海堂高校をやめた吾郎は、旧友・小森たちがいる三船高校の野球部に入るつもりだった。だが、夏の大会予選の三船高校の試合を見て考えを変え、ほかの高校の編入試験を目指すことにする。そんな吾郎に、母・桃子は「勝手やった自分の学費は、自分で稼ぎなさい」と厳しい。そこで編入が決まるまでの間、吾郎はアルバイトを始めたが…願書を出した高校から、編入を拒否されてしまう。拒否の理由に海堂高校が関係しているらしいと知った吾郎は、海堂二軍監督の静香に会って事情を問いただす。

通学中に突然、目の前に現れた吾郎から、聖秀高校に入って野球部を作ると聞いた清水は、うれしさ半分、心配半分。クラスで吾郎に一目ぼれした中村は、「マネージャーになってあげる」と積極的にアタック。吾郎は7人の男子生徒を野球部に誘うが、誰ひとり野球に関心を持っていないことに驚く。そんな中、好きな清水を振り向かせられるかもしれないと考えた藤井が、「野球部に入ってやるからオレをエースで4番にしろ！」と、吾郎に勝負を挑んできた…。

今シーズンは負け続きの吾郎の父・茂野。気晴らしをして朝帰りもしばしば、それで桃子も機嫌が悪い。吾郎は理事長に野球部設立をかけあうが、まずは同好会として承認し、正式な部として認めるかどうかは今後の活動次第だと言われる。そのころ藤井は田代たちから、「神奈川には海堂高校があるから、吾郎の計画は不可能だ」と笑いとばされていた。前途の多難さを思いながら帰宅した吾郎は、酔って寝ていた父から、桃子が家を出て行ったと聞き…。

野球部の顧問・山田のつてで、強豪・帝仁高校と練習試合をすることになった吾郎たち。吾郎のボールは帝仁選手たちの度胆をぬき、バットに当てることすらできない。だが、田代が「清水がキャッチャーで公式戦は戦えない」とクレームをつけた。そこで藤井がキャッチャーをやると名乗り出たものの、吾郎の剛速球はどうにも捕れそうにない。吾郎が“技”を見せて試合はなんとか続くが、本来の球威とコントロールが出せない吾郎をみて、帝人打線もバットを当ててきた。ところが、ここで田代が思いがけないプレーをする…。

清水と藤井のプレーで、同点に追いついた聖秀。そこでまた、田代が文句を言い、清水と口論に。そのとき「もう無理にチームに入ってくれとは頼まない」と言い出す吾郎。「ではなぜ無謀な賭けをしたのか？」と顧問・山田が問うと、吾郎は自分の正直な思いをみんなに告げる。吾郎の剛球を受けていた藤井の手がはれあがり、これ以上キャッチャーを続けられなくなった。しかたなく試合をやめようとする吾郎たちに、田代が言ったひとこととは？…試合が終わり、一応チームはできたが、練習をするグラウンドがない。学校とかけあい、校舎屋上に土を運び込んでグラウンドにする許可を得た、という山田。やむなくひとりで土運びを始める吾郎だったが…。

グラウンドを完成させた吾郎たちの前に、突然、臨時コーチとして吾郎の父・茂野と横浜リトル監督・樫本が現れる。樫本が選手たちに有無を言わせずノックを始め、茂野は「やる気がないやつはやめろ」と言い放つ。それを聞いた藤井以外の6人は、グラウンドを立ち去ってしまう。無茶なやり方に抗議する吾郎に、茂野は「自分以外に守るべきものがない人間に栄光はつかめない」と諭す。意味が分からない吾郎。意気消沈した吾郎は、近所のバッティングセンターで1年生の3人が遊んでいるのを目にする。「野球が嫌いでやめたんじゃないのか？」と聞く吾郎に、3人の答えは…。

やる気を試した茂野のテストに、全員合格した聖秀の選手たち。翌年の春までに大会予選を勝ち抜けるチームにするため、茂野と樫本のコーチのもと、猛練習が始まった。そんなある日、グラウンドに見知らぬ少年が現れる。練習を見ていた少年に「草野球以下」だと言われて腹をたてる藤井。さらに少年は、吾郎に勝負を申し出る。自分を三振を取れたら、ここに来た目的を教える、と言うのだ。挑発に怒った吾郎の全力投球を、少年は打ち返す。そこへ清水がやってきて、少年に「もう来てたのか」と語りかける。

