史上最大の作戦・タイバス渡河作戦が幕を開けた。ギルガメス軍AT部隊は河岸を守るバララント軍に対して苦戦を強いられる。空間を埋め尽くす爆音と弾雨、キリコもまたその中にいた。時を同じくして、キリコの監視者たるペールゼン大佐は、レッドショルダーの罪を問う軍事裁判という窮地に立たされていた。

タイバスでの傷も癒えぬうちに、惑星ガレアデM7基地に配属されたキリコは、強靭な古参兵ゴダン、妙に世話を焼くバーコフ、そしてなぜかキリコを殺そうとする少年兵ザキに出会う。つかの間の休息を味わう暇もなく、キリコはゴダンと共に謎の狙撃者からの襲撃を受ける。

キリコらバーコフ分隊は前線基地X-2に送られ、そこでもうひとりの仲間コチャックと合流。ギルガメス軍本隊のマニド峡谷通過のため、谷を防衛するバララント軍攻略を命じられる。キリコ達はお互いの信頼など全くないまま、峡谷頂上に宙吊られた空中要塞をパラグライダーで急襲する。

バララント空中要塞制圧の報告を受けたギルガメス軍地上本隊がマニド峡谷通過を開始する中、コチャックの撃ちもらしたバララントATの存在に気づき、キリコらは空中要塞を再度探索する。突如、彼らの頭上を巨大な物体が降下を始め、要塞砲が起動したことを知る。

キリコ達は、死の谷から奇跡的に生還したことで怨嗟と監視の目に晒されながらも、通常軍務に勤しんでいた。AT整備の訓練中、不可解な事故が起き、さらにはキリコとゴダンは再び何者かによって襲撃される。その頃、惑星クズスクの情報省医療収容所では、自白装置MRCを用いたウォッカムによるペールゼンへの尋問がはじまっていた。

「集められた5人とは何者なのか？」惑星クズスクでは、ペールゼンへの尋問がさらに激しさを増す。一方ガレアデでは、バーコフ分隊の行動を反乱とみなした軍警察が出動し、M7基地は騒然とした雰囲気になっていく。キリコとゴダンは激しくなる軍警察の攻撃で、莫大な量のポリマーリンゲル液を貯蔵したタンクブロックへ追い詰められる。

極北基地へ向かう輸送機が突然の襲撃を受け、荒野への墜落を余儀なくされる。地上でキリコ達を待っていたのは、何者かからの狙撃。狙撃者は「ギルガメス軍浄化委員会」と名乗り、「死神シラスコ」すなわちゴダンを出せ、さもなくば全員を射殺するとのたまう。機内には5人と操縦士の2人。緊張を充満した暗く重い密室の7人に、銃声が決断を急かせる。

輸送機を失ったキリコ達は吹き荒ぶ風雪の中、ATによる徒歩で極北の配転先へたどり着く。ガレアデから全軍の撤収作業が進みガランとした基地には、ユーグント指令殺害事件の調査を命じられたワップ少尉だけが待ちうけていた。犯人を始末しようとするワップ、バララント軍AT部隊、そして不穏な雲行きを見せる異常な寒波の予感。そのすべてがバーコフ分隊を包囲する。

極北基地に孤立したキリコ達。眼下にはバララントの軍勢が押し寄せ、頭上では超寒気団が不気味な渦を巻き始めた。-200度の超低温で生き残るため、ポリマーリンゲル液の調合がコチャックの手にゆだねられる。そんな中ワップはバーコフの過去に付け込み密告を強要する。焦り、葛藤、生命そのすべてを粉砕せんと迫るタイムリミットに、5人の異能が試される。

バーコフ分隊の不死を確信したウォッカムは、百年戦争終結に向けたメルキア最高戦略会議の演壇上から、圧倒的規模の大作戦「惑星モナド攻略作戦」を動議する。ガレアデの戦線を戦い抜き、傷ついたキリコ達は惑星クズスク移送され、ついにウォッカムと対面する。すべての不規則な運動がひとつに、百年戦争が惑星モナドに収束する…。

艦と鉄騎兵の天文学的質量が鉄の惑星モナドを覆う。宙に放たれた炎が幾何学図形を描き、一瞬ごとに幾万の生命を奪う。キリコらは漆黒の情報省特殊部隊ISSを率い、星の中枢をめざす。この人工天体の玄室で彼らを待つものは、古代クエント文明の遺産。激しい道のりに、共に往く者は敵も味方もすべて散りゆく。だが俺たちはまだ生きている。俺たちは死なない――。

長い一瞬のあいだ、目の前で落下するコチャック機を見つめる4人の男。バーコフ分隊はついに一人目を失ってしまったかに見えたが、着地したATからは傷を負いながらも何食わぬ顔でコチャックが這い出す。「本当なのか異能生存体ってのは」――その、安堵の直後、敵の銃弾にコチャックが砕け散り、ゴダンが力尽きる。崩壊を始めた惑星モナドで、バーコフ分隊の旅が終わる。