世界征服を企てるドクターヘルが開発した機械獣軍団を率いてあしゅら男爵が、日本に攻め込んできた。破壊の限りをつくす機械獣に自衛隊の特車隊も歯が立たず、炎に包まれる都市―――が、そこに２体のスーパーロボット、兜甲児の操縦するマジンガーＺと剣鉄也のグレートマジンガーが現われ、機械獣たちを次々と破壊していく。人類の平和のために力を尽くす彼らだが、総力戦で挑んできた機械獣軍団の前に、ついに敗北する日がやってきた。マジンガーＺは捕獲され、そして兜甲児もまた…。光子力研究所に、そして人類に史上最大のピンチが襲いかかる。そんな絶望的な状態の中に出現した新たな魔神の正体は敵か味方か？! 　ロケットパンチ、光子力ビーム、サンダーブレークなどのおなじみのマジンガーＺ＆グレートマジンガーの必殺技がオンパレードで見られる第1巻は、マジンガーシリーズを知らない人でも楽しめる構成になっている。

あしゅら男爵の操るあしゅら･マジンガーと機械獣軍団をこともなく倒したマジンカイザー！　しかし、マジンカイザーの動きは止まらず、今度は光子力研究所への攻撃を始める。鉄也とグレートマジンガーはこれを阻止しようとするが、その圧倒的な力の前にまったく歯がたたない。ファイヤーブラスターの体勢に入ったマジンカイザーにグレートマジンガーが体を張って間に入ったその時、カイザーの動きが止まった…。マジンカイザー、それは操縦を誤ると操縦者の肉体に多大なダメージを与え、かつ暴走してしまう可能性もあるロボットだったのだ。Ｚ、グレートをも凌ぐ新たなる強力なマジンガーの出現を知ったドクター・ヘルは、マジンカイザー捕獲の命令をあしゅら男爵に発する！ 　前巻ではラストに登場のみだったマジンカイザーが本格的に登場し、いよいよ謎が明らかになる。

マジンカイザーに敗れたあしゅら男爵は、まだ甲児がカイザーに不慣れな事を見て取り、甲児の抹殺を決意する。一方その頃、光子力研究所ではマジンカイザーの操縦テストを実行し、甲児をはじめ一同はその性能に満足する。朝の通学路、ボスは道路に金髪の美少女が三人立っているのを見つける。色気に目の眩んだボスが、自分は「兜甲児だ」と名乗ると、三人は突然ボスに襲いかかってきた。なんと、彼女たちはあしゅら男爵が放った三姉妹の殺人アンドロイド・ガミアＱだったのだ！　腹のおさまらない甲児は、単身生い茂る木々の中でガミア三姉妹と死闘を繰り広げる。だが、その間隙をつき光子力研究所に新たな機械獣が出現した！ 　甲児がマジンカイザーをほぼ暴走せず操作可能になる第3巻。前巻で破壊されたアフロダイＡにかわり、さやかにはビューナスＡがこの巻より与えられる。

海水浴にやってきた甲児、さやか、シロー、ボスたち。ローリィとロールにデレデレする甲児に嫉妬したさやかは、ビューナスＡで沖に出ていってしまう。しかし、さやかが不審な海底洞窟を発見したとき、事件が起きた。自然に作られたとは思えない洞窟の暗闇から、機械獣が出現したのだ。水中戦を得意とする機械獣クロコダイバーO1の攻撃に、成す術もなくあしゅら男爵に捕われるビューナスＡとさやか。甲児とボスはマジンカイザーとボスボロットで救出に向かったが、水中戦用の機械獣相手に苦戦する。そんな中、あしゅら男爵から捕らえたさやかの命と引き換えにマジンカイザーの引き渡しを迫る通信が入ってくる。どうする甲児！？ 　前巻では顔見世程度の登場だったローリィとロールが魅力いっぱいで悩殺する。女性キャラクターの水着シーンが見られるサービス満載の第4巻。

外からの攻撃には強くとも、内部からの攻撃にはもろいはず…。たび重なる失敗で後がないあしゅら男爵はマジンカイザーと光子力研究所を叩き潰すため、弓教授を襲いあしゅら自らが教授に変装して研究所に入り込む。目的は研究所動力炉の爆破だ。だが、研究所では弓教授の誕生日を祝う会が準備されており、その展開にあしゅらはついていけない。甲児たち研究所の面々にやがて偽者であることに気づかれ計画は失敗に終わるが、あしゅら男爵は機械獣を呼び出し研究所を破壊しようとする。激しい戦闘を演じるマジンカイザーと機械獣、そしてその時、圧倒的なパワーを持った謎の敵が飛来し、カイザーと光子力研究所を攻撃する……。 　弓教授役のベテラン声優・八奈見乗児氏の力演が光る第5巻。演技の他にも氏の代表作「タイムボカンシリーズ」のキャラクターを彷彿させるようなパーティ眼鏡が登場するなど笑えるシーンが満載。

不気味な波動で機械獣を粉砕した新型の妖機械獣・ドラゴ１が市街地を襲った。マジンカイザーたちが迎撃し、かろうじて倒すことに成功するが、ビューナスＡのボディには妖機械獣の触手の断片が付着していた…。 　甲児たちが研究所でくつろいでいると、格納庫から爆音が聞こえた。妖機械獣に寄生され、悪のロボットと化したビューナスＡが格納庫を破壊していたのだ。甲児はマジンカイザーに乗って食い止めようと、パイルダーの格納庫へ向かうが、そこにはドクターヘルの送り込んだ鉄仮面達が待ち構えていた…。 　妖機械獣・ドラゴ１に寄生されたビューナスＡと新たに出現した妖機械獣軍団の前に、光子力研究所は破壊されていく。鉄仮面に捕まってしまい身動きが取れない甲児に反撃のチャンスは果たしてあるのか！？ 　今までカイザーに煮え湯を飲まされていたドクターヘルが、新たな機械獣・妖機械獣を発掘し、総攻撃を仕掛けてきた。前回はラストのみの登場だった妖機械獣たちが遂にそのベールを脱ぐ！

破壊されつくした光子力研究所を襲う妖機械獣の群れ！　絶体絶命の弓教授たち！ 　だが間一髪、謎のロボットが天空より飛来して危機を救った。それは剣鉄也が操縦するグレートマジンガーだ。しかし所詮は、多勢に無勢。徐々に押されていくグレート。その時、富士山火口に飛来する物体が？　･･･それはマジンカイザーの新装備・カイザースクランダーだった！　再び地球の守り神グレートとカイザーのダブルマジンガーが揃い踏みし妖機械獣たちに立ち向かう！ 　研究所の妖機械獣を鉄也にまかせ、最終決戦を期してドクターヘルの居城・地獄城へ向かう甲児。だが、その目の前に行く手を巨大な合体機械獣が立ち塞がる。それは、打倒カイザーの執念に燃えたあしゅら男爵が、機械獣と自らを合体させた究極の合体機械獣・地獄王ゴードンだった！ 　ゴードンの猛攻撃によって、次第に絶体絶命の危機へ追い込まれていくカイザー。その時、甲児の叫びに呼応して、カイザーに新たなる力が発動する･･･！ 　マジンカイザーが、大空を飛ぶための装備・カイザースクランダー。OVA「真ゲッターロボ対ネオゲッターロボ」の映像特典「ダイナミックスーパーロボット総進撃！」やゲームなどでは登場していたが、本作でもいよいよ初登場する！