令和时代的初三少女黄叶菜花，穿过五行商店街的门扉，误入了一个陌生世界，在那里邂逅了青年摩绪。摩绪斩退袭击菜花的妖物后，对她说道：“你，是妖吧……”

菜花记起小学一年级遭遇事故时曾目睹怪物，并意识到五行商店街的门扉所连通的世界，正是大正时代。另一边，摩绪开始追查那起与诅咒自身的猫鬼似乎有所牵连的“无头事件”。

菜花即便触碰摩绪所持的“破军星太刀”也不会死，她很可能是幼时淋浴了猫鬼之血，由此身负诅咒。菜花回到令和的现代，开始调查八年前遭遇的那起事故。

菜花与乙弥潜入似乎与猫鬼有关的钟临教教团。两人在地下室找到了咒法抄本，但上面并未记载操控人寿命的方法。就在这时，教团教祖钟呼将二人关在了地下室。

大正时代的五行町地震频发。摩绪与乙弥从一名去看过后山塌方现场的妖怪口中得知，镇压地震的要石附近出现一栋古怪的洋馆。两人前去那里，发现一栋本不该存在的教堂。

菜花向摩绪和乙弥坦言自己来自百年后的世界，但两人并不相信。回到现代的菜花喝下摩绪给的解毒剂，回忆起八年前事故发生那天的情景。菜花心生疑问，为了见摩绪而前往大正时代……

在大正时代，菜花面前出现了8年前那个年幼的菜花。猫鬼叼起年幼的菜花，穿过五行商店街的门飞往了令和时代。兽形的摩绪为保护年幼的菜花，向现代放出守护式神，随后失去了意识。

摩绪一行人被操纵火系阴阳术的师兄百火袭击。百火一度丧命，却立刻死而复生。百火也已存活了九百年之久。据百火所说，九百年前，五位弟子曾被师父召至“五色堂”。

貂子被专门掳走年轻女子的茨木种彦开车撞伤，摩绪一行人赶到她身边。此时，一名受茨木家当家委托、名为朽绳的男子现身。使用木系阴阳术的朽绳，真实身份是摩绪的师兄——华纹。

摩绪设下陷阱，让袭来的式神吞下咒符，引其主人现身。此时，一个由鱼与水构成的巨人出现。巨人逼迫摩绪传授操控人寿命的阴阳道最高奥义·泰山府君。

名为茂的少年，其母亲来到摩绪的诊所，希望摩绪能看看她的儿子。摩绪前往茂那里，但这却是引他出来的陷阱。袭击他的式神能操纵水，试图将摩绪抓住。

遭到水之式神袭击的摩绪，想起了平安时代御降家中最擅长操纵水的阴阳师，但他不认为对方会派刺客前来，因此感到困惑。另一方面，华纹闯入据说有御降家阴阳师所在的海上殿堂，与不知火重逢。

菜花受现身令和世界的猫鬼所托，带着给摩绪的口信前往大正时代。此时百火和华纹来到摩绪的诊疗所，华纹道出打着延命旗号行骗的人，正是水之术者不知火。

“能续接寿命的御降家阴阳师即将到来”的传闻在帝都传开时，幽罗子出现在政商界的沙龙。华纹认为幽罗子是不知火的手下，便与摩绪一同追踪她。随后，摩绪看见幽罗子的脸，震惊不已。

不知火出现在摩绪面前，揭示了自平安时代以来两人之间延续至今的宿怨，并逼迫摩绪交出操控寿命的泰山府君秘法。然而，摩绪看到与沙那拥有相同容貌的幽罗子竟是不知火的手下，不禁怒形于色。

铁假面的男子正是御降家的师兄白眉。白眉也曾和百火、华纹一样，在平安时代被召至五色堂。白眉将摩绪视为御降家的宿敌，发动了以金之术为主的猛烈攻击，但摩绪化为兽形，陷入暴走。

在与白眉的战斗中消耗过度的摩绪，一直沉睡不醒。摩绪的诊所里，寻求治疗的妖们接连不断地前来，菜花、乙弥和百火正奋力应对。回到现代的菜花与白羽一起，开始调查阴阳道与猫之间的关系。

摩绪和菜花面前，御降家的师姐夏野出现了。夏野讲述了摩绪的师兄大五和师姐纱那的往事。另一方面，追踪不知火的华纹和摩绪，为了查明从海底神社涌出的“发之主”的真面目，一同进行了“降魂”仪式。