ベイブレード世界大会を制したＢＢＡチームは解散し、マックスはアメリカ、レイは中国へ渡った。カイだけは行方が判らない。そしてタカオは平穏…でもなくじっちゃんの稽古から逃げ出す毎日を送っていた。世界一に なろうと、ベイブレードへの情熱が冷めることはなかったからだ。相変わらず悪乗りする所を心配するキョウジュをよそに絶好調のタカオ。何しろその日は、町内大会の優勝者とバトルする予定が入っているのだ…。 　 その大会決勝…勝負は圧倒的な力の差を見せたミスターＸを名乗る謎の少年の勝ちに終わった。そして、その非情なまでの闘い方はタカオのドラグーンさえ弾き飛ばす！　恐るべき実力を秘めた少年…彼の正体は一体？

　謎の少年の操るベイの前にタカオは為す術なく敗れた。タカオとキョウジュはその敗因を探るが、肝心のデータがきちんと取れておらずどうにも進まない。一方アメリカのマックス、そして中国のレイの前にも謎の挑戦者が現れる。気軽に挑戦を受け、タカオと同様に不思議な輝きを放つベイの前に敗れ去るマックスとレイ。その知らせとデータを受け取ったキョウジュは、別の角度から謎の輝きの正体を再び調査し始めるのだった。 　 その頃、タカオはクラスの女子たちに居残り掃除を迫られ、逃亡中だった。しかし、逃げ回った末辿り着いた公園で、再び謎の少年と出会う事に。今度こそとドラグーンを構えるタカオに果たして勝機はあるのか…？

　タカオが謎の少年オズマと公園で対峙していた頃、キョウジュは何とか謎のベイの正体の掴もうとしていた。急ぎタカオの元へ向か い、それを伝えるキョウジュ。何とオズマのベイは、目に見えない聖獣の力を使っていたというのだ。改めて闘志を燃やすタカオは渾 身の力でドラグーンをシュート！　そして見えないオズマの聖獣に応じて青龍を呼び出そうとするのだが……。その時、公園の一角で 試合を撮影する黒服たち。彼らは一体…？ 　黒服たちはギデオンという男の指示でタカオたちのデータを集めていた。その狙いは聖獣にあるらしい。そのデータを得るた めに、彼らはその魔の手をキョウジュへと向けられようとしていた…。

　キョウジュは、突然現れた謎の男たちに、居合わせたヒロミと共に捕まってしまった。車で連れ去られる二人を追いかけようとするタカオだが、間に合わず失敗。そこで鳴り響いた公衆電話は、タカオに「二人を助けたければ指示に従え」と告げる。無茶な要求に応えて町中を走り回ったタカオは、やがて海の上の老朽船へと辿り着いた！　そこで捕われのキョウジュたちに再会するが、透明な壁に阻まれてしまう。そこへ響く黒幕の声…！？ 　黒幕のギデオンは人質を盾に、ベイでの勝負をタカオに持ちかけた。その狙いは聖獣である青龍の捕獲。だが、大苦戦の末タカオは青龍と共にその罠を突破することに成功。見事にキョウジュたちを救い出すのだった…。

　聖獣を狙う２つの敵がいる。キョウジュはタカオにそう自分の予想を語った。そして連絡の取れないマックス、レイ…そしてカイの身を案じる二人。その頃、行方の知れなかったカイは、ベイを操ることをやめ学校の寄宿舎に入っていた。だが、彼の元にも謎の刺客ドゥンガの手が伸びる。しかしカイはドランザーを封印しており、戦おうとしない。カイを慕う少年ユウヤは、そんな彼に苛立ち、代わりに挑戦を受けようとするのだが……。 　案の定ユウヤにドランザーは操れず、ドゥンガに為す術なく敗れた。遂に立ち上がるカイ。激しいベイのぶつかり合いは引き分けに終わるが、カイは新たな強敵の出現に再び闘争心が燃え上がるのを感じるのだった。

