ジュエルランドは宝石の瞳をもつジュエルペットがくらす魔法の世界。パートナーをさがして人間の世界にやってきたジュエルペットのルビーが出会ったのは、普通の女の子・桜あかり。ところが、ルビーのせいであかりは新学期なのに遅刻してしまう。腹を立てていたあかりだけれど、あかりを心配してがんばるルビーのことが大好きになる。すると、ルビーの宝石の瞳が輝いて・・・・・・!?

日常にもどったあかりはジュエルランドへ行くことに戸惑いを感じてしまう。でも、忙しいキャリアウーマンのお母さんと、タレントとして活躍するお姉ちゃんにはさまれて、手持ちぶさたなあかりはルビーと魔法をがんばってみようと決めた。ところが、魔法学校に行ってみると、まわりの生徒たちは魔法が上手で、初心者のあかりは恥ずかしくなってしまう。

初めての魔法学校の授業に出席しようとしていたあかりとルビー。そこにラブラという赤ちゃんジュエルペットが現れた。いたずら好きのラブラはルビーをからかって怒らせてしまう。でも実は、ラブラはパートナーのレアレアと学校に通えるルビーがうらやましいみたい!? 授業のようすをこっそり見ていたラブラは・・・・・・？

ミリアはジュエルペット・ガーネットとサンゴのパートナー。ハリウッドに住むアニメやマンガが大好きな美少女でセレブな両親をもつお嬢さま。そしておしゃれが大好き。アニメの影響でいつもネコミミを付けている。そんなミリアにとって魔法が下手で気弱なあかりは、好きほうだいできる遊び相手だと目をつけた。ところが、ミリアの大好きなオーストリア生まれで貴族の美少年・レオンがあかりに構うのでムカついてしまい・・・・・・。

沙羅はジュエルペット・サフィーのパートナー。天才少女で、魔法に関しても先生が自信を無くしてしまうほどの才能を持っている。だけど実験室に閉じこもって実験ばかりしているので変わり者だと思われている。あかりは沙羅に、友達が欲しくても話しかけられない普段の引っ込み思案な自分を重ねてしまい、沙羅の実験室に押しかけた。そこにはたくさんのジュエルペットがいて･･････？

魔法学校のモルダヴァイト校長先生は通信販売で魔法グッズを買うのが大好き。いつも役に立たない迷惑なグッズを買ってはハーライト先生に怒られている。ある日、校長先生はオマケのマスコット人形につられ、またもやいらないグッズを買ってしまう。それはとんでもなく迷惑なしろもので魔法学校は大混乱！

ジュエルランドでは夜の週がはじまった。ジュエルランドの夜は一週間続くのだ。あかりとルビーはミリアたちにさそわれ、ジュエルランドの街にショッピングに出かけることにした。街のアメトリンとトリスティンのショップには、見たこともないような不思議なグッズがいっぱい。あかりが欲しいグッズは何だろう？

魔法学校の鐘が壊れてしまった。校長先生にも直せないらしい。一方、ジュエルスターグランプリを目指して地道に魔法の練習を続けていたルビーとあかりは、プレーズというジュエルペットとジュディという見知らぬ女の子に出会った。あかりたちとは違う授業のクラスにいる子なのかな？

魔法学校にも試験がある。課題をクリアすればジュエルストーンをもらうことができる。今回の試験は、あかりとミリアと沙羅、ジュエルペットたちが協力して、校長先生の大切なカラオケマイクを持ち出したいたずら好きのジュエルペット・タータを見つけ出し、迷いの森から連れ帰ることだ！

あかりのクラスでは”学園の七不思議”が話題になっていた。怖い話が苦手なあかりはジュエル魔法学校に逃げるようにやってきたのだが、なんとジュエルランドでも魔法学校七不思議大会が開催されていた！ なんでも、七不思議を解明すればジュエルストーンがごほうびにもらえるらしい。

変身の魔法の授業を受けていたあかりたち。課題はお父さんに変身すること。ところが、かっこいいお父さんに変身するレオンとミリア見て、あかりは自分のお父さんに変身することが恥ずかしくなってしまう。あかりのイメージするお父さんは格好悪くてみんなに見せられない！ ハーライト先生はもっとお父さんを観察するようにアドバイスしてくれたのだが･･････。

将来の夢についての作文が描けなくて悩んでいたあかり。私の夢ってなんだろう？ そこにモニカお姉ちゃんがやってきて、中等部でマンガコンテストが開催されることを教えてくれた。面白そうだけれど、どんなマンガを描けば良いんだろう？こういう時は魔法学校のみんなに相談してみよう！

ミリアは王子様みたいに優しくてかっこいいレオンが大好き。そんなレオンがロケットのついたペンダントをしているのを、ミリアは見つけてしまった！ ロケットの中には誰の写真が入っているの!?

ミリアのママは世界中で人気の歌手。ミリアもママのような歌手になりたいと夢見ている。そのために日々努力しているミリアが、ついにオーディションに出ることになった。このオーディションはミリアのママが優勝したオーディションだ。ミリアは張り切っていた。ところが、待ち合わせ時間になってもママが来なくて･･････。

魔法学校のみんなが出場を目指している魔法のコンテスト、ジュエルスターグランプリでは毎回スィーツ対決があるので、あかりたちはお菓子作りの練習にはげんでいた。そこに、見知らぬジュエルペットたちが現れた！ 彼女たちはリル、アメリ、そしてカイヤ。練習試合を申し込みにやってきたのだ！

練習試合にやってきたカイヤたちに続いて、そのパートナーのレアレアもやってきた。名門エクセレント学園の三姉妹、人呼んでマジカルエンジェルズ！ 姉妹の長女・マリアンヌは既にジュエルストーンを１２個集め、ジュエルスターグランプリ出場を決めていた！

あかりの誕生日をお祝いしに、ルビーとラブラとペリドットがレアレア界にやってきた。ジュエルペットたちのプレゼントは”くちずさみ草”という、ジュエルランドに生息する歌うお花だった。さて、お父さんとお母さん、モニカお姉ちゃんはどんなお祝いをしてくれるんだろう、と楽しみにしていたあかりだったが･･････。

あかりたちは魔法学校の試験でニコラたちと組むことになった。今回の課題は、西の洞窟のオババに『ありがとう』と言ってもらうこと！

ニコラとチターナはいつも仲良しなパートナー。ところがその二人がケンカをしてしまった！ しかもパートナー解消!? 心配になったあかりとルビーは二人を仲直りさせようと作戦を立てたのだが･･････。

ジュエルランドではお祭りがひらかれていた。日没までの時間、ジュエルストーンのパワーが強まり、魔法学校の生徒たちはサマージュエルマジックを使うことができる。普段の１０倍のパワーの魔法が使えるのだ。さあ、一体何に使おうかな？