カタロンの幹部・クラウスは、シーリンに、建造中のコロニーに捕らえられている同志の救出作戦を急がせる。技師としてそのコロニーにいた沙慈は、アロウズにカタロンとして捕らえられてしまっていた。 　コロニーに突入するカタロンの救出部隊。アロウズのグッドマン准将、ジェジャン大佐の指揮の下、ジニン大尉、アラッガ中尉、そしてアロウズのパイロットとなったルイスのＭＳ小隊は、その部隊を壊滅させ、さらに無人殺戮兵器のオートマトンがコロニーへと投下した。 　４年間、独りで世界の動向を探っていた刹那は、進入に成功したコロニー内部で、偶然にも沙慈との再会を果たす。補修したエクシアでオートマトンを排除し、ジニンの部隊へ向かう刹那。苦戦を強いられるも、ティエリアの乗ったセラヴィーガンダムがその窮地を救った。 　戦闘後、ＣＢに憎しみを抱えていた沙慈から銃口を向けられる刹那。しかし沙慈は引き金を引けず、プトレマイオス２へと連行される。 　ＣＢと合流し、地球へと降りた刹那は、先の戦いで戦死したロックオンの双子の弟、ライル・ディランディとの邂逅を果たす。

　ＣＢへの参加をライルに促す刹那。一方、アロウズのホーマー・カタギリ司令は、ガンダムの再来に、カティ、ピーリス、アンドレイなどをアロウズへと召集する。さらにそこには仮面の男、ミスター・ブシドーこと、グラハムの姿もあった。そして沙慈は、ルイスを襲ったガンダムは、刹那たちとは別部隊であったことを知る。 　２年間、ビリー・カタギリの家にいたスメラギの元に訪ずれた刹那は、スメラギの素性を明かし、その場からスメラギを連れ去る。二人は宇宙でライルと合流するが、カタロン構成員でもあるライルは、クラウスたちにＣＢに潜入することを告げていた。 　プトレマイオスへと向かう刹那たち。しかし、グッドマンの率いる部隊がプトレマイオスへと迫っていた。ダブルオーを起動させた刹那は、アロウズのＭＳ小隊を一掃する。その様子を見ていたリボンズは、ダブルオーの性能に歯噛みするのだった。 　外交中、嫌疑をかけられ、アロウズの保安局員に捕まってしまったマリナ。収監施設には４年前、連邦軍に逮捕されたアレルヤも拘束されていた。

　反政府組織の収監施設に訪れていたピーリスは、拘束されているアレルヤと対面する。 　リボンズは、マリナをアレルヤと同じ施設に収容することで、ＣＢを呼び寄せるのだとリジェネに話す。 　留美からの情報でアレルヤの居場所を知る刹那たち。刹那はスメラギに救出のための作戦立案を求める。スメラギの作戦により、大気圏外から一気に海中へと突入するトレミー。その大胆な手段に、カティは唖然とする。マリナも同じ場所にいることを知った刹那は、アレルヤを助け出したあと、マリナの元へ向かう。 　迫るＭＳを迎撃するティエリアとライル。ケルディムの狙撃能力の高さにクルーたちは驚嘆する。ライルがクラウス流した情報により、カタロンの部隊もその作戦に乗じて、同志の救出に成功した。 　アリオスのもとに訪れたところで、自分を追ってきたピーリスと邂逅するアレルヤ。「マリー」を取り戻したいアレルヤだったが、作戦時間切れにより、やむなく撤退する。 　救け出したマリナに、混乱に巻き込んだことを刹那は謝罪する。しかしそれよりもマリナは、戦い続けることしかできないという刹那のその姿に、ただ涙を流すのだった。

