ハンドメイドの飛行機と一緒に汽車に乗って、名門校「クラスターＥ.Ａ.」に向かう転入生の少年アゲート。彼は、同じ汽車に偶然乗り合わせていた学園の優等生で名門ジャスパー家の子息ベリルと出会う。 　そんな中、人造兵擁護派の青年カールスが乗る飛行機とグリアン共和国軍との交戦が起こり、汽車は足止めをくってしまう。カールスを助けようとしたアゲートは、「初めての友達」ベリルに挨拶のつもりで学園の制服を身にまとい、飛行機を駆って飛び立つ。 　だが、降伏の意思表示も空しく、カールス機もろとも軍の攻撃を受けてしまうアゲート機。その時、アゲートの不思議な力で「奇蹟」が発動する。