顧問・山田が決めてきた練習試合の相手は、あの海堂高校の2軍！　試合の前、海堂2軍監督・静香から「試合の指揮をとる江頭の企みに気をつけろ」と警告される吾郎。相手のピッチャーが、昨年の海堂1軍エース・榎本に似ていると気付いた吾郎に、大河は榎本の弟だと教える。一方の海堂2軍ナインも、吾郎が昨年の壮行試合で海堂1軍を倒したピッチャーであると、江頭から知らされていた。1回裏、吾郎はいきなり海堂打線から連打をあびる。内山や藤井のエラーも出て、ピンチの聖秀。だが、この練習試合については、実は聖秀側にも思惑があったのだ。

海堂2軍との練習試合中、1塁ベース上のクロスプレーで足にケガをした吾郎。医師の診断結果は、厳しいものだった。全治3か月、もちろん夏の大会予選出場は絶望というのだ。吾郎の病室に、江頭が見舞いにやってきた。うわべは「お気の毒に」と言う江頭に向かって、吾郎は自分の決意をキッパリと宣言する。聖秀高校では、吾郎のケガの状態を知ったナインががっくりしていた。そのまま帰ろうとする藤井を、中村が「誰も見舞いに行かないのは冷たい」と責める。ひとりで病院に行った中村は、病室でトレーニングする吾郎の姿を見て…。

夏の大会予選の組み合わせが決まった。1回戦の対戦相手・陽花は、強いとはいえないチーム。吾郎を温存しても勝てそうだと喜ぶ聖秀ナイン。そこへ吾郎がやってきた。一見、完全に回復したような速球を投げ込む吾郎だが、顧問の山田は、1回戦の先発は大河にすると告げる。抗議する吾郎に、「医師から診断書をもらってきたら、先発させてもいい」と言う山田。何も言い返せない吾郎。試合の日の朝。「どうせ投げられないのだから」とごねている吾郎を、藤井と田代が無理矢理球場へ連れて行く。球場で、山田が吾郎に言ったことばは…。

予選１回戦。やる気のない大河の代打に出た吾郎は、「自分をベンチに下げて、あと２回誰が投げるのか？」とふてくされる大河に、自分が投げると言う。「右足がそんな状態でまともなピッチングができるのか？」と疑う大河に、「できるかできないかじゃない。やるかやらないかのどちらかだ」と断言する吾郎。８回表は抑えたものの、吾郎の足の状態はかなり悪くなっていた。気付いて心配する田代にすら、本音を見せない吾郎。だが、対戦相手・陽花高校の監督は、吾郎の状態を見抜いていた…。

陽花戦が終わったあと「これ以上無理を続ければ選手生命は保障できない」と医師から警告を受けた吾郎。顧問・山田が、茂野にも「試合に出さないでほしい」と頼まれたことを伝えると、「分かった」と素直に引き下がった吾郎だが…。２回戦、三船高校戦の日の朝。結局また先発で投げることになったものの、やる気のでない大河が球場に向かう途中、吾郎が待っていた。吾郎が大河に言ったことばは…！試合前、三船ベンチへ行った吾郎は、小森や山根に「お互いがんばろうぜ」とあいさつする。だが小森のほうは「本田君にすきを見せたらダメだ」と自分を戒める。そして、試合が始まった…。

三船戦、４回裏。三船高校は積極的に攻撃に出て、セーフティバントにヒットエンドラン、小森の犠牲フライで手堅く１点を先取する。さらに山根の一打を浴び、また集中力が切れてしまった大河だが…。５回表の聖秀の攻撃。先頭バッターの宮崎が粘った末、フォアボールで出塁する。送りバントとデッドボールでツーアウト１、２塁になったところで打席には大河が。チームのあきらめない気持ちを感じ取った大河の一打はヒットに。だが、ホームに突っ込んだ宮崎は残念ながらアウト。そして、クロスプレーで落としたメガネを割ってしまった宮崎に代わり、吾郎が出場する…。

三船戦、６回裏、ノーアウトで２塁に小森。次の山根は意表をつくプッシュバント。さらに２塁へ向かった山根を見て、後を追いかけた藤井は山根をタッチアウトにとる。得意げな藤井—だが次の瞬間、ぼう然となる…。致命的な４点目を取られた聖秀。８回表の上位打線に望みをかける。大河、内山の連続安打でノーアウト１、２塁としたものの、頼みの田代がダブルプレーとなり、ツーアウト３塁。ここで落ち込んだまま打席に入った藤井だが、中村のことばを受けて気合いを入れ直す。こん身の一打は、ピッチャー山根を直撃し…！？

