代替身体不适的素直去上学的，是复制体小直。在与青梅竹马律子一起呆在文艺部时，突然来了一份不合时节的入部申请。申请人是原篮球部王牌，同时也是同班同学真田秋也。

为了让真田更方便找自己搭话，小直表示今后上学时会把头发半扎起来作为标志。小直期待已久的远足由素直参加，而久违来上学的她，看着同学们聊着远足的回忆，心中不禁感到羡慕。就在这时，真田向她搭话了……

暑假结束之后，真田注意到素直有一段时间没有来学校。在听到律子说“素直前辈不是每天都来学校的哦”之后，真田恍然大悟。一个月后，面对终于来校的素直，真田开口问道：“你……难道不是爱川素直吗？”

为了替秋也复仇，秋决定与前篮球部的早濑前辈进行一场篮球对决。小直和律子一起在旁边为他加油打气。正在进行实况直播的手机视频通话那头，素直和秋也也在看着——

秋在车站茫然地站着，给素直打了电话。在听到小直可能已经死了的消息后，素直的内心剧烈动摇。在轨道下方，他们发现了小直身穿的制服、鞋子，以及水蓝色的发圈——

前学生会成员森凉未与前学生会副会长望月隼出现在社团活动室，并告知小直他们文艺部正面临废部危机。为了阻止废部，他们开始着手准备文化节活动。而就在此时，校内开始散发起暗示着存在替身的传单。

与秋去水族馆约会后的第二天。小直被同班同学佐藤邀请道：“要不要一起吃便当？”于是，她第一次和女生小团体一起吃午餐。之后，在和佐藤前往图书室时，小直看见律子正一脸严肃地走着……

青陵祭的第二天，来上学的是小直。被人换上女仆装、与秋一起体验鬼屋——小直在心跳加速中享受着人生第一次的文化节。而就在演出正式开始之前，小直得知了凉未不为人知的过去。

帷幕拉开，由律子担任编剧的《新译竹取物语》的舞台剧正式开始。剧情按照排练的方向顺利推进，但在临近尾声，演到辉夜姬与老夫妇诀别的场景时，小直领悟到了凉未对这个故事所寄托的情感，于是朝着凉未问出了剧本上没有的、发自内心的问题。

凉未去世的同时，凉也消失不见了。在悲伤与震惊迟迟无法消散之际，小直又被素直告知，之后将由她自己去学校上学。依旧陷于迷茫之中的小直把自己关在家里不愿出门。就在这时，律子与秋来到她家，对她说道：“一起去温泉吧。”

修学旅行期间，素直前往京都，而小直则前往凉的故乡——富士宫。在京都，素直与秋也、佐藤以及吉井一同游览各处名胜，逐渐与他们熟络起来。另一方面，抵达富士宫的小直和秋在牧场体验各种活动时，却意外遇见了一位“前辈”。

在尽情享受修学旅行期间，素直突然被一位并不熟悉的同学单方面告白了。在因为对方说的话而情绪低落时，佐藤来到了她身边。面对坦率直接的佐藤，素直终于倾诉出了自己一直深藏于心的感情。另一方面，正在尽情游览富士宫的小直，则和望月、秋聊得热火朝天，甚至提议来一场“说到修学旅行就必不可少”的枕头大战——

帮忙收获土豆、去看美丽的富士山……在感受着四季流转之美的同时，小直也渐渐察觉到了自己内心的变化。就在这时，被素直和秋也叫去的小直与秋，将后续事务托付给望月后，一同前往京都。就这样，身为本体与复制品的四人齐聚京都，但他们的样子似乎有些不太对劲……