記憶喪失の街パラダイムシティ……。この街でネゴシエイター（交渉屋）を営むロジャー・スミスは、ソルダーノ重工の社主ミゲル・ソルダーノから、誘拐された令嬢ドロシーの救出交渉を依頼される。誘拐犯ベックとの交渉の末、令嬢を取り戻したかに見えたが実は、その令嬢はアンドロイドの偽物であった。思わぬ失態をさらしたロジャーであったが、彼の馴染みの情報屋ビッグイヤーからソルダーノには娘など元々存在しないことを聞かされる。なぜ、彼は偽りの依頼などを？自分を守って欲しいというアンドロイドのドロシーと共に、事件の真相を知るためにソルダーノの工場に向かうが……。

西５番ドームに突如現れたメガデウス“ドロシー１”はビッグオーの鉄拳を受け沈黙したが、謎は数多く残された。ソルダーノが最後に言い残した言葉と同じ名前の高級クラブ｢ナイチンゲール｣を突き止めたロジャーはそこで老紳士ティモシー・ウェインライトにエスコートされたドロシーと再会をする。ドロシーを自分の孫だと言うこの老紳士がアンドロイドやメガデウスを新たに造るために必要な、失われたメモリーを甦らせたのか…。 　さらに事件は意外な展開を見せる。誘拐事件の黒幕ベックが、ウェインライトを殺害しドロシーをある目的の為に連れ去ってしまう。その答えは、機能停止したドロシー１にあった……。

　ケイシー・ジェンキンズと名乗る女性の依頼を断れず、“エレクトリックシティ”と呼ばれる街にある、閉鎖されているパラダイムグループ企業の水力発電所再開交渉を依頼されたロジャー・スミス。ところが訪れた発電所は、閉鎖されているにも関わらず一部に電気が通っている。誰かがいるのか？しかも住民たちは、発電所を再開すれば｢神が怒りの雷を落とす｣等と言って彼の話を聞こうともしない。そんな中、住民たちと距離をおき、森で一人暮らしをする老人と出会うが、彼の山荘の地下室に発電施設と繋がる地下通路とガラスが割れた実験用と思われる水槽を発見する。この老人はここで何を……。 　その時、何者かが発電所の封印されていたタービンを稼働させ、電気を通じさせてしまう。それは、湖のあるものを目覚めさせる事となる…。

　３ヶ月前に消息を絶った新聞記者“マイクル・ゼーバッハ”を探し出し、彼の取材原稿を高額の退職金と引き換えに引き渡させる――。依頼主が、街を牛耳るパラダイム社であることに迷いを抱きながらも、交渉を引き受けたロジャー･スミス。 その男のアパートを訪れたロジャーの前に、「黒い森（シュバルツバルト）」と名乗る奇怪な包帯男が現れる。 　彼を追い、封印された地下回廊に足を踏み入れたロジャーとドロシーは、そこでビッグオーのアーキタイプともいえる朽ち果てたメガデウスと遭遇する…。

　メリッサ・フレイザーという老女から、明日の自分の誕生日に息子を連れてきて欲しいという交渉依頼を受けたロジャー・スミス。しかし軍警察に勤めていた彼女の息子ボニー・フレイザーは、ドーム外の市民が引き起こした暴動に巻き込まれ一年前にハドソン川に転落して死亡したとされている……。｢死んだ人間をいくら腕利きのネゴシエイターでも連れてくることは出来ない｣ともう一人の彼女の息子リックに嘲笑されるが｢死体は発見されていない。私は誠実な仕事をするまでさ｣と軽く受け流すロジャー。 　そんな時、霧の中から現れる巨大な亡霊？によって軍警察の幹部が次々に殺害されるという事件が起こる。犠牲となった三人の幹部達は、すべてボニーが命を落とした暴動の原因である土地買収事件に絡んだ人間ばかり。そして事件に絡んだ最後の幹部、ガウス大佐の前にも、霧の亡霊が……。

