新西暦１８６年。 リュウセイ・ダテは、アーケードゲーム『バーニングＰＴ』の大会に出場する。しかし、会場は突如、謎の機動兵器に襲われ、リュウセイの幼馴染みのクスハ・ミズハが負傷してしまう。絶体絶命の危機にさらされるリュウセイの前に現れたのは、地球連邦軍の人型機動兵器パーソナルトルーパーであった。しかも、驚くべきことにそのコックピット内部はバーニングＰＴのものと同じであった。リュウセイはクスハ達から謎の機動兵器を遠ざけるため、パーソナルトルーパーに乗り込むが……。

「量産型ゲシュペンストMｋ‐II タイプTT」に乗り込み、初めての実戦に戸惑うリュウセイは窮地に立たされるが、リュウセイの叫びに呼応して突如機体に搭載されたT‐LINKシステムが発動。駆け付けた連邦軍のPTパイロッと、カイたちの援護もあり、なんとか謎の機動兵器を撃退するのだった。 　 辛くも緒戦を切り抜けたリュウセイだが、連邦軍兵士に捕縛され、イングラムと名乗る男に引き合わされる。 そしてリュウセイは、地球にエアロゲイターと呼ばれる異星人の侵略の魔の手が伸びていることを聞かされる。事実を知ったリュウセイは、大切な人たちを守るため、イングラムからの軍へのスカウトに応じるのであった……。

軍に入隊したリュウセイは、紅一点のリーダー、アヤと、クールなエースパイロット、ライとチームを組む。だが過酷な戦いを経験してきたライと、ゲーム感覚を引きずるリュウセイとの間には、決定的な亀裂があった。 　そんななかハルマ・キド中尉率いる戦車隊との模擬戦闘が開始された。だがリュウセイは命令を無視して突撃、惨敗を喫してしまう。「歩兵相手でもお前では勝てない」と言うライにリュウセイは食ってかかるが、ハルマ中尉までも「今のまま戦場に出れば死ぬ」とリュウセイを打ちのめすのだった。 一方、アイドネウス島のEOTI機関本部では、新兵器アーマードモジュール(AM)「リオン」のテストが進んでいた。そしてテストパイロットのなかには、あのテンザンの姿があった……。

ハルマ小隊に敗北したことで、戦う自信を失ったリュウセイ。アヤもまた足並みの揃わないチームをまとめきれる確信を持てず苦悩していた。そして再びハルマ小隊との模擬戦闘が開始される。 　だが模擬戦闘の最中、ハルマ小隊は所属不明の飛行する人型機動兵器に遭遇、ハルマ小隊は激しい攻撃にさらされた。リュウセイたちはハルマ小隊救出のために急行するが、テンザンが乗るAM「リオン」に苦戦を強いられる。しかしリュウセイはアヤ、ライとともに連携戦術を敢行し、リオンを撃退することに成功した。 ようやくチームによる連携の大切さを悟ったリュウセイ。そんなリュウセイに、ハルマ中尉は功を認めて熱い檄を送るのだった。

リュウセイたちが遭遇した謎の飛行人型機動兵器の正体は依然つかめない。だが上層部は、その裏に新たな戦火を予期していた。 　一方、リュウセイたちは、イングラムより、トップシークレットである“SRX計画”を明らかにされる。リュウセイたち3人は、SRX計画の要である「Rシリーズ」と呼ばれる3機の新型PTのパイロットとして選ばれたのだ。 改めて結成されたリュウセイら“SRXチーム”に下された初任務は、南極で開催されるEOTI機関の新型機動兵器「グランゾン」のお披露目式典の警備。だが南極に向かったリュウセイたちは、その警備の物々しさに、硝煙の臭いを感じるのだった。

「グランゾン」のお披露目式典は、地球連邦政府と異星人との交渉会談の場であった。 　だが式典開始直前、EOTI機関のシュウ・シラカワが操る「グランゾン」が突如起動し、異星人の母艦を攻撃。交渉の場は一瞬のうちに戦場と化した。異星人の機動兵器が、SRXチームやATXチーム、そして「ヒリュウ改」に襲いかかる！ 一方、異星人の攻撃をものともしない「グランゾン」は、地球側の要人を乗せた「シロガネ」をも攻撃。さらには、ライ、アヤも「グランゾン」の攻撃を受け行動不能となってしまう。絶体絶命となったリュウセイを助けたのは、疾風のごとく出現した謎の白い機動兵器だった……。

ビアン・ゾルダーク博士率いるEOTI機関は、DC（ディバイン・クルセイダーズ）を名乗り、地球連邦政府に対し反旗を翻した。 「もはや人類は逃げ場を失った。我々に必要なものは箱舟ではなく剣なのだ!!」 　 時同じくして、キョウスケらATXチームと「ヒリュウ改」は、DCに呼応して決起したコロニー統合軍の砲火の渦中にあった……。

