惑星Zi（ジィ）のエレミア砂漠を、砂煙を巻き上げ、凄まじいスピードでホバーボードを走らせる一人の少年がいた。少年の名は、バン。 　ふとしたことから砂漠の盗賊団に追いかけられていたバンは、彼らの操るサソリ型ゾイド〈ガイサック〉に追いつめられ、砂漠に埋もれた遺跡に逃げ込む。だが、そこには朽ち果てたゾイドゴジュラスとシールドライガーの姿があるだけで、バンの助けになりそうなものは何一つ見当たらなかった。 　遺跡を次々と破壊しながらバンを追いつめる〈ガイサック〉･･･。その膨大なミサイル攻撃で、ゾイドゴジュラスとともに崩れ落ちて砂に埋もれてしまったバンは、壊れたホバーボードを修理するための部品を探して遺跡の中に入る。そして偶然にも、隠し部屋を見つけたバンは、研究所のような部屋の中に、巨大な楕円形の装置、ゾイドエッグが放置されているのを発見する。 　電源が生きている事を確認したバンがゾイドエッグの起動スイッチを入れると、ゾイドエッグは発光を始め、やがてガラスの殻を破ってティラノサウルス型ゾイドが誕生した。　村人を守るために命を落とした勇敢な「ゾイド乗り」であった父親にあこがれ続け、ついに念願のゾイドを手に入れたバン。バンは〈ジーク〉と名づけたゾイドとともに、執拗に迫ってくる〈ガイサック〉に立ち向かう。

光の玉となってシールドライガーの『ゾイドコア』に入っていったジーク。途端に見違えるような復活を遂げたシールドライガーで、バン（声・岸尾大介）は２体のコマンドウルフを撃破した。 　敗北を喫して泣く泣く野営地に戻った盗賊団デザルト・アルコバレーノの盗賊ビアンコ（藤田圭宣）、ネーロ（樫井笙人）、ブル（宮下道央）の三人は、ヴィオーラ（深見梨加）に事の始終を報告する。ガラクタ同様だったゾイド、シールドライガーが突然息を吹き返したという話に、ジークが「オーガノイド」に違いないと睨んだロッソは、ヴィオーラにジークを奪ってくるよう命じる。 　その頃、バンはジークとフィーネ（大本眞基子）を連れて、生まれ故郷の村ウインドコロニーに戻っていた。絶対に村の人たちに迷惑をかけないという約束で、ジークやフィーネを家に置くことを姉のマリア（岡村明美）に許してもらったバンは長老や神父（安井邦彦）に挨拶を済ませると、さっそくシールドライガーに乗り込んでフィーネたちに近所を案内しに出かける。もちろん、ジークが盗賊団デザルト・アルコバレーノに狙われていることなど知る由もない。 　バンと入れ違いで村にやって来たヴィオーラたちは、２体のモルガで村を威嚇爆撃。ジークを渡すように村人たちを脅すが、バンたちがいないと知ると、マリアを人質として連れ去ってしまう。 　やがて散歩を終えて村に帰ってきたバンは、マリアが拉致されたことを知り、ジークとシールドライガーでマリアを救い出そうと考える。だがそんなバンに対し、神父や長老は素直にジークを差し出すよう説得。納得しないバンをロープで縛って部屋に閉じ込め、ジークを連れてヴィオーラのもとへ急ぐ。長老と神父はマリアの無事を確認すると、ヴィオーラにジークを差し出すが･･･。 　その頃、部屋を抜け出したバンは、砂漠の丘にシールドライガーを走らせていた。

　村を後にしたバン（岸尾大輔）とフィーネ（大本眞基子）は砂嵐吹き荒れる砂漠を、はぐれてしまったジークを探して前進していた。そんな中、底なしの蟻地獄にはまってしまったフィーネは、コマンドウルフで通りかかった青年アーバインに助けられる。砂漠の遺跡をめぐって何か捜し物をしているというアーバイン･･･。３人は洞窟の中で一夜をともにするが、嵐が去った翌朝、バンたちが目を覚ますとすでにアーバインの姿はない。　やがてジークに出会うことができたバンとフィーネは、遺跡群に行き着く。だが遺跡とは名ばかり。戦争中には砦として使われていた遺跡も崩壊と風化が進み、植物が群生した様はまるでジャングルだ。三人はそこで、前足の傷ついたゾイド、ホワイトゴルドスに出会うが、ホワイトゴルドスはバンたちを遺跡の中に入れることを拒むようにミサイル攻撃を仕掛けてくる。 　そんな中、ミサイルの衝撃で露出した下水道の横穴から遺跡の内部に入ることに成功したバンとフィーネは、かつて司令塔だった建物の室内を探索中に一冊の日記帳を発見、ホワイトゴルドスが朽ち果てた遺跡にたった一匹でいるいきさつを知る。 　人間に捨てられたことも知らずに、五十年もの間、砦を守り続けているホワイトゴルドスの身の上に沈痛な面持ちのバンとフィーネ。だがそれもつかの間、大きな爆発音に二人が遺跡の入口に駆けつけると、そこではホワイトゴルドスとコマンドウルフが壮絶な闘いを繰り広げていた。驚くことに、コマンドウルフのコックピットにいたのはフィーネを助けてくれた青年・アーバインだった。コマンドウルフの攻撃でホワイトゴルドスが大きな傷を負ったことでバンの怒りはさく裂、ジークはシールドライガーのゾイドコアに合体し、ホワイトゴルドスを応戦する。 　肩を負傷したコマンドウルフはその場を退散するが、本当のトラブルはそれからだった。アーバインの言う＜探し物＞とは、他ならぬオーガノイドだったのだ。ジークがオーガノイドであることを目の当たりにしたアーバインは、ジークを何としても手にいれようと画策を始めるが･･･。 　一方、フィーネも遺跡の地下室にあった一本の石碑に刻まれた不可思議な模様に記憶の糸をたぐり、＜ゾイドイブ＞という言葉を導き出していた。＜ゾイドイブ＞はフィーネの記憶を取り戻す重大な手がかりになるのか･･･？