　保護したマリナの願いにより、アザディスタンへと進路を向けるＣＢ一行。一方、アロウズは、リント少佐の作戦により、水中ＭＡ・トリロバイトと共に艦をアラビア海へと向ける。 　アレルヤはピーリスこと「マリー」の奪還を心に誓う。そんな目的を持ったアレルヤとの会話の中、スメラギは自分が戦う理由を模索するのだった。 　ライルからの情報を受け、クラウスたちはＣＢとの協力を取り付けるべく接触を試みようとする。そしてそこにマリナがいることを推し量り、シーリンは同行を願い出た。 　アラビア海を航行中、リントの作戦により、身動きが取れなくなってしまうプトレマイオス。トリロバイトの突撃を受け、艦体に穴を空けられてしまうが、注水時間が短縮されたことで、セラヴィーとダブルオーが出撃、トリロバイトを撃破する。 　海上へと出たアリオスとダブルオーは、ミスター・ブシドーとピーリスの駆るアヘッドからの攻撃を受けてしまう。苦戦する刹那らだったが、カタロンのＭＳの支援で窮地を脱し、クラウスたちとの邂逅を遂げる。そしてマリナもまた、シーリンとの再会を果たすのだった。

　ガンダム復帰を利用し、リボンズはアロウズの権限拡大を画策する。そして、リジェネ、リヴァイヴたちの進言をよそに、リボンズはサーシェスを遣わすのだった。 　カタロン支部の施設で、クラウスからの共闘要請を、戦力差や理念の違いから断るスメラギ。また、国に戻りたいというマリナの願いを受けた刹那は、ＶＴＯＬを駆りアザディスタンへと向かう。 　アロウズでは前作戦の失敗により、リントからカティにその権限が移行していた。ピーリスはセルゲイとの通信中、養子になる話を受けることを告げる。 　施設からの脱出の途中、連邦軍に捕らえられてしまう沙慈。人道的な措置を取ろうとするセルゲイに経緯を話すが、その情報がアロウズへと漏れてしまう。 　アロウズは、ＭＳ部隊とオートマトンによる攻撃を施設へと向ける。ガンダムたちが急行するも、施設は壊滅してしまう。その惨状にライルは激昂し、ピーリスは動揺する。そして戻ってきた沙慈もまた、膝をついて自分を苛めるのだった。 　アザディスタンの燃えさかる街並みを目にする刹那とマリナ。そこにスローネに似たシルエットの機体を見つけ、刹那は驚愕した。

アロウズの攻撃を受け、壊滅したカタロン支部。ティエリアはそこに戻ってきた沙慈の様子を見咎め、その自覚なき罪を追及する。 　多数の倒れる兵士を見たスメラギは、かつて自分が戦略ミスで、カティと同士討ちし、恋人だったエミリオを失ってしまったことを思い返してしまう。ショックで気を失い、倒れるスメラギ。 　一方的な虐殺を目の当たりにし、消沈するピーリスのもとにセルゲイからのメッセージが届く。それは非道な作戦に参加したピーリスを気遣うものだった。セルゲイの想いにピーリスは涙を流す。 　カティのもとに補充要員として到着したジニン部隊。格納庫でルイスと出会ったピーリスは、ルイスに何らかのものを感じ取る。またアンドレイはルイスの可憐さに目を奪われるのだった。 　クラウスたちは他の支部への移動準備にあたっていた。搬出作業の間、囮として敵に身を晒し、アロウズとまみえる覚悟のプトレマイオス。自らの行動を悔いる沙慈は、自分に何かできることはないかと、イアンと共に迎撃にあたることを決断する。 　そこに艦へと特攻するルイスの機体。目前に迫る敵機に沙慈は、トリガーに手を掛けたまま、撃つことの重みを感じ、叫ぶのだった。

