アフリカにそびえるＡＥＵの軌道エレベーター付近にあるＡＥＵの軍事演習場では、最新鋭のＭＳ（モビルスーツ）・イナクトのデモンストレーションが行われていた。ユニオンの軍人、グラハムとカタギリは、観客席でそのパフォーマンスを眺めていた。そこに上空から、刹那の駆るガンダムエクシアが、イナクトと対峙するよう会場に降り立つ。血気はやるイナクトのパイロット、パトリックは、ソニックブレイドを引き抜き、エクシアに切りかかるのだった。 一方、パーティーが催されている人類革新連盟の軌道エレベータの高軌道ステーションに、テロリストのＭＳが近付いてきていた。

ソレスタルビーイングによる突然の全世界に対する武力介入宣言に、各国の首脳陣は半信半疑のまま、他勢力の行動ではないかとも考え、その存在や応対についての議論を繰り返していた。刹那たちは、世界に自分たちの存在を示すべく、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移す。 ユニオンの軍人グラハムは、デモ会場で目の当たりにしたガンダムの性能に強く興味を示す。

ソレスタルビーイングによるセカンドミッションが終了し、世界はますます混乱する一方だった。そんな中、絹江はソレスタルビーイングを名乗った老紳士の正体を突き止めるが、さらに深まる謎に、考えをめぐらせる。 　宇宙から地球へと下りてきたセルゲイは、戦闘の跡地を確かめるべく、セイロン島へと向かう。グラハムとカタギリは、ガンダムの存在を重く見たユニオン軍より、特殊任務部隊への転属命令を受けていた。

人革連領地にての軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子を、モニタリングするプトレマイオスのクルーたち。人革連がより一層軍事力を補強するのではないかとの懸念に、紛争根絶という本懐から、武力介入を続けるだけと冷たく言い放つティエリア。 そして実際、セルゲイの下には、上層部からは対ガンダムの切り札といわれる一人の少女が、グラハムたちの隊にも、優秀なパイロットたちが配属される。 世界がガンダムに対して徐々に動きを見せる中、ユニオンに属する南米の一国・タリビアが、エネルギー供給権を主張し、ユニオンに対して独立宣言をする。タリビアの暴挙とも取れる行動を牽制するため、軍を派遣するユニオン。動向が注目される中、ガンダムが動く！

混迷極める世界の中、マリナは各国へ援助要請のため、アザディスタンを後にする。 日本の学生、沙慈とルイスは、奨学金で行ける研修旅行のため、人革連の低軌道ステーションへと向かっていた。リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ沙慈とルイス。 　一方、アレルヤも次の任務のため、リニアトレインで宇宙へと戻っていた。

軍需による経済で成り立っているヨーロッパ南部の一国、モラリアは、ソレスタルビーイングの活動から経済が破綻しかけていた。モラリアの技術・軍事力を宇宙開発のために必要とするＡＥＵは、救いの手を差し伸べるべく、支援することを表明し、合同軍事演習を行う。情報をキャッチしたソレスタルビーイングは、それに対し介入行動に移った。大規模のミッションを前に、集結するガンダムたち。エクシアには新しく長短のＧＮブレイドが、デュナメスにはＧＮフルシールドが実装される。 しかし、モラリアの民間軍事会社には、かつて刹那の行動を管理していた傭兵、アリー・アル・サーシェスの姿があった。

モラリア軍、ＰＭＣとの交戦時の最中、サーシェスの乗るイナクトと対峙したエクシア。サーシェスの操縦に翻弄され、刹那はままならない攻撃を続ける。自分の攻撃パターンを読まれているようなその動きに、少年兵だった過去の記憶を呼び起こした刹那は、思わぬ行動に出る。

ソレスタルビーイングの行動が世界に変化をもたらす。それは紛争が減少するだけでなく、新たなる争いの火種ともなりえていた。世界の悪意に怒りの表情を浮かべるロックオン。 アザディスタン王女、マリナの外交旅行は続いていた。シーリンから報告される本国の良くない状況、慣れない土地から土地への旅と、上手く立ち行かない外交とにマリナは心安らかでなかった。宿泊先近くにテロ活動があり、郊外へと避難する際、自国の出で立ちをした少年を垣間見る。それは情報を掴み、テロリストを追っていた刹那の姿だった。

度重なるソレスタルビーイングの軍事介入に、ユニオン、ＡＥＵがほぼ静観の態度を示す中、人革連は対立の姿勢を崩さずにいた。 探査装置を大量投入し、物量にものを言わせた索敵ミッションを遂行するセルゲイ。その真の目的はガンダムを捕らえることにあった。

執拗な人革連の追撃に苦戦するガンダムマイスターたち。悪化していく状況にスメラギは苦悩する。

　辛くも人革連によるガンダム鹵獲作戦を退けた、刹那たちソレスタルビーイング。作戦のミスをとがめるよう、スメラギに食って掛かるティエリアだったが、それは自らガンダムナドレの姿を晒してしまった苛立ちからでもあった。 　その戦闘中、敵パイロットである超兵、ソーマ・ピーリスと共鳴する何かを感じ取ったアレルヤは、ひとり自分の過去を顧みる。人革連の施設にいた頃の自分と、それを発端として現れたもう一人の自分「ハレルヤ」。未だ超兵の実験が行われていることを、戦場でのピーリスとの接触から確信したアレルヤは、忌まわしい過去と現在を払拭するため、スメラギにあるプランを提出する。それは、人革連の超兵機関施設への強襲だった。

