山口県の岩国市には海上自衛隊と在日米軍の基地がある。基地に近いアパートに住むエイサップ鈴木は、ある日、米軍と山口県警から追われる破目になってしまう。同じアパートに住む朗利と金本がロケット弾を米軍基地に打ち込んだのだ。エイサップは逃げるバイクの上で、海中から光が溢れ出すのを見た。光の中から現れたのは戦艦だった。しかも空を飛んでいて、虫の足が生えている戦艦だったのだ。 　戦艦には美しい姫が乗っていた。バイストン・ウェルにあるホウジョウ国のリュクスと名乗った少女の足には、光る翼の靴があった。「私の父は日本人シンジロウ・サコミズである！手伝ってくれるな！エイサップ・鈴木！」初めて会うエイサップの名を言い当てたリュクスは異世界から来たのだと言う。 　光の中から現れた戦艦は１隻だけではなかった。そして戦争が始まった。

エイサップはリュクスと共にバイストン・ウェルにたどり着く。着いた先はフェラリオの長ジャコバのいるワーラーカーレーン。彼女にバイストン・ウェルの乱世を鎮める聖戦士と呼ばれたエイサップは、さらにホウジョウ国の王サコミズと対面するも、投獄されてしまう。辛くも脱出したエイサップは、オーラバトラーを盗み出すことに成功する。　

サコミズに敗北したエイサップは、捕らわれた城で朗利、金本らと再会した。サコミズは食事をふるまい彼らをもてなすが、その席で自らが旧日本軍の特攻機パイロットであったことを明かし、地上界への帰還計画に協力をせまる。一方、アマルガンら反乱軍に助けられたリュクスは、父サコミズの暴挙を止め、エイサップと再会するため、その戦列に加わるのだが･･･。

　反乱軍のリーダーであるアマルガンを捕らえたサコミズは、ついにフガクによる地上侵攻作戦を開始、その手始めとして反乱軍を駆逐せんとする。 内容も知らされず作戦に協力していたエイサップだったが、突然の夜襲に次々と倒されていく反乱軍を目にし、サコミズの非道に気付く。 そして、エイサップはサコミズを止めるため、独自の行動に出た。

ホウジョウ軍と反乱軍の乱戦の中、オーラロードが再び開いた。 両軍は入り乱れたまま、東京湾上空に出現してしまう。 しかし、そこにエイサップとサコミズの姿はなかった。 1945年、焼夷弾で焼き尽くされる東京の上空にふたりは迷い 込んでいたのだ。 一方、突如として現れた異世界の軍勢に対し、それを待ち受 けていたかのようにマキャベルは接触を計る。 オーラエナジー によって世界を我が物にしようと…。

ついに地上界に出たサコミズは、あまりにも変わってしまった東京に絶望し、全てを破壊しようとその猛威を振るう。 鬼神の如き強大な力を行使するサコミズに恐怖を憶えたホウジョウ軍と反乱軍は、 入り乱れてオウカオーに攻撃を開始した。 そんな中、エイサップとリュクスだけは、サコミズを鎮めるために戦場を駆けるのだった。