　迫り来るルイスの乗ったジンクスに向けて、結局、沙慈はトリガーを引くことはできなかった。前線に出すぎたルイス機をアンドレイがいさめ、前線から後退していく。 　ブシドー機と一対一の戦いをするダブルオーは、その猛攻にやむなく不完全なトランザムを発動させるが、途中で機体は停止。興ざめしたブシドーは、勝負を放棄するのだった。 　意識を取り戻したスメラギの作戦により、戦線から離脱したプトレマイオスだったが、ピーリスのアヘッドと共に墜落したアリオスを捕捉できずにいた。 　海岸線へと不時着したアレルヤとピーリス。マリーとしての記憶を取り戻したピーリスは、しばしアレルヤと語らう。そんな二人のもとに、セルゲイの乗るジンクスが降り立った。銃を向けるも、アレルヤのマリーへの思いに胸を打たれたセルゲイは、アレルヤにピーリスを預け、その場を去っていくのだった。 　アレルヤが無事発見された報告を受けたティエリアの元に、自分と同じ容姿をしたリジェネがあらわれる。その姿にティエリアは驚愕した――。

自分と容姿をしたリジェネにティエリアは驚愕する。しかし、リジェネの口よりもたらされたイノベイターの情報は、さらにティエリアの心を揺り動かした。 　ルイスはピーリスの機体を使いたいという願いを届け出る。リントはそれを許可し、さらに新型のＭＳ・ガデッサと共にイノベイターのリヴァイヴ、そしてパトリックもアロウズに合流を果たすのだった。 　アロウズの高官たちが集まるパーティの情報を得たＣＢメンバーは、偵察任務として刹那と、女装したティエリアを潜入させる。 　そこでリボンズと接触したティエリアは、世界統合のためＣＢは滅びるべきだったということを告げられる。ティエリアがリボンズに銃を向けるも、イノベイターのヒリングに阻止されてしまった。 　一方、偶然ルイスと出会い、沙慈の話をしていた刹那。突如苦しみ出したルイスに駆け寄るカタギリに正体がばれ、刹那はティエリアと共に逃走することに。 　ガンダムで離脱した刹那らのもとに一機のＭＳが立ちふさがる。それは、サーシェスの駆るアルケーガンダムの姿だった。

　サーシェスの駆るアルケーガンダムと対峙した刹那とティエリア。ロックオンの仇と怒りを向けるティエリアだが、その攻撃力に圧倒されてしまう。ライルとアレルヤが救援に現れ、その場を去っていくサーシェス。普段の冷静さを欠くティエリアの言動から、ライルはサーシェスが兄・ニールの仇であることを知るのだった。 　パーティーから基地へと戻る機内で、ルイスの過去を知り、同情を越えた感情を抱くアンドレイ。だが、ルイスは、パーティー会場で偶然会った刹那がＣＢであったことを、複雑な思いで反芻していた。 　敵が包囲網を引く前に、大気圏離脱を試みるプランをスメラギは立てる。だが、リヴァイヴとカティにより、その作戦は看破されてしまっていた。 　プトレマイオスはアロウズの攻撃を逆手に取り、トランザムで海中より一気に大気圏を離脱。しかし、リヴァイヴのＭＳ・ガデッサの横槍で、航行軌道をわずかながら変えられ、ジェジャン部隊の迎撃を受けてしまう。粒子を使い切り、航行能力以外を失っていたプトレマイオスを一気に畳み掛けようとするジェジャン。だがさらにその先を読んだスメラギの作戦で、すでに発進していたダブルオーガンダムが、ジェジャンの巡洋艦を撃沈させた。 　互いの作戦の読み勝ちだなと、一息つくブリッジに、カティから「リーサ・クジョウ」宛てにメッセージが届く。スメラギはそこに記された名に、逃がれられない過去を思うのだった。