これまでの教えや、古い慣習に倣って生活をしようとする保守派と、深刻なエネルギー問題を改善し、豊かな国作りをしようとする改革派とにアザディスタンは二分していた。改革を推し進めるため擁立されたマリナだったが、思うようにいかない内情と外交に疲弊していた。 　そんな最中、保守派の筆頭である、マスード・ラフマディが何者かによって拉致されるという事件が起こる。過激な改革派の仕業である可能性も否めず、シーリンはマリナに、このまま保守派と改革派の間で緊張が続くと、内戦に発展すると進言する。 　ユニオンの要請により、情勢不安定なアザディスタンへの出兵の任務に就くグラハムたち。 　ソレスタルビーイングは同じく、アザディスタンへの紛争介入を見越し、刹那を偵察へと向かわせた。

　自分の想いが、行動が、結果と結びつかず、悔しさを噛み締める刹那。国連の軍派遣により、保守派と改革派の対立によるアザディスタンの内情は、より悪化する一方だった。刹那は引き続き、第三勢力の存在の可能性を含め、調査を続ける。 　施設の破壊にＭＳの反応をみつけた刹那は、そこで同じよう調査に動いていたユニオンの軍人たちと出会ってしまう。それは、かつて戦場で剣を交えたパイロット、グラハム・エーカーだった。

世界規模での大掛かりな軍事演習が計画される中、それを自分たちへの挑戦だとわかりつつ、介入作戦を試みるソレスタルビーイングのメンバーたち。計画実行までの余暇を楽しむ面々だったが、はしゃぐその表情の裏には不安の影がぬぐいきれなかった。 　各陣営の準備が着々と進む中、ユニオンのグラハムは、正式名称の決まった対ガンダム調査隊に新規で配備される、カスタムチューンしたフラッグの姿に、高揚感を隠せずにいた。セルゲイ、ピーリスもまた、立ち並ぶティエレンを前に、作戦への決意を改めていた。 母がスペインに帰り落胆するルイスを励まそうと、沙慈は刹那を自分の家に招き入れる。普段の任務とは異なる弛緩した雰囲気に、馴染めないものを感じる刹那。そこに緊急コールが入り、刹那は飛び出していく。世界を巻き込んだ最大のミッションが始まろうとしていた。

　とうとう３つの陣営による大規模な対ガンダムの鹵獲作戦が展開される。合同演習の名を語ったガンダムを呼び込むその作戦に、罠とわかりつつ武力介入を行うソレスタルビーイング。長時間にわたる絶え間ない攻撃に、マイスターたちは疲弊していく。デュナメスとキュリオスは、人革連ＭＳ部隊の猛撃に膝をつき、エクシアとヴァーチェもまた、ＡＥＵの包囲網からの脱出を図れなかった。

　ソレスタルビーイングの動向を見つめ、全員の意思が統一されたときのみ、その行動の拒否権のみを司る者、「監視者」。彼らが一堂に会する場所で、アレハンドロ・コーナーはこれまでのソレスタルビーイングの介入行動について振り返る。

これまで知らされていなかった新しいガンダムマイスターと、スローネという機体の出現に困惑するプトレマイオスのクルーたち。初顔合わせとなった会談で、その言動と立ち振る舞いに、刹那たちは眉をひそめる。 会談を終え、プトレマイオスを立ち去った彼らは次なるミッションを受け、スローネを駆り、ＭＳＷＡＤの基地に強襲をかける。

スローネたちの武力介入のあり方に、疑問を抱く刹那。しかしスローネの出現は、３陣営のそれぞれの代表者たちに、ソレスタルビーイングに対抗する手段と戦力とが潰えたと考えを改めさせるのだった。 世界情勢がソレスタルビーイングの理念に傾きつつある中、王留美はスローネたちの動向とその存在について確認するため、アレハンドロとコンタクトを取る。

　スローネによる一方的で過激な蹂躙は、刹那にソレスタルビーイングの理念を自問させることになる。一般人をも巻き込んだその行為に、刹那は彼らを紛争幇助の対象と断定し、エクシアを駆ってスローネを強襲する。３対１と不利な状態であった刹那の窮地を救ったのは、人として、刹那と思いを同じくしたティエリアだった。刹那が飛び出していくことを止めなかったロックオンも加わり、フォーメーションによる攻撃でスローネを翻弄するエクシアたち。ガンダム同士による戦いに意味を見出さないヨハンは戦闘から離脱する。しかし、その去り際にヨハンはロックオンに、ある衝撃的な事実を告げる。

　一時は潰えた各陣営のガンダムへの思いは、ある情報の提供から一転、３陣営の気持ちは一つにまとまり、３国家群による軍事同盟の締結に至る。打倒ガンダムの名目で統合されつつある世界。皮肉にもそれは、それまでのスローネによる、絶対悪としての行動からだった。刹那たちは世界が変革していく様子を複雑な思いで眺める。 　一方そのスローネたちは、鬱積したものを晴らすように人革連基地に攻撃を仕掛けていた。狂乱するミハエルたちだったが、突如飛来した支援攻撃に、驚きを隠せなくなる。