三船戦、8回裏。ツーアウト満塁でバッターは4番・小森。絶体絶命のピンチで大河に代わり登板した吾郎の投げる球は——けがの影響などみじんも感じさせなかった！あせる小森はわずかな可能性にかけてバントをするが、それを見た吾郎が小森にかけたことばとは？ そして勝負の結末は!?——3回戦の対戦相手は、強打がうりものの高校。ところが、ミーティングに遅れてやって来た大河に予想外のアクシデントが判明。同じころ、海堂戦を偵察に行った吾郎は、寿也に会ったのだが…。

3回戦でノーヒットノーランを達成した吾郎。その試合を見た横浜ブルーオーシャンズのスカウト・桂木は、球団の会議で吾郎のドラフト指名を提案するが、他のスカウトたちは吾郎の実の父・茂治の事故死を理由に消極的。落ち込む桂木に、先輩スカウト・米田がアドバイスをする。そのころ綾音は、吾郎が言われたことばの真意を知るため、寿也のもとへ。そこへやって来たのは、寿也の横浜リトル時代のチームメイト・涼子だった—。一方吾郎は、次の対戦相手・久里山高校のバッテリーが、かつて海堂の実技試験で対決した、香取・唐沢のコンビだと知る。久里山に勝つためには、香取の高速スライダーを攻略しなければならないのだが…。

久里山戦で吾郎が書いたメンバー表は—1番吾郎、2番田代!?　その吾郎と試合前に会った香取は、海堂の実技試験は「吾郎にではなく寿也に負けたのだ」と言い放つ。1回表、先頭打者・吾郎の打席。高速スライダーを狙っていると見抜いた唐沢は、抜いた球で打ち取った——つもりだったが、打球はフェンスギリギリまでのびる。警戒を強める香取と唐沢。1回裏の久里山の攻撃。先頭打者は……あの多岐川!!　彼も、海堂の試験で吾郎と対戦して落ちた屈辱を忘れていなかった。普通の内野ゴロを内野安打にしてしまう多岐川の俊足は健在。ワンアウト3塁で、3番香取、4番唐沢と対戦することになった吾郎は…。

久里山戦終盤。投手戦の均衡が崩れ、7回裏の唐沢のツーランでついにリードされた聖秀。9回表ツーアウト、最後のバッター・山本はバントを試みるがポップフライとなり、パーフェクト達成か!?——実は、山本は自打球を手に当ててしまい、ベンチに残った大河が代打となる。ところが、大河は、香取からあっさりとヒットを打った！次のバッターは吾郎。前の打席でかすりもしなかったスライダーを狙うのはあきらめたらしいと判断した唐沢は、香取にスライダーを投げさせる…。

いよいよ海堂戦間近。ハードな練習を強いる田代に反発する藤井だが、田代の「俺たちにできることをして、少しでも吾郎を助けてやりたい」という気持ちを聞くと、練習を始めるのだった。一方、医師から通常の練習を禁止された吾郎は、足に負担をかけない調整法があると聞く。さっそくプールに出かけた吾郎は、遊びに来ていた清水と出会う……。久里山戦でケガをした山本は全治1カ月の重傷だったため、大河がスタメン出場することに。ギリギリまで練習をした聖秀ナインは、いよいよ海堂戦の日を迎える——吾郎はまた、オーシャンスタジアムに帰ってきたのだ！

ついに始まった海堂との決戦。1回表、海堂の先発・市原を甘く見て、三振する吾郎。田代が打った内野への打球も、ショート・泉が華麗な守備でアウトに。吾郎は、「自分たちの1年間が吾郎の1年間に負けるはずがないという、絶対的な自信がある」という寿也の言葉の意味を理解する。しかし、うなだれている田代には「今からうつむいていたら、空に現れる勝利の女神を見落とすぞ」と励ますのだった。1回裏の海堂の攻撃は、先頭打者の草野がフォアボールで出塁。あっさり盗塁されるが、吾郎はあくまでマイペース。だが、またも藤井のエラーでノーアウト1・3塁に。3番・薬師寺を全力投球で抑えた吾郎だったが——。