DCとコロニー統合軍の決起により、世界は戦火に包まれた。DCの攻撃から基地と多くの人々を守れずに落胆するリュウセイだが、新たな力となる「R‐1」との邂逅を果たす。 　 一方、連邦軍伊豆基地司令レイカーとダイテツ中佐は、戦況を打開すべく、ある賭けに出ようとしていた。

「ハガネ」の発進準備が進むなか、リュウセイは看護兵として軍に入隊したクスハと再会を果たす。そしてエルザム率いるDCのアーマードモジュール部隊は「ハガネ」奪取のため、伊豆基地を襲撃。 リュウセイ達は「ハガネ」が発進するまでの時間を稼ぐため、出撃するが……。

DCの本拠地アイドネウス島を目指す「ハガネ」。SRXチームに下された新たな命令はウェーク島基地の制圧だった。調整中の「R‐1」に代わり「ビルトラプター」に乗って出撃するリュウセイ。 だが、敵の新型アーマードモジュールに苦戦を強いられる。その前に、南極で彼を救った白い機動兵器が再び現れ……。

謎の人型機動兵器サイバスターのパイロットはマサキ・アンドーという日本人だった。そして、彼の目的はシュウ・シラカワと関わり合いを持つＤＣ総帥ビアン・ゾルダークの居場所を突き止めることであった。 サイバスターの戦闘能力に着目したイングラムは、お互いの目的の為に行動を共にするようマサキに提案する。そんな中、ハガネは敵の攻撃を受ける。

ハガネ艦内でＴ‐ＬＩＮＫシステム（念動力感知増幅装置）とのリンクを行うアヤ。だが、彼女はその最中に倒れてしまう。そこにＤＣのトーマス・プラット率いるアーマードモジュール部隊が攻撃を仕掛けてくる。 その中にはリュウセイやテンザンと同じく、対戦型ロボットアクションゲーム「バーニングＰＴ」のプレイヤーだったリョウト・ヒカワの姿があった。

ハガネへ向かっていた連邦軍の輸送機が、トーマスやテンザン達のアーマードモジュール部隊の襲撃を受ける。輸送機を救助するため、出撃するハガネのパーソナルトルーパー部隊。戦いの中、リュウセイとテンザンはついに互いの存在を認識する。 テンザンに圧倒され、窮地に陥るリュウセイ。はたして、勝負の行方は…？

オペレーション・ムルロアの成功により、制宙権を掌握したコロニー統合軍。その総司令官であるマイヤー・Ｖ・ブランシュタインは、艦隊を率いて連邦政府の中枢・ジュネーブへの降下作戦を敢行する。それに立ち向かうのはハガネとヒリュウ改。 はたして、たった２隻でマイヤーの艦隊を打ち破ることが出来るのか…？

ハガネはＤＣの本拠地であるアイドネウス島に対し、超高空から攻撃を仕掛ける。艦首トロニウム・バスターキャノン発射までの時間を稼ごうとするリュウセイ達。そこへテンペスト率いるアーマードモジュール隊が現れる。 はたして、リュウセイ達はハガネを守りきることが出来るのか？

リュウセイ達はＤＣ本拠地アイドネウス島へ降下し、敵アーマードモジュール隊と激戦を繰り広げる。 ダイテツの策により、優勢に立ったかと思われたリュウセイ達だが、彼らの前にＤＣ総帥ビアン自らが駆る大型機動兵器『ヴァルシオン』が現れる。

アイドネウス島での決戦後、ハガネはＤＣ残党の討伐任務についていた。 そんな中、特別自治区のリクセント公国がＤＣ残党の襲撃を受けていることが判明。 リュウセイ達はリクセント公国へ急行する…。

Ｌ５宙域で発生した異常現象…それは数年前の隕石メテオ３出現時のものと酷似していた。 地球連邦軍宇宙艦隊は警戒態勢に入り、ハガネとヒリュウ改もＬ５宙域付近へ派遣される。 そして、彼らの前に１機の人型機動兵器が現れた…。

ビアン博士が示唆した脅威が現実のものとなった。 Ｌ５宙域には異星人エアロゲイターの巨大要塞が出現し、連邦軍基地がバグスと呼ばれる小型機動兵器群の襲撃を受ける。 そして、リュウセイ達がバグスとの戦いの中で見たものは…。

アードラー率いるDC残党は、エアロゲイター襲撃による混乱を利用し、地球連邦政府の中枢であるジュネーブの制圧に乗り出す。 連邦軍はＤＣ残党の進撃を阻止するため、南欧に戦線を展開。リュウセイ達もそこへ向かう。 そして、彼らの前に２機のヴァルシオンが現れる……。