連邦の強引な再生計画に反対する中東諸国は多い。その中でも最大の国力を持つスイール王国が動けば、他の小中国家も追随する……。それを懸念する連邦は、スイールへのアロウズ派遣を決定、正規軍のセルゲイに、スイール国境付近で状況監視の命を下す。一方、スイールの蜂起を期待するカタロンは、スイール国王と共闘のための会談を取り付けることに成功した。 　宇宙を航行するプトレマイオス２は、ブリングの乗る新型ＭＳ・ガラッゾの強襲を受ける。ダブルオーガンダムを翻弄し、窮地に追い詰めるが、一連の攻撃の後、なぜか去っていくガラッゾ。余裕ともとれるその行動にスメラギは、敵側の牽制と警告を感じ、焦りを募らせるのだった。 　ラグランジュ３の基地に到着したトレミークルーは、イアンの妻・リンダの若さに驚きながら、新メンバー、アニューとの合流も果たした。スメラギはアロウズが近付きつつあることを予測し、作業を急がせる。 　時を同じくし、衛星兵器「メメントモリ」の砲口がスイールへと向けられる。掃射されたレーザーは、カタロンと会談中の国王たちごと、一瞬にしてスイールを爆心地へと変貌させてしまった。 　実験中、「ダブルオーライザー」の粒子出力が理論限界値を超え、驚嘆する一同。輝く光に包まれ、真のＧＮドライヴの力を刹那は感じ取る。加速する粒子の中、セルゲイの危機を感じ取ったピーリスは叫び、ティエリアもまた、脳に響く何かに頭を抑えた。そしてＧＮアーチャーの前で、不適な笑みをこぼすアレルヤの表情は、かつてのもう一人の自分、ハレルヤのものとなっていた。

　衛星兵器メメントモリによって、スイールは一瞬のうちにして消滅した。その報を受けたクラウスたちは、カタロンの全宇宙戦力を衛星兵器に向けることを決意する。 　ＣＢ基地でも、スメラギが衛星兵器破壊ミッションを提示していた。そのとき、ティエリアの口から、連邦の影に潜むイノベイターの存在がクルーたちに明らかにされる。恐怖と破壊では真の平和はもたらされないと、刹那は自らの意思でアロウズとイノベイターを倒すことを宣言、各クルーもそれに次々と賛同する。 　一方、自分にできる何かを探すため、沙慈は艦に残る決意を刹那に告げるのだった。 　基地の場所を特定され、アロウズの強襲にあったプトレマイオスは急ぎ脱出を図る。だが既にＭＳ部隊の接近を許してしまっていた。カティの戦略にガンダムは苦戦を強いられる。そしてヒリングの乗るガデッサのＧＮランチャーに貫かれるプトレマイオス。被害状況の確認に向かった第３格納庫で、沙慈は重傷のイアンからオーライザーを託された。 　ダブルオーの元に、飛翔し現れるオーライザー。そこに沙慈が乗っていることに驚きつつ、２機を合体させる刹那。ダブルオーライザーとなり、ジニンのアヘッドを一蹴するも、さらに迫るブリングのガデッサの追撃に、刹那はトランザムを発動させる。すると解放された多量のＧＮ粒子により、辺りは不可思議な空間と化した。そこにいる者の声が聞こえる空間で、互いが敵対する勢力にいることを知ってしまうルイスと沙慈。二人の悲痛な叫び声が、輝く宇宙にこだまするのだった。

　ダブルオーライザーの力で、迫り来るブリングのガラッゾを一蹴する刹那。苦戦を強いられていたティエリアたちの窮地をも救ったダブルオーライザーは、リヴァイヴのガデッサのもとへ向かう。 　迎え撃つガデッサのビームサーベルを受ける瞬間、ダブルオーライザーの機体は粒子のように霧散した。 　驚愕するリヴァイヴの目の前に突如、粒子から復元されるかのようにダブルオーライザーが現れ、ガデッサを一刀に切り伏せた。ツインドライヴの解放された真の能力に、驚くリボンズ。それまでにないリボンズの反応を指摘した留美は、苛立つリボンズに殴打されてしまう。 　プトレマイオスへと戻ってきた沙慈は、ガンダムを憎む気持ちがルイスをアロウズにしたのだと、刹那を責める。しかし刹那は、ルイスを取り戻すために戦えと沙慈に告げる。戦いを拒否する沙慈は、自分は人殺しにはならないと刹那を殴りつけ去っていった。 　ルイスに会いに行くためと、オーライザーを勝手に発進させようとする沙慈。だが、以前に自分の愚行が招いたカタロン支部での悲劇を思い出し、レバーから手を離した沙慈はコクピットでルイスの名を呼びながら泣き崩れる。一方のルイスは、かつての沙慈との思い出の写真を消去していた。 　衛星兵器【メメントモリ】に攻撃を仕掛けるカタロンの宇宙艦隊。しかし、地表に向けられていた衛星兵器の砲門が、上部からも出現し、カタロンの第二艦隊を半数消失させる。 　それを知り、歯噛みするトレミークルー。刹那はアロウズの行いに改めて怒りを燃やすのだった。