　ある目的のため聖獣を捕獲しようとしているギデオン。その本拠地はギデオン・チャンバーと呼ばれ、様々な研究やブレーダーの養成が行われていた。そこで開発された特殊アイテム「マグトラム」を携えた次なる刺客、スネーキーが動き出す。一方その頃、タカオはオズマに借りを返すべく、徹夜の張り紙作りに一 生懸命。だが、翌日キョウジュたちと共に張り紙を配ろうとする所へ、スネーキーの邪魔 が入った。その挑戦を受けるタカオだが…。 　マグトラムの効果は、青龍を磁力の檻に封じるほど強力で、タカオは大苦戦を強いられる。しかし、そこへ現れたカイの一言がタカオの闘志に火を付け、力を取り戻した青龍の一撃で逆転勝利を収めるのだった。

　タカオとスネーキーのバトルからデータを得たギデオンは、世界チャンピオンであるＢＢＡチーム４人の聖獣を欲していた。一方キョウジュはマグトラムのデータをアメリカへ送り、マックスの母ジュディに解析を依頼する。今はタカオもカイも、自分たちを取り巻く相手の情報を求めていた。そんな時ヒロミはＢＢＡの大転寺会長に会えば、と案を出す。しかし、その頃ＢＢＡでは……？ 　なんとギデオンは新たな刺客ダリルをチーム・サイキックとしてＢＢＡチームに挑戦させようとしていたのだ！　偶然そこへ来る形になったタカオたちはその挑戦を受け、遂にＢＢＡチームは復活へと動き始める！！　

　マックスとレイが来日し、タカオたちＢＢＡチームはさっそくチーム・サイキックとの勝負に向けて強化合宿に入った。その目玉はマグトラムのデータを元にジュディが開発した「ＭＧコア」。しかしパワーアップはしたがタカオたちは元よりカイすらベイを操りきれない有様になってしまう。見かねたヒロミが基礎からの訓練メニューを作るもタカオと ケンカ別れする羽目に。それでも自分なりにトレーニングを続けるＢＢＡチームだが…。 　自分の手足のように操るまでに至らず焦りを隠せないタカオ。その時カイはヒロミのメニューに目を付けた。意地を捨てて基礎からの再出発を図ったタカオたちは、ヒロミとも和解し、ＭＧコアを遂にマスターする！

　決戦の会場へ向かうべくバスに乗り込んだＢＢＡチーム。だが、そこには睡眠ガスの罠が待っていた！　目覚めたタカオたちは発信機付きのブレスレットを付けられ、見知らぬ廃墟に放り出されてしまう。ギデオンの仕組んだ罠に反発し、脱出しようとするタカオたち。それでも勝負を強要するギデオン。一度はタカオがその挑発に乗りそうになるのを止 めたものの、遂にマックスが捕まりベイスタジアムでの勝負を余儀なくされてしまった！ 　マックスｖｓカメレアン。姿を隠せる刺客を相手にマックスは大苦戦し、玄武の聖獣もスタジアムの仕掛けに捕獲されそうになる。しかし、ＭＧコアを得た玄武は罠をも引き千切って見事な逆転勝利を収めるのだった！

　南海の孤島に放り出されたＢＢＡチーム。タカオは脱出を試みる途中で足にケガをしてしまった。しかし諦める訳にもいかず、勝負を受けて突破するか、灯台から助けを呼ぶかの二組に分かれて行動する事に。勝負を受けるべく森の中に入っていくレイ、マックス、タカオ。しかし油断した所を突かれ、あっという間に地の底まで連れて行かれてしまう。 そこは闇のスタジアム。待っていたのは次なる刺客、暗闇の帝王を名乗るバットだった！ 　勝負はレイｖｓバット。卑怯にも暗闇を利用し、更には捕獲装置で白虎を捕らえようとするバット。しかし音を捉えたレイの渾身の一撃でドライガーは勝利する。一方、灯台に向かうカイたちの前にもブレーダーが現れていた！