　砂漠を行くバン（岸尾大輔）たち一行は、谷間の牧草地に広がるレイクコロニーにたどり着く。湖で暑さを癒していると、湖畔にコマンドウルフが現れ、傍らには村人たちを従えたアーバイン（藤原啓治）が立っていた。戸惑うバンに、アーバインは自分が毎月定期的にこの砂漠のオアシスを襲ってくる帝国軍崩れの盗賊たちから村人たちを守るために、用心棒として雇われているのだと説明する。アーバインによれば、ちょうど今日がその日。バンは水や食糧をもらった礼に、用心棒としてアーバインの手伝いをすると申し出る。 　そんな中、いち早くバンやジークの存在に気づいていた盗賊団のビアンコたちはオーガノイドであるジークを捕獲しようとバンたちの様子を窺っていたが、やがて警戒する中、地平のかなたから砂塵を巻き上げ、轟音とともに巨大ゾイドの一団『デザルト・アルコバレーノ』が姿を現わす。 　迎え撃つアーバインがコマンドウルフに乗り込み、戦闘態勢を整える一方で、ジークは光の球体に変化するシールドライガーの『ゾイドコア』に合体し、戦闘モードを完了させる。コックピットに乗り込んだバンは凄まじい勢いでブル（宮下道央）のガイサックを撃破し、首領・ロッソ（中村大樹）の乗り込むレッドホーンに迫る。ところが、なぜかアーバインが戦線を離脱してしまう。

　野宿する場所を求めて砂漠を歩いていたバン（岸尾大輔）たち一行は、グスタフを操る”砂漠の運び屋”ムンベイ（渡辺久美子）に出会う。ところが、一緒にキャンプをすることで意気投合した矢先、五体のガイサックの不意な襲撃を受ける。そんな彼らをガイサックの奇襲から救ってくれたのは、またもやコマンドウルフで現れたアーバイン（藤原啓治）であった。アーバインは、ガイサックの狙い撃ちに遭っていたジークをも助け出す。 　ガイサックを叩き潰して一戦を終えたバンたちは、砂漠に埋もれた巨大な遺跡で一夜を過ごすことになった。助けてくれたお礼だと言って、傷ついたアーバインのコマンドウルフを治すムンベイは、自分に治せないゾイドはないと豪語。先の戦いで損傷したままだったバンのシールドライガーも診てくれるという言葉に大喜びだ。 　ムンベイがゾイドの修理を終えるのを待ってやっとありついた食事時、バンはジークとフィーネが遺跡にあったカプセルから生まれたこと、ジークと出会ってからずっと襲われ通しだということを話す。さらにムンベイが運び屋だとわかると、フィーネのことを知るたったひとつの手がかりである『ゾイドイブ』のことを尋ねてみるが、顔の広いムンベイをしてもわからないという答えにバンはがっくりだ。気を取り直して遺跡の中を散歩に出かけたバンだったが、湧き出した地下水が溜まってできたプールの底に、おびただしい数のゾイドの残骸が沈んでいるのを見つけて不思議に思うのだった。 　そして翌朝、まだ夜も明けきらない頃、バンはアーバインがジークを連れ出そうとしているのを発見して詰め寄る。まさに一触即発という張りつめた空気の中、不意にバンたちのいる倉庫の周囲に砲弾の雨が降り注いだ。さらに、遺跡のそこここからわらわらとガイサックが現れ、倉庫に侵入してくる。バンたちは各々のゾイドの操縦席に乗り込み、脱出の準備を急いだ。 　囮のガイサックで獲物を遺跡に追い込んでおいて、夜明けに奇襲をかけるという敵の罠、’スリーパー・トラップ’にまんまとはまってしまったバンたち･･･。昨夜、バンが遺跡の中のプールで見たゾイドの残骸は、哀れな獲物たちの末路の姿だったのだ。

