多くの少年たちが集うベイブレード定期大会。自分のベイ、サジタリオと共に強くなる夢を持つケンタは３回戦まで勝ち抜く健闘を見せるが、それに目を付けたフェイスハンターズに大会後狙われてしまう。不正な手段で対戦ポイントを奪う彼らの前に大ピンチのケンタ。だがそこへ救いの手が！　ケンタに代わってバトルを受けて立った少年・鋼銀河（はがね・ぎんが）は自分のベイ、ペガシスで卑怯なブレーダーたちを一蹴する！！

子供たちの集うベイパークでは銀河とペガシスが皆と楽しくバトルの真っ最中。フェイスハンターズを退けた話をケンタがしたおかげで銀河は一躍人気者だった。その様子を見つめる少女が１人。天野まどかと名乗った彼女はメンテナンス不足のペガシスを見兼ねて整備を申し出たのだ。一方、盾神キョウヤはケンタのサジタリオを人質に取り、銀河を勝負に引っ張り出そうと画策する。果たしてペガシスの整備は間に合うのだろうか？

キョウヤたちに強くなる為の援助を申し出た謎の男、大道寺。銀河を倒す為と言いつつ余りに怪しいその様子に援助を断るキョウヤだが、大道寺に挑発され勝負する事に。一方ペガシスの調整が終わった銀河は、子供たちにベイのコーチを求められていたが、何を思ってかこれをやんわりと断ってしまう。ケンタはその様子に銀河が強い相手を求め街を出て行くのではと不安に駆られ、彼を引き止める為に真剣勝負を申し込むことに･･････。

首狩団（フェイスハンターズ）のベンケイ。 盾神キョウヤを慕う彼は銀河、そして大道寺に破れ姿を消したキョウヤを案じると同時に銀河へのリベンジを誓い、ベイの特訓をしていた。そこへ再び現れた大道寺は、ベンケイに新たなベイ、ダークブルを与える。ダークブルの凄まじいパワーは力自慢のベンケイでさえ手に余ったが、特訓の末にこれを克服。 銀河に挑戦状を叩きつけるのだった！

ダークブルと特訓に精を出すベンケイの元に現れた渡蟹哲也。嫌らしい笑みを浮かべ傷だらけのベイ、マッドキャンサーを持つ彼の目的は？　その頃まどかは店でベイの整備中だった。そこへ泣いて飛び込んでくる子供たち。卑怯な勝負で傷だらけにされた彼らのベイを見て、怒ったまどかは犯人を探すべく店を飛び出す。手分けして犯人を追う途中、渡蟹が卑怯な勝負を仕掛ける場面に出くわしたケンタは友達に代わって勝負することに。

不良達に取り囲まれた１人の少女。だが集団で襲い掛かるベイを見事に蹴散らしてみせる。その腕前を確認したベンケイは彼女、波佐間ヒカルに銀河との勝負を持ち掛ける。 しかし当の銀河はベイの大会の途中、風邪でダウン。まどかの看病を受けていた。激戦続きの銀河の代わりになれないかとケンタは必殺転技の開発を試みるが簡単には行かない。

ヒカルに敗北し全てのポイントを失ったケンタ。ベンケイは、負けても諦めないその姿に昔の自分を重ね、ケンタを特訓する事に。ケンタもそれに応え、銀河やまどかにも秘密でパワーアップに励む。しかしそれを覗いていた渡蟹が面白いとばかりケンタの嘘をヒカルにばらしてしまった。騙されたと知ったヒカルはベンケイに今度こそ銀河に挑戦する事を宣言。それを知ったケンタは特訓半ばながらヒカルと再び戦うことを決意する！

ケンタとの特訓を渡蟹に密告されフェイスハンターズを追放されたベンケイ。しかしケンタとの特訓などで周辺の子供たちもすっかり彼に馴染んでいた。そんな中ベンケイが銀河を狙う理由を聞き、当の銀河は何やら思案顔。一方キョウヤを連れ去った大道寺は、彼の訓練を最終段階へ進めつつ銀河に対しても配下のメルシーを差し向けた。ＴＶの収録と銀河を言葉巧みに連れ出したメルシーは、彼の能力を測るべく様々なテストを仕向ける。

盾神キョウヤが帰って来た。彼は図々しくも勝負を仕掛けてきた渡蟹を一蹴し、フェイスハンターズの解散を告げる。それはベンケイの耳にも入った。キョウヤの帰還を喜びつつも銀河を倒せぬままの自分が許せず苦悩するベンケイ。ケンタの後押しで彼と向かい合う事を決心するも、肝心のキョウヤは以前と様子が全く違っていた。ベイバトルを挑まれ始めは喜んでブルで応じたベンケイも、それを感じ取り戸惑いを隠せない･･････。

傷だらけのベンケイを背負ってまどかの店まで戻ってきたケンタ。二人から事情を聞きベンケイからの男の頼みを受けた銀河はキョウヤとの戦いを決意する。ここに因縁の戦いが幕を開けた。全てを拒絶するようなキョウヤの攻撃は銀河とペガシスを一撃毎に追い詰めていく。反撃の必殺転技も、レオーネの新たな必殺転技に破られ逆転の糸口を見出せぬまま耐える銀河。大道寺はその様子を楽しげに眺めるのだった･･････。

