二千年前、ユリア・ジュエが詠んだ預言スコアは、星の誕生から死までを知ることができるという星の記憶を詠んだもの。人々はローレライ教団の下、預言スコアに従って生きていた。ファブレ公爵家のひとり息子ルークは、過去の誘拐事件のため邸宅から出られぬ身。剣の師ヴァンが、行方不明になった教団導師イオンの捜索の為、帰国すると知り、不満に思う我が儘な少年だった。そこへ謎の刺客ティアが、ヴァンの命を狙って急襲してきた。ティアと第七音素セブンスフォニムの超振動を起こしたルークは、ティアと共にタタル渓谷へと飛ばされてしまう。キムラスカ王国の首都バチカルへ戻る旅を始めるルークとティア。その眼前に謎の陸艦が出現する。

陸艦はマルクトの最新型陸上装甲艦タルタロス。敵国マルクトに飛ばされたと知ったルークとティアは、キムラスカヘの帰還途中、エンゲーブに立ち寄る。そこで食料泥棒の疑いをかけられ、マルクトの大佐ジェイド、ローレライ教団導師イオン、イオンの守護役アニスと知り合うルーク達。泥棒事件は教団が聖獣と定めるチーグルが魔物ライガの為に食料を盗んだせいだった。交渉のためチーグル族のミュウと森に向かったルーク達だが、繁殖期のライガはルーク達に襲いかかる。その危機を救ったジェイドは、ルークとティアを拘束してしまう。

ティアとルークを拘束したジェイドは、ルークに協力を要請。実はマルクト帝国の皇帝ピオニー九世が、キムラスカ王国との平和条約締結の使者として導師イオンを派遣。ジェイドはキムラスカ到着の際、王族に連なるルークの協力が必要と考えたのだ。慇懃無礼なジェイドに怒りつつ協力を約束するルーク。そこへ、魔物を連れた神託の盾オラクル騎士団が来襲。黒獅子ラルゴの封印術アンチフォンスロットを受けたジェイドはラルゴを撃退するも、イオンを拉致されてしまう。その戦闘で生まれて初めて人を殺し、動揺するルーク。公爵家の使用人でルークの友、ガイが現れ、タルタロスを脱出したルーク達だが、ルークを庇ったティアが負傷してしまう。

負傷したティアが治癒術で快復。ルーク達は、軍港カイツールでアニスと合流し、迎えにきたヴァンと再会する。平和を望むイオンの邪魔をしていたのはローレライ教団大詠師モースらしい。神託の盾騎士団の六神将もモースの命で動いていたようだ。そこへ襲撃してきたアリエッタは、連絡船を破壊、整備士を人質に取り、ルークとイオンをコーラル城へ誘う。実はコーラル城は、７年前、誘拐されたルークが発見された因縁の場所。城へ向かった一行は、再襲撃され、ルークを拉致されてしまう。だが、ルークを攫ったディストは、ルークの同調フォンスロットを開くと皆の元へと返す。ジェイドはその事件でルークの秘密に気づくのだった。

キムラスカヘ帰還の途中、ひとりになったルークは、ローレライの接触を受け、あらゆる物質を破壊し、再構成する超振動の暴走で船の手すりを消してしまう。目撃したヴァンはルークに打ち明ける。ルークが公爵邸に軟禁されたのは、キムラスカ王家がルークを兵器として扱っていた為だったと。一方、バチカルに到着したイオン一行はキムラスカ国王にピオニー九世の親書を届ける。親書には和平の提案と、マルクト帝国の鉱山アクゼリュスで障気が発生、救援要請が書かれていた。預言スコアによれば、ルークはアクゼリュスへ行き、英雄となる運命らしい。親善大使を拝命したルークに、ヴァンは密かに超振動で障気を中和できると教える。

戦争回避を嫌う大詠師派の妨害を避け、ヴァンが囮船で海路を、ルーク達は陸路でアクゼリュスに急ぐことに。出発間際イオンの誘拐が発覚。六神将の仕業。ガイは神託の盾オラクル兵の監視をかわす為、廃工場経由でのバチカル脱出を提案。進むルーク達の前に王女ナタリアが現れ、ヴァンとの密談の目撃を盾にルークに同行を許可させる。その頃、囚われたイオンはアッシュの秘密に気づく。一方、オバケ嫌いのティアの弱点が判明等、珍道中をしながら進む一行。ナタリアは幼少期に記憶障害になったルークとの思い出を回想する。遂に砂漠に出た一行は、イオンを連れたアッシュの顔がルークに瓜二つだと知る。アッシュから交信を受けたルークは、ザオ遺跡行きを決断した。