　ジークを連れて砂漠を行くバン（岸尾大輔）、ムンベイ（渡辺久美子）、フィーネ（大本眞基子）がレッドリバーの畔で食事をしていると、眼前にステゴザウルス型ゾイド＜ゴルドス＞が現れる。ゴルドスのコックピットからは共和国軍の軍人ロブ・ハーマン（堀川仁）大尉が姿を現し、部下の軍人たちにムンベイのグスタフの積み荷を調べるように命令。バンたちはシールドライガーを盗んだ容疑も加わり、帝国軍のスパイ容疑をかけられてしまう。 　さらに、フィーネの言葉からジークがオーガノイドであることを聞きつけたハーマン･･･。バンはジークを捕まえようとするハーマンの部下たちの手からジークを逃すことには成功するが、自分たちは牢に投じられてしまう。偶然にも、牢の中には弾薬を盗んで捕らえられたアーバイン（藤原啓治）の姿があった。 　一方、シールドライガーについて調べを進めていたハーマンの部下オコーネルは、シールドライガーが20年以上も前に登録を抹消されたものであることを報告。さらにジークがオーガノイドであることに確信をもったハーマンは、バンに対し、自分の下で働かないかと持ちかける。 　そんな中、共和国軍のレッドリバー前線基地にジークがバンを助けにやって来る。ジークは拘留されていたシールドライガーと合体してシールドライガーを起動。アーバインとともに牢を破って来たバンは素早くシールドライガーのコックピットに収まると、一足先に基地を飛び出したアーバインのコマンドウルフとともに戦闘態勢に入る。空から攻撃を仕掛けてくるプテラスに跳び上がり、見事プテラスの翼に鋭い爪を命中させたシールドライガーは、ハーマンの乗るプテラス機に迫っていくが･･･。 　そんな戦いが繰り広げられる中、レッドリバーの向こう岸の出島部分のドラゴンヘッド要塞では、帝国軍のゾイド大部隊が着々と出撃の準備を整えていた。

　ハーマン率いる共和国軍の部隊の攻撃をシールドライガーでやり過ごしたバン（岸尾大輔）は、ジークとともに、共和国軍の前線基地に囚われているフィーネ（大本眞基子）とムンベイ（渡辺久美子）を救出に向かう。ところが、共和国軍の兵士たちの後ろからひょっこりと顔を出したムンベイとフィーネは、自分たちは共和国軍に雇われたという。ムンベイの説得で、レッドリバーの対岸に総戦力を結集させて今や遅しと進軍の時を待つ帝国軍に対し、バンとジークも助っ人要員として共和国軍に力を貸すことになる。 　一方、レッドリバーのドラゴンヘッドにある帝国軍要塞では、帝国軍摂政プロイツェン（大塚芳忠）が長らく侵攻を開始しないシュバルツ少佐（上田祐司）に苛つき始めていた。停戦条約を結びながらも共和国領に攻め入ることを躊躇するシュバルツに対し、プロイツェンは侵攻の目的が反乱軍の掃討であることを告げるが、シュバルツはあくまで共和国軍が先に攻撃を仕掛けてくるまで先陣は切らないという。 　その頃、ムンベイとフィーネはグスタフのトレーラーに爆薬を積み込んで、レッドリバーの上流にある帝国領土にかかる橋、ファイヤーブリッジに向かっていた。帝国領土に入り込み、ファイヤーブリッジを積み荷の爆薬で吹き飛ばして敵の進行を阻止する計画だ。中立地帯でハーマンのゴルドス、バンのシールドライガー、ジークのゾイド部隊と帝国軍のモルガ大部隊が膠着状態を続ける中、ムンベイは弾薬の納品を装い、ファイヤーブリッジを渡ることに成功する。 　そんな中、遠くから一機のプテラスが飛来したかと思うと、モルガ部隊を攻撃し始める。それを反乱軍の攻撃とみなした帝国軍はモルガ隊を前進させ共和国に攻撃を開始するが･･･。そこにはプロイツェンによって仕組まれた陰謀があった。