勝負を終えた銀河たちの前に姿を現す大道寺。彼に怒りをむき出しにする銀河を受け流しキョウヤを一撃で打ちのめすとヘリでその場を後にした。足取りを追えず思い詰めた様子の銀河は、心配したケンタたちの問いかけに事情を語る。それは大道寺たちの組織『ダークネビュラ』が持つ禁断のベイ『エルドラゴ』の邪悪な力についてだった。

ダークネビュラ本部へ突入した銀河たちを待っていたのは様々なトラップ群だった。 以前よりもグレードアップされた様々な仕掛けの前に苦戦を強いられる銀河たちだが、協力して１つ２つと障害をクリアしていく。 更にまどかが本部のシステムをハッキングする事に成功。一気に最上階への道が開けた！

稲妻に照らし出される崩壊したダークネビュラ本部。そこには銀河と対峙する１人の男がいた。彼こそが禁断のベイ『ライトニングエルドラゴ』の主、竜牙！　とある事情により傷つき眠っていた彼は、銀河の怒りに触発されて遂に完全復活を果たしたのだった。 竜牙に怒りを燃やす銀河と共にキョウヤ、ケンタ、ベンケイたちもエルドラゴにベイバトルを挑むがエルドラゴは容易くそれを吹き飛ばす。唯一残ったペガシスの運命や如何に！

竜牙に負けた銀河はベイへの情熱すら失いかねない状態だった。その様子を見兼ねたケンタは仲間として銀河を助けたい自分の心をぶつけていく。その姿に心打たれた銀河は自分の過去をケンタに語り始めた。それは故郷の村で過ごす幸せだった頃の記憶。そこには銀河が最も尊敬するペガシスの主、父・流星がいた。しかし平穏だった日々を、竜牙と大道寺が打ち壊す。彼らは山に封印されたエルドラゴを奪いに現れたのだ！！

置き手紙を残して姿を消した銀河を追って古馬村へ向かうケンタ、まどか、ベンケイ、キョウヤの４人。しかし村のあるハガネ山は予想以上に険しく、ベンケイに助けられつつもケンタとまどかの足は中々進まない。遂には筋肉痛でケンタとまどかは満足に動けなくなってしまう。そして昼食を猿に奪われたのをきっかけにケンタとまどかはベンケイと喧嘩別れしてしまうのだった。しかし山道に不案内な２人は崖崩れに巻き込まれ･･････！？

氷魔と共に古馬村を目指すケンタたち。しかし途中でキョウヤは氷魔が同じ道を何度も回っていた事を看破、真意を問い詰めるべくレオーネを放つ！それによって起きた落石を身軽にかわし転がり落ちる大岩さえ自分のベイ“クレイアリエス”で退ける氷魔。村へ行くのならベイバトルで自分に勝つ事が条件だと彼は言う。挑戦の一番手は銀河に会いたい一心のケンタとサジタリオ。実力未知数の氷魔＆アリエスとの戦いの結末は？

ケンタたちが辿り着いた古馬村は、予想に反して人気のない寂れた村だった。そこで出会ったのは言葉を話す犬、北斗。ケンタが北斗に銀河の事を尋ねていた頃、当の本人は村の背後にそびえる雪山へと向かっていた。そこには伝説のブレーダーが残した秘伝の書が眠ると言うのだ。立ちはだかる自然の驚異をペガシスと共にクリアしていく銀河。しかし疲労と吹きすさぶ吹雪の前に遂に倒れてしまった。果たして銀河の運命や如何に！？

雪山から戻り心機一転した銀河は、再び竜牙に挑む事を改めて誓う。そんな彼に声を掛ける氷魔。幼馴染でライバルでもある氷魔は久しぶりにと銀河を森へ誘う。そこはベイの森と呼ばれる彼らの遊び場だった。銀河に誘われ同行したケンタたちは自然の中に作られた切り株のスタジアムなどに大喜び。そんな中でも秀でた実力を垣間見せるキョウヤに対抗してか氷魔は銀河と“緑の地獄”と呼ぶ場所でのベイバトルを申し出るのだった。

ハガネ山から戻り皆のベイをメンテナンスしていたまどかは、偶然からサジタリオとブルのパーツを交換し面白い発見をする。それは４種類のパーツの組み合わせが様々な性能を生み出すベイ最大の特徴でもあった。特にその面白さに嵌ったケンタとベンケイは色々と試す内にちょっとした達人となっていた。そして腕試しとばかりに水上タッグバトルトーナメントへ出場した２人は様々な悪条件をパーツチェンジを駆使して突破していく！

WBBA主催のサバイバルバトル。優勝者の願いを１つ叶えてくれるというビッグイベントの開催に銀河たちは大いに盛り上がる。 ケンタやベンケイ、キョウヤだけでなく氷魔やヒカルたちも参加者に名を連ねていた。 そして勝ち残った１人が勝者となるバトルが遂に始まる！ まずは銀河が５人相手に快勝。他の仲間たちも出だしは順調のようだ。 その中で何と１０人同時抜きを達成する謎の少年が･･････彼は一体何者なのだろうか？