島で育った多聞三志郎は“旅したい”という夢を果たすため、小学五年生の夏休みに家出同然の形で船に乗った。しかし、持ち前の正義感が災いし、傍若無人な大学生に食って掛かったことから海に落ち、おまけに“フエ”という奇妙な男に見込まれ、崩壊寸前の“妖怪城”へと連れて来られてしまう。そこで三四郎は妖達の長”大天狗”と出会い、妖逆門という名のゲェムを知る――。

フエとパートナーとなり東京にやって来た三志郎は、最後まで勝ち残れば“何でも願いを叶えて貰える”という、妖怪“逆門”が仕切るげぇむ”妖逆門”の予選に参加すべく、東京駅に向かう。三四郎の願いは撃符に変えられた妖を救うため……だが、そのためには、まず数百人近くの予選参戦希望者を蹴散らさねばならなかった――。

るーれっとの導きにより、横須賀へと転送された三志郎は、ロンドンと名乗る少年と逆日本で最初のげぇむを競うことになった。げぇむのルールは逆横須賀に停泊した豪華客船の中から、超級撃符を探し出すこと。しかし、巨大な船から一枚の撃符を探すのは……？　そんなとき、三志郎が船内で出会った妙な爺さんこそが“超級撃符”が化けた姿だと気付いたロンドンは、その所有権を掛け対撃を行う！

妖伝承が数多く残る“遠野”で三志郎がげぇむをすることになったのは、妖神社の巫女でもある“隠岐清”だった。妖と人の因縁も知らぬ三志郎には、妖を救うなどとは言って貰いたくないと、彼を突っぱねる清。しかし、そんな彼女も、げぇむに負け続けていたことから、己の力の無さに悩んでいた――。

青森に到着した三志郎は、自称帰国子女の“ミック”こと、三枝幹春を始めとする子供たちと、逆日本の街で２匹の妖怪を捕まえるというげぇむに挑むことになった。ミックから共闘を持ちかけられた三志郎は、彼を信じて自分の撃符を使い、まず一匹目の鳥妖を追い回すが……。この街自体にもとんでもない秘密が？

ぷれぃ屋が絶対に通過しなければならない関所のような場所“幻風堂”を探し回っていた三志郎は、きみどりの服を着た不思議な少女の導きによって、タイムリミットぎりぎりでその入り口を発見。だが三志郎は、そこで彼を待っていたのは、今まで出会ったライバルの誰よりも傲慢で自信家の里村修だった。特別ルールの幻風堂げぇむで三志郎と対戦することになった修の力量は!?

再び幻風堂に戻ってきた三志郎は、そこで自分たちより前からげぇむに参戦していたという少女“日野亜紀”と出会い、今まで自分が知らなかった個魔やげぇむの事を聞かされる。だが、ことあるごとに男の子を馬鹿にする亜紀と、些細なことから喧嘩になった三志郎は、ルールを無視して彼女と幻風堂で対撃をしてしまい……!?

ルール違反の罰で、亜紀と一緒に東京まで戻されてしまった三志郎は、そこでこれまで対戦してきた、ロンドン、ミック、修、清たちとも再会――。なんとかこの遅れを取り戻す方法は無いかと思案していた彼等のもとに、妖怪城の使いと称する“いずな”が現れ、近道が出来る“妖怪特急”の存在を教えたことにより、一同はその切符のを持つと伝えられる“三匹の犬”を探し始める！

なんとかオンボロの妖列車に乗り込んだ６人は、これで、ふりだしまで戻された遅れを挽回できると喜ぶが。なぜか突然、列車が停車し、げぇむが――!?　逆静岡の駅で、ねいどが出すナゾナゾの答えとなる品物を制限時間以内に持ってこられなければ、全員が失格になってしまうというのだ。三志郎と清、修とロンドン、ミックと亜紀と、大慌てで即席コンビを組んだ彼等に謎はとけるのか？

列車の旅も順調に進み、余裕も出てきた三志郎たちに、ねいどが、まもなく最終駅に到着することを告げた。同時刻に他ぷれい屋を乗せた列車も到着するが、駅に入れるのは一両だけ、と聞いた彼等は、自分たちの列車を壊そうとする他のぷれい屋たちを迎撃。だが、彼等が持つ撃盤が次第に黒くなり、召還時間も遅く……。それは近道をしようとした者に与えられるペナルティだった!!

