主人公の北神未海は、武蔵野森山学園高校2年6組のクラス委員長。クラスメイトからは美人で優しくしっかり者の委員長として憧れの存在。が、さらなるパーフェクトなモテ子『めちゃモテ委員長』を目指して日々努力中！そんな未海のクラスメイトにめちゃめちゃモテてる3人組、通称『MM３』と呼ばれるメンズが。問題児の彼らは、学校をサボるばかりか体育祭にも出席しないと言い出した。彼らをやる気にさせるために、未海はモテテクを駆使して話しかけるが全く相手にされない。悔しい未海は、MM３のリーダー東條潮に勝負を申し込んだ！この勝負の行方、いったいどうなる･･･！？

金髪小麦肌ギャルのクラスメイト坂下リカのプリンセスローズクラブの入部を賭けて、プリクラのリーダー姫野華恋と勝負することになった未海。しかし肝心のリカは面倒を嫌い中々モテ子になる努力をしようとしない。そんなリカに未海は、かなりハードな「めちゃモテ☆ミラクルチェンジ大作戦」を提示する。未海の厳しい特訓からそっと逃げて図書室で一休みしていると、プリクラメンバーにからまれ口論になるリカ。その時、想いをよせる遠野優作に注意をされてしまう。失意のリカは、「プリクラなんてもうどうでもいい！」と未海のもとから去ってしまう･･･。リカが遠野に恋をしていたことを知った未海は、新たな作戦を立ててやり直そうとリカのもとを訪れる。しかしリカは自暴自棄になっていて･･･。

クラスメイトの春井香穂が何日も学校を休んでいる。クラス代表として未海が様子を見に行くと誰にも会いたくないという。訳を聞くと、春井は大好きなメル友の男の子に「写りのいい写真」を送ってしまい、会いたいのに会えないでいるという。会うとニキビ肌がばれてしまうことにひどく悩んでいるのだった。未海は春井の為に「ミラクルチェンジ大作戦！さよならニキビくん、つるピカお肌ミッション」をスタートする。未海に習い丁寧な洗顔を実践するもすぐにニキビは治らない。未海は続けることの大事さを説くが、焦る春井の耳には届かず「今すぐお肌がキレイになる方法を教えて！」と迫るのだった。気落ちした春井はついに未海を避けるようになり･･･。

チョコレートが大好きな佐野杏樹らと一緒にスウィーツを囲む未海。すると甘いものが大好きなMM３の南雲波人が輪に入ってきた。波人と接する杏樹の幸せそうな笑顔を見た未海は、杏樹が波人に恋をしていることに気づく。杏樹の恋を応援しようと、ことあるごとに二人に用事を頼みキッカケ作りをする未海。しだいに二人の距離が縮まる様子を満足気にみつめるのだった。しかしある時杏樹は、波人がミニスカートが好きだと話しているのを聞いてしまう。ダイエットをしようと大好きなチョコを食べなくなる杏樹。元気がなくイラつきがちな杏樹を周囲は心配する。そんなとき、波人が杏樹にパフェをごちそうしようとする。が、杏樹は波人に差し出されたスプーンを強くはらってしまうのだった・・・。

MM３の東條潮に恋心を抱き始めた未海。そんな矢先に潮の初恋の人、雪下亜莉沙が森山学園に編入してきた。絵に描いたような極上モテ子の亜莉沙に未海は胸のざわつきを覚える。仲の良い二人の様子を見るにつけ胸がズキズキと痛むが、自分の気持ちに鈍感な未海は恋わずらいには気がつかないのだった。そんなとき、ひょんなことから亜莉沙の悩みを聞くことに。ほうっておけない未海は、「ミラクルチェンジ大作戦！めちゃモテるシャキーンな姿勢!威風堂々キラキラミッション」を行い、亜莉沙の自信を取り戻させるのだった。前向きになった亜莉沙は、未海に恋の相談を持ちかける。「風を切って走る姿を見るだけで幸せ」という言葉を聞きドキリとする未海。その相手とはまさか・・・？