自从在综合实习中击退地下城的深层魔物邪灵公爵之后过了两个月，威尔等利加甸魔法学院的6年级生，迎来以升学到“塔”为目标的学科笔试。然而，在最终测验中，爱德沃出了一个令人冲击的考题……另一方面，跨年的庆典“境界祭”也在“魔导央都”盛大登场。在熙攘的人潮关注下，“至高五杖”张开了新的大结界。然而，就在这时……夜空中出现了不祥的魔法阵。

突然出现一群深层魔物——迪诺波罗斯。原本的庆典顿时化作地狱，“至高五杖”推测出对方的目标是自己，也只能待在“塔”里无法采取行动。央都的警备队在面对持有会让魔法无效化的武器“魔导士杀手”的高等迪诺波罗斯时，只能束手无策地陆续被打倒。珂蕾特、矮人族，以及重振起来的威尔则是赌命对抗。然而，彷彿要嘲笑大家的奋战似的，无头启动了魔法阵。接着出现在威尔等人面前的，是第40层的特异种——迪文德！

为了保护威尔，罗斯提在他面前牺牲了性命。威尔虽然在千钧一发之际被瓦克纳救了起来，那副光景确认他顿失自我。爱德沃等魔导士们虽然赌命站上前线，央都的防卫却因为迪文德的出现而崩溃，魔爪也渐渐伸向“塔”。这时，芬恩背着剑，出现在哀叹着不会使用魔法的自己有多么无能为力的威尔面前。威尔具备的独一无二的“魔法”——问起那个魔法之名，芬恩将那把剑直指到威尔面前。

在芬恩的引导下，让寄宿在自己身上的力量觉醒的威尔，散发着白银之光，接二连三地将央都里的魔物斩裂殆尽。目标是特异种——迪文德。面对挥舞着“魔导士杀手”的怪物，他手持着剑，独自对峙。一直以来都很瞧不起地说威尔是“无能者”的魔法学院学生们，也因目睹了他战斗的身影而为之动容。在众人的声援下奋战的威尔，手中的剑却因为迪文德的猛攻而断裂成两截。

凭借魔杖与利剑的合力，威尔用他的法师之刃“威斯”击败了德文德。尽管伤亡惨重，且袭击的主谋仍未查明，首都开始逐步走向恢复。就这样，魔法学院的毕业日终于到来。在失去罗斯蒂、通往高塔的道路也被切断后，威尔只能远远看着那些即将登上高塔的名字被逐一念出……

终于，威尔踏上了等待着艾尔法莉亚的高塔。当他看到一楼的城镇时，兴奋之情转瞬即逝。随着“绽放”仪式开始，被选为学生的西昂、科莱特、莉安娜和维加尔分别被迎入各自的阵营。威尔和其他人得知了真相——没有加入任何阵营，他们将终生作为维持高塔运转的齿轮而存在。

第一朵花已经绽放。威尔将尤利乌斯的魔法注入自己的法师之刃，击败了被召唤到仪式场地的怪物。包括冰系在内的五个势力都想招募他，但克鲁茨阻止了这一切。为了测试威尔作为法师的天赋，克鲁茨命令他与一种名为“沃斯黏液”的怪物战斗，这种怪物只能通过带有魔法能量的攻击才能被击败。

沃斯黏液只能用魔法才能击败。距离第二次绽放仅剩一周时间，威尔寻求朱利叶斯的帮助，并全力训练，试图将魔法能量注入自己的剑中。与此同时，克鲁茨想要得到威尔及其“智慧之力”，于是派出刺客追杀。当来自高等学院的高阶法师步步逼近威尔和朱利叶斯时，一位神秘的女巫突然出现，救下了他们。

神秘魔女——凯莉德温将威尔与尤里乌斯带到一处藏身之所。自愿担任两人导师的凯莉德温向威尔提出了关于“魔剑”的课题，并为了探寻“魔剑”的根源，引导他踏上寻找沉睡于自己内心“记忆”的旅程。那是与年幼的爱尔法利亚共度的某一天的记忆——两人前往森林“消灭怪物”……在那里究竟发生了什么，以及威尔最重要的“回忆”究竟是什么!?

威尔与尤里乌斯将挑战“第二开祭”。在“塔”中的高等魔导士以及“至高五杖”的注视下，威尔再次与沃斯黏液怪对峙。儿时与爱尔法利亚一同创造的魔法。回想起“剑”的起源，威尔欲将自己的力量灌注进“魔剑”之中。

就在爱尔法利亚准备迎接威尔加入冰之派阀的那一刻，“雷公之杖”泽奥从旁介入，夺走了威尔。爱尔法利亚怒不可遏，祭祀会场瞬间变成了“至高五杖”相互较量的壮烈战场。爱尔法利亚连续施展大规模冰魔法，泽奥则以压倒性的速度和蛮力与之对抗。在战斗中途才清醒过来的威尔，对这场因争夺自己而展开的战斗困惑不已。魔法世界巅峰的激烈战斗，甚至演变成了最高阶魔法的对决。

阿尔法利亚与泽奥间为了争夺威尔而展开的激烈战斗，在互相击出最高阶魔法之后依然分不出胜负，整个会场几乎全毁。这时，「光皇之杖」亚隆介入还要拼命打下去的两人之间，并宣布透过某种方式定出胜负。就这样，「第二开祭」落幕，威尔他们也彼此赞扬成功加入了派阀。就在欢庆会的途中，威尔在瓦克纳的引领下溜出「塔」，去与「某位女学生」见面。