ある日の夜、宇宙から飛来した物体が地球に落下し、落下点近くの海岸をさまよっていたひとりの少女が保護された。それから１７年後、地球軌道上に“機械帝国ガルファ”の前線基地“螺旋城”が出現する。螺旋城からは“機獣”と呼ばれる巨大ロボットが発進し、地球各地の都市が機獣に襲われる。ちょうどその頃、星見町へと引っ越してきた少年・草薙北斗は、これから通うことになる小学校で出雲銀河という少年と出会っていた。そこへ機獣オービトンが星見町にも侵攻し、２人は家に戻ろうと急ぐ。その途中、親とはぐれた女の子とであった２人は運動場へと逃げ込むが、オービトンに追われて絶体絶命。そのとき、地面から巨大ロボット“電童”が現われ、２人をそのコクピットへと迎え入れる。わけがわからず混乱する２人だったが、ベガという仮面をつけた女性から通信でアドバイスを受け、なんとか電童を動かせるようになる。そのままオービトンから逃げようとする２人だが、オービトンを倒さなければ町を守れないと説得され、勇気を出して戦うことに。ベガからギアコマンダーの使い方を教わった２人は、“疾風三連撃”で星見町を襲ったオービトンを撃破。さらに世界中から集まってきたオービトンをＳＰ技の“閃光雷刃撃”で全滅させるのだった。

オービトンとの戦いで電池が切れた電童は、格納庫に収用される。電童から降りた銀河と北斗がエレベーターで地上に出ると、そこはなんと星見町にあるアミューズメントパーク。その地下には、対ガルファ用地球防衛組織“ギア”の本部がひそかに建設されていた。吉良国の案内でギア本部に向かった２人は、渋谷長官をはじめとするギアの人々から協力を依頼される。機械帝国ガルファは全宇宙の人類抹殺をもくろんでおり、地球を守るためには電童の力をもっとも発揮できる２人の力がぜひとも必要だというのだ。前向きに引き受けようとする銀河と、自分には無理だとためらう北斗。そんなとき、地球に潜入した３機将のチップたちが、電子の聖獣“データウェポン”を捕獲するため、２体の機獣を星見町に呼び寄せる。さっそく出撃しようとする銀河。町の人々を守るため北斗も電童に乗ることを決断するが、銀河と息が合わず電童の動きはチグハグなものに。操縦に手間取るうちに機獣がTV局を破壊し、TV局のコンピュータに潜んでいたデータウェポン“ユニコーンドリル”が実体化する。電童の武器にもなるデータウェポンを、ガルファに渡すわけにはいかない。機獣を倒しユニコーンドリルを捕まえようとする電童だが、機獣の爆発で崩れたビルの瓦礫が町の人々に向けて落下。北斗は人々を守ろうと電童を動かすが、その隙にユニコーンドリルは逃げてしまう。

電童のパイロットとなった銀河と北斗は、バトルスーツや通信機の支給を受ける。だが、パイロットになったことは身内にも秘密にしなければならず、出動の言い訳をするのもひと苦労。授業中に「ユニコーンドリル発見」の連絡を受けた２人は、仮病を使って学校を抜け出し、電童で出動する。一方、やはりユニコーンドリルを発見した３チップスも機獣パラボーンを呼び寄せ、電童とパラボーンの戦いとなる。パラボーンのビーム攻撃をいタービンで弾き返し、パラボーンを倒す電童。だが、外宇宙から電童と同タイプの巨大ロボット“騎士凰牙”が飛来し、圧倒的な戦闘力で電童に襲いかかる。さらに凰牙のパイロット“アルテア”はユニコーンドリルを自分のギアコマンダーにセーブしようとするが、間一髪のところでベガが阻止。ユニコーンドリルはマイクロウェーブに乗って、月方面へと逃げ去る。ベガは銀河と北斗に凰牙から逃げるよう指示するが、強気の銀河はあくまで戦うことを主張し、ＳＰ技の“閃光雷刃撃”で凰牙に立ち向かおうとする。だが、この技も凰牙には通用せず、エネルギー切れとなった電童は凰牙に捕獲され、螺旋城へと連れ去られてしまうのだった。

