2045年，芹亚与朋友爱子、弦外出时，听见了歌声。那是人类被禁止歌唱的歌，而歌声的主人，正是伟人克丽奥佩脱拉的GHOST。被GHOST附身的芹亚，逐渐被其业障所吞没。面对这样的她，西园寺枫与僧侣雪庭挺身而出。

受到AI MiucS追捕的芹亚，只能被灵能力者集团TERA收留。因终于能够自由歌唱而感到安心的芹亚，从雪庭口中得知了人类与GHOST、以及＂彷灵界＂，这个与现世相邻的的存在。而当被问及与克丽奥佩脱拉之间的镇魂歌时，芹亚她…

村山朱莉与雪庭朝著TERA的下一个攻掠地点进攻。但挡在他们面前的，是一名穿著袴的剑豪GHOST，而其真面目是…

灵能力者市川瑠衣，过去曾被雪庭保护，之后开始在TERA生活，她希望能像芹亚一样歌唱，于是…

芹亚在TERA中度过了一段时间后，与成员们的距离也逐渐拉近，这次他们接到了前往化为灵异地点的废弃游乐园进行调查的指令。

芹亚等人终于开始攻入有著MiucS服务器的彷灵界一隅。然而，那里却平静得令人难以相信是彷灵界…

受到尼禄一伙人袭击后，芹亚等人在彷灵界失散。芹亚被囚禁在尼禄身边，枫则是好不容易回到人界，然而…

尼禄的庆典正在逐步准备，另一方面，瑠衣在彷灵界中发现了正与魔女GHOST玛丽一起行动的凛空。但凛空的模样却与平时有些不同…

雪庭、枫、朱莉、瑠衣以及众多GHOST在尼禄城前集结。原本预定要随著芹亚的歌声响起，同时展开反击作战。然而…

回到人界的TERA茨木支部成员们，获得了短暂的休息。另一方面，雪庭从西园寺勉口中，得知了杀害妻子零歌之人的名字…

奥德修斯出现在芹亚等人面前，宣告她要透过MiucS的＂GHOST CONCERT＂，实现一个没有争斗的世界…

2028年，在一个人类与AI共谱音乐的时代，相叶阳介与亚里沙夫妇的女儿芹亚，正看着某些理应看不见的存在…