西历2059年。超长距离移民船团Macross·Frontier迎来了前来举办巡回演唱会，Macross·Galaxy船团出身的超人气偶像シェリル·ノーム。崇拜シェリル的女高中生ランカ・リー，在匆忙赶往演唱会的途中邂逅了美星高等学院飞行员养成生早乙女 アルト。在此同时，他们遭遇了突然袭来的未知敌人。 脚本：吉野弘幸 分镜：菊地康仁、河森正治 演出：田中孝行 作画监督：高橋裕一、江端里沙

在ランカ带着慰问品前往SMS的途中，遇见了迷路，艰难地走到展望公园的シェリル，之后两人再遇アルト。但是此刻，上空巨大的vajar已经逼近。

ランカ与シェリル偶然地在展望公园再遇アルト。但是此刻，上空巨大的vajar已经逼近，三人躲进公园的避难所，却不料被封闭在内。

S.M.Sでミハエルらにしごかれる毎日を送るアルト。 一方、ランカはミス・マクロスのオーディションの予選を通過し、 いよいよ最終選考で歌をうたうことに。 選考会場に駆けつけたアルトだが、ランカがステージに上がる直前、 オズマより非常招集連絡が入ってしまう。

失くしたイヤリングを探すために、再びアルトの前に現れたシェリル。 イヤリングを探すため、アルトにフロンティアの中を案内するよう命令する。 一方、オズマに歌手になる夢を否定されたランカは、思わず家を飛び出してしまう。

芸能プロダクションにスカウトされるランカ。 しかし、ショッピングモールで見かけたアルトとシェリルのことが気になっていた。 シェリルがさよならライブのリハーサルを行っていた頃、 ギャラクシー船団がバジュラに襲われたという一報が入り・・・。 脚本：吉野弘幸 分镜：田中孝行 演出：土屋日 作画监督：三浦珠美

シェリルの故郷、ギャラクシーがバジュラの大規模な攻撃を受けたとの情報が入り、 アルトたちはギャラクシーの残存艦の救出に向かう。 そこに、バジュラが出現し・・・。

バジュラの攻撃を受けたギャラクシーの救助に向かったアルトたちが帰還する。 しばしの平穏な日々の中、シェリルが美星学園を来訪し、学園は大騒ぎとなる。

敵も女も狙った獲物は一発必中を豪語するミシェルが、 戦闘時に狙いをはずしてしまい、危機一髪アルトに当たりそうになる。 帰艦後、アルトとミシェルは誤射をめぐり、殴り合いの喧嘩となる。 それを見ていたクランは、アルトにミシェルの悲しい過去を告げる。

ミス・マクロス・フロンティアのミランダが主演する映画で端役を手に入れたランカ。 その撮影現場で待っていたのは、撮影協力のS.M.Sの面々とシェリルだった。 演じることが初めてのランカに相談されたアルトは、つい嫌っていたはずの 父親の言葉を口にする。

映画出演により、注目され始めたランカは、忙しい毎日が続いていた。 一方、アルトの前に兄弟子である矢三郎が突然現れる。 アルトの父・嵐蔵が倒れたので、家に帰るようにとアルトを諭す矢三郎。 そんなこととは知らず、ランカとシェリルは、それぞれアルトの誕生日を 祝おうと計画する。

惑星ガリア４へ公演のため降り立ったシェリルとアルト。だが、シェリルの体調不良により、 公演は中止となってしまう。公演中止に不満を抱くゼントラーディ人による暴動が起こり、 アルトたちは、人質として捕らわれてしまう。 一方、フロンティアではファーストライブに緊張するランカを、ナナセ、ミシェル、ルカが励ましていた。

機体の不調によりガリア４に不時着したアルトとランカ。 久しぶりにゆっくりと会話を交わす二人はなんとなくよい感じ。 一方、体調が回復したシェリルはミシェルと共に二人を探しに行く。

アルト、ミシェルに続きルカも戦場に向かうことに。 ルカはナナセに気持ちを打ち明けようとするが・・・。 そして母の子守唄に秘められたランカの記憶。 その記憶が指し示す真実とは？ バジュラやブレラとランカの関係は？謎が謎を呼ぶ。

体調がなかなか回復しないシェリルに、グレイスは治るまで 仕事はすべてキャンセルすると告げる。 シェリルはランカの人気がますます上がっていると聞き、 なんとなく不安を感じる。 そんな時、アルトとランカが見舞いに訪れた。

S.M.Sのオーナー、ビルラーの屋敷に突然呼び出されたアルト。 ビルラーは自らの夢をアルトに語ってみせる。 シェリルは病院を抜け出し、アルトに会いに行く。 一方、ランカはブレラがいつも自分の歌を聞いていてくれたと知り・・・

ガリア４事件で延期になっていたランカのファーストライブ。 オズマはランカに、ライブを絶対に見に行くと約束していた。 しかし、ライブ直前にバジュラが襲来し、オズマは出撃することになってしまう。 オズマはランカの天空門ファーストライブに間に合うのか！・・

フロンティアではバジュラの攻撃により物資が不足。 エネルギー供給を制限され、食料や水もすべて配給制となる。 シェリルは体調がなかなか回復せず、ますます不安になり、 アルトを探しに出かけるが、高熱で倒れてしまう。 それを救ったのは・・・

いなくなった<あい君>をブレラと一緒に探すランカ。 ブレラの「誰のために歌う？」という問いかけに、 歌うことに疑問を感じ始めていたランカは、自分の本当の気持ちに気づく。 一方、シェリルは見舞いに訪れたアルトに、もう歌は歌わないと告げる。 脚本：吉野弘幸 分镜、演出：田中孝行 作画监督：入江篤、塚原元

美星学園でのランカのコンサートで顔を合わせた ランカ、シェリル、アルトの３人。 それぞれの思いが交錯する。 そして再びバジュラの攻撃が開始された。 誰もがいつ死ぬかわからない状況の中、 想い人との心の絆を確かめようする。