地球連合、ザフトは多大な犠牲を双方に出した第二次ヤキン・ドゥーエ攻防戦の後、ユニウスセブン跡において停戦条約を締結。しかし、ナチュラルとコーディネイターの争いの火種が消えたわけではなかった。 　Ｃ．Ｅ．７３・１０。オーブの代表首長となっていたカガリ・ユラ・アスハはアスラン・ザラ（公には別名「アレックス・ディノ」を名乗っている）を伴ってＬ４に新設されたザフトのプラント「アーモリーワン」を訪れていた。再び燻り始めた両陣営での不穏な動きを懸念し、最高評議会議長ギルバート・デュランダルと極秘会談の場を持つためであった。 その時、突如鳴り響く警報！ 　新造艦「ミネルバ」の進水式を狙った謎のグループが破壊活動を起こしたのだ。さらに彼らは混乱に乗じ、ロールアウト直前の新型ＭＳ「ガンダム」を強奪する。 再び起こってしまった戦いを前に戸惑うカガリ。爆煙の中アスランは彼女を守るため手近のＭＳ「ザクウォーリア」に乗り込み奪われたカオス・ガイア・アビス、３機のガンダムを相手にする。しかし複数の上、スペックで上回る敵に窮地に立たされてしまう！ 絶対絶命のその瞬間、双方の間に割って入ったもう一機の新型ＭＳ。 その機体こそシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。

突如、プラント「アーモリーワン」で起こった謎のグループによる「ガンダム」強奪。 ザフトの新議長ギルバート・デュランダルとの会談に臨んでいたオーブ代表首長カガリ・ユラ・アスハは随伴していたアスラン・ザラと共にこの奇禍に見舞われた。 　カガリを守るため、緊急避難的にザクウォ－リア乗り込んだアスランであったが奪われた３機のガンダムとの戦闘により窮地に陥ってしまう。そのあわやの場面に割って入ったのがシン・アスカの搭乗するインパルスガンダムであった。 　 激突するカオス・アビス・ガイア対インパルス！ 　同じ頃、アーモリーワンの外では強奪グループを送り込んだ特殊部隊の母艦「ガーティ・ルー」が司令官ネオ・ロアノークの指揮のもと行動を開始。電撃的にザフト護衛艦隊を撃沈、さらに港湾部を破壊してしまう。 この動きに呼応するかのように強奪グループのスティング・オークレー、アウル・ニーダ、ステラ・ルーシェは撤退を始める。プラント壁面を打ち抜き脱出を試みる３Ｇに対して追いすがるインパルスとレイ・ザ・バレルのザクファントムであったが、宇宙ではネオのＭＡ「エグザス」が待ち受けていた。 　この不測の事態に対しザフト新造艦「ミネルバ」艦長タリア・グラディスは艦の発進を決意した！

強奪された３機のガンダムを追い、シンとレイはアーモリーワンの外へと出る。が、そこで待ち受けていたのは連合特殊部隊司令官ネオ・ロアノークであった。老練なネオは「ＭＡ　エグザス」の全方位攻撃で２機を翻弄する。すんでのところで彼らを救ったのは急遽出撃したミネルバであった。両者の間に割って入ったミネルバはそのまま敵母艦ガーティ・ルーを攻撃。 が、ガーティ・ルーは予備の推進タンクを爆破し追撃を振り切った。 追撃を続けるミネルバの艦内には、３機のガンダムと交戦したアスランとカガリが収容されていた。急を要する事態の為、２人をオーブに戻すことが出来ずその非礼を詫びるデュランダル。彼はプラントとオーブの友好の証にとミネルバ内の案内を申し出た。 ミネルバとインパルスの想像以上の戦力を目の当たりにし、憤りを覚えるカガリ。 「我々は誓った筈だ！　もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと！」その言葉に過剰に反応し、 彼女に怒りをぶつけるシン！ その時鳴り響く艦内のアラート。再びガーティ・ルーを捕捉し戦闘準備に入ったのだ。デブリ帯を舞台にした戦いが始まろうとしていた。

