ルージ達はミロード村近海でムラサメライガーを発掘する。その時ディガルド武国の部隊が村を襲撃し、ルージはムラサメライガーで反撃する。が、戦闘中新たな未確認ゾイドが現れる。

ランスタッグ（レ・ミィ）、ソードウルフ（ラ・カン）の出現で村は救われる。その後、仲間が殲滅されたことを知ったディガルドの新たなバイオゾイド部隊が村を襲撃。単独行動をしていたディガルドのザイリン少将も攻撃に加わる。ムラサメライガー、ランスタッグ、ソードウルフは反撃にでるが・・・

ルージの乗るムラサメライガーは敵のザイリンが乗るメガラプトルとの戦闘中に、村の生命線であるジェネレーターを破損してしまう。ジェネレーターの機能停止によりミロード村が滅びることをラ・カンに告げられたルージは、ラ・カン達とジェネレーターを直す職人を探す旅に出る。

商業都市ハラヤードに来た一行。留守番を命じられたルージは単独でジェネレーター職人を探しに出るが、窃盗団にムラサメライガーを盗まれてしまう。レインボージャークに乗るコトナという女性に助けられたルージは・・・

コトナは彼女を慕うガラガを諦めさせる為、ルージが自分の婚約者であると芝居をうつ。ガラガの嫉妬により、ルージはガラガの機体デッドリーコングと勝負するはめになるのだった。

ガラガは反ディガルド活動ゲリラ組織のリーダーだった。ゲリラせんめつを図るディガルド前線基地。そこで、デッドリーコングに興味を持ったザイリンもせんめつ作戦に加わる。ゲリラ本部ではロン・マンガンが指揮をとり抵抗するが、人質を取られてしまう。

ゲリラ達を救うためガラガのキャンプに残ることにしたルージ達。だが必死の抵抗もむなしく、再び襲ってきたザイリン率いるディガルドの圧倒的な戦力に次第に追い詰められるルージ達だった。

ゾイドの燃料であるレッゲルの補給のためハラヤードへ戻るルージ達。ディガルドの支配下となっていたハラヤードで、領主のハーラの協力を得てレッゲル奪取に挑むが・・・

サクサ村に着いたルージは、ムラサメライガーでロンの機体バンブリアンの模擬戦の相手をすることになる。歯が立たなかったルージは、実戦経験を積むため、村を襲った野良ゾイトを退治しようと一人で山に入る。苦戦するムラサメライガーは、危機を見知らぬゾイドに救われる。

サルージの危機を救ったのはソウルタイガーに乗るセイジュウロウだった。ルージはセイジュウロウに弟子入りを願い出る。そのときサクサ村は野良ゾイドの群れに襲われていた。

ジェネレータを修理できる職人、フェルデの手がかりをつかんだルージ達は、サクサ村を出て新たな旅に出る。一方ディガルドでは、ザイリンにかわりゲオルグ少将がラ・カン達の討伐の命を受けていた。セイジュウロウの修行を受けながら旅を続けるルージ。だが、道中レ・ミィが旅の疲れで病に倒れてしまう。ルージはレ・ミィのために吹雪の中、薬草を探しに出る。

鉱山街ゼ・ルフトの近くに来たルージ達は、街が３日前にディガルドに襲われ占領されたことを知る。フェルデの消息を探るため街に潜入するルージ、コトナ、セイジュウロウ。一方、ディガルドに発見されたラ・カン達を襲ってきたのは、ひときわ巨大なバイオゾイド、バイオトリケラだった。

ゼ・ルフトの街に潜入したルージ達は、街の人々に混じり宿舎に収容される。宿舎でムサ老人と孫のルネに出会うルージ。強制労働に駆り出されたルージは、ディガルドの支配下で苦しむ人々を目の当たりにする。

ついにフェルデの手がかりを掴んだルージ達は、フェルデ救出のため、ディガルドの司令部に潜入する策を練る。そのとき、ゼ・ルフトでゲリラ活動をしている守備隊員に、司令部への攻撃計画があることを知らされる。混乱に乗じて司令部に侵入したルージが見たものは・・・

ゼ・ルフトを脱出したルージ達。だが街に残された人々を見捨てられないルージは、単身ゼ・ルフトへ戻ってしまう。心配したガラガも行動を共にする。ルージ達の不在中、ゲオルグのバイオトリケラ率いるバイオゾイド部隊がラ・カン達を襲う。執拗な攻撃に、ついに四散するラ・カン達だった。

仲間とはぐれ、遂に一人になったルージは無敵団と名乗る反ディガルドの抵抗組織と出会う。合流したガラガとともに、ルージはディガルドの補給部隊を襲う作戦に協力するはめになる。

ルージとガラガの活躍で輸送部隊の襲撃に成果を上げ喜ぶ無敵団。一方、バイオラプターが無敵団に倒されたことを知ったゲオルグは、無敵団をおびき出し殲滅する作戦にでる。何も知らないルージ達は、 ニセの情報をもとに襲撃作戦に出るのだった。

ゼ・ルフトでのバイオトリケラとの戦闘で負傷したラ・カンは、レ・ミィ、コトナ、セイジュウロウと共に山間の寒村ピクル村に身を隠していた。ディガルド軍の存在に怯える村人達は、疑いをかけられる前にラ・カン達を差し出すことを画策する。村人によって捕らえられたラ・カン達は、ディガルドに引き渡されることになる・・・

駆けつけたルージとガラガの活躍で難を逃れたラ・カン達は、これ以上村に迷惑をかけまいと村を去ることを決意する。やがて、やってきたゲオルグ率いるディガルドﾞ軍は、見せしめのため容赦なく村を破壊する。怒りに燃えるルージは村へ引き返し、ムラサメライガーでゲオルグのバイオトリケラと対決する。執拗な攻撃にさらされ絶体絶命の刹那、ムラサメライガーに異変が起こる！

襲い来るディガルド軍から、からくも村を守りきったルージ達。村の復興に手をかしつつも、ルージの心は晴れない。ディガルド武国が有る限りいかなる時もこの村に安寧（あんねい）は訪れない…それは自分の生まれ故郷ミロード村でも同じことなのではないか。その現実を知った時、ルージの胸に一つの決意が宿る。一方ディガルドは初の飛行型バイオゾイド「バイオプテラ」を実戦配備する。