　灯台を目の前にするカイたち。しかしそこにはベイスタジアムと刺客のフィーゲルが待っていた。避けられぬと見て挑戦を受けるカイ。キョウジュも援護とばかり聖獣捕獲装置の妨害を試みる。罠を警戒するカイを、全力を出せぬと見て攻めるフィーゲル。徐々に押されるドランザー。しかしキョウジュが装置の無力化に成功し、カイは一気に逆転勝利を決める！　その頃、島の奥に進んだタカオたちにも最後の勝負が迫ってきていた…。　 　再び現れたダリルに立ち向かうタカオ。白虎も玄武も傷ついている今、自分が戦うしかない！　足の痛みを堪え、仲間の声援を受けて吼える青龍とタカオ。そして大苦戦の末、ドラグーンがダリランザーを弾き飛ばす！！

　無人島から大転寺会長に助けられたＢＢＡチームだが、タカオは足のケガで入院中だった。そして１週間後…見舞いに現れた大転寺会長に、タカオは改めて見えない聖獣を操るオズマたちを捜すことを頼み込む。一方、無人島で敗れたギデオンたちも、新たな計画…これまでのデータを基にデジタル聖獣を造り出す…を始めようとしていた。そしてオズマもまた仲間と合流するのだが……ドゥンガがカイと決着を付けようと先走ってしまう！ 　挑戦状を叩きつけ、川原で対峙するカイとドゥンガ。勝負はやがて見えない聖獣と朱雀のぶつかり合いに！　だが、朱雀のデータを取ろうとするチーム・サイキックの横槍で勝負は中断されてしまうのだった…。

　朱雀のデータを取って逃げ出したサイキックの車に張り付いた少年ユスフは、まんまとアジトへの潜入に成功し、デジタル聖獣の存在を突き止める。それを知ったオズマは、タカオたちの聖獣を成長させるべく行動を開始 した……果たして彼らの真の目的は？ 　そしてカイとドゥンガの戦いを見て触発されたタカオたちは、オズマ捜索を大転寺会長に任せ、訓練に励んでいた。そこへマックスのファンという女の子が訪ねてくるが…。 　その正体は何とアメリカでマックスを負かした少女マリアムだった。リベンジを果たすべく勝負を挑むマックス。しかし玄武が優勢になりかけた所でユスフが乱入し、更にレイが参戦。タッグバトルになってしまう！？

　マリアムとユスフの連携攻撃の前に敗れたマックスとレイ。だが、そこへ追いついてきたタカオがオズマに再戦を申し込む！　ドラグーンｖｓフラッシュレオパルド。仲間たちが見守る中、因縁の戦いが始まった。オズマの挑発に乗らず自分のペースで戦うタカオだが、聖獣の力ではまだオズマが優勢。しかしタカオの負けん気が青龍に力を与え、見事ドラグーンは逆転勝利する！　それを見たオズマは何故か悔しさも見せずに去るのだった。 　その間にもギデオンの野望は形となりつつあった。遂にデジタル聖獣の試作型が完成したのだ。町内ベイブレード大会で猛威を奮った上、更に暴走するデジタル聖獣。その有様の一部始終をタカオたちは目撃するが…。

　デジタル聖獣の存在を知り、タカオたちの聖獣を成長させようと仕向けるオズマたち。しかし、真の目的は四聖獣を手に入れることにあった。ただ、オズマだけは何か考えがあるようだが…。一方、タカオたちは聖獣を奪われないためのトレーニング中。そんな中、「聖獣が見たい」と言い出すヒロミ。しかし聖獣は簡単に見えるものでもない。挙句タカオたちの訓練の邪魔をしてしまい、ガッカリする始末。そこへ再びオズマたちが現れた！ 　ここぞとばかりユスフにリベンジを挑むレイ。しかし白虎は見えない聖獣の前に大苦戦し、追い詰められてしまう。その時ヒロミが叫んだ。「上よ！」見えない聖獣が一瞬姿を現し、レイはその隙を突いて逆転勝利する！