敵母艦ガーティ・ルーを追い、デブリ帯に突入したシンとルナマリア達。が、レーダー上の敵は迎撃の動きすら見せない。それが囮だとタリアとアスランが気付いた瞬間、シン達は待ち伏せしていたカオス、ガイア、アビスの襲撃を受ける。同時にミネルバ自身も身を潜めていたガーティ・ルーに背後から攻撃を受けた！ ネオの策略に嵌ったのだ。 　 戦力を分断された上、浮遊する岩石に邪魔をされ攻撃もままならないミネルバ。 ネオは更にその岩石をも巧みに使い艦の動きを封じる。その絶体絶命の窮地を救ったのはアスランの助言であった。至近距離での砲撃の爆圧を利用し、一気に回頭したミネルバは即座に反撃、ガーティ・ルーにダメージを与えた。 が、ミネルバにもそれ以上の余力は無く追撃は断念せざるえなかった。ミネルバの初陣は痛み分けという形を持ってここに終結した。 その頃、別の宙域では未曾有の事態が起こり始めていた。安定軌道にあったはずのユニウスセブンが地球に向けて降下し始めたのだ。

ガーティ・ルーとの激闘を切り抜けたばかりのミネルバに入った急報。それは更なる、そしてより深刻な凶報であった。 停戦条約締結の地であり、血のバレンタインの悲劇の舞台、ユニウスセブンが安定軌道を外れ地球に向け落下し始めたのだ。 事態を重く見たプラントはイザーク・ジュールを隊長とした破砕部隊を急行させ、ミネルバも後に続いた。同じ頃、地球でも動きを察知、そしてこの機に乗じてロード・ジブリールを新盟主としたブルーコスモスが再び動き出そうとしていた。 現場に到着したイザーク隊は直ちにメテオブレイカーに因るユニウスセブンの破壊作業を開始。 が、その時謎のジンの一団が工作隊を急襲！異変は人為的なものであったのだ！ ミネルバも工作隊をフォローすべくＭＳ隊を発進させる。 そして、その中には自ら志願したアスラン・ザラの姿があった。

地球へ落下を始めたユニウスセブンを破壊するために、現場に急行したイザーク隊が謎のジンの一団に襲撃された。 異変は人為的なものだったのだ。工作隊を守るためミネルバからシン、レイ、ルナマリア、そしてアスランが発進、同じく自らも出撃したイザークと合流し、テロリストとの戦闘に入った。 が、そこへ逃走したはずのガーティ・ルーが介入。カオス・アビス・ガイアが参戦し、戦局は大混乱に陥る。戦いの最中、敵を圧倒するアスランとイザーク。それを目の当たりにし驚嘆するシン。ヤキン・ドゥーエの勇士は健在であった。 彼等の活躍により工作隊はメテオブレイカーの起動しユニウスセブンは分割された。しかし未だその破片は大きく、ミネルバはそれをさらに砕く為に共に大気圏に突入することを決める。 一方アスランとシンも出来る限り破片を細分化するため、残されていたメテオブレイカーの起動を試みる。だがそれを阻止しようと残るテロリストが玉砕をしかけた。 彼等は血のバレンタインで家族を失い、パトリック・ザラの思想をその拠として生きてきた者達であった。己と同じ境遇を持つ人間に自爆攻撃を受けるシン。 否定され続けた亡き父を、命をかけ肯定する人間に出会ったアスラン。 衝撃と動揺のなか２人は大気圏へと落下していく。

最後までユニウスセブンの破壊を続ける為ミネルバは共に大気圏に突入、そのまま地上に降下した。 　が、その行為を持ってしても惨事は免れることは出来ず、地球各地は甚大な被害を受けてしまった。 そしてこの事件は再びブルーコスモスの息を吹き返す切っ掛けを与えることになった。 新盟主ロード・ジブリールは母体である「ロゴス」の長老連を説き伏せ、大西洋連邦への介入を画策していた。 一方カーペンタリア基地に向かうつもりだったミネルバは宇宙で受けたダメージの修理とカガリを送り届ける為にオーブへと向う。 そのオーブの浜辺では前大戦以来、隠棲しているキラ・ヤマトが激動の運命を予感していた。