　シールドライガーでファイヤーブリッジを爆破して帝国軍が攻め入る道を閉ざしたバン（岸尾大輔）は、フィーネ（大本眞基子）とムンベイ（渡辺久美子）を伴い共和国軍の基地に帰る。一方、マルクス（坂口候一）から作戦が失敗に終わったことを責められロッソ（中村大樹）たち砂漠の盗賊団の面々は、オーガノイドであるジークを献上することで帝国軍への復帰を再び目論んでいた。 　そんな中、バン、フィーネ、ムンベイ、アーバイン（藤原啓治）の４人は、ジークを連れて、共和国の首都にある国立考古学研究所に向かうことに。『ゾイドイブ』の謎を解明する手がかりを見つけるために、一行はハーマン大尉（堀川仁）の紹介状を手に基地を後にする。 　一週間後、バンたちは、山越えや砂漠越えに備えて物資を調達するため、サイドコロニーに立ち寄る。旅慣れたムンベイを先頭に市場に買い出しに出かけるが、途中、フィーネ、アーバイン、ジークとはぐれてしまう。かねてからジークのことを狙っていたアーバインがジークを連れていってしまったのでは･･･、と不安がよぎるバン。だが、その頃、当のアーバインはジークとともに、フィーネの気ままな買い物に振り回されていた。 　ジークとフィーネが見つからないまま、シールドライガーのところまで戻ってみることにしたバンとムンベイ。その時、二人の前にビアンコ（藤田圭宣）とヴェルデ（柏倉つとむ）が立ちはだかる。さらに、ネーロ（樫井笙人）とブル（宮下道央）も出現、盗賊団『デザルト・アルコバレーノ』が二人を追い込んだ。 　強行突破を決めこんだバンとムンベイは、一目散に走り出すと、市場の人ごみの中、屋根の上･･･と縦横無尽に逃げ続けるが、シールドライガーまで後一歩のところで敵のレドラーとプテラスに見つかり捕らえられてしまう。 　そんな二人の様子を、フィーネやジークとともにコロニーの反対側から見ていたアーバインは、バンたちを助け出すタイミングを窺っていたが、こともあろうに突然フィーネがバンのもとに向かって走り出してしまう。

　共和国に向かって旅を続けるバン（岸尾大輔）、ジーク（鈴木琢磨）、フィーネ(大本眞基子)、ムンベイ(渡辺久美子)、アーバイン(藤原啓治)の一行が帝国軍のモルガ隊の襲撃を受ける。バンとアーバインはシールドライガーとコマンドウルフで敵のミサイル攻撃に応戦するが、攻撃しようにもシールドライガーの砲塔の照準が合わず、モルガを叩きつぶすことができない。バンはやむなく肉弾戦に持ち込もうとするが、突然、モルガ隊が一斉に後退を始める。その様子をアーバインは怪訝そうに見送った。 　ところが、その後のジークの様子がおかしい。さらにシールドライガーをはじめとするゾイドの計器類の針が不規則に乱れていることに気がついたアーバインは、バンとムンベイにゾイドのパルスガードを作動させるよう指示を与える。 　アーバインによれば、それはレアヘルツといって、ゾイドの制御系を狂わせる謎のパルスの引き起こす症状で、レアヘルツにやられたゾイドは凶暴性をむき出しにして暴走を始めるのだという。さらに厄介なことに、レアヘルツは避けて通ることができず、いつどこに現れるか予測することはできないという。帝国軍のモルガ隊が後退していったのも、レアヘルツのことを知っていたからだった。 　バンたち一行がレアヘルツの危険な地帯から引き返そうとしたその時、ジークが意識を失って倒れてしまう。バンたちはジークをグスタフのトレーラーに乗せ移動を始めるが、途中で意識を取り戻したジークがバンたちを威嚇して暴れ出し、さらにオーガノイドとなってシールドライガーと合体しグスタフとコマンドウルフに砲撃をし始める。 　シールドライガーとともに谷の彼方に走り去って行ってしまったジークの足跡を追って、バンは断崖迫る渓谷を進んで行くが･･･。

　バン（岸尾大輔）はジーク（鈴木琢磨）、フィーネ(大本眞基子)、アーバイン(藤原啓治)とともに、ドクター・ディ（薗部啓一）という年寄りの科学者を訪ねることにした。「ゾイドイヴ」の謎を知る手がかりをつかむためだ。 　途中、行く手に大きな爆音と共に黒煙が上がるのを目撃したバンたちは、湖畔に建つ実験室と思われる丸太小屋の中で、氷づめになった一人の老人を発見する。まるで仙人のような風体をしたその老人こそ、バンの捜していた科学者、ディだった。バンたちは実験で発生した極度の冷気で凍結してしまったディを介抱する。 　やがて目を覚ますディ。バンは「ゾイドイヴ」について訊ねるが、ディはまるで駄々っ子のようにわがままを言ったり、掃除や洗濯を言いつけるばかりで肝心なことについては何ひとつ話してくれない。人の弱みにつけ込んでますます横柄になるディに、バンもアーバインも辟易する。 　そんな中、突然ジープに乗り込み走り出すディ。もしや「ゾイドイヴ」のことを教えてくれるのでは･･･と期待するバンとアーバインもシールドライガーとコマンドウルフで後に続く。ところが前方に建物が見えてきたとたんにジープを停止させたディは、バンたちに先に行くように指示する。二人がゾイドを進めると、なんと砂の中から複数のガイサックが出現、挟み撃ちにされてしまう。 　シールドライガーとコマンドウルフがガイサックに反撃するのを横目に、ディはジープを暴走させ包囲網を突破。さらにバズーカ砲で鋼鉄の門を爆破し、建物の中にある精密機械を車に積み込みさっさと走り去ってしまう。ディの目的が機械の調達だったことを知ったバンとアーバインはガックリだ。 　一足先に引き上げてきたディはさっそく爆弾で壊れた装置の修理に取りかかるが、表には手負いのガイサックの影が忍び寄っていた。はたしてディの実験の目的は？そしてバンは「ゾイドイヴ」の手がかりをつかむことができるのだろうか。