　ドロシーの極端すぎるピアノの音色に穏やかな寝覚めを妨げられたロジャーは、彼女を伴い、ビストロ｢アマデウス｣を訪れ、昔からのなじみのピアニスト、Ｒ・インストルに彼女のピアノのレッスンを依頼する。アンドロイドとは思えない繊細なタッチで鍵盤を弾く彼の指……。だが、その奇跡の指はインストルの生みの親、天才科学者アマデウスの“遺産”によって、別の役割が隠されていた。

　異常な高騰が続く魚の価格交渉のため漁港を訪れたロジャーは、漁師たちが“深海の怒り”を恐れて仕事をしないという奇妙な話に興味を抱いた。そこへ絡んだのが、深海のメモリー発掘で一攫千金を目論むエンジェル。二人は漁港でただ一隻の潜水艦を奪い合った挙げ句に、不可思議な共同探索に乗り出したが、深海で、地元の人々が“海神の使い”と畏怖する奇怪な男たちに襲われ、間一髪水没した摩天楼の一室に逃げ込む羽目に陥ってしまう…。

　ドロシーが街で子猫を拾ってきた。大半の小動物が絶滅したこの時代において、富める者だけが飼えるペットを捨てるはずがないとロジャーはドロシーを窘めるが、子猫を“ペロ”と呼んで可愛がり、この子は“救いを求めている”と彼女。ほどなくペロの飼い主を名乗るフェリー夫妻が訪ねてきて猫の譲渡交渉をすることになってしまう。 　その時突如飛来した武装ヘリが夫妻を惨殺し、その場に居合わせたペロとドロシーを連れ去ってしまう。ヘリに乗っていたのは、かつて、常軌を逸した考えに反発し袂を分けたフェリー夫妻の研究仲間の“ユージーン・グラント”であった。

　ワイズカンパニーの次期総裁と噂される“フランシス・ワイズ”が誘拐され、人質解放の交渉を引き受けることになったロジャー。ところが、要求に従い山荘に身代金を届けに行った彼が見たのは瀕死のフランシス――。犯人の罠に填まり、誘拐致傷の容疑者として軍警察に追われる身となったロジャーは、事件の依頼主である現総裁の“ダンディ･ワイズ”が何かを隠していると睨む。そしてある男がカンパニーのスキャンダルを利用して、今回の事件を画策したことを知る。

　パラダイム社の前総師“ゴードン・ローズウォーター”を支えた長老たちを狙う、連続爆破テロ事件を捜査していた軍警察のダストンは、その現場で見かけたひとりの女性に記憶の残照を揺さぶられる……。題名や物語は思い出せないのに、なぜか、彼の心に刻み込まれ続けている古い映画の一場面で、微笑みながら男の腕の中で死んでいく女優“シベール・ロアン”と瓜二つだったのだ。――爆発物の破片に残された文字から、テロの犯人は“異国”の人間ではないかと睨むダストン。ところが報告を受けたパラダイム査問委員会は、ドームの外は死滅した世界だと一笑したうえ、彼をこの事件の捜査から外してしまう…。

　あのパラダイム社の社長“アレックス･ローズウォーター”がロジャーに仕事を依頼してきた。パラダイム社の設立を祝う“ヘブンズディ”の前日に｢世界は生まれ変わる｣という奇怪な脅迫状を送ってきた老学者を探して欲しいというのだ。 その頃、街の貧乏サックス吹きの“オリバー”は、謎の浮浪者（老学者）から奇妙な“蒼い結晶”を受け取っていた。 ヘブンズディ前日も、オリバーは結晶の事などすっかり忘れてドームの中でパフォーマンスを繰り広げ、金を稼ぐのに必死になっていた。そんな彼のポケットの中の結晶にヒビが……。