オーブに入港したミネルバは修理と補給の為、モルゲンレーテのドックに入った。 代表首長として政務に復帰したカガリはウナト等首脳陣から地球とプラントの関係が抜き差しならない状況になっていることを知らされる、そしてそれに対するオーブの立ち位置の決断を迫られようとしていた。 　一方、つかの間の休暇を楽しむクルー達。 そこでは互いを知らず様々な出会いを果たしていた。 ドックでのマリューとタリア。 複雑な思いのまま、家族の亡くなった地を訪れたシンと彼の地で独り佇んでいたキラ。 アスランもまたキラと会い、再び行くべき道を模索し始める。そして彼はカガリに約束の指輪を渡しデュランダルの元へと向う。

　地球連合は、「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決め付け、プラントを敵性国家と見なす共同声明を発表。地球軍の月面基地では、開戦へ向けて着々と準備が進んでいた。プラント政府の最高評議会は紛糾し、開戦派の意見が主流を占めようとしていたが、デュランダルはあくまでも対話による解決を主張。とは言え、当座は降り掛かる火の粉を払わねばならない。目の前に迫った地球軍の攻撃に対して、国防委員会はプラントを守るために軍を動かす。その頃、プラントへ着いたアスランは、和平を訴えるべくデュランダルへの面会を求めていた。 　地球軍はプラントへの開戦を通告し、進軍を開始。イザークやディアッカらのザクが迎え撃つが、その部隊は実は囮だった。別動隊のモビルスーツが、プラント目掛けて核ミサイルを次々と発射する……が、ザフト艦の新兵器・ニュートロンスタンピーダーの一撃が、迫る核ミサイルを全て迎撃。プラントは、最大の危機を脱した。 一方待たされていたアスランは、ラクスそっくりの少女にいきなり抱きつかれる。彼女が去った後も戸惑い続けるアスランの前に、ようやくデュランダルが姿を現した。

　アスランは、地球連合がプラントへ核攻撃を仕掛けたとデュランダルに聞かされ、驚愕。彼は偽名を捨ててアスラン・ザラを名乗り、父・パトリックの言葉を否定した上で、デュランダルへ和平を訴える。激昂するアスランに、デュランダルは「負い目に思ってはいけない」と、優しく諭すのだった。 　その頃プラント市内は、連合の核攻撃を知らされ騒然としていた。そこへ、あらゆるモニターから聞き覚えのある声が流れ、気持ちを静めるよう人々へ訴え始める……。ラクスとそっくりの少女ミーア・キャンベルが、彼女を騙って演説していたのだ。 　デュランダルは、ラクスの偽者を用意したことをアスランに白状すると、彼を連れて軍の格納庫へ向かった。そこにあった新型機・セイバーガンダムを前に、デュランダルはこの機体をアスランに預けたいと言い出す。父のことで悩み苦しみ、誰よりも平和を望んでいるアスランだからこそ、いざというときには力のある存在であって欲しいと言うのだ。 考え込むアスランを、ミーアが食事に誘う。プラントのために、ラクスの代わりを喜んで演じている彼女を前に、アスランは思い悩む。