イオン救出の為、ルーク達がザオ遺跡に駆けつけた。ラルゴと戦う中、ガイがシンクに傷つけられるが、イオンを奪還し、ケセドニアに移動する。港でシンクのカースロットに操られたガイはルークを襲う。港を離れた一行は、アクゼリュスに近いデオ峠に到着。ルークは不用意な発言で仲間達の顰蹙を買ってしまう。そこへティアの教官だったリグレットが現れる。兄ヴァンの元へ戻れと説得するリグレット。兄への不審を消せないティアは拒絶。リグレットは撤退する。一方、ルークは親善大使として扱われないと怒りを募らせ仲間達から孤立してしまう。

ルーク達一行がアクゼリュスに到着。ナタリア達は倒れた人々を率先して介抱するが、障気を消せば英雄になれると焦るルークは全く協力しない。第七譜石発見の報で一行から離れたティアは、アッシュからヴァンの怖ろしい目論見を伝えられる。一方、坑道に降りたルークは、ヴァンに再会、超振動で障気を消せと命じられるが、それは罠だった。ルークの力はパッセージリングを消し、大地を支えるセフィロトツリーの支えを失って崩落したアクゼリュスの人々は全滅した。ルーク達だけがティアの譜歌に守られ、魔界クリフォトに到着する。ヴァンに唆されたと責任回避するルークを見放す仲間達。ティアの案内でユリアシティに着いた一行はアッシュと再会。自らがアッシュのレプリカであると知らされたルークは倒れてしまう。

フォンスロットの同調作用でアッシュの中に意識を取り込まれたルークは、仲間達が自分を見捨て、地上へ戻ると聞く。だが、ティアだけは魔界クリフォトに残るという。アッシュ達はタルタロスで地上へ帰還し、アクゼリュスを崩落させたヴァンの目的を探るため、ベルケンドへ向かう。そこでレプリカを作るフォミクリーの研究をしていたスピノザを見つけるが、逃げられてしまう。ワイヨン鏡窟へ向かったアッシュ達は、ヴァンの目的がさらなる大地の崩落だと気づく。アッシュとの同調から外れたルークは、魔界クリフォトでルークの目覚めを待っていたティアと再会、犯した罪の償いのため、変わることを誓う。

ユリアシティ市長テオドーロから、アクゼリュスの崩落は預言スコアに詠まれていたと知らされ驚くルーク。さらにティアから、兄ヴァンが故郷ホドの滅亡を詠んだ預言スコアへの憎しみから、外殻大地の人間を消滅させることを目論んでいると知らされる。ティアのヴァン暗殺は、その計画阻止の為だと聞いたルークは、共に地上へ戻ろうと提案。ユリアロードで地上に戻った二人はガイと再会する。ガイはルークを信じて待っていてくれた。そこへジェイドが現れる。イオンとナタリアがモースに軟禁され、救出のためガイに協力を頼みに来たのだ。ダアトに向かったルーク達は、イオン達を救出する。

ピオニー皇帝の力を得るためグランコクマに向かったルーク達だが、タルタロスが故障、応急処置することに。寄港地は雪の街ケテルブルク。ジェイドの生まれ故郷で、幼い頃ピオニーが政争の為、軟禁された街。知事ネフリーはジェイドの妹だった。ジェイドは旧姓バルフォアといい、幼少から天才と謳われていた少年だったが、師であるネビリムを事故で失っていた。彼女を再生しようとレプリカを生み出すフォミクリー技術の研究に手を染めたジェイドは、ある日、大事故を起こして負傷。友人のピオニーに諫められ、以来、禁忌の術を封印したという。ルークは、ジェイドの辛い過去を知る。

マルクト帝国の首都、水の都グランコクマに到着したルーク達は、六神将のラルゴとシンクに急襲された。辛くも撃退するが、ガイはシンクに操られ、ルークを襲った。実はガイはホド出身のマルクト貴族で、ルークの父のファブレ公爵に一族を滅ぼされた恨みを持っていた。復讐を誓い公爵家に入り込んだガイ。そんなガイをルークは友として信じきるのだった。やがてピオニー皇帝に謁見したルーク達は、キムラスカ王国とマルクト帝国が一触即発状態にあることを知り、和平の為にも、崩落する可能性のあるセントビナーから人々を脱出させたいと申し出る。ピオニー九世の許可を得たルーク達はセントビナーへ到着するが、崩落は始まってしまう。