電童ごと螺旋城に連行された銀河と北斗は、檻の中に閉じ込められる。捕まった責任をお互いになすりつけ、いがみ合う２人。だが、やがて脱出のために力を合わせ、檻から逃げ出すことに成功する。一方、電童にひそかに乗り込み螺旋城へと潜入したベガは、アルテアの声をマネてガルファ素体に電池交換を命じ、脱出の準備を整える。逃げ出した北斗と銀河は、ガルファ素体に追われながらも電童のところにたどり着くが、あと一歩のところでアルテアが立ちはだかり絶体絶命のピンチ。そこにベガが助けに現われ、その隙に２人は電童へと乗り込む。その間にもつづく、ベガとアルテアの激しい攻防。ガルファ素体がアルテアの名を呼んだのを聞いてベガは動揺し、アルテアに仮面を割られてしまう。だが、仮面の外れたベガの素顔を見てアルテアは苦しみ出し、その隙にベガは電童とともに螺旋城を脱出する。電童を逃がすまいと追いすがる、無数のガルファ素体と騎士凰牙。電童は窮地に追い込まれるが、そのとき実体化したユニコーンドリルが電童の前に現われ、北斗がファイルセーブに成功する。ユニコーンの力を得た電童は、ファイナルアタックでガルファ素体を全滅させ、地球への帰還を果たすのだった。

ユニコーンを得た電童のパワーは、最高で80倍にも達していた。さらにデータウェポンには、電童の封印されし能力を解く作用もあるのだという。同時にそれは、もしもアルテアがデータウェポンをセーブすれば、凰牙が恐るべき力を持つことをも意味していた。やがて第三エネルギー基地にデータウェポン“バイパーウィップ”が現われ、電童と３体の機獣との間で争奪戦が始まる。いきなりユニコーンをインストールして機獣を撃破し、勢いに乗る銀河と北斗。しかしベガは、ユニコーンの力に頼った２人の戦いぶりに危機感を覚える。そのとき、バイパーウィップを狙って凰牙が現われ、銀河と北斗はファイナルアタックで凰牙を倒そうとする。だが、凰牙はこれをあっさりとかわし、電童は電池切れに。動けなくなった電童を尻目に、アルテアはバイパーウィップをセーブしようとギアコマンダーをかざす。銀河と北斗もギアコマンダーをかざすが、なによりも“自信”を求めるバイパーウィップはアルテアと契約することを選び、彼のギアコマンダーにセーブされる。アルテアはバイパーウィップを凰牙にインストールし、電童に向けてファイナルアタックを放つが、ベガの攻撃で狙いが外れて撤退。危うく難を逃れた電童だが、銀河は戦う自信を失ってしまうのだった。

凰牙に完敗したことで銀河は自信を喪失し、ギアコマンダーを机にしまい込んでしまう。拳法の稽古にも身が入らず、ふぬけた様子の銀河を見て母親のみどりは「気持ちの負けが本当の負け」だと叱咤する。一方、ショッピングセンターにデータウェポン“レオサークル”がいるのを発見した３チップスは、捕獲のため機獣を呼び寄せる。電童に出撃命令が下るが、凰牙に対する恐怖心を拭いきれない銀河は出撃を拒否。だが、機獣が向かったショッピングセンターにみどりと妹の乙女がいると聞いて、しまい込んだギアコマンダーを取り出し、電童に乗り込む。ショッピングセンターに到着した電童は機獣ファイタスとの戦闘を開始するが、逃げ遅れた人々を守りながらの苦しい戦いとなる。さらに、レオサークルをセーブすべく凰牙も現われ、電童にファイナルアタックを放とうとする。もしも電童がファイナルアタックを避ければ、逃げ遅れた人々が危ない。しかも、その中には銀河の家族もいるのだ。意を決した銀河は正面からファイナルアタックを迎え撃つ構えをとり、電童と凰牙のファイナルアタックが同時に放たれる。その結果、電童は機獣の破壊と凰牙の撃退に成功。レオサークルはどこかに去ってしまったが、銀河は戦う自信を取り戻すのだった。

