマーの威力でグランド・ノヴァは消滅、しかし、その反動に耐えきれずガオガイガーの機体もダメージを受けてしまうのだった。

脚本：北嶋博明／絵コンテ：谷口悟朗／演出：谷口悟朗／作画監督：佐々門信芳、藁谷　均、佐久間信一 Ｇツール・ゴルディオンハンマーは想像を絶ずる威力によって、ガオガイガーの機体にも深刻なダメージを与えていた。ＧＧＧでは急ピッチで改修作業が行われている。一方、不思議な力で数々の作戦を妨害してきた護を排除しようと考えたペンチノンは、護の小学校を外界から切り離した上で、ゾンダーに護を襲わせる。閉鎖空間となった学校で子供たちだけの戦いが続く。彼らの頑張りがきっかけでボルフォッグが閉鎖空間のトリックを見抜き、ＧＧＧが出動した。捕らえられた子供たちを救いつつ、いまだ改修作業の終わらぬゴルディオンハンマーを使用するため、ＧＧＧ機動部隊の勇者ロボットたちは絶妙の連係プレイでゾンダーロボEI-19に挑む。ディメンジョンプライヤーをショックアブソーバーとしてゴルディオンハンマーをふるい、見事にEI-19を撃破する。