衛星兵器【メメントモリ】の攻撃で壊滅しかけたカタロン艦隊に、なおもアロウズＭＳ部隊が迫る。その窮地を救った刹那はダブルオーライザーを、衛星兵器へと向けた。リボンズが興味を示す存在だからと、刹那に接近していくヒリングのガデッサ。しかしそれは、囮役である刹那の誘導だった。 　衛星兵器に急行するプトレマイオス。だが、アロウズ艦隊の猛攻は、プトレマイオスを衛星兵器の攻撃圏内にまで押し戻してしまう。発射されるレーザー光。しかし、ピーリスの脳量子波でその攻撃タイミングを事前に察知したプトレマイオスは、トランザムを使っての緊急回避に成功する。 　ケルディムガンダムのシールドビットに守られながら、衛星兵器に接近していくプトレマイオス。セラヴィーガンダムのＧＮバズーカと、プトレマイオスのミサイルで、衛星兵器の外壁が破壊される。全壊に至らなかったことに安堵し嘲るリントだったが、すでにケルディムのスコープは、むき出しになった衛星兵器のコアを捉えていた。ライルの叫び声と共に、コアを撃ち貫かれて瓦解していく衛星兵器。リントの艦はその爆発に巻き込まれて撃沈した。 　大気圏に降り注ぐ衛星兵器の残骸は流れ星のようにも見え、歓喜するカタロンの子供たち。しかしクラウスは、あれは戦いの残滓であるとつぶやく。同じく空を見上げていたセルゲイの元に、思いもよらぬ人物が訪れる。それはセルゲイのかつての戦友、パング・ハーキュリーだった。

　衛星兵器【メメントモリ】の破壊ミッションに成功したＣＢ。しかしそこに、イノベイターの機体が迫る。猛攻を受けたプトレマイオスは破損しながらも、地球へと降下。そこに遅れやってきた刹那は、ネーナからそのことを教えられ、地球へと向うのだった。 　プトレマイオスを探す刹那の前に現れるアルケーガンダム。対峙する二人の前に、姿を現したリボンズは、かつてＯガンダムに乗っていたことを刹那に明かす。ガンダムを渡せというリボンズに、拒絶の銃口を向けた刹那をサーシェスの凶弾が貫いた。咄嗟にダブルオーで逃げる刹那を、サーシェスのアルケーが追撃する。 　一方、修理中のプトレマイオスはイノベイターＭＳの強襲を受けていた。苦戦しながらもガラッゾを捕らえたティエリアは、セラフィムガンダムを出現させ、ガラッゾごとブリングを撃ち抜いた。 　負傷しながらも善戦する刹那に焦りを見せるサーシェス。そこに偶然、クラウスとシーリンの乗った輸送機が通りかかる。人質にとサーシェスが輸送機に刃を向けた瞬間、トランザムを発動させたダブルオーライザーがアルケーを切り裂いた。一面に溢れる粒子の光の中でマリナの歌と声を聞いた刹那は、止めを刺す寸前に剣を引く。脱出するアルケーのコクピットの中で、サーシェスは苛立ちを隠せないでいた。 　完成したブシドー専用機「マスラオ」を前に、ビリーはスメラギとの写真を取り出しそれを破く。四散した写真は、想い出や未練と共にハンガー内を舞い上がっていった。

