時代が変わり雑然とした明治新京都の町に一人の青年が降り立った。名を坂本竜之介。かの維新の英雄・坂本龍馬の息子である。母、おりょうの手紙を受け取った竜之介は日本に帰国し、京都の町に戻ってきた。一方、京都の町に跋扈する無許可妖怪を取り締まるべく奮闘している集団があった―。