机兽新世纪

　戦争が終結して２年･･･、共和国軍のクルーガー大佐（家弓家正）の下で訓練生としてゾイド乗りの技術を磨いてきたバン（岸尾大輔）は、難関のシミュレーションテストに合格し無事訓練を終了する。クルーガーは友達であり、また良きライバルでもあった今は亡きバンの父親、ダン・フライハイトになり代わってバンの成長を喜んだ。 　そんな折、ルイーズ大統領にガイロス帝国皇帝ルドルフから緊急通信が入る。地中を高速で移動する未確認物体に帝国の主要基地が立て続けに襲撃を受けたという。帝国軍の追撃を振り切り、共和国内に侵入した未確認物体は共和国内の主要基地を襲撃する。 　ハーマン（堀川仁）ら飛行中のプテラス部隊は、上空から地中を疾走して行く物体をキャッチ。集中砲火を浴びせると、地面に一体のゾイド『ステルスバイパー』が出現する。ステルスバイパーは攻撃をものともせず、超音波メスや牙の先から噴出する特殊な溶解液を武器に、行く手を阻もうとするゾイドを次々と破壊しながらバンの故郷であるウィンドコロニーの方角に逃走する。 　バンの周りでも、フィーネ（大本眞基子）とディの乗った貨車がステルスバイパーと激突。さらに凶悪なオーガノイド『アンビエント』が出現し、姉のマリアが襲われるという事態に･･･。村の危機に、いよいよバンが立ち上がる。はたしてすべてを操る黒幕は誰なのか。