プロ野球選手の父・茂野の移籍で、三船町へ帰ってきた吾郎。三船東中学校へ転校早々、野球部の不良部員・牟田、及川から至近距離でノックを受けていた友人・小森を助ける。また一緒に野球ができると再会を喜ぶ小森に、吾郎はなぜか「サッカー部に入る」と告げる。 サッカー部主将の沢村は、4年前に吾郎が何も言わずに転校したことで「清水が激怒（げきど）していた」と吾郎に教える。そこへたまたま、清水が通りかかり…。 一方、不良のリーダー・山根は、野球部を追い出されて不満の牟田、及川に、「オレに考えがある」と言う。

不良たちがいなくなった野球部だが、以前の野球部員たちがひとりも戻ってこない。山根たちがじゃまをしていることに気づく小森。さらに、チームメイトの大林まで、牟田、及川におどされてしまう。助けを求めてきた大林に、吾郎は「野球が好きなら簡単にあきらめるな」と言う。勇気を出して、小森と2人で新入部員の勧誘（かんゆう）を始める大林。新1年生の入部希望者も現れて喜んでいる2人のところへ、突然、清水が「部室が大変だ！」と駆け込んできた…。

吾郎が右肩をこわした後の努力を聞いて、自分ももう一度がんばってみようと野球部に戻った山根。メンバーが足りないため牟田と及川も加わって、新生・三船東中野球部がスタート！　最初はいやいや練習をしていた牟田、及川も、少しずつ、野球の楽しさを知り始める。1週間後の朝、ランニング中に偶然、清水と出会った吾郎。2人は、野球部が強豪の三船西中と交流試合をすることを知り、心配してグラウンドへ様子を見に行くが…。

チーム全員のがんばりで、三船西中との交流試合に勝った野球部。吾郎も正式に野球部に加わり、夏の大会に向けて練習の日々。そんな中、清水が練習試合をしたらどうかと提案する。さっそく、試合を申し込みに行った友ノ浦中で、「忙しいから」とすげなく断られ、怒った吾郎は、友ノ浦中野球部のキャプテンに「勝負しろ！」とどなり込む。そのキャプテンとは…幼なじみの寿也だった！　吾郎の勝負を受けても、余裕を見せる寿也。三船西中戦を見た寿也は、吾郎の球に致命的（ちめいてき）な欠点があることに気づいていたのだ。

夏の地区大会1回戦。吾郎が試合に遅れたため、対戦相手に先制（せんせい）された三船東中。そこへ現れた吾郎は、超スローボールで相手バッターを打ち取る。小森はスローボールが特訓（とっくん）の成果だとみぬくが、山根は練習を勝手に休んだ吾郎を「チームワークがない」と責める。だが、吾郎は、チームワークは「なれ合いではない」と言い返す。吾郎の言葉を聞いて、本当のチームワークを取り戻す選手たち。…試合のあと、友ノ浦中の試合を偵察（ていさつ）に行った吾郎は、思いがけない人物に出会い、寿也の過去の秘密を知る。

地区大会2回戦。対戦相手の青武館中は、クリーンナップの3人がシニアリーグの試合をかけ持ちしていて、三船東との試合に遅れてやってくる。楽勝と思っていた試合が、4回2アウトまでパーフェクトに抑えられていることに驚く3人。その3人も、吾郎に完全に抑えられてしまう。吾郎は、1週間でキレのある速球を仕上げていたのだ。青武館の3人を見に来た海堂高校のスカウト・大貫は、吾郎の投球にほれ込む。海堂の特待生に選びたいと告げるが、吾郎は「強豪校に入ると、一流の選手と戦えない」とあっさり断る。あきらめきれない大貫は、吾郎が寿也をライバル視していることを知り、ある策略を思いつく。

寿也から「試合で負けたほうが海堂高校をあきらめる」と、賭けをもちかけられた吾郎。三船東と友ノ浦との決戦が、ついにはじまる。初回、3番を敬遠してあえて寿也と勝負し、打ち取る吾郎。逆に寿也は、吾郎を敬遠するかに見せかけて、無理に打ってきた吾郎を凡打に抑える。互いにヒートアップする2人。4回表、意表をつくセーフティバントを成功させた寿也は、大胆なリードで吾郎を挑発し、牽制球の暴投を引き出す。激情にかられた吾郎は、さらに大きなミスをしてしまう。それでもなお寿也を意識し続ける吾郎を見た小森が、突然、吾郎にボールを投げつける！