電童で出撃することが増え、銀河と北斗は授業やその他の用事から抜け出すことが多くなる。そんなある日、北斗の父親・圭介がサッカーのチケットを手に入れ、親子で観戦に行くことになった。だが、試合当日に機獣が現われ、電童で出撃している間に試合が終わってしまう。ガッカリする圭介を見て、家族にまでウソをつくことに心苦しさを感じる北斗。その苦しい胸の内を知るベガは北斗をいわたりつつも、電童の秘密は守らなければならないと諭す。一方、同じ悩みを持つはずの銀河は「ウソをつくのもしょうがない」と割り切っているようで、あまり悩んでいる様子もない。そんな彼の机には、とても母親には見せられない０点の答案用紙が山のように隠されているのだった。後日、圭介が新たに３枚のチケットを用意しあらためて観戦に行くことになるが、データウェポン“ブルホーン”を狙って機獣が港に出現。こんどこそ観戦に行くんだと決着を急ぐ北斗だが、機獣の攻撃から港を守るために苦戦を強いられる。だが、燃えさかる港の炎に興奮したブルホーンが機獣に突撃し、その機に乗じて電童は機獣を撃破。試合に間に合った北斗は家族と観戦を楽しむ一方、銀河は０点の答案が見つかり母親にこってり絞られるのだった。

学校のウサギ小屋当番を忘れた銀河と北斗は、見知らぬ少女に叱られる。その少女は、銀河と北斗のクラスに転校してきたエリスという少女だった。ちょうどその日は、ガルファ襲来を想定した避難訓練が行われる日で、エリスも交えて訓練が始まる。ところが、学校のシステムにレオサークルが侵入した影響で学校中の窓とシャッターが閉まり、銀河、北斗、エリスの３人が校舎に閉じ込められてしまう。しかも、レオサークルを捕獲しようと機獣が学校に現われ、凰牙も螺旋城から発進。電童で出撃しようにも銀河と北斗は外に出られず、そもそもエリスが見ている前では電童を呼ぶこともできない。だが、エリスが学校のシステムに侵入して窓のロックを解除し、３人は校舎から脱出する。銀河と北斗は電童を呼び寄せるが、電童にとっては生徒たちを守りながらの不利な戦い。それを見透かした凰牙はファイナルアタックを放つが、なんとレオサークルが実体化して電童のピンチを救う。レオサークルの助けもあって電童は機獣の撃破と凰牙の撃退に成功し、銀河はレオサークルのセーブに成功する。銀河たちが意気揚々とギア本部に引き上げると、そこにはなぜかエリスの姿が。なんと彼女は、データウェポン研究のためにやって来たギアの研究員だったのだ。

電童はレオサークルのテストも兼ねて、地球に向かう巨大な隕石を破壊する。レオサークルの威力は絶大で隕石は砕け散るが、その破片にはガルファの機士が潜んでいた。一方、エリスはデータウェポンの追跡プログラムを完成させるため、銀河と北斗からギアコマンダーを借りる。ギアコマンダー貸している間は２人もギア本部に詰めていなければならず、せっかくの日曜までエリスの研究で潰されることに。エリスに不満を抱く２人だったが、彼女も電童のために頑張っているのだという井上に言われて気を取り直す。そんなとき、地球に降り注いだ隕石の破片から機士ウィルスが出現。電童に出撃命令が下るが、エリスのミスでユニコーンとレオがギアコマンダーから逃げてしまう。そうとも知らずに電童で出撃した銀河と北斗は、機獣より段違いに強い機士ウィルスを相手に、データウェポンなしで戦うことを余儀なくされる。戦いの様子を見ていたアルテアは、電童がデータウェポンを出さないことを不審に思い、世界各地に落下した機士たちを電童の元へと向かわせる。凰牙と６体の機士に囲まれ、電童は絶体絶命のピンチ。ベガは電童に三日月島に着陸するよう指示し、防衛軍機が攻撃を掛けた隙にダミーの電童を打ち上げる。機士たちはダミーを追い、電童はどうにか難を逃れるのだった。

自分のミスでデータウェポンを逃がしたことに、エリスは責任を感じていた。そんな中、電童が出てこなければ世界の主要都市を攻撃すると、アルテアからの挑戦状が届く。だが、データウェポンなしに機士や凰牙と戦っても、電童に勝ち目はない。エリスはデータウェポンを引き寄せるエサとなる物質を必死に探し求め、それがメテオのエネルギー源“メテオ・キューブ”であることを突き止める。ただちにデータウェポン捕獲作戦が練られ、電童はメテオキューブを持ってアルテアに指定されたポイントに向かう。捕獲作戦開始まで時間を稼ぎながら、機士たちと戦う電童。アルテアは電童がデータウェポンを失ったことに気付き、ファイナルアタックで電童を倒そうとするが、一瞬早く捕獲作戦が開始される。電童が放り投げたメテオ・キューブに引き寄せられ、世界中から６体のデータウェポンが集まり、銀河と北斗はレオとユニコーンを取り戻す。さらに、北斗はドラゴンフレアを、銀河はガトリングボアのセーブに成功し、２人は一気に４体のデータウェポンと契約する。だが、アルテアもブルホーンのセーブに成功し、そのまま電童に向けてファイナルアタックを放つ。電童は直撃こそ避けたものの海に墜落し、銀河が負傷してしまうのだった。