　凶弾を受け朦朧としながらカタロン第二支部へと辿り着いた刹那。コクピットから降りた瞬間、倒れた刹那にいち早く駆け寄ったマリナが、その身を支え、施設内へと運び込んだ。 　夢の中で、刹那は両親に銃を向ける過去の自分を止めようとする。だがそこに現れたかつてのロックオン、ニールは「過去は変えらない」と言葉を濁す。自宅から響く銃声に呆然とする刹那。未来のために変われとニールに告げられながら、子供たちの歌声に刹那は目を覚ます。その歌はマリナが子供たちの想いを綴ったものだった。起き上がろうとする刹那の身を案じ、傷を癒やすまでの間だけでも、お互いを知り合おうと言葉を掛けるマリナ。そのマリナの言葉に、刹那は自分の過去、戦う理由を語り始める。 　カタロンの補給を受け、修理をしながら巡航するプトレマイオス。連邦の包囲網を抜けるために、ダブルオーの戦力は必須だったが、刹那は未だ帰艦せずにいた。 　プトレマイオスにアロウズのＭＳ大部隊が迫る。ケルディムの長距離狙撃が功を奏すが、後方から指揮を執るカティの作戦の前に、ケルディムの粒子が尽きたところを、攻め入られてしまう。新型のＭＡエンプラスの攻撃にアリオスとセラヴィーは捕らえられ、防戦一方のプトレマイオス。ところが敵部隊が突如撤退する。それは連邦内部でクーデターが起こり、ＡＥＵの軌道エレベーターが占拠されたためだった。 　マリナとの再会を約束し、発進したダブルオーはクーデターの情報を掴み、進路をアフリカへと向ける。だがそこに、ミスター・ブシドーの乗るマスラオが待ち構えていた。執拗に追い迫るブシドーを一蹴しようとする刹那だったが、マスラオは何とトランザムを発動させる。赤く光り輝くマスラオ。信じがたい光景に、刹那は驚愕するのだった。

　低軌道ステーションを占拠し、６万人の人質をとったハーキュリーの声明がステーション内に響く。それはこれまでのアロウズの蛮行を糾弾するものだった。連邦の報道は、反政府勢力のテロ行為と事実を隠蔽していたが、もし本当のことが露見すればアロウズが弾劾される。そう考えたホーマーはある決断を下す。 　複雑な思いでニュースを見るセルゲイに、キム司令から命令が下る。それは密使として、クーデター軍の首謀者に降伏勧告を持ちかけるというものだった。 　カタロンからクーデターの情報を入手したスメラギは、包囲網を引くだけの連邦軍の動きをいぶかしみながらも、進路をタワーへと向ける。そのタワーを目前に、マスラオとダブルオーは互角の戦いを続けていた。そこに駆けつけたプトレマイオスからの援護が入る。一対一の対決を望んでいたブシドーは、状況の不利を悟り去っていった。 　ステーションに着き、冷淡に勧告するセルゲイに対し、苦笑するハーキュリー。そのとき、市民のいる区画へオートマトンが投下された。ハーキュリーは市民を無事脱出させるよう、部隊に指示を出す。解放した市民に、連邦の真の姿を世界に伝えさせようというのが、当初からの思惑だったのだ。だが突然、連邦軍の布陣に変化が起こる。タワーから距離をおくようなその動きを見たスメラギはあることに気付いてしまう。 　宇宙ではグッドマンの指揮のもと、２基目の衛星兵器【メメントモリ】が、既にステーションに向け発射体制に入っていた……。