ライバル達との対撃に勝利した三志郎はただ一人だけ、あやかし列車の終着駅にたどり着いた。目を覚ました三志郎が目にしたのは生まれ故郷の島といつもの日常だった。フエも姿を現さず、戸惑う三志郎を唯が学校へ連れて行く。そこにはやっぱり担任の先生と見知ったクラスメイトがいた。だが、次の瞬間にクラスのみんなの顔がねいどに変わった――！！

黄緑色の服を着た少女に誘われ、森の中に迷い込んだ三志郎。彼女の問いかけによって、三志郎は離ればなれになっていたフエのことを思い出し、再び彼と合流することが出来た。そこに「灼銅の鬼仮面」を名乗る少年が現れ、対撃を挑んでくる。鬼仮面が用意した対撃の舞台、灼熱の土石流に覆われた「地の結界」で、三志郎は圧倒的な力を見せる鬼仮面に立ち向かう!!

対撃に勝つため妖を道具のように扱う鬼仮面に対し、敗北を喫してしまった三志郎は怒りのままに再戦を挑む。しかし、無残に倒された一角や焔斬の姿が頭から離れない三志郎は、妖を召喚することをためらってしまう。術撃符による応戦もむなしく、鬼仮面の容赦ない攻撃にフエの守りが限界を超える。光に包まれる三志郎。その挫けそうな心に、共に戦ってきた妖たちの思いが届く……。

鬼仮面の強大な力の前に屈した三志郎は、「もっと強くなる」という決意を胸に、新たな一歩を踏み出した。そして、ライバルたちもまた、それぞれの思いを胸に妖逆門の道を進んでいく。逆四国で行われるげぇむに飛び入り参加する三志郎。その肩には、三志郎の決意を確かめにきたイズナの姿があった。怒涛の勢いで突き進む三志郎の戦いぶりは、それまでのげぇむを勝ち進んできたぷれい屋たちを驚かせるほどに進歩していた……。

港の街・神戸にたたずむロンドン。ロンドンにとって神戸は、彼の個魔・ギグと、そしてクレッセントと出会った場所であった。そしてこの地で、ロンドンは再び三志郎と出会う。ところが、再会を喜ぶ暇もなく、ロンドンの前にハードロックなぷれい屋・イサミが現れる。逆神戸で行われるのは、声を武器とするげぇむ。ロンドンとイサミの因縁とは？そして、ついにロックンローラー・ロンドンの歌声が炸裂する……！？

京都の街角を行く清と亜紀は、ケガをしている子犬を拾った。病院に連れて行こう、という清と、子犬に怯える犬嫌いの亜紀。そこに突然、黒衣の男たちが現れる。男たちは、この地に逃れてきた妖、“麒麟”を探しているという。事情を飲み込めない清と亜紀に、男たちは雷を放ち襲い掛かってきた。子犬を抱いて逃げだした二人だが……？

逆大阪の街に着いた三志郎。逆大阪城で出会ったのは、たくさんの女の子に囲まれて幸せそうなミックだった。“さかさま探し”のげぇむが始まるが、ミックはげぇむに参加しようとしない。呆れた三志郎は“さかさまなもの”を探し始める。既にモテモテになる夢を叶えたミックが狙うのは、この街でただ一人自分になびかなかった少女のハートだった。

不気味な月の下、逆日本への入り口を探す三志郎とフエ。そこにイズナが現れ、三志郎たちをどこかに連れていこうとする。言われるままにイズナに着いて行く三志郎に、何者かが突然斬りかかってきた。フエを逆門に手を貸す裏切り者と呼び、三志郎に対して敵意を向け襲いかかってきたその者の名は、“かがり”といった。

二人一組で札を探し漢字を作るげぇむに参加する、三志郎とロンドン。ハズレの漢字が様々な効果を引き起こし、てんやわんやで駆け回る三志郎たちだったが、やがて聞こえてきた轟音に異変を感じる。三志郎たちは、多くのぷれい屋たちが倒れているのを見つける。 彼らを襲ったのは、“要”と“甍”という二人の撃符使いだった。

舞台は石柱が立ち並ぶ荒野。げぇむに参加しにきた三志郎は、ねいどの姿がみえず、辺りの様子がおかしいことに気づく。そこでは、謎の撃符使いによる撃符の略奪が行われていた。三志郎も、その撃符使いの術によって“五位の光”を奪われてしまう。平然と人の物を奪う相手に怒る三志郎。ぷれい屋たちに撃符を返させるため、三志郎は対撃を挑む。