　アレックス・ローズウォーターに指定されたＪＦＫマーク。そこでロジャーは再びあの“シュバルツバルト”を名乗る包帯男と対峙する。 彼が従えた全身を包帯で覆った奇怪なメガデウス・マミーの挑戦を受けたビッグオーは、意外な苦戦を強いられた――。布で隠されたメガデウスの正体は、シュバルツバルトの手で掘り出されたビッグオーの同系機“ビッグデュオ”であった。 　腐った街を燃やし尽くし、すべての人々に真実を知らせるのだと嘯くシュバルツバルト。奴が頼りとするビッグデュオは、ビッグオーと同等の戦闘力を持ち、しかも飛行能力までをも備えていた！

　次々と通り魔によって惨殺される２０代の女性や青年。殺害現場には『我、神の名においてこれを鋳造する。汝らに罪無し』（Cast in the name of god ye not guilty）という赤いルージュの文字が記されていた。 　ビッグオーを起動するときモニターに映し出される文字と同じ文面を残す惨殺者――。その影に自分とビッグオーを繋ぐ、彼自身も知らない“何か”を感じるロジャー。 　捜索の過程で、今回の被害者であり、ロジャーのクライアントだった踊り子“ナンシー・ボルトン”の部屋にあった一枚の写真――。そこにはロジャー自身見覚えのある建物が写り込んでいた。 訪れたその建物（図書館）で、見つけた一冊の古びた本。そこには、今回の被害者たちの名が記された紙片が挟みこまれていた。 様々な謎が、今新たな物語を紡ぐためついに動き始める！

　突如パラダイムシティの沖合いから現れた３体の異国のメガデウス。戦闘は熾烈を極め、ビッグオーはその右腕を噛み千切られてしまう。激しい戦闘の中、自身の存在に疑問をいだきつつ次第に意識を失って行くロジャー。 　意識を取り戻すと、自身がみすぼらしい姿で雑踏の中に座り込んでいることに気づく。戦闘はどうなったのか…ここはどこなのか？空にはドームも無く、記憶を失っていない人々の活気に満ちた大都会。行きつけの安酒場の店長は、デイルから見覚えの無い男に変わっており、情報屋ビッグ・イヤーの姿は無い。自身の屋敷に戻ると、そこは銀行として営業されており、しかも頭取をつとめているのは宿敵ベック！？自分の記憶とは全く様変わりした世界に、困惑するロジャー。それとも、変わったのは世界ではなく、自分の記憶なのだろうか？

　今回ロジャーの元を訪れた依頼人は、ケリー・フィッツジェラルドと名乗る老婦人で、元老院メンバー連続殺人事件の犠牲となった夫ロスコーの命を守るため、暗殺者との交渉をして欲しいとのことだった。しかし殺人アンドロイドＲ・Ｄは既に破壊された。何より、ロスコーは既に殺されたのではないか？不審に思いながら、ケリーの屋敷に出向いたロジャーは、車椅子で生活しているロスコーと相見える。彼は、殺害されたのは全て40年前のメモリーを持つ元老院メンバーの記憶を共有していた若者たちであることを告げると、事件の真相究明をロジャーに依頼する…。

　ある夜、パラダイムシティのアウト・オブ・ドームに、空から光る物体が落下した。ストリートに大きなクレーターを穿ったこの物体を、住人達は天使降臨の予兆と噂した。 　この出来事に興味を抱いたロジャーは落下現場に出向いてみるが、既に落下物はパラダイム社により回収された後だった。そこにノーマンから連絡が入る。落下地点から遠くない場所でホテルを営む男から交渉依頼があったというのだ。 　さびれたホテルの経営者はジム・ワゴーマンと言い、病弱で昼間は外に出られない孫娘タミーと二人で暮らしていた。彼は天使降臨に関する記憶を持っており、未来の無いアウト・オブ・ドームの住人たちのために、降臨する天使との交渉を頼みたいというのだ。未来の記憶というものには疑問を感じながらも、依頼を引き受けるロジャーだったが…。