プラントの最高評議会は、ジブラルタルとカーペンタリアを包囲している地球軍への攻撃を決定。 が、デュランダルはこの侵攻を報復ではなく「積極的自衛権の行使」であると明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。 　時を同じくして、オーブ議会では大西洋連邦との同盟締結が決定されようとしていた。必死に同盟を拒むカガリであったが、「伝統や正義、正論よりも、国民の安全のことをお考え下さい」と言われると、引き下がるしかない。 　その頃プラントに滞在していたアスランは、イザークやディアッカと再会していた。二人は、アスランの護衛・監視のために派遣されてきたのだ。かつての戦友・ニコルらの墓を訪れたアスランに、イザークはザフト軍へ戻るよう強く勧める。 プラントの降下作戦と、それに呼応したオーブ・大西洋連邦の同盟締結を察知したバルトフェルドは、ミネルバへ匿名の警告を送る。タリアは出航を決断する、ミネルバは翌朝オーブを離れたが……すでに領海外では、地球軍の艦隊がミネルバを待ち受けていた。 　その頃カガリは、己の不甲斐なさに落ち込んでいた。そんな彼女に、ユウナは優しく告げる「僕が君を支える……夫として」と。

　退路を断たれたミネルバは、正面突破を余儀なくされる。ルナマリアとレイは艦の守備に就き、シンはウインダムを次々と迎撃していく。……が、地球軍の新型ＭＡ（モビルアーマー）「ザムザザー」が投入されると、戦局は一気に不利に。内蔵するリフレクターでタンホイザーの一撃をも跳ね返したザムザザーが、インパルスを追い詰める。絶体絶命のそのとき……シンのSEEDが弾けた。 ミネルバからのデュートリオン・ビームでエネルギーをチャージしたインパルスは、ザムザザーを一蹴。続いてソードシルエットに換装すると、鬼神のように地球軍の戦艦を切り裂き、次々と沈めていく。その圧倒的な強さに、ミネルバのクルーも含めた全ての人々は、絶句するしかない。 　その頃プラントでは、アスランがザフトの赤服に袖を通していた。デュランダルに特殊部隊・フェイスの徽章を与えられ、平和のために再び戦う決意を固めたアスランは、新たな機体・セイバーガンダムを駆って飛び立つのだった。

シンの活躍によってミネルバは絶体絶命の危機を脱し、カーペンタリアへ進路を取った。 一方、物思いに沈むカガリの前に現れたユウナは、彼女へ結婚を迫っていた。この不安定な情勢下であればこそ、二人の結婚は国を結集するのに役立つだろうし、コーディネイターであるアスランやキラは、今や国の母となる彼女とは住む世界が違うのだ……。ユウナの言葉に、カガリは思い悩む。 　 その頃、キラたちも決断のときを迎えようとしていた。オーブと大西洋連邦との同盟が締結されれば、コーディネイターであるキラたちはオーブに留まれなくなるのだ。 その夜キラの家を、コーディネイターの特殊部隊が強襲した。彼らの目的は、ラクスを暗殺すること――キラらは地下のシェルターへと避難するが、特殊戦使用ＭＳアッシュの火力が、ついにシェルターの外壁を破壊する。 なだれ込む、アッシュの部隊……そのとき、突如現れた白い機体が、アッシュの部隊を瞬く間に一掃した――。 ようやく昇り始めた日の光を浴びながら、封印から解き放たれたフリーダムガンダムが姿を現す。搭乗するキラの瞳には、強い決意の光が宿っていた。

　ラクスを暗殺しようとした一団が使っていた機体は、ザフト正規軍の最新鋭機・アッシュだった……。 情勢不安定なオーブからプラントへの移住を考えていたキラたちは、他の選択を余儀なくされる。そこへ訪ねてきたカガリの乳母・マーナは、カガリとユウナの結婚が決まったと伝え、キラへ手紙を手渡した。　カガリからの手紙には、アスランから渡された指輪が同封されていた。彼女はオーブの代表としての責務を果たすため、ユウナと結婚するというのだ。アスランへ返しておいて欲しいと頼まれた指輪を見つめながら、キラはある決意を固める。 　 ついに、婚礼の日がやってきた。が、カガリの顔には花嫁らしい晴れやかさは微塵もない。今の彼女には、アスランとの日々を思い出しながら、諦めの表情を浮かべるしかないのだ。間もなく、結婚式が始まる……。 その頃マリューらは、密かに改修したアークエンジェルを発進させていた。キラの駆るフリーダムは、オーブ市内へ飛び立っていく。 　 突然式場に現れたフリーダムに、唖然とするカガリ。キラはそんな彼女をさらうと、警備していたオーブ軍を尻目に、アークエンジェルと共に海中へ姿を消すのだった……。

