从石化中复活的千空一行人成功将赛诺拉为同伴，重新启动了「登月计划」！利用与新同伴共同收集的稀有金属，他们建立起一座超合金之城，并重启了宇宙飞船的研制。不仅如此，他们还利用自制的火箭引擎，对破旧不堪的珀耳修司号进行了升级强化！千空一行分成了三个小队，各自向着全新的天地进发！就在此时，他们突然收到了来自WHY人的惊人信息……！

为了实现月面着陆，千空一行人踏上了寻找新素材的旅程。突然，他们收到了来自月球上的WHY人发来的惊人信息，于是他们开始以超高速推进宇宙飞船的建造！他们首先为了获取必需素材“萤石”登陆西班牙，不过对于龙水和法兰索瓦来说，这里还有其他想要的特殊素材。紧接着，在奔向下一个目的地的千空等人面前，新的阻碍正在路上等待着他们！

千空利用赛诺打造的喷气引擎，完成了双方合作的第一号武器——导弹。凭借科学的力量，他们成功突破了被大量浮木堵塞的苏伊士运河！通过超高速捷径登陆“数学之国”印度的科学王国成员们，为了得到造火箭必不可少的“数学能力”，开始寻找龙水深信不疑的天才数学家——SAI。然而，苏醒后的SAI一看到龙水，竟然拔腿就跑……

见识到SAI作为天才程序员的能力后，千空宣布要在石之世界打造电脑！另一方面，在大树等人的努力下，玉米城的杠一行人也从石化中复活！千空一行与杠的团队齐心协力，开始挑战科学工艺中的最难关——电脑。随后，为了前往建设下一座城市，龙水开始进行出航准备，并邀请SAI一起同行，但……

察觉到龙水的心意后，SAI决定登上新珀耳修司号。就在科学王国全员动员推进电脑制作之时，一场悬赏奖金的“新世界数学奥林匹克”正式开幕！参赛者除了千空和SAI，竟然还有来自玉米城玛古玛！不擅长数学的玛古玛，借助电脑挑战比赛！与此同时，克罗姆等人从千空那里得知了有关火箭的惊人真相！

从千空口中得知火箭其实是前往月球的单程票后，克罗姆等人受到了巨大的冲击。无法接受千空那悲壮决意的克罗姆与西瓜，主动拜SAI为师。一边学习数学，一边暗中探索往返火箭的可能性。随后，千空一行终于登陆了最终目的地——印度尼西亚。迅速建立起橡胶之城后，千空在返回科学王国之前，打算准备一份日本的灵魂美食作为伴手礼！