　パラダイムシティに撒き散らされた大量のチラシ。人々の畏れを煽るその書面の署名は、あのシュバルツバルトのものだった。パラダイム社の幹部陣は、ロジャーを呼びつけると、かつてのアレックスとの契約不履行を理由にシュバルツバルトとの交渉続行を依頼。その横柄な態度には腹立ちを感じつつも、自身もシュバルツバルトの真実に興味を隠せないロジャーは渋々依頼を受ける。 　手掛かりを求めて、再び地下神殿に足を踏み入れたロジャー。奇妙なメッセージを打ったタイプライターが打ち捨てられたその奥は、パラダイム社の地下工場に繋がっていて、そこにはビッグデュオや異国の３体のメガデウスの修復作業が行われていた…。 さらに異国のメガデウスの中には、製造中と思われる白いメガデウスが顔を覗かせていた。そこに姿を現すアレックスとアラン。アレックスは自分こそが、生まれながらにメガデウスを動かす資格を持って生まれてきた人間だと言い放つ。ただメガデウス・ドミュナスとして唯一揃っていない力を得るために、画策していたのだ。 　その頃街ではメガワーム・リヴァイアサンが出現し、砂状化攻撃をしはじめる…。

　パラダイムシティの建設に携わった日系企業ヨシフラ・ヤカモトからの交渉依頼を受け同社を訪れたロジャー。だが、彼はそれ以降行方を絶ってしまった。 　ロジャーのいない彼の屋敷に、突然ダストンが訪ねてくると、ロジャーが誘拐されたらしいと告げ、彼のネクタイを取り出した。犯人との交渉に色めきだつダストン。だが、かかってきた電話に冷静に対応したドロシーは、以後犯人とのネゴシエイトは自分が行うと宣言する。 　磔台で目覚めたロジャー。そこに姿を現したのは、彼に何度も煮え湯を飲まされてきたベックだった。部下と共に、刑務所から脱走したベックは、ロジャーがビッグオーを操っているという事実のメモリーが戻ったというのだ。復讐のためヨシフラ・ヤカモトに科学者を装って潜入したベックらは、ロジャーの頭部の骨格と声帯を完全にコピーしたロジャー・ドロイドを作り出し、腕時計通信機を奪うとロジャー・ドロイドを用いてビッグオーを誘導、そして海中に沈めようと画策したのだ。

　パラダイムシティでは、アンドロイドを対象にしたアンドロイド・クラッシャー事件が世間を騒がせていた。軍警察で捜査にあたるダストンのもとに、パラダイム本社は査察官を派遣するが。Ｒ・フレデリック・オライリーと名乗るその査察官はアンドロイドであった。 　その頃、ドロシーが機械油を買いにオイルバーへと出かけた際に、アンドロイド・クラッシャーの襲撃を受けていた。冷静にパイプ爆弾を振り落とし、難を逃れたドロシーだったが、ロジャーの抗議もむなしく犯人の目撃者ということで軍警察に拘留されることに…。しかし、彼女の視覚メモリーから、ダウン姿にキャップを被った犯人のシルエットが判明。また、ドロシーが買い物に行ったオイル・バーを他の破壊されたアンドロイドも利用していたことから、犯人の潜伏場所も特定される…。

　炎上する都市を破壊するメガデウスの群れ、そしてスキンヘッドの子供たちの瞳に浮かぶバーコード…度重なる悪夢に魘されるロジャー。時折湧きあがってくるメモリーの断片に、自身についての疑惑と不安を募らせられていった彼は、メモリーを失っていない可能性のある唯一の人物、ゴードンに会うため、アイルズベリィの農園に向う。 　思いつめた表情で、記憶について、そして自身の存在についてを尋ねるロジャー。だがゴードンは、実体の無い記憶に拘るロジャーに諭すような態度をとった上で、「私との契約まで忘れたのか？ネゴシエイター」とさらなる謎をかけるのだった…。「契約…？」 ロジャー自身に記憶の無い契約とは…？