ギアの探査妨害で電童を見失ったアルテアは、いったん螺旋城へと引き上げる。負傷した銀河はギア本部で治療を受け、北斗とエリスは機士や凰牙を倒す方法を考える。機士や凰牙を倒すにはファイナルアタックを使うしかないが、いちどファイナルアタックを放つと電童のエネルギーは尽きてしまうのが問題だった。有効な手だてが見つからないまま時が過ぎ、螺旋城から再出撃したアルテアは機士たちに星見町を襲わせる。策もないまま電童を出すわけにもいかず、ただ耐えるしかないギア本部。そんな中、ベガは自分の手で兄アルテアを倒そうと、ひとりギア本部を抜け出して一騎打ちを挑む。一方、北斗たちも機士を一網打尽にする方法を思いつき、渋谷長官は電童の出撃を許可する。電童は機士たちを電童の発進チューブに誘い込み、一列になったところをユニコーンのファイナルアタックで撃破。だが、ベガと一騎打ちを繰り広げていたアルテアの凰牙はチューブに入らず、機士１体も残ってしまう。もはや戦うだけのエネルギーはなく、窮地に追い込まれる電童。そのとき、吉良国がギア・イギリスで開発されていた電童電池換装機“セルファイター”で救援に駆けつけ、電童は空中電池交換に成功。電童はファイナルアタックを連発しで凰牙を倒そうとするが、謎の飛行物体“アルデバラン”が凰牙を回収し、何処かへと運び去っていった。

アルデバランに回収されたアルテアは、ガルファ本星に運ばれていた。カプセルに閉じ込められ記憶操作を受けるアルテア。そこに、アルテアを兄と呼ぶ少年スバルと、スバルの後見人ゼロが現われる。スバルはガルファ皇帝のことも父と呼び、自分もアルテアの手伝いがしたいと申し出るのだった。その頃、銀河、北斗、エリスの３人は、これまでの戦いやデータウェポンとの出会いについて振り返っていた。エリスの考察によれば、データウェポンを６体全部揃えることで、電童や凰牙は真の力を発揮するらしい。そのために、今後ガルファが銀河や北斗を狙って来るであろうことを予見する。一方、ギア本部では対ガルファ用決戦兵器、地底戦車“ペルシダー”と、戦闘艦“ファイティングアース”の開発が急ピッチで進められていた。また、ベガと渋谷長官はデータウェポンにまつわる古い言い伝えについて語り合い、ガルファにデータウェポンを渡すわけにはいかないと決意を新たにする。新たな戦いへの準備が進む中、エリスは７体目のデータウェポンがいる可能性に気付くが、そのとき螺旋城から新たな機獣が地球に向けて発進。短い平和の時は終わり、電童は再び戦いの渦中へと飛び込んでいく。

電童はファイナルアタックで重機獣スピアを撃破する。そのようすを撮影しようと、報道マンを乗せたヘリコプターが接近するが、その報道マンはなんと銀河の父・源一だった。腕利きの報道マンである源一はフランスに渡っていたのだが、電童のスクープをものにせんと日本に帰ってきたのだった。源一の能力を誰よりも知る銀河は、このままでは自分たちの秘密がバレてしまうと戦々恐々。銀河の恐れていたとおり源一は電童の基地を探りはじめ、あと１回発進があれば場所を特定できるところまで絞り込む。一方、電童を倒すよりもそのパイロットを無力化した方がたやすいと考えた３機将は、３チップスにパイロットを捜し出すよう命じる。偶然にも源一が電童の基地を捜していることを知った３チップスは、彼に基地の場所を突き止めさせようと重機獣シザーズを星見町に呼び寄せる。銀河と北斗は電童を呼び出すが、その現場を源一に見つかり、電童に乗り込むところを撮影されてしまう。だが源一は、銀河が秘密にしているのには理由があると悟り、エリスの目の前で写真を破棄する。電童がシザーズを倒すのを見届けた源一は、電童の秘密を守ったまま新たな取材先である中国に向かう。