　バン（岸尾大輔）たちは共和国を目の前に、最後の難所と呼ばれるイセリナ山にたどり着く。この山を越えればゾイドイブの手がかりがつかめるかもしれないとあって、バンは大張り切りだ。先が見えてきたことでバンは悠々と構えるが、アーバイン(藤原啓治)とムンベイ(渡辺久美子)は帝国軍の追手を警戒し、すぐに出発しようという。二人はこの山が難所であることをも知っていたからだ。案の定、かねてからジークのことを狙っている盗賊団『デザルト・アルコバレーノ』の残党であるヴィオーラ（深見梨加）とジャッロ（並木伸一）は、バンたちがイセリナ山に入ったことをつきとめていた。 　そんな中、一行は自然の香りを敏感に感じ取る能力があるフィーネを先頭に出発することに。ところが、バンとムンベイは途中でフィーネとともに前を行くアーバインのコマンドウルフとはぐれてしまう。さらに霧が濃くなったことで完全に立ち往生状態となったバンたちの前には、とうとう巨大な魔物の影が立ちはだかる。 　その時、中型のゾイドに乗ってひとりの少女ローザ（出口佳代）が現れる。山中のコロニーに住むローザから、魔物の正体が太陽のいたずらで現れる大自然のトリックであることを説明されてほっとしたのも束の間、コロニーで霧が晴れるのを待つバンの上空に、突然レドラーとプテラスが現れる。バンとジークの居所をつきとめたヴィオーラたちだった。

　砂漠を行くバン（岸尾大輔）、アーバイン(藤原啓治)、ムンベイ(渡辺久美子)ら一行は、まさにゾイドの墓場とでも言うべきおびただしい数のゾイドの残骸に遭遇。さらに、残骸が延々と続く先の村付近で、共和国軍の兵士たちが塹壕を掘る光景に出くわす。一同にはそれが戦争の準備であることがすぐにわかった。バンたちは戦いに巻き込まれることを避け、一泊する予定を変更して早々に村を去ろうとするが、そんな矢先、共和国軍の小隊が近付いて来てアーバインとムンベイが捕らえられてしまう。ジークの機転で、バンとフィーネ(大本眞基子)だけはその場から逃げ去ることができた。 　バンとフィーネは村のあぜ道を必死で逃げるが、兵士たちはどこまでも執拗に追いかけてくる。とうとう見つかってしまった･･･と思った瞬間、近くで人が殴られる衝撃音と兵士たちの悶絶する声を聞くバン。あたりが静かになるのを待って、バンとフィーネが隠れていたわらの中から顔を出すと、倒れた共和国兵たちの真ん中には一人の少年がいた。バンは、なおも追手の兵士たちに向かっていこうとする少年を止めると、いっしょにその場を立ち去る。 　そんな中、ムンベイの所持品に共和国軍のハーマン大尉からの紹介状があったことで、アーバインとムンベイは釈放されることになる。自分たちが捕らえられた理由を問うムンベイに部隊の副官であるフォード中佐（中博史）は、砦を守る中隊の30機ものスリーパー・ゾイドが何者かに壊滅させられたことや、信じ難いが敵はただ一機のゾイドであったこと、さらに驚くことにその戦闘の中にジークと同じゾイドがいたことなどを話す。 　やがて部下からフォードのもとにバンとフィーネの居所がわかったことが報告されるが、二人が少年と黒いオーガノイドといっしょであることがわかった。もし少年が共和国部隊を全滅させたパイロットだとしたら･･･？二人の身にも危険が及ぶことを心配したムンベイとアーバインは、ジークを連れてバンのもとへと急ぐ。 　その頃少年は、砂漠に聳える岩場の上にバンたちを着々と追いつめていた。バンは、駆けつけてきたアーバインから少年がゾイドを壊滅させてきた張本人であることを知らされる。とその時、真っ黒のジークが出現。さらに次の瞬間、鼻先に少年を乗せたセイバータイガーが現われる。