ミネルバと合流するため、アスランはセイバーを駆ってオーブへ向かう。が、大西洋連邦と同盟を結んだオーブは彼の入国を拒み、すでにミネルバも出港した後だった。アスランは入国を諦め、ミネルバの後を追う。 　一方アークエンジェルでは、結婚式場から連れ去られたカガリが、キラたちを問い詰めていた。憤るカガリに、キラはアスランの指輪を手渡しながら、優しく語りかける。「僕たちは今度こそ、正しい答えを見つけなきゃなんない」――その言葉に、カガリは泣き崩れる。 　その頃アスランは、カーペンタリアに停泊中のミネルバと合流。カガリが結婚式の最中にさらわれた一件を聞かされ呆然とするが、犯人がキラたちだと知り、ひとまず安堵する。 　デュランダル議長からの新たな命令書とFAITH（フェイス）の徽章をアスランから手渡されたタリア艦長は、複雑な表情を浮かべる。ミネルバの新たな任務は、ジブラルタルでスエズ攻略戦を行っているザフト駐留軍への支援だったのだ。 今後ミネルバは、国家間・民族間のデリケートな問題を踏まえつつ、独立の気運が高まる内紛地帯へ介入しなければならないのである。 　新たな戦場へ向かうミネルバ。その艦影を捕捉したネオは、不敵な笑みを浮かべる……。

カーペンタリアを出発したミネルバは、潜水艦・デグチャレフと共にジブラルタルへ向かった。その頃ネオは、そこから程近い半島で密かに地球軍基地建設の任に就いていた部隊から、ウィンダム大部隊を借り受けていた。援軍を得たネオは、スティングと共にミネルバを襲撃する。迎え撃つ、アスランとシン。だが、それはネオの巧みな陽動作戦だった。水中深く潜行していたアビスガンダムが、ミネルバの目前に迫る。 　その頃シンは、突如海岸線から現れたガイアガンダムを追って戦線から離れ、基地建設予定地に辿り着いてしまう。そこでは、基地建設のために借り出された現地の民間人たちが、強制労働させられていた。その光景を見たシンは、逆上する。 　慣れない水中戦に戸惑うレイとルナマリアのザクを尻目に、アウルはデグチャレフを一撃のもとに轟沈させてのけた。怒りに燃えるシンは、基地施設や戦闘車両を次々と破壊する……民間人たちを解放するためとはいえ、それはある意味一方的な虐殺であった。 　アスランはシンを平手打ちし、「自分だけで勝手な判断を下すな！　力を持つ者なら、その力自覚しろ！」と怒鳴りつける。シンの瞳には、反抗的な光が宿っていた。

逃亡中のアークエンジェルは、スカンジナビア王国に身を寄せていた。マリューらは今後の身の振り方を話し合うが、情勢を掴み切れていない上にラクスの暗殺未遂や影武者・ミーアの存在もあって、デュランダル議長に懐疑的だった。カガリは、そんなプラントへ向かったまま消息不明の、アスランの身を案じる。 　その頃ミネルバは、スエズ攻略の前線・マハムール基地に到着していた。今回の作戦目標は、地球軍の火力発電プラントを守るように位置する、ガルナハンのローエングリンゲートである。唯一の通り道とも言える渓谷には巨大な陽電子砲が配備され、陽電子リフレクターを装備したモビルアーマーが守りを固めている……ジブラルタルへ向かうよう命令された以上、ミネルバはこの難所を突破しなければならない。そしてここを攻略すれば、孤立したスエズは弱体化するのだ。 ミネルバをここへ差し向けたデュランダル議長の思惑を感じながらも、タリアは作戦に全力を注ごうとする。 　 その頃、シンとアスランは再び衝突していた。インド洋での戦闘後アスランに叱責されたシンだが、未だに納得してはいなかったのだ。自分の判断は間違っていない……。頑ななシンに、アスランはため息をつくしかない。

