西暦300X年、マルガリータ帝国皇帝ツル・ツルリーナ4世は、毛狩り隊による毛狩りを開始した。毛の自由と平和を守るため、ボーボボが立ち上がる！

毛狩り隊と間違われたボーボボとビュティは、ハジケ組に襲われる。ボーボボは、首領パッチとのハジケ勝負・上級者ルールに挑む。

ハジケ村主催“ハジけっぱなしハジけ祭”で、ボーボボが村人全員を「くすぐりてぇー」と暴れ出す！

今日はハジケ学校の卒業式だった。“卓球便”でハジケ村に届けられた卒業生の首領パッチは、ギリギリ教室へ。ボーボボは首領パッチの弁当を手に、ママチャリで校内へ突入する！

誰かにつけられている恐怖を感じるビュティをよそに、ボーボボと首領パッチは見事に『ラブ★ラビリンス』の第二幕までを成功させる。そこへ、お茶漬け星人が現れた！

ビュティが、ゲチャッピの“毛抜きビーム”を浴びてしまった！　あとわずか10時間で、全ての毛が抜け落ちてしまう。ボーボボをかばって、首領パッチも浴びちゃった。

ビュティが浴びた、ゲチャッピの“毛抜きビーム”の解毒剤を求めて、ボーボボたちは毛狩り隊Ｃブロック基地に乗り込んだ！

Ｃブロック基地を勝ち上がるボーボボたちの前に、ソフトンが立ちはだかる！　ソフトンは先にビュティに解毒剤を渡し、正々堂々とボーボボに勝負を挑む。

ついに、疾風のゲハが待つ最上階へ。ボーボボに押されるゲハがビュティの髪を刈ろうとする！　そこへ、ヘッポコ丸が姿を現した！

ヘッポコ丸を追って、壁の中から壁男が現れた！　しかし怒っているのはヤツだけではない。地球ボーボボも、ヘッポコ丸に怒っていた。

故郷を救うためボーボボの力を借りたいと、ヘッポコ丸は頼む。そこへ、毛狩り隊Ｌブロック隊員のパピットマンが挑んできた！

ボーボボたちは田舎へ帰省していた。まごころ込めて植えた割り箸畑から、メルヘンチック遊園地が獲れたが、それは毛狩り隊Ａブロック基地となっていた。

ところ天の助を探す首領パッチの前に、コーヒーカップの守護神６が現れる。だがヤツはパチ美のかつての恋人・Ｕくんだった！

ヘッポコ丸がおばけ屋敷に入ると、なぜかそこはボーボボとの結婚披露宴の会場だった。そこへ突然、毛狩り隊Ａブロックの副隊長カツが襲いかかってくる！

カツに倒されたヘッポコ丸が、再び立ち上がった。しかし、なぜか赤ちゃん言葉を話し、ビュティにオナラで愛を告白する。

プルプル真拳奥義「オロチ拳」を放つ最強の敵・ところ天の助の前に、ボーボボと首領パッチ最強の融合技、鼻毛真拳究極奥義「聖鼻毛融合」がベールを脱ぐ！

ボーボボたちの前に現れた、マルガリータ帝国四天王の一人・軍艦！　なんとヤツは、ボーボボと同じ鼻毛真拳の使い手だった!?　そしてヘッポコ丸の故郷・プップーシティを壊滅させた張本人だったのだ。

軍艦の部下・ドールマンのビームで、ビュティが人形にされてしまった！　ボーボボたちはソフトンをスカウトし、天の助を10円で買い、５人で軍艦の待つポマードリングをさがす。

ボーボボたちと軍艦五人衆の戦いが始まった！　一番手に名乗りを上げたヘッポコ丸の相手は、かつて共に軍艦と戦った先輩・ふんどし太郎だった！

ソフトンはボーボボの弱点を発見した。このまま軍艦と戦ったら、確実に死ぬと考えた彼は、バビロン界へボーボボたちを送り込み、弱点を克服させようとする。