虽然与鲁迪乌斯结合，但深感自己不成熟的艾莉丝最终选择离开了他的身边。与基列奴一同抵达剑之圣地的艾莉丝，宣誓要打倒龙神奥尔斯帝德，并在剑神加尔·法利昂门下开始修行。而在这里，也有一位同样作为剑圣正刻苦修行的少女——妮娜的身影……

为了成为配得上鲁迪乌斯的存在，艾莉丝来到剑之圣地已经过去了两年。从艾莉丝口中听到鲁迪乌斯之名的妮娜，为了确认这个人是否真实存在而前往了镇上。另一方面，水神列妲与弟子伊佐露缇到访了剑之圣地。于是艾莉丝、妮娜、伊佐露缇三人开始了联合修行。

将洛琪希迎娶为第二位妻子后，鲁迪乌斯与希露菲叶特、女儿露西、妹妹诺伦及爱夏等家人开始度过平静的日常生活，并重返了拉诺亚魔法大学。就在洛琪希也开始在大学执教、鲁迪乌斯向大家介绍她为自己妻子时，克里夫却因宗教信仰而无法容忍这件事……

在札诺巴和克里夫的协助下，鲁迪乌斯获得了能够替代左手的新装备——“札里夫义手”。然而，考虑到不知何时可能再度逼近家人的危机，抱着“再也不想失去任何人”的信念不断推进研究的鲁迪乌斯，终于恳求洛琪希传授他水王级魔术。

克里夫和艾莉娜丽洁的婚礼在圣米里斯教堂举行，鲁迪乌斯一行人为两人送上了祝福。在此期间，鲁迪乌斯意识到还没给诺伦和爱夏庆祝十岁生日，便与希露菲叶特、洛琪希一同前往街上买礼物给她们。而这时，鲁迪乌斯心心念念的愿望终于得以……

被委托担任拉诺亚王国公主护卫的洛琪希，决定与鲁迪乌斯同行。而在与他们共同负责护卫工作的冒险者小队AmazonAce中，出现了一个让人意想不到的身影——那竟是曾经与鲁迪乌斯一同冒险过的队伍CounterArrow的莎拉……！鲁迪乌斯虽然与她交谈了几句，然而……

拉诺亚魔法大学举行了毕业典礼，莉妮亚与普鲁塞娜作为毕业生出席。七星正积极推进从异世界召唤物体的研究，诺伦收到了爱丽儿加入学生会的邀请，鲁迪乌斯身边的人们也都渐渐迈向各自的下一阶段。就在这时，七星向鲁迪乌斯提出了一个建议……

为了让塞妮丝恢复正常，在七星的介绍下，鲁迪乌斯得以拜见居住在空中要塞ChaosBreaker的杀死魔神的三英雄之一——“甲龙王”佩尔基乌斯。佩尔基乌斯散发着压倒性的存在感，在听完关于塞妮丝的事情后，说出了一个意想不到的人的名字。

在空中要塞ChaosBreaker突然吐血倒下的七星，其病因竟是本应在7000年前就已绝迹的疾病——杜莱病。面对陷入绝望的七星，鲁迪乌斯向佩尔基乌斯提出请求，希望能够助她一臂之力。随后，他们踏上了寻找可能知晓杜莱病之人的旅程……

为了寻找杜莱病的治疗方法而来到魔大陆的鲁迪乌斯一行人，成功找到了奇希莉卡。然而他们连同奇希莉卡一起，被盯上奇希莉卡的不死魔王阿托菲拉托菲的亲卫队带走了。与阿托菲拉托菲对峙的鲁迪乌斯，被邀请加入她的亲卫队，然而……

摆脱了阿托菲拉托菲的追击后，鲁迪乌斯一行人终于获得了据说可以治疗杜莱病的索卡斯草。他们究竟能否治好七星的疾病……！？而在鲁迪乌斯回到久违的家中后的那个夜晚，人神现身并给出了建议。当鲁迪乌斯准备按照他的建议行动时，一个神秘人物突然出现了。

“我来自未来。”突然出现的老人对鲁迪乌斯如此说道。面对不知所措的鲁迪乌斯，老人开始讲述即将降临在鲁迪乌斯身上的残酷而悲惨的遭遇，以及造成这一切的罪魁祸首……

“和七星商量。寄信给艾莉丝。怀疑人神，但不要与他为敌。”——这是未来的鲁迪乌斯留下的话。鲁迪乌斯打开了老鲁迪乌斯托付给他的日记。里面记载的，是以洛琪希的死为开端，未来的自己所经历的波澜壮阔而又惨烈的人生。

读完老鲁迪乌斯的日记后，鲁迪乌斯为了保护自己深爱的家人，避免那悲惨的未来，开始采取行动。他一边隐瞒老鲁迪乌斯的存在以及相关的详细情况，一边向希露菲叶特和洛琪希告知：家人们或许会面临危险。同时，他也提到了关于“艾莉丝”的存在……