　２基目の衛星兵器【メメントモリ】を観測したプトレマイオスだったが、修理が不完全で宇宙へ上がることはできない。落胆するスメラギのもとに、今の状況を打開できるのはダブルオーライザーだけと、刹那は負傷した体で立ち上がる。「守るための戦い」。刹那に促され、沙慈はオーライザーへの搭乗を決意した。 　宇宙へと飛翔するダブルオーライザー。迎え撃つMA【エンプラス】との激しい戦闘と迫る時間の中、トランザムを発動させ放たれたビームは、エンプラスを貫き、衛星兵器の脇を逸れたものの、そのまま巨大なビームサーベルと化し衛星兵器を切り裂いた。だが、直前に発射された衛星兵器のレーザーは、タワー部に着弾。降下するリニアトレインと共にエレベーターは崩落していった。 　崩壊したタワーの破片が地表へと降り注ぐ。その迎撃に咄嗟に向かうガンダムたち。ピーリスもＧＮアーチャーで加勢し、やがて、カタロン、クーデター軍、そして連邦正規軍も一同となり、破片の迎撃に徹する。 　そこに飛来するアロウズのＭＳ部隊。ところが思いもよらず、アロウズも迎撃に加勢した。上空よりダブルオーも舞い戻り、ＭＳで降下してきたセルゲイ、ハーキュリーたちも加わる。起ころうとする大惨事を前に、敵対する全軍が協力し合う状況を生んだのだった。 　だが全ての落下物の阻止はできず、地表には一部を除き甚大な被害が及んだ。この惨事を招いたハーキュリーに激昂し、その機体を撃ち抜くアンドレイ。そして、かつて軍規を遵守したため、母を見殺しにした父が、クーデターに加担していたと思ったアンドレイは、昂ぶる感情のままにセルゲイの機体を貫く。 　爆砕するタオツーを見たピーリスの絶叫が、惨事に煙る空の中に響き渡った。

　軌道エレベーターの崩壊「ブレイク・ピラー」事件より４か月。あれから沈黙していたソレスタルビーイングが活動を再開したという報告がホーマーたちのもとに届けられた。 　２基目のメメントモリの破壊ミッションを成功させる刹那たち。しかし、事件の時にセルゲイの死を目の当たりにしショックを受けたマリーは、ピーリスの人格に支配されてしまっていた。復讐のために戦場に出ようとするピーリスをアレルヤは悲しく思うが、ライルはそれも理解してやれと声をかける。 　テロの首謀者を撃ったことで昇進したアンドレイを、ヒリングは父親殺しと嘲笑する。それを聞き、問い詰めるルイス。しかしアンドレイはアロウズの理念のためだったと、言い放ち、当惑するルイスを抱きしめる。だがルイスの胸中は、沙慈とまた相対したときどうするか、困惑の思いで一杯だった。 　連邦がアロウズの傘下に下ったことを懸念するプトレマイオスクルーに、今こそヴェーダを取り戻す作戦を決行すべきと進言するティエリア。そのためにイノベイター捕獲を主眼とした作戦をスメラギは立案する。 　プトレマイオスに接近するアロウズ部隊の中にルイスの機体を見つけた沙慈は、戦場に出ても自分は引き金を引けないと刹那に告げる。しかし刹那は、ただルイスに呼び掛けるだけでいいのだといい、共にルイスに逢いに行こうと右手を差し出す。そんな刹那の言動に、沙慈は力強く頷くのだった。 　同じ頃、隠れ家に逃げていたクラウスたちが、連邦保安局の襲撃を受ける。銃口を向けられ錯乱したヨセフは、思わず銃を手に取り叫ぶ。咄嗟に飛び出しヨハンを抱きかかえるマリナ。……絞られた引き金が銃声を轟かせた。 　リジェネからヴェーダの情報を渡された留美は、艦を指定ポイントに向ける。その瞳はわずかに歓喜の輝きをはらんでいた。