　暴走を引き起こしたデジタル聖獣。しかしそれは改良され、遂に完成した。その使い手を捜すようギデオンは命を下す。一方、タカオがカイの新ベイ『ドランザーボルケーノ』と手合わせをしている所に割り込むベイが。それはカイの後輩ユウヤだった。カイを目指し、ブレーダー養成校に通う彼は弟子入りを志願する。ユウヤのためを思い、それを断るカイ。しかし諦めきれないユウヤは、チームサイキックの誘惑に乗ってしまうことに…。 　デジタル聖獣を与えられたユウヤはカイに挑戦するが、そこへドゥンガが乱入する。戦いの中でパワーを増すデジタル聖獣だが、それはブレーダーの身心を蝕み、遂にはユウヤを再起不能に追い込んでしまうのだった。

　完成したデジタル聖獣が自己進化することを知ったギデオンは、今度こそベイを操れるブレーダーを捜すよう命令する。が、デジタル聖獣の力を見たタカオたちは訓練にも身が入らず、いらぬ一言から遂にはケンカ別れしかけるが、ヒロミが機転を利かせて実行したバーベキューパーティで事なきを得るのだった。その頃、日本に降り立つ少年少女４人の姿があった。かなり腕利きのブレーダーらしいが、彼らの正体とは一体…？ 　そしてその４人は偶然か必然か、タカオたちと出会うことになる。ブレーダーの性(サガ）か、手合わせを通じて意気投合するタカオとケイン。しかし彼らはまだ知らなかった。これから互いに聖獣を賭けて争うことになるのを。

　ギデオンのアジト…そこではケインたち４人組の１人、ジムがサイバードラシエルのベイをテストしていた。過酷な攻撃の中で自己進化するデジタル聖獣。ジムは辛うじてその力を制御するが、代償として力に魅入られてしまう。そしてチーム・サイキックは正面からＢＢＡチームに勝負を申し込むのだった。そこで対戦相手がケインだと知ったタカオは、それが納得できず、真実を確かめようと勢いでサイキックのアジトに潜り込む！？ 　タカオたちがアジトに潜入した頃、力に溺れたジムはケインに反発し、止めようとするゴウキのベイをも破壊してしまう。その様子を目撃したタカオは叫ぶ「お前は騙されているんだ！」。そしてケインは……。

　デジタル聖獣の破壊力を目の当たりにして悪夢にうなされるタカオは、今のままでは勝てないと考え特訓を始め、キョウジュにもドラグーンの強化を頼み込む。が、レイにはそのなりふり構わぬ様子が、今までの自分を否定してるように見え、反発してしまう。そして同じくサリマもデジタル聖獣に疑問を抱いていた。ふらりと出掛けた先で偶然出会ったレイとサリマは、いっそ試合中止させようと約束し、行動を始める。しかし…。 　サリマは、実力でデジタル聖獣を扱いこなしてみせるというケインの覚悟を知り、試合の中止を思いとどまる。一方のレイもカイの決意を聞き、悩みぬいた末に改めて自分らしく戦い抜くことを誓うのだった。

　タカオがキョウジュに頼んだ改造ドラグーン…その姿は以前よりも攻撃的で、本来ベイブレードに定められたルールから外れたものだった。マックス、レイ、そしてカイもそれを良しとせずタカオを諭すが平常心を失ったタカオは聞き入れない。だが確かにドラグーンはタカオの心と同じにバランスを失っていた。そんな時、うまくベイを操れず途方に暮れるタカオの前にオズマが現れ、勝負を挑んできた！　改造ドラグーンの真価が今！？ 　しかし勝負はタカオの一方的な敗北に終わった。現れぬ青龍を疑問に思うタカオにオズマは言う「いつものお前に戻れ！」と。仲間を信じ、ベイを信じる心。タカオはそれを思い出しドラグーンを元通りにするのだった。