ガルファ機獣により発電施設の機能が停止し、地球は大規模な停電に見舞われる。停電がガルファの仕業であることを察知したギア本部は、停電を引き起こした重機獣エレキデスが潜む北極へと電童を向かわせる。一方で、人々の生活に必要な電力をハイパーデンドーデンチで供給するが、それこそはガルファの思うつぼであった。ダミー機獣相手の戦闘で電動のエネルギーを消耗させ、同時に民間への電力供与で電池を消耗させるというのがガルファの作戦だったのだ。電池を使い切った電童は退却を余儀なくされるが、何らかの手違いで電池がすべて民間への供給に回されてしまったためギア本部にも電池は１本も残っていない。ファイナルアタックを使うにはばく大な電力が必要で、エレキデスが星見町に到達するまでに電池が届くかも微妙だった。八方塞がりの状況に思われたが、北斗は日本中の人々に協力してもらい、電池を充電することを思いつく。呼びかけに応じた日本中の人々は、手持ちの電池を提供したり、人力発電をするなどして電童の起動に必要な電力を供給。人々の思いがこもった電気のおかげで電童は復活し、ファイナルアタックでエレキデスを撃破する。銀河と北斗は自分たちも人々に守られていることを実感し、これからも頑張ろうと気持ちを新たにするのだった。

銀河と北斗は大岩先生にギアコマンダーを没収されてしまう。こっそりギアコマンダーを取り戻そうとするが大岩先生に見つかってしまい、１週間も返してもらえないことに。そのまま預けて置くわけにもいかず、銀河、北斗、エリスの３人はギアコマンダーを取り戻すため、夜の学校へと忍び込む。校内には泥棒も忍び込んでいたが、エイリアス状態のユニコーンドリルを見て幽霊かなにかと思い込み、驚いた泥棒はあえなく御用となる。そのまま走り去ったユニコーンを追跡する３人。すると、たどり着いたのは大岩先生の家だった。ギアコマンダーは学校ではなく、大岩先生の家に保管されていたのだ。大岩先生の家にユニコーンドリルが消えたのを見て、そこに電童のパイロットがいると思い込んだ３チップスは、重機獣フィーラーを呼び寄せる。銀河と北斗は大岩先生を救出し電童を呼び寄せるが、データウェポンたちがフィーラーの触手に捕まってしまいファイナルアタックを撃つことができない。だが、ベガの加勢でデータウェポンは触手から逃れ、電童はファイナルアタックでフィーラーを撃破する。だがそこへ、外宇宙からやって来た新たな敵“ラゴウ”が出現。ラゴウは電童に圧倒的なスピードを見せつけると、どこかへと去っていった。

ラゴウはガルファ皇帝によって送り込まれた機獣だった。ギア本部でラゴウの解析を行った結果、電童とは決定的なスピード差があることが判明する。また、データウェポンたちのラゴウに対する反応から、両者の間にはなんらかの関係があると推測された。本部での話し合いが終わり銀河と北斗は家に帰ろうとするが、遅れてやって来たエリスとぶつかり、家庭科の授業で作ったケーキを落としてしまう。それを発端にケンカを始めた３人は、学校で会ってもひとことも口をきこうとしない。見かねたデータウェポンたちは仲直りさせようと、３人をテーマパークへ呼び出す。３人が集まったところでデータウェポンたちはエイリアス状態となって飛び出し、テーマパーク中を逃げ回る。データウェポンたちを捕まえるため３人は協力し、その結果仲直りを果たすのだった。一方、ラゴウは螺旋城から脱走して地球に向かい、それを追って重機獣スカッシャーも出撃する。迎撃のため電童が出撃すると、データウェポンたちは自分の意志で外に出たがり、銀河と北斗はデータウェポンたちを実体化させる。電童がスカッシャーを撃破する一方、データウェポンたちもラゴウの右前足を切断してこれを撃退。エリスはデータウェポンたちの激しい反応から、ラゴウが単なる機獣ではないことに気付く。