　レイヴン（斎賀みつき）のセイバータイガーの圧倒的な強さの前に惨敗したバン（岸尾大輔）･･･｡帝国軍と共和国軍の戦いが迫り、バンたちが居合わせた村でも、人々が戦いに巻き込まれることから逃れようと避難を始める。だが、バンは帝国軍の兵として現れるであろうレイヴンを待ち構えるのだと言ってきかない。共和国の首都が戦場となる前に、何としてもゾイドイヴの手がかりを見つけようというムンベイ(渡辺久美子)の説得に応じないバンにしびれを切らしたアーバイン(藤原啓治)は、ひとり先に村を出発してしまう。 　一方、帝国軍・マルクス部隊は近隣の村を占領し、レッドホーンとモルガの大部隊を配備。着々と戦争の準備が整っていく中、マルクス（坂口侯一）はレイヴンが味方にいることで気を大きくする。マルクスはプロイツェンに取り入り、シュバルツ部隊を待ってクロノス砦を連携攻撃するという作戦をマルクス部隊のみで行うことに変更させてしまう。マルクスから一方的に作戦の変更を告げられたシュバルツは、心中穏やかではない。 　そんな中、村の外れでは、バンはシールドライガーの操縦席に収まりレイヴンとの戦いの時を待つ。もともとシールドライガーがセイバータイガーに対抗するために作られたゾイドにもかかわらず、レイヴンのセイバータイガーに負けてしまったことで、バンは自分がシールドライガーの力を引き出せていないからだと、コンソールを前に思いを廻らせていた。するとそこにアーバインが現れ、敵の様子を知らせてくれる。敵地を偵察してきたアーバインの話によれば、レイヴンと一戦交えるのなら早い方がいいという。 　さっそくマルクスの陣地に忍び込み、レイヴンのセイバータイガーの上に潜んでレイヴンを待ち構えるバン･･･。そんなこととは知らずに、マルクスの作戦開始予定を無視して夜明けを待たずに出撃していくレイヴン。空が白み始める中、シールドライガーとセイバータイガーが対峙、バンとレイヴンの戦いが始まる。

　クロノス砦攻略の第一陣として出撃した帝国軍マルクス率いるモルガ部隊は、クロノス砦を自爆させる共和国軍の思い掛けない作戦の前に惨敗。そんな中、共和国軍のクルーガー大佐（家弓家正）は部隊の指揮をとるフォード（中博史）に、敵の反撃に備えて迎撃準備をするよう指示する。 　一方､壮絶な戦いの末、アーバイン(藤原啓治)の応戦も虚しくレイヴン（斎賀みつき）との戦いに敗れたバン（岸尾大輔）は、戦いがもとで意識をなくしてしまったジーク(鈴木琢磨）と動かなくなってしまったシールドライガーの姿に動揺するばかりだ。ゾイドのことをよく知るムンベイ(渡辺久美子)でもこんな症状のゾイドは見たこともないというほどジークの状態は悪かった。 　ジークを助けたい思いで必死のバンは町の薬局に救いを求めるが、そこには人影もなく、ましてやゾイドの薬などあるはずもなかった。やりきれない思いに、バンはジークを二度と危険な目に合わせないためにこれ以上の旅を続けるのはやめると言い出す。 　と、薬局のカウンターの向こうからドクター・ディ（薗部啓一）がひょっこり姿を現す。昔、ゾイドの権威ある科学者だったというディはジークの意識を取り戻す方法を教えてくれるが、それはバンにとって困難を極める処方箋だった。なんと、マウントオッサの火山の火口の中にあるゾイマグナイトという青く輝く岩石をとってきて、ジークに飲ませてやれというのだ。それも日が暮れるまでに･･･。1000度を越えるマグマが煮えたぎる噴火口で、あふれ出さんばかりのマグマのすき間に時折顔を出す青い岩石･･･、バンは決死の覚悟を固める。 　その頃、アーバインはレイヴンを捜してコマンドウルフを走らせていた。バンとともに惨敗した先の戦いの復讐のためだ。ディの助言で愛機のコマンドウルフに多弾装追尾拡散ミサイルを装備したアーバインは勝算を胸に戦いを挑むが、状況は思い掛けない方向に進む。

　バン（岸尾大輔）が命がけで手に入れた青く輝く岩石＜ゾイマグナイト＞のおかげで、意識を取り戻すことができたジーク。 　一方、共和国防衛拠点のマウントオッサ要塞では、帝国軍の報復に備えて迎撃準備が着々と進んでいた。その夜、Ａ２地点に侵攻してきた帝国軍のモルガ部隊は、またもや共和国軍のスリーパーガイサックの先制砲撃を受けるが、今回はシュバルツ（上田祐司）のアイアンコングが反撃、搭載するバルカン砲の一撃でスリーパー群を壊滅させる。 　その頃、フラワーコロニーでジークの回復を待っていたバンたちは、遠くに響く爆音に、新たなる戦闘の始まりを知る。だが、バンはそんなことよりレイヴン（斎賀みつき）との戦いでボロボロになったコマンドウルフとともに姿を消したままのアーバイン(藤原啓治)のことが気がかりだ。バンの胸中には、ピンチの時にいつも自分の加勢をしてくれたアーバインの姿が思い出された。ディ（園部啓一）からアーバインがマウントオッサ要塞にいるであろうことを聞いたバンは、ジークのことをムンベイとフィーネに頼み、アーバインを探しにコロニーを出発する。 　案の定、マウントオッサ要塞には、レイヴンに勝つための武器を求めて忍び込み、巨大ゾイド・ゴジュラスを見上げるアーバインの姿があった。ところがアーバインはそこに現れたクルーガーとともに、帝国軍の一斉砲撃を浴びてしまう。アーバインを庇ったクルーガーが爆風に飛ばされてしまったことに腹を立てたハーマンは、ゴジュラスの乗車台に乗り込み帝国軍への反撃に乗り出す。 　地下収納庫からせり上がって、地上に全貌を現すゴジュラス。共和国軍の最終兵器ゴジュラスがこの要塞に隠されていたことを知ったシュバルツやマルクスをはじめ帝国軍の面々は驚きを隠せない。凄まじい威力の砲撃で次々と帝国軍のゾイドたちを破壊するゴジュラス。その震動に足を取られて転落するアーバインを見つけたバンは、アーバインを受け止めようと全速力で駆けつけるが、その時、シールドライガーが不思議な力を発揮する。

