机兽新世纪

　ドラゴンヘッド要塞でガーディアンフォースの報告会が開かれることになった。国を問わず攻撃を仕掛けてくる謎の敵、ヒルツ・リーゼ・レイヴンの３人に対する対策を協議するためだ。 　各方面から集められた過去の彼らとの戦歴や、３人の主力ゾイドやオーガノイドに関するサンプルやデータをもとにドクター・ディがまとめた分析結果に、出席者は熱心に耳を傾けた。 　中でもディ（園部啓一）は、ゾイドを飛躍的に進化させる光の繭「エヴォリューション・コクーン」を例にひき、オーガノイドが持つ特殊な能力に着目。そして古代ゾイド人が持っている能力やそのテクノロジーとの関わり、さらにヒルツら３人の背後の黒幕の存在など、あらゆる可能性を挙げる。 　一方その頃、バン（岸尾大輔）とフィーネ（大本眞基子）は別セクションでコンピューターを前に対抗策を練っていた。バン、トーマ（伊藤健太郎）、アーバイン（藤原啓治）ら３人のガーディアンフォースの主力ゾイドの戦力をもとに、強化オプションの搭載や地上戦以外のゾイドの投入など、あらゆる戦力を投入してジェノブレイカーを倒そうと意気が揚がる。 　そんなさなか、ヒルツの操るホエールキングが空からドラゴンヘッド要塞を襲ってくる。