吾郎が無心でホームランを打ったことにショックを受ける寿也。動揺から、山根にも連続ホームランを打たれてしまう。友ノ浦ナインは寿也につなぐため、ランナーをためるチームプレイに徹する。それを見た寿也は、自分が海堂への進学や吾郎との勝負にばかりこだわって、ただ純粋に「投げて、打って、走る」こと、野球を楽しむ気持ちを忘れていたと気づく。再び逆転された三船東。6回裏のチャンスも、寿也の巧みなリードで、小森と吾郎が打ち取られてしまう。そして…最終回2アウトから、「秘密兵器」牟田が代打に出る。

友ノ浦中の2番手ピッチャーは、寿也！　予想以上の速球を投げる寿也に、なすすべのない三船東のバッター・宮本。「何もしないで負けるのはなしだ」という吾郎のはげましを受けた宮本は、ラストボールで思い切りバットを振りぬき、それが意外な結果をもたらす。逆に追いつめられた寿也は、吾郎との直接対決を選ぶ。だが、吾郎はここまで寿也がピッチャーをやらなかった理由を見抜いていた。熱闘、ついに決着へ…。

海堂付属中のエース・眉村の圧倒的な実力の前に完敗した吾郎は、海堂高校を受験して、野球部へ入る決意をする。「2人で海堂を乗っ取ろうぜ」と、吾郎は寿也にも海堂を受験するよう誘うが、祖父母に学費の負担をかけたくない寿也はかたくなに拒絶する。だが、寿也の本音を知った祖父母は、「お前のことに真剣になってくれる友だちと、海堂へ行きなさい」と諭（さと）すのだった。そんな夏休みのある日、吾郎たちは、清水たちソフト部員と一緒に海水浴へ出かける。目標に向けて再び走り出した吾郎を見て、清水や小森もまた、それぞれ決意を新たにする…。

ついに海堂高校の入学実技試験が始まった！　張り切る吾郎、冷静な寿也、今ひとつ自信のない小森、三者三様だ。1次テストは「サバイバルランニング」。周回遅れになった者は失格だ。小森は、トップランナー・多岐川（たきがわ）に追い抜かれそうになるが、吾郎のはげましも受けて、走り抜く。2次テストもなんとかクリアした3人。3次テストは1対1のハンドボールPK戦。吾郎の対戦相手は多岐川。ランニングでの吾郎とのいさかいを根に持つ多岐川は、ライバル心むき出しで挑んでくるが…。次にテストを受けるのは寿也。その対戦相手は、なんと小森だった!!

実技試験の最終テストは、5人1組による4チームのトーナメント戦。寿也と同じAチームになり喜ぶ吾郎だが、無名の軟式出身だと他のメンバーに見くびられて、外野を守ることに。対戦相手Dチームの新見は、Aチームのピッチャー・寺門の元チームメイト。寺門の弱点を知り尽くした新見の作戦に翻弄（ほんろう）され、先制されるAチーム。その中で、吾郎と寿也が見せた野球センスが、他のメンバーの先入観をくつがえし、信頼が芽ばえる。5人のチームプレイで、Dチームを下した吾郎たちだが、決勝の相手は予想外のCチーム。高速スライダーが武器のピッチャー・香取と、強打者・唐沢のコンビが、吾郎たちの前に立ちはだかる。

吾郎と寿也は、ともに海堂高校の実技試験を通過した。だが、海堂へ入学するためには、このあと学科試験に合格しなければならない。寿也の助けを受けるものの、慣れない勉強に苦しみ、くじけそうになる吾郎。試験当日、トラブルで遅刻してしまった吾郎は、すっかり意気消沈。午後の面接に最後の望みをかけるが…。同じころ、海堂高校普通科を受験した清水も、面接にのぞんでいた。だが、そこで面接官から聞いた思いがけない事実が、清水を悩ませる。

海堂高校に合格し、晴れて野球部員となった吾郎と寿也。新入部員たちはみな、小さな島にある野球部の養成所へ行くことに。島で待っていたのは、監督・周防とコーチ・乾（いぬい）の2人だった。彼らは吾郎たちに、この島が「なぜ“夢島”と呼ばれるのか」、その理由を語る。そして、厳しいトレーニングが始まった。乾の指導に反発する選手たちとは対照的に、吾郎はなかば楽しみながらトレーニングを続ける。吾郎の資質を認めた乾に対して、周防は「ペースを乱すやつは海堂に不要だ」と言い放つ。

