原作の特別編で描かれた、Lがワイミーズハウスの子供たちと会話をする場面が追加。
本編は月が高田を通じてキラ代行中の魅上に命令可能な状態から開始。そのため、初めから海砂はノートの記憶がない。
月が、TV出演していたキラ反対派を、魅上照に全て粛清させる場面が追加。
三冊目のノートエピソードが全て省略され、それに伴って以下の変更点が発生。
メロの登場場面が冒頭（ニアの回想場面を含む）と写真の奪還、高田拉致時のみとなっている。
マフィアや死神シドウが一切登場しない。
SPKメンバーの大量殺戮を行ったのがメロとマフィアからキラ（月が米大統領からメンバーのリストを脅し取り、それを高田が魅上に伝えノートに書かせた）に変更。
夜神総一郎は捜査を外れたことになっており、生存してはいるものの一切登場しない。
イル=ラットという名前と、ショーン・ダンリービーが本名であると言う設定が復活。（本人はTVシリーズ同様、単なるSPKのメンバー）。
メロが独自で捜査していたキラ情報をリドナーを介してニアに提供していたことになっており、ニアはメロが写真を取り返してくる前にノートのあるルールが嘘であることを確信している。（メロの顔の火傷は存在）
ニアが夜神月に初めて接触したのが高田との密会直後の携帯通話となっている。また、このとき他の捜査員への呼びかけも同時に行っている。
高田はXキラの正体が魅上であることを知っている。
マットは、原作及びTVシリーズでの高田拉致時に殺害されるが、SP版では一言も喋らないものの生存している。
原作およびTVシリーズにおける高田がメロの本名を知るエピソードが削除されたことに伴い、高田が死神の目を持っているという設定が追加。
月を除く日本捜査本部のメンバーや、ニアを含むSPKのメンバーがリュークを認知する描写が削除され、一度も対面しないまま物語は進行する。
エンドロールの後、相沢と松田が月の遺体を発見するシーン、魅上と月の遺体のみがそれぞれ映し出されるカットが追加。