右前足を失ったラゴウは、傷を癒すためガルファ素体をむさぼり喰らう。一方、エイリアス状態で眠っていたレオサークルは、銀河の妹・乙女に見つかってしまう。乙女はレオをたいそう気に入るが、レオと電童の関係に気付いたみどりから、レオのことは誰にも言わないよう口止めされる。その翌日、レオと遊んでいた乙女は、運悪くその場面を３チップスに発見されてしまう。乙女の悲鳴を聞いて銀河と北斗が駆けつけるが、その結果２人が電童のパイロットであることを３チップスに見破られてしまう。正体を現して銀河と北斗に襲いかかる３チップス。レオサークルとベガの助けで難を逃れた２人は、雪辱のため地球にやってきたラゴウと重機獣ディフェンダーを電童で迎え撃つ。ラゴウへの激しい闘志を見せるデータウェポンたちだが、ディフェンダーが張り巡らせたバリアーが邪魔してラゴウに手が出せない。電童はファイナルアタックでディフェンダーを撃破し、ディフェンダーのバリアを解除する。だが、ラゴウは圧倒的な力でデータウェポンたちを叩き伏せ、ユニコーンドリルとレオサークルに牙を突き刺すと螺旋城に引き上げていった。

ラゴウの牙を受けたユニコーンドリルとレオサークルには、強力なコンピュータウィルスが送り込まれていた。進化を繰り返すラゴウのウィルスに通常のワクチンプログラムは通用せず、ウィルスを駆除できなければユニコーンとレオは消滅してしまう。完全なワクチンを製作するためには、ウィルスの大元であるラゴウ本体のデータがどうしても必要だった。銀河と北斗は大切な友を救うため、ラゴウの右前足が没した日本海溝の最深部へと電童で向かう。だが、電童の動きを察して重機獣ダイバーも日本海溝に向かい、電童は孤立無援の戦いを強いられる。水中を自在に泳ぎ回るダイバーに対し、深海での戦いに苦戦する電童。せっかく回収したラゴウの足もダイバーの攻撃で粉砕され、足を解析してワクチンを作ることはできなくなってしまった。怒りに燃える銀河と北斗はダイバーを撃破するが、このままではレオとユニコーンは助からない。２人はラゴウのいる月の螺旋城へと向かい、直接サンプルを得ようと決意する。２人の決意が固いのを見てベガは自分も同行することを申し出、電童とセルブースターが月に向けて発進する。

螺旋城へと迫った電童とセルブースターは、ラゴウを捕獲するための作戦を開始する。螺旋城に向けてファイナルアタックを連発し、ラゴウをおびき出そうとする電童。やがて飛び出してきたラゴウを電童は捕獲ポイントへと誘い込み、あらかじめ仕掛けておいた罠で捕まえる。電童はラゴウからサンプルを採取しようとするが、重機獣アサルトンの攻撃でラゴウが罠から脱出。電童はラゴウとの戦闘で電池切れになり、ユニコーンドリルとレオサークルもウィルスで消滅してしまう。だがそのとき、銀河と北斗の叫びに呼応して謎の光が出現し、消滅したはずのユニコーンとレオが復活する。復活した２体は電童を助けるため月へと向かい、電童のモニターには謎の少女が映し出される。ユニコーンとレオは合体して超獣王“輝刃”となり、ラゴウと互角以上の戦いを繰り広げる。一方、電童もドラゴンとボアに電池を交換して貰い戦闘に復帰。アサルトンと機獣部隊を一掃した電童はさらに輝刃をインストールし、ファイナルアタックでついにラゴウを撃破する。銀河と北斗はレオとユニコーンの復活に喜びつつ、地球へと帰還するのだった。

銀河は女性アイドルグループC-DRiVEの大ファン。彼女たちのファーストコンサートの告知を知り、C-DRiVEのホームページにアクセスしようとする銀河だが、その手の操作が苦手な銀河は北斗に協力を頼む。さらに銀河は、レオサークルを使ってC-DRiVEメンバーのひとり、ユキにメールを送る。レオをメールペットだと思ったユキは銀河とメール友達になり、銀河はC-DRiVEのコンサートのチケットを手に入れる。だが、この行為が３チップスの注意を引く結果となってしまい、C-DRiVEの元に重機獣バブルートを招き寄せてしまった。逃げるC-DRiVEを追うバブルート。銀河と北斗は電童で出撃し、バブルートの前に立ちはだかる。C-DRiVEを守るため実体化したレオを見て、ユキは銀河が電童のパイロットであることに気付くのだった。バブルートを輝刃のファイナルアタックで倒した後、銀河はユキとのメール交換のために買ったポケットボードを北斗に預ける。今回のことで責任を感じているのかと思いきや、「自分も悪いがガルファも悪い」と半ば開き直るような発言をして、北斗とエリスを呆れさせるのだった。その頃、螺旋城ではアルテアと凰牙がガルファ本星から帰還していた。