来自秋田的高中生森田芽衣子，被条件过于优厚的天宫女学院选中成为转校生，来到了东京开始寄宿生活。宿舍同时也是一家漫画咖啡店，她需要进行志愿服务在店里打工。身为店主兼宿舍长的大小姐天宫梨绘、视频博主铃木万里花，以及硬核玩家中野音绪。就这样，与这些舍友们在一起的一叠间漫画咖啡屋生活正式拉开帷幕！然而，芽衣子之所以能成功编入学校，其实是因为她被误认为成了同名的新人漫画家“森田芽衣子”……

和音绪一起去采购，大家一起商量店里的新菜单，芽衣子也逐渐适应了在漫画咖啡店的生活。就在某天，梨绘的母亲，同时也是天宫女学院理事长的天宫梢来到了店里。梢告诉她们，再这样下去店就要关门了。原来，由于梨绘的放任式经营，店里早已陷入巨额赤字。芽衣子等人急忙着手改善经营状况，然而……！？

芽衣子和音绪一起打僵尸游戏，和万里花一起拍摄直播视频，与大家共同度过着快乐的每一天。就在某天，在同栋大楼猫咖工作，超级爱猫的少女成海美知花闯入了店里。美智香对于梨绘强行扩张店面的行为感到非常愤怒，认为这导致猫咖的空间变小了……漫画咖啡厅与猫咪咖啡厅，这场跨行业的对决即将拉开帷幕……！？

正值盛夏，漫画咖啡店生意兴隆，芽衣子她们心情大好。然而空调却突然发生故障，导致她们不得不暂停营业。面对因经营刚步入正轨就遭遇波折而垂头丧气的梨绘，梢在一旁不停安慰。对于正发愁在空调修好前去哪里落脚的芽衣子等人，梢提议去关岛的别墅避暑。于是，芽衣子她们带着满花，立刻启程前往南国度假胜地！

芽衣子沉浸在前些日子的关岛之旅中，有些心不在焉。结果她的期末考试没及格，需要参加补考。作为补考战友的万里花、音绪，与原本成绩就很好的梨绘，再加上被卷进来的满花，众人一起开始了艰苦的考前突击。终于迎来了暑假，万里花和音绪动身回老家。好不容易熬过补习的芽衣子，本打算回老家去见弟弟妹妹们，却又放心不下独自留在店里的梨绘……

暑假接近尾声。虽然期间还发生了芽衣子弄丢内裤，就那样真空在店里乱晃之类的事情。不过返乡的音绪和万里花也已经回来，店里又完全恢复了往日的气氛。某天，芽衣子等人注意到有一位客人似乎一直住在店里，于是决定前去确认她的身份。那名客人一边对历史漫画兴奋不已，一边用武士般的口吻说话，还拼命想隐瞒自己的来历，是位十分可疑的女性……而她的真实身份究竟是！？