夢島に来て3か月。吾郎をはじめ、選手たちはみなたくましく成長していた。そんな彼らに、今後のポジションを決める適性テストを行うと告げる周防監督と乾コーチ。最初はピッチャーの試験。バッターをつとめるのは乾。ピッチャー志望者たちがみんな簡単に打たれる中、その乾から三振を取った吾郎。だが周防は、吾郎に「ピッチャー失格」を告げる。海堂高校のマニュアル野球には、吾郎のようなタイプのピッチャーは不要だ、というのだ。ショックを受けた吾郎に、乾は「海堂をやめて他校へ行け」とすすめる…。

外野手として練習するかたわら、寿也の協力でひそかにピッチャーの訓練も続けてきた吾郎。ついに、夢島を出て二軍に合流できるかどうかを決める修了検定の日がやってきた。検定は紅白戦形式。相変わらず自由奔放にプレーする吾郎。マニュアルどおりの野球を要求する周防監督の評価は、当然ながら低い。そこへ突然、海堂を辞めたはずの大貫が現れる。海堂野球部での吾郎の成長ぶりを見届けに来たのだ。外野を守っている吾郎を見て驚く大貫に、「あいつだけは合格させるわけにはいかんな」と断言する周防。だが、大貫が預かってきた海堂野球部総監督の書状が、吾郎の運命を変える…。

修了検定に合格するため、周防監督から「相手チームの9人をパーフェクトに抑える」という条件を課された吾郎。しかし、この数ヵ月の吾郎の成長はまわりの想像を超えていた。140kmを超える速球を、バッターは誰も打つことができない。最後のバッター・寿也も三振に取り、吾郎は見事に結果を出す。自らキャッチャーとして吾郎のボールを受けた周防も、その力を認め、夢島から送り出す。夏休み中でいったん自宅に戻った吾郎だが、なぜか自宅には誰もいない。そこへ茂野から電話がかかってきた。桃子が入院したという。驚いた吾郎が病院へ駆けつけてみると…。

1年生の特待生チームと歓迎試合をすることになった吾郎たち。だが、二軍監督・静香が指名した夢島組の先発ピッチャーは、丸山！　やむなくベンチで観戦する吾郎。1回表、特待生チームは三者凡退し、その裏、夢島組は、連打で3点を先制する。特待生の実力を「かいかぶり過ぎたか？」と思う吾郎だが、4番の寿也が打席に立ったとき、真相が明らかに。…特待生たちは、この回に限り、簡単に打てる球を投げるサービスをしていたのだ。なめられていると知り、怒る夢島組の選手たち。2回表、いきなりホームランを三連打して同点に追いつく特待生チーム。しかし、これはハンデを返すため、寿也がわざと打たせたのだった。「ここからは簡単に打たせない」と宣言する寿也だが…。

夢島組みんなの期待を受けて、マウンドに上がった吾郎。ここまで止まらぬ勢いで連打していた特待生チームだが、吾郎のストレートに連続三振！3回裏、今度は夢島組の反撃が始まった。寿也が満塁ホームランを打ち、ピッチャー・渡嘉敷から4点を奪う。そこへ3人の特待生、眉村、市原、阿久津が遅れてやって来た。眉村に気づいた吾郎は「俺と投げ合え」と挑発するが、眉村は冷ややかに「“野手の”渡嘉敷を打ち崩してからの話だ」と言い放つ。とことんなめられていたと気づいた夢島組。ナインはみな奮起して、ついに渡嘉敷をノックアウト、ピッチャーを交代させる。2番手で登板した阿久津、その決め球とは…!?

阿久津の決め球・ナックルボールを攻略するため、寿也はファールで粘ってナックルを連投させる作戦に出た。決め球にこだわる阿久津から、甘く入ったナックルを場外へ運ぶ寿也。二軍監督・静香は、阿久津に退部を言い渡す。吾郎は、マニュアルを無視してまで勝負にこだわった阿久津をかばい、「この試合で点を取られたら、自分も海堂を辞める」と宣言してしまう。マニュアルどおり攻める特待生チームに、わざとバントをさせたりする吾郎。だが、3番・薬師寺までが意表を突くスクイズを試みた。「真っ向勝負する気はないのか」と怒る吾郎に、「これが海堂の野球だ」と譲らない薬師寺。それを聞いた吾郎は、“右手で”打ってくれと言わんばかりの山なりボールを投げる…！