デュエル世界大会、日本予選に参加するため会場に集まる勝舞達。そこに突如ナゾの集団が現れ大会参加者達にデュエルを挑んでくる。大会前の腕試しにデュエルを受けて立つ参加者達だが次々に敗れ氷のような結晶に閉じ込められてしまう！ナゾの集団の目的は一体何なのか！？

ナゾの集団はザキラの命令で世界各地のデュエリスト達を消すために動いているという。大会参加者に襲い掛かるザキラの手下をとめる為、デュエルする勝舞達。一方、白凰は何者かの気配を察したかのように市街地の高層ビルに向かう。高層ビルに待ち受けているのは一体！？

デュエルマスターの証を奪うためヤエサル様を手にかけデュエリスト達を消していくザキラ。敵を討とうとザキラに挑む白凰のもとに駆けつける勝舞達。だが、目にしたものはザキラの圧倒的な強さに屈しようとする白凰の姿だった！

敗れた白凰を連れ円盤で飛び去るザキラたち。円盤が飛び立ち崩壊していくビルに取り残された勝舞達だったがデュエル世界大会実行委員のマッキーに助けられる。マッキーから明かされる要塞島での惨劇。その驚くべき内容とは！？

デュエル・マスターの証、ザキラの正体の手がかりを求めてドクター・ルートの研究所に向かう勝舞達。ドクター・ルートはデュエル・マスターの証を預かり保管していた。ザキラを知るドクター・ルートは勝舞達を巻き込みたくないと話すのをためらうが…そこにザキラの配下、バベルが迫る！！

ドクター・ルートを逃すためバベルにデュエルを挑む龍牙。だがあえなく敗れ追い詰められるドクター・ルートとジョージ。師匠を守るためバベルとデュエルするジョージだったが、バベルの恐るべき能力、闇眼（やみまなこ）がジョージを追い詰める！果たして、ドクター・ルートたちは逃げ切れるのか！？

谷底の急流に落ちたドクター・ルートをさがす勝舞達。だがドクター・ルートを見つけたのもつかの間、新たな敵、リッチ＆シズカが立ちふさがる！デュエル・マスターの証を追いかけるリッチ＆シズカを食い止めるためデュエルで立ち向かう勝舞とミミ。だが、予想以上の強さに苦戦を強いられてしまう…。

リッチ＆シズカとデュエルすることになった勝舞とミミ。相手の強力な攻撃に押されていく闘いの最中に二人は重要なことに気が付く。一方、ドクター・ルートに追いついたれく太とジョージだったが、そこでドクター・ルートから意外な言葉を聞かされる。

ドクター・ルートを救出することに成功した勝舞達。だがなんとドクター・ルートが記憶喪失に！激しい追っ手の攻撃に対して、勝舞は父から受け取ったバルバルザーク・紫電・ドラゴンを手に、ザキラを倒す決意を固める。しかし新たな追っ手の攻撃が迫っていた！

勝舞達の前に立ちふさがる強敵、イエスマン＆キサナデゥ。絶妙なコンビネーションで攻撃を仕掛けてくる相手に、勝舞の攻撃も通用しない。だが追い詰められたその時イエスマンに異変が...？逆転を信じて紫電ドラゴンで挑む勝舞に勝ち目はあるのか！？

川に落ちたDrルート。後を追っていくと謎のピラミッドの中に入って行ってしまう。勝舞たちも続いて中に入っていくがそこにはザキラの新たな手下、天帝トトが待ち構えていた。仲間同士で本気のデュエルを強要されている少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミだが...？

少年達を救うため見えない敵と戦うことになった勝舞とミミ。お互い見えない敵に苦戦するが、実は壁を隔てて勝舞とミミがデュエルさせられていた！卑劣な罠の前にどうすることもできず見守るれく太達。果たして勝舞とミミのデュエルの行方は！？

三方に分かれたDrルートの反応を追って、手分けして探す勝舞たち。ミミと龍牙はそこでザキラに連れ去られたはずの白凰に出会う。再開を喜ぶミミと龍牙だったが、白凰はザキラの手下Ｗ（ホワイト）に成り果てていた！立ちふさがるＷ（ホワイト）を前に勝舞はデュエルを挑む！

激しい戦いを繰り広げる勝舞とＷ（ホワイト）。Ｗ（ホワイト）になっても変わらない白凰の強さに追い詰められていく勝舞！だがあきらめずに戦う勝舞は必死で白凰に呼びかける。徐々に記憶を取り戻していく白凰は「デュエルが好き」という勝舞の言葉に正気を取り戻したかに見えたが...。

Ｄｒルートを追いかける勝舞達はジュラとジューンに再会する。彼らもザキラと戦っていたのだった。喜びもつかの間、オクトたちがザキラの手下との戦いで行方不明になったことを聞かされる。そのとき、Drルートの反応がある洞窟にオクトたちもいることが判明するが、駆けつけようとする勝舞達の前に力を解放したイエスマン＆キサナドゥが現れる！

洞窟に閉じ込められた勝舞たち。そこで、勝舞の戦いに戸惑う様子を指摘するジュラ。そして、洞窟の奥でオクトを発見するが、すでにデリートされていた。そこにイエスマン＆キサナドゥが現れる！勝舞の戦いに戸惑う心を見抜いたジュラは代わりにデュエルで迎え撃とうとするが･･･？

Drルート探索の途中でだべべ村を通りかかった勝舞達の前に懐かしい顔、カブト丸が現れる。勝舞との再会を喜ぶカブト丸だったが、突如襲い掛かるザキラの手下を相手にあえなく敗北してしまう。怖気づいて逃げ出す村人達を尻目にデュエリストとしての意地をみせようとするカブト丸。一方、ミミは新たに現れたリッチと対峙していた！

デュエリストとしての意地。それはデュエルを愛する気持ちから生まれたカブト丸の想いだった。村人からデュエルを奪おうとしている敵を許すわけにはいかない！同じ思いでミミはリッチと戦い、勝舞もカブト丸を手助けする。その気持ちが村人に伝わったとき、奇跡が起きる・・・？

ようやくDrルートを見つけた勝舞達。だがＤｒルートはまたしても走り去り、古城に逃げ込んでしまう。後を追いかける勝舞達だったが、そこには共同作戦を練りバベルとトトが待ち構えていた！立ちふさがるバベルと円盤から様子をみるトト。二人の共同作戦とは一体？！

立ちふさがるバベルとデュエルするジョージ。そのとき突然の振動と共に上空に円盤が現れ城を破壊し始めた。なんとトトが城ごとデュエルマスターの証を奪おうと仕掛けた罠だった！捨て駒にされたことに怒るバベルとジョージのデュエルは激しさを増していく。一方、バベルを出し抜き作戦に成功したかに見えたトトだったがその前に黒城が現れた！