セントビナーが崩落。ルーク達は、ピオニー九世の要請で来た飛晃艇ひこうていアルビオールで人々を救出する。だが、マルクト帝国とキムラスカ王国が遂に開戦。大地を支えるセフィロトツリーを失った戦場で多数の犠牲者が出ることを案じたルークとナタリアは停戦を求めて動くが、偽物としてバチカルに連行され自害を強要される。ティア達に助けられた二人は、インゴベルト国王の元に赴く。だが、ナタリアには出生に秘密があった。王女ではないと断罪されてしまうナタリア。アッシュは六神将のラルゴ達を裏切り、ナタリアを慕う市民達と協力し、ルーク達を助け出す。

魔界クリフォトに外殻大地が落ちる可能性がある。それを調べる為、ルーク達はベルケンドで研究者ヘンケン達の協力を取り付け、地核振動周波数の計測器を作ってもらう。そして、計測位置のセフィロトの場所を確認する為、ダアトに向かう。ダアトではアニスの母がアリエッタの魔物に襲われ負傷。目撃したガイは家族が殺された時の記憶を思い出す。ダアトで秘預言クローズドスコアを詠むイオン。預言スコアにはレプリカのルークの存在が抜けていた。そして、イオンが確認したセフィロトがある場所、タタル渓谷でガイはアニスを助け女性恐怖症を克服する。またヴァンが停止させたパッセージリングだったが、ティアが近寄ると動きだし、計測可能になる。

ルーク達の計測で外殻大地全てが崩落すると判明。降下は避けられない。セフィロトをコントロールして緩やかに降ろせば良いというイエモンに、ジェイドは地核振動を止める装置の制作を依頼する。一方、ルークはキムラスカ国王とマルクト皇帝ピオニー九世に事態を説明すべきと提案。親子ではなくなったインゴベルト国王との再会に怖じ気づくナタリアだが、アッシュに勇気づけられ、イオンと共にバチカルに赴く。ナタリアの意見を汲み、和平を約束した国王は、魔界クリフォトでピオニー九世と会談、両国の平和条約が締結される。その席でホド戦争の真相を追求するガイ。フォミクリーの実験でヴァンがホド島を消滅させた事実が明るみに。

魔界クリフォトの液状化を止めるため、地核の振動を止める装置が完成。タルタロスに装備する。だが、妨害に現れたヴァンは全ての人類を滅ぼしレプリカに置き換えて預言スコアを消滅させる恐るべき野望を明かす。ルーク達に作戦を遂行させる為、犠牲になるイエモン達。タルタロスで地核に突入したルーク達は、装置を作動させるが、イオンと同様オリジナル・イオンのレプリカのシンクが現れ、脱出を阻んで死を選ぶ。だが、アルビオールで辛くも脱出したルーク達は、ティアの力を得たローレライの出現に遭遇。ローレライは閉じこめられた自分を解放してくれとルークに告げる。その後、倒れてしまうティア。セフィロトの作業で汚染されたセ第七音素セブンスフォニムを取り込んでしまったのだ。

ルーク達の心配を制し、セフィロトで大陸降下作業を続けるティアは障気に蝕まれていく。そんな中、ガイはホドが沈む前にヴァンと第七譜石を見た事を思い出す。ヴァンがユリアの残した預言スコアを知っている可能性に驚く一同。その夜、ヴァンはティアの元に訪れ、作業中止を求めるが、アッシュが現れヴァンを倒そうとして負傷する。アッシュに「アブソーブゲート」で待つと伝え姿を消すヴァン。一方、ルーク達は最後の作業を行う為、ロニール雪山へ移動し、そこで待ち受けていた六神将と対決する。

アブソーブゲートに向かったティアとルークは、待ち受けていたヴァンと対決。預言スコアを憎むヴァンを仲間達の力を借りてついに倒すルーク。だが、一月後、六神将が生存しているという不穏な情報が飛び込んでくる…！

謎の部隊がマルクト軍やキムラスカ軍を襲撃する事件が続く。そんな中、イオンが掠われ、ルーク達も死んだはずの知人達に襲われる事態に…。一方、モースは、掠ったイオンに惑星預言プラネットスコアを詠ませ、未来を知ろうとしていた。

ディストによって第七音素セブンスフォニムを体内に入れたモースは、浮上したレプリカ島・エルドラントで導師を自称、新生ローレライ教団を興して世界に謝罪を要求する。一方、復讐を誓うアリエッタは、アニスに決闘を挑むのだった…。