　とうとう共和国の首都・ニューヘリックシティにたどり着いたバン（岸尾大輔）たち。町は共和国軍が帝国軍を撃退して首都没落の危機を逃れたことで、お祭りムード一色だ。そんな中、バンはゾイドを模した山車のパレードを見物する人ごみから逃れて入り込んだ路地裏で、帝国の軍服を着た一人の青年に出くわす。ジークと協力して青年を追手から逃してやるバン。だが、その青年が捕虜収容所を脱走した帝国軍の人間だったことで、バンはムンベイ(渡辺久美子)やアーバイン(藤原啓治)とともに帝国軍のスパイ容疑をかけられて兵士らに追われることに･･･。タイミングよく現れたディ（薗部啓一）のおかげで兵士たちをまくことに成功するが、ゾイドイブの手がかりを求めて国立考古学研究所に忍び込んだところを、兵士たちに取り囲まれ、拘留されてしまう。 　バンがハーマン大尉（堀川仁）の紹介状を持っていたことで軍の秘書はハーマンに確認を取ろうとするが、ハーマンが巨大氷山群の調査のために観測基地に赴いていて、バンたちの容疑は晴れないまま･･･。さらに一件は大統領のルイーズにも報告される。ハーマンが自分の息子であることでバンたちに興味を持ったルイーズは監獄を訪れるが、そこにディの姿を認めると一行を檻から釈放。バンたちは一転してVIP待遇を受ける。大統領ルイーズは宮廷の応接室にバンたちを招き、レッドリバーの戦いでの彼等の活躍に感謝する。 　そんな折、大統領のもとへ秘書が駆け込んでくる。逃走中の帝国の兵士が共和国軍のゾイドを奪って、追跡部隊と交戦中だというのだ。バンが逃してやった青年ロカイだ。ロカイは最新鋭の強化型コマンドウルフの圧倒的な破壊力で町を攻撃し続ける。

　氷山が帝国の偽装艦隊であることを知った共和国軍ハーマン大尉（堀川仁）はプテラスもろとも撃墜されてしまうが、ハーマンは帝国軍の総攻撃が開始される前にそのことを知らせようと、必死で夜の海を泳ぎ続けた。 　一方、バン（岸尾大輔）たちは、ゾイドイブの手がかりとなる石盤が見つかったガリル遺跡に向かうことに。帝国軍の上層部がゾイドイブに興味を持っており情報提供者には賞金まで出るというムンベイ(渡辺久美子)の情報に、あまり興味を示さなかったアーバイン(藤原啓治)までもがやる気を見せる。 　その頃、共和国軍沿岸基地・レーダー観測基地では、ハーマンの部下であるオコーネルが、ハーマンの探索にプテラスの発進許可を求めて観測官に詰め寄っていた。だが、北極冠に発生しているオーロラ電磁波の影響でレーダーや通信機器がまったく機能しない事で、ルイーズ大統領直々に申請は却下されてしまう。途方に暮れるオコーネルは、偶然、街で再会したバンたちと再び手を組む事にした｡ 　オコーネルの指示に従い、共和国の基地を襲ってプテラスを奪うバンたち。バンとアーバインがシールドライガーとコマンドウルフで衛兵たちをやり過ごす中、ムンベイとフィーネ(大本眞基子)をのせたプテラスは飛びたつ。そんな中、夜釣りを楽しんでいたドクター・ディ（薗部啓一）に釣り上げられたハーマンは、帝国の偽装艦隊がヘリック湾に入港中である事、マウント・オッサを捨て、兵員は湾岸防衛ラインに急行せよとの伝令をムンベイに託す。 　さらに、アーバインは帝国軍のモルガ部隊と激戦を繰り広げるゴジュラスのコックピットに座るフォードのもとへ急行。ここにいるのが敵の陽動部隊である事を告げると、コマンドウルフで身を挺して退路を作りゴジュラスを誘導、前線であるヘリック湾に向かわせる。