　混乱する戦況の中、ルイスの機体を探し求める沙慈。現れたヒリングとの交戦時、刹那はツインドライヴの力を解放させ、加速する粒子が戦闘宙域一帯に広がった。プトレマイオスに接近するルイス機が迎撃されようとする瞬間、それを察知した刹那と沙慈の叫びが宇宙に響く。ＧＮ粒子が広がる中、沙慈とルイスは、あったかもしれないもう一つの未来のイメージを共有する。 　約束を果たし宇宙で待っていたと想いを伝える沙慈に、昔の自分とは違うと銃口を向けるルイス。しかし沙慈は、ルイスは何も変わっていないと訴え続ける。優しい女の子だったこと。不器用でわがままを言って気を引こうとすること。本当は寂しがりやなこと…。銃を恐れずに、沙慈はそのままルイスを抱きしめた。 　沙慈との接触で錯乱し、意識を失ったルイスを守ろうと両機の間に割って入るアンドレイ。そこに現れたピーリスのＧＮアーチャーがアンドレイ機に斬りかかる。動けないルイス機を掴み、撤退するアンドレイを追おうとするピーリスに、仇を討とうとして争いが争いを招く戦いの空しさを沙慈は慟哭するのだった。 　一方、ティエリアとリヴァイヴの一騎打ちは互いに拮抗しながら、セラヴィーがガデッサを打ち砕き、脱出ポッドごとリヴァイヴを捕らえた。プトレマイオスへと連行されたリヴァイヴを見て、息をのむライル。ブリッジでは、様子のおかしいアニューに声をかけたラッセに向け、「自分はイノベイターだ」という告白が銃弾と共に放たれた。 　リジェネからの情報を元に、留美と紅龍はプトレマイオスへと向かおうとしたが、艦が突如、制御不能に陥ってしまう。そこに現れたネーナは私怨のこもったビームを留美へ向ける。爆砕する艦から立ち上る赤い粒子と、ネーナの狂気染みた笑い声が、宇宙へと広がっていった。

　プトレマイオスに軟禁されるも、余裕の笑みを浮かべ、スメラギらの問いかけもはぐらかす返答を重ねるリヴァイヴ。そのとき、フェルトから、アニューがラッセを撃ち、ミレイナを連れ去ったという通信が入る。リヴァイヴの脳量子波により、アニューがイノベイターの意識を取り戻したのだ。 　ダブルオーを奪取しようとするアニューの前に、脳量子波を感知したピーリスが立ちふさがる。刹那と共に駆けつけたライルは説得を試みるが、逆に自分と一緒に来るよう冗談交じりに返される。ならばガンダムと一緒に着いていくと答え、刹那を一瞥してアニューの元へ向かうライルに、刹那は銃を放った。一同が驚愕する中、隙を突いたライルがミレイナを助け出すも、アニューらの逃走を許してしまう。 　ヒリングやリヴァイヴ、共に新型ＭＡ「レグナント」を与えられたルイス、専用機「ガッデス」に乗り込んだアニューらがプトレマイオスへと向かう。混戦の中、ガッデスはケルディムを引きつけ、戦闘領域から離れていく。 　激しく激突する両機。その中でアニューへと呼びかけ続けるライル。真摯なその言葉に、ライルの手を取ろうとするアニューだったが、リボンズの介入により自らの意思を失い、ケルディムに止めを刺そうと攻撃を仕掛ける。ライルの悲痛な訴えが響く中、刹那のダブルオーライザーが半壊したガッデスを撃ち抜いた。 　一面に広がるダブルオーライザーの光の中で、ライルとアニューはお互いが分かり合えたことを確信するが、最後にケルディムを押し戻すような動きを見せ、ガッデスは爆砕した。 　戻った艦内で、やり場のない怒りを刹那にぶつけるライル。殴り続けた手が止まると共に、ライルはその場に泣き崩れてしまう。その姿に、アレルヤ、ピーリス、そして沙慈もまた、戦渦の中での人の想いのはかなさを感じるのだった。