博麗神社の巫女・博麗 霊夢は、幻想郷の鬼伊吹 萃香と共に朝早くから宴会の準備に取り掛かっていた。しかし、のどかな日常はとある出来事によって急展開を迎える。事件の匂いを嗅ぎ付けた新聞記者・射命丸 文は、なぜか人間の魔法使い・霧雨 魔理沙を連れて来る。話は紅魔館の住人を巻き込んで意外な方向へ…？

霊夢が暴れた図書館の後片付けをしていた魔理沙は、偶然ある一冊の本を見つけ出す。その本と裏に隠されれた謎をパチュリーは知っているようだ。助言を受けた魔理沙は何かを思い出そうとしていた。一方「白玉楼」や「永遠亭」の住人達はひょんなきっかけからちょっとした騒動に巻き込まれてしまう。謎は深まるばかり……なのかもしれないし、浅くなるのかもしれない。

アリスの影を追いかけていた魔理沙は、箒に跨り向日葵畑の上空を飛んでいた。一方、西瓜を取り返すべく刀をかまえていた妖夢はついにうどんげとの戦闘を開始する。魔理沙はアリスを見つけることができるのか？妖夢は西瓜を取り返すことができるのか…！？果たして、可哀そうなうどんげは報われる……のか？ ※ 2.5話は、2話と3話をつなぐメインストーリの一部です。

アリスが魔理沙の家を訪れたのは、夜に博麗神社で開かれる夏の大宴会の手伝いの為だった。しかし、アリスはそこで”大変なもの”を目撃する…。魔理沙が紅魔館の図書館で見つけた本、紅茶の茶葉や食材、霊夢の賽銭箱… 様々な謎の答えが、その頭の先っちょを覗かせる。 ※3話は2.5話の続きです。３話の前に2.5話を必ずご覧ください。 ※3話をご購入の方は「2.5話」のお買い忘れにご注意下さい。

変わり果てた博麗神社…。 霊夢はついにお賽銭箱の犯人を知る者との接触に成功する。 一方、魔理沙はいいかげん失踪したアリスを見つけだせるのか？ ついに、異変の「始まり」が今、その姿を表す。 …が、しかしその姿は…