　ハーマン（堀川仁）のおかげでレイヴン（斎賀みつき）との戦いに勝利を収めることができたバン（岸尾大輔）。だが、バンはやがて始まるであろう戦争に共和国軍の一員としてこのまま参加してよいものかと迷っていた。 　そんな中、帝国軍の氷山の偽装艦隊からモルガ、レッド＆ダークホーン、アイアンコングなどの大部隊がいよいよ上陸してくる。悠然と降り立ってきたプロイツェン元師から、全面降伏を受け入れることだけが残された道だと最後通告を受ける共和国のルイーズ大統領。降伏か全滅か、決断に残された時間はわずか４時間しかない。 　一方、マウントオッサ要塞では、クルーガー大佐（家弓家正）、ムンベイ(渡辺久美子)、フィーネ(大本眞基子)の３人が内部に爆弾を仕掛けて帝国軍のマルクス部隊を誘い込み、要塞もろとも爆破しようと作業に当たっていた。そんな彼らの安否を気遣うバンの心配をよそに、沿岸の野営地にオコーネル中尉率いるゴジュラス部隊が到着、戦闘の準備は着々と整っていく。 　だが、敵の戦力は10倍以上、しかも首都ニューヘリックシティーの包囲網もすべて完成しているこの状態では、全面降伏もやむを得ないとルイーズは苦悩する。そんな時ルイーズのもとに息子でもあるハーマンから、ドクター・ディ（薗部啓一）にある秘策があることが伝えられる。 　バンとシールドライガーを引き連れ、早々にプテラスで飛び立つディ。奇しくもプテラスで要塞を脱出したムンベイとフィーネ、クルーガーの一行も同じ作戦を思いつき、実行に移そうとしていた。 　やがて目的地のマウントオッサ火山にさしかかったムンベイらの乗ったプテラスが、何者かの攻撃を受ける。バンとの戦いに敗れたレイヴン（斎賀みつき）とセイバータイガーの仕業だ。そしてバンはレイヴンとの最終戦を交えることになる。

　帝国と共和国の戦争が終わって２週間･･･。帝国では、皇帝ツェッペリン二世が崩御し、幼い皇太子ルドルフ（鶴野恭子）の摂政としてプロイツェン（大塚芳忠）が任命される。表向きは摂政として全身全霊を以ってツェッペリンの遺志に応えルドルフを指導することを誓うプロイツェンであったが、その心のうちにはとんでもない野望を宿していた。 　一方、砂漠の盗賊団のヴィオーラ（深見梨加）、ビアンコ（藤田圭宣）、ジャッロ（並木伸一）の３人は軍刑務所に収監されていた仲間のロッソ（中村大樹）を奪還。ヴィオーラは手に入れたアイアンコング、レドラー、モルガをロッソに見せると、ルドルフを誘拐して身の代金を手に入れようと持ちかける。 　ゾイドイヴの謎を探して旅するバン（岸尾大輔）たち一行がガリル遺跡まであと山４つのところまで辿り着いたその頃、ガイロス帝国の帝都ガイガロスの貧民街を、マントを羽織り帽子を目深にかぶった一人の怪しげな男が歩いていた。帝国軍元帥プロイツェンだ。プロイツェンはメッテルニヒ（山本尚弘）にルドルフを暗殺するよう指令。コマンドウルフを使って葬儀のためにミレトス城を発つルドルフを狙わせることで、あたかも共和国の仕業に見せかけ、再び戦争を誘おうと言う算段だ。 　ルドルフが城を発つ当日、森に潜んで暗殺の時を待つメッテルニヒの一味。ところがそこに、思いもよらない邪魔が現われる。ロッソたち一行だ。メッテルニヒはロッソらが隠れている洞窟をつきとめると、ロケットランチャーを打ち込み一網打尽にしてしまおうとするが、さすが盗賊、悪運強し･･･。隙を突かれ、彼らにルドルフを連れ去られてしまう。

　ゾイドイブの謎を追い求めて旅を続けるバン（岸尾大輔）たち一行は、ガリル高原までもう一息のところまでたどり着いていた。停戦状態とはいえ帝国の領土である荒涼とした砂漠を一行は注意深く進んで行く。 　同じ頃、帝国皇太子ルドルフ（鶴野恭子）を誘拐したロッソ（中村大樹）やヴィオーラ（深見梨加）たちもガリル高原を目前にしていた。ところが、ロッソが目を離した隙に、人質のルドルフがアイアンコングのコックビットから脱走。気付いたロッソは太陽が照りつける砂漠を懸命に走るルドルフを見つけて連れ戻す。とそこへ、メッテルニヒ（山本尚弘）からルドルフをめぐって取引がしたいと無線が入る。 　一方、ガリル高原にたどり着いたバンたち。フィーネ（大本眞子）とジーク（鈴木琢磨）が見つかった隠し部屋を見つけようと、バンたちは二手に分かれて遺跡の中を探すことにした。そんな中、アーバイン（藤原啓治）は落ちていた石壁のかけらの縁が妙に尖っていたことで、それが最近欠けたものと推測。いっしょのムンベイ（渡辺久美子）が誰か遺跡に入ったのでは･･･と警戒を強めたその時、光センサーに接触。地鳴りとともにハッチのように開いた床から帝国のゾイド・レブラプターが現れる。 　アーバインはトランシーバーでバンに危険を知らせようとするが、時既に遅し！バン、フィーネ、ジークもセンサーに触れてしまい、レブラプターに追いかけられる羽目になる。