　ミネルバはマハムール基地のラドル指令らと共に、地球軍の戦略上の拠点に打撃を与えるべく、ガルナハンのローエングリンゲートを目指し進攻していた。現地のゲリラ・コニールの支援を得て、渓谷を見渡せる位置に配置された巨大な陽電子砲台を、破壊するためである。 　指揮を執るアスランは、作戦の要とも言える重要な役目に、シンを指名。アスランへの反発心から引き受けるシンだが、以前ザフトの攻撃が失敗した際に街が受けた被害をコニールから聞かされ、気持ちを引き締め直す。 　ついに、作戦が開始された。シンのコアスプレンダーが、コニールの用意したデータだけを頼りに古い坑道の暗闇を突き進み、フライヤーとパーツがそれに続く。ミネルバが敵モビルアーマーをひきつけている内に、狭い坑道を抜けて砲台へと近付く作戦なのだ。予定地点に着いたシンは、地上へ躍り出ると即座にインパルスへと合体し、避難壕へ逃げようとする砲台へ向かった。行く手を遮るダガーLを仕留めたシンは、避難壕のシャッターが閉まる寸前にその機体を押し込み、その誘爆で砲台と地球軍基地の破壊に成功した。 　歓声を上げて感謝する街の人々の姿に、シンは心地良い充足感を覚えるのだった。

地球軍のガルナハン基地を陥落させたミネルバは、黒海の沿岸都市・ディオキアのザフト基地へ到着する。そこでは、今まさにラクス・クラインの慰問コンサートが始まろうとしていた。割れるような大歓声の中に現れたラクスを演じるミーアの姿を見て、アスランは驚く。その頃、タリアもコンサート会場の裏で、デュランダル議長と突然の再会を果たしていた。 　この時期に地球へ来たデュランダルの意図を、探ろうとするタリア。質問をはぐらかしたデュランダルは、招待したシンたちミネルバのパイロットを迎え、その戦果を労う。会話が進む中、話題は現在の情勢から次第に戦争そのものへと移った。デュランダルは、経済の観点から戦争を望む者がいることを語り始める。ブルーコスモスの母体であるロゴスは戦争を産業と考え、利益のために陰から世界をコントロールしているのだ……。これまで考えもしなかった戦争の側面に、シンらはショックを受ける。ライブを終えて合流したミーアは、アスランと再会できて大喜び。困惑顔のアスランに、デュランダルはアークエンジェルの行方を聞く。本物のラクスを探していると語る議長は、アスランに「連絡が入るようなことがあったら、私にも報せてくれ」と頼むのだった。

　シンがプラントへ渡るまでを描く。 　先の戦争が始まったのは、彼が14歳のときであった。当時シンとその家族は、中立国のオーブに移り住んでおり、そのため戦時下にも関わらず穏やかな日常を過ごしていたのだ。 　が、戦況の変化と共に、オーブにも戦火が近付こうとしていた。旗色の悪くなった地球連合軍は、再三に渡ってオーブに協力を要請していた。しかし、中立を理念とするオーブはこの要求を呑まず、交渉は決裂。地球連合の艦隊は、オーブへの攻撃を開始する。この攻撃で、シンは家族を一瞬で失ってしまった。妹・マユの携帯電話を握り締め、激しく嗚咽するシン。そんな彼に優しく声を掛けたのは、オーブ軍のトダカ一佐であった。 　その後戦争は舞台を宇宙に移し、やがて和平条約が結ばれた。身寄りのないシンは、トダカの計らいでプラントへと移住し、やがてザフトへ入隊する。力を手に